가. OOO 종중(이하 “청구종중”이라 한다)은 2014.2.12. 「국세기본법」 제13조 제2항의 규정에 의한 법인격 없는 단체로 승인받은 비영리법인으로, 1975.9.1. 취득한 OOO(이하 “쟁점임야”라 한다)와 인근 토지인 OOO를 2014.7.11. OOO와 OOO에 공공용지의 협의 취득으로 OOO원에 각 양도한 뒤, 2014.8.4. 2014년 귀속 비영리내국법인의 양도소득과세표준 예정신고서를 제출하고, 산출된 세액 OOO원을 2014사업연도 법인세로 자진납부하였다.

나. 청구종중은 2014.11.25. 처분청에 쟁점임야를 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하였으므로 쟁점임야의 처분으로 인하여 생긴 수입은 「법인세법」 제3조 제3항 제5호에 따라 과세대상에 해당하지 아니하여 법인세 납부세액 OOO원 중 쟁점임야 해당분인 OOO원을 환급하여 달라는 내용으로 경정청구를 하였고, 처분청은 2015.3.3. 청구종중이 쟁점임야 양도에 대하여 법인세로 과세표준을 신고하지 아니하였고, 쟁점임야를 계속하여 고유목적사업에 사용하지 않은 것으로 보아 경정청구를 거부하였다.

다. 청구종중은 이에 불복하여 2015.4.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구종중 주장 및 처분청 의견

가. 청구종중 주장

(1) 청구종중은 「법인세법」 제62조의2 규정에 따라 비영리내국법인 양도소득과세표준 예정신고서를 작성하여 신고하였고, 납부세액을 법인세로 납부하였으므로 청구종중의 법인세 경정청구는 정당하다.

(2) 청구종중은 OOO을 시조로 모시는 소종중으로, 조선시대 철종(재위 1849년～1863년) 때부터 내려온 청구종중의 선산인 쟁점임야에 OOO의 직계후손인 OOO 묘 12여기가 봉안되어 있다가 2014년경 수용으로 인해 양도되었던 것이고, 청구종중은 종중정관에 나타난 바와 같이 선조들이 봉안된 선산인 쟁점임야를 유지, 관리하고 선영을 수호하여 3년 이상 계속하여 종중의 고유목적사업을 지속하여 왔으므로, 쟁점임야의 처분으로 인하여 생긴 수입은 「법인세법」상 비과세대상에 해당한다.

나. 처분청 의견

(1) 「국세기본법」 제45조의2 제1항에서 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자만이 경정청구할 수 있도록 하고 있는바, 당초 법인세는 무신고하고 양도소득세를 신고한 뒤 법인세로 납부한 것은 경정청구 대상이 아니고, 「법인세법」 제62조의2 제2항에 따라 법인세로 신고·납부하여야 하는 것인바 이 건은 법인세를 법정신고기한 내에 신고한 것으로 볼 수 없다.

(2) 쟁점임야에 묘소가 매장되어 있다는 이유만으로 청구종중이 고유목적사업을 영위하였다고 볼 수 없고, 쟁점임야에 매장된 묘소를 이장하기 위해 대체 임야OOO를 구입한 뒤 유골을 화장 후 봉분을 매장하였으나, 이는 고유목적사업을 영위하였다고 보기에 충분하지 아니하고, 화장은 OOO가 이장이 불가하다고 회신함에 따른 불가피한 조치로 보인다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구종중이 쟁점임야 양도소득에 대해 양도소득과세표준 예정신고를 하고 산출세액을 법인세로 납부한 경우,법인세 경정청구 대상에 해당하는지 여부

② 청구종중이 쟁점임야를 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용하였는지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제3조(과세소득의 범위) ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

② 연결법인의 각 사업연도의 소득은 제76조의14 제1항의 각 연결사업연도의 소득으로 한다.

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 「소득세법」 제16조 제1항에 따른 이자소득

3. 「소득세법」 제17조 제1항에 따른 배당소득

4. 주식ㆍ신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입

5.고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

6. 「소득세법」 제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입

7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

④ 외국법인의 각 사업연도의 소득은 제93조에 따른 국내원천소득(이하 "국내원천소득"이라 한다)으로 한다. 다만, 비영리외국법인의 경우에는 국내원천소득 중 수익사업에서 생기는 소득만 해당한다.

제62조의2(비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례) ①비영리내국법인(제3조 제3항 제1호에서 규정하는 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제3항 제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

1. 「소득세법」 제94조 제1항 제3호에 해당하는 주식등과 대통령령으로 정하는 주식등

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

3. 「소득세법」 제94조 제1항 제2호 및 제4호의 자산

② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조 제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.

③ 제2항을 적용할 때 「소득세법」 제92조를 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 "양도가액"이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 「소득세법」 제95조 제2항 및 제103조에 따른 금액을 공제하여 계산한다.

④ 제3항에 따른 양도가액, 필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여는 「소득세법」 제96조부터 제98조까지 및 제100조를 준용한다. 다만, 「상속세 및 증여세법」에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연(出捐)받은 비영리내국법인이 대통령령으로 정하는 자산을 양도하는 경우에는 그 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 그 법인의 취득가액으로 하며, 「국세기본법」 제13조제2항에 따른 법인으로 보는 단체의 경우에는 같은 항에 따라 승인을 받기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다.

⑤ 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여는 「소득세법」 제101조 및 제102조를 준용하고, 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여는 같은 법 제93조를 준용한다.

⑥ 제2항에 따른 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제76조 제1항을 준용한다.

⑦제2항에 따라 계산한 법인세는 「소득세법」 제105조부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를하여야 한다.이 경우 「소득세법」 제112조 및 제112조의2를 준용한다.

⑧비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득과세표준 예정신고를한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다.다만, 「소득세법」 제110조 제4항 단서에 해당하는 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다.

(2) 법인세법 시행령

제2조(수익사업의 범위)② 법 제3조 제3항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

제99조의2(비영리내국법인의 자산양도소득 과세특례) ⑤ 비영리내국법인이 법 제62조의2 제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 한 경우에도 법 제60조 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 할 수 있다. 이 경우 예정신고납부세액은 법 제64조의 규정에 의한 납부할 세액에서 이를 공제한다.

⑥ 법 제62조의2 제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고를 하는 경우에는 기획재정부령이 정하는 양도소득과세표준예정신고서를 제출하여야 한다.

(3) 국세기본법

제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

다. 사실관계 및 판단

(1)청구종중은 OOO을 시조로 하는 소종중으로서,2014.2.12. 「국세기본법」상의 법인으로 보는 단체로 승인(고유사업 : 종중) 및 수익사업을 하지 않는 비영리법인으로 고유번호증을 발급받은 것으로 나타난다.

(2)쟁점임야에 대한 토지이용계획 확인원에 의하면, 쟁점임야는일반공업지역, 자연녹지지역에 속하는 것으로 나타나고,쟁점임야에 대한 등기부등본 등에 의하면, 청구종중은 쟁점임야를 1975.9.1.자 매매를 원인으로 하여 1994.7.15. 취득한 것으로 나타나며, 산업통상자원부고시 제2013-100호, 토지수용조서, 등기부등본, 용지매매계약서, 공공용지취득협의서에 의하면, 쟁점임야 및 OOO는 산업통상자원부고시 제2013-11호 OOO 개발사업에 따라 사업시행자인 OOO와 OOO에 2014.7.11. 공공용지의 협의취득으로 양도된 것으로 나타나고, 쟁점임야 등에 대한 보상금 산정내역은 다음 <표1>과 같다.

<표1> 쟁점임야 등에 대한 보상금 산정내역

(3) 청구종중 정관(1975.9.1. 제정, 2013.3.1. 개정, 공증일은 2014.7.3.)의 내용은 다음과 같다.

(4) 청구종종 임시총회 회의록(2014.6.21., 공증일은 2014.7.3.)의 내용은 다음과 같다.

(5)청구주장, 청구종중의 족보 발췌본 및 개장 신고증명서(2014.8.13.)등에 의하면 쟁점임야에 소재하였던 선조들의 묘소는 다음 <표2>와 같은 것으로 나타난다.

<표2> 쟁점임야 소재 묘소

(6) 청구종중이 제출한 화장견적서(계약서, 효자장묘개발 작성, 2014.8.3.), 화장증명서(OOO 화장장 작성, 2014.10.29.), 개장 전·중·후 사진 등에 의하면, 쟁점임야에 소재한 묘지에 있던 OOO의 유골을 개장하여 2014.10.29. 화장한 것으로 나타난다.

(7) 청구종중의 대체 산지 취득과 관련하여, 청구종중은 2013.12.13. OOO(이하 “이장 산지”라 함)를 종중 대표자 OOO의 공동명의로 취득하였다가, 2014.12.23. 명의신탁해지를 원인으로 하여 청구종중 명의로 소유권이전등기를 경료한 것으로 나타나고,

청구종중은 OOO에게 위 이장 산지에 선조의 매장가능여부에 대해 질의하였으나, OOO장은 2014.12.18. “이장 산지는 OOO 횡단도로가 공사 중인 지역으로써 「장사 등에 관한 법률」 제14조 제6항(사설묘지의 설치 등) 및 동법 시행령 제15조(사설묘지의 설치기준) 별표2에 의거 20호 이상의 인가밀집지역, 학교, 그 밖에 공중이 수시로 집합하는 시설 또는 장소로부터 500m 이상 떨어진 곳이어야 하며, 「도로법」, 「하천법」에는 그 예정지역으로부터 300m 이상 떨어진 곳이어야 하므로 종중묘지 설치허가가 어려울 것으로 보인다”고 회신한 것으로 나타나며,

청구종중은 쟁점임야에 있던 분묘를 이장하기 위해 이장 산지를 취득하였으나, 대표자 OOO이 OOO 구두문의 결과 매장허가를 내어줄 수 없다는 이야기를 듣게 되어 화장을 하였고, 이장 산지에 분묘의 분봉은 만들지 않고 화장한 선조들의 유골을 모셨다고 주장하면서, 쟁점임야 항공사진 1매, 이장 산지 항공사진 1매, 이장 산지 전경 사진 6매 및 이장사진 9매 등을 제시하였다.

(8) 청구종중의 대표자 OOO과 세무대리인은 2015.8.20. 조세심판관회의에 참석하여, 청구종중은 쟁점임야를 선조 때부터 선산으로 모셔왔고, 쟁점임야에 모신 선조들의 묘소를 종원들이 공동으로 함께 벌초하였으며, 음력 10월마다 시제를 모시는 등 쟁점임야와 묘소를 청구종중이 직접 관리하여 왔고, 근처에 도로도 있고 논도 있으나 다른 사업 등은 일절 하지 아니하고 쟁점임야에 선조들의 묘소를 모시는 일만 하여 왔으며, 정부시책으로 쟁점임야가 양도됨에 따라 선조들의 유골을 어쩔 수 없이 화장하여 이장하게 된 것이라고 진술하였다.

(9) 이상과 같은 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 「법인세법」 제62조의2는비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례조항을 두어 같은 조 제1항에서 비영리내국법인의 일정 수입 중 토지 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있도록 규정하고 있고,

제2항에서 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」을 준용하여 계산한 세액을 “법인세로 납부”하도록 하고 있으며, 같은 조 제6항에서 제2항에 따른 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수하고,

제7항·제8항에서 제2항에 따라 계산한 법인세는 「소득세법」 제105조부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를하여야 하는데, “비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득과세표준 예정신고를한 경우에는 제6항에따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다.”고 규정하고 있는바,청구종중은 위 「법인세법」 제62조의2 규정에 따라 양도소득과세표준 예정신고를 하고 법인세로 세액을 납부하였으므로 청구종중의 이 건 법인세 경정청구는 정당한 것으로 판단된다.

(10) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구종중은 수익사업을 하지 않는 비영리법인으로 고유번호증을 발급받은 단체로서, 1975.9.1. 제정된 청구종중 정관에 의하면 선영의 묘소관리 및 봉제사에 관한 일, 전래되어 온 종중재산의 유지관리 및 수호보존에 관한 일 등을 종중의 목적으로 하고 있는 점,

청구종중은 쟁점임야가 조선시대 OOO 때부터 내려 온 선산이라고 주장하고 있는바, 쟁점임야에 대한 등기부등본에 의하면 청구종중은 쟁점임야를 1975.9.1.자 매매를 원인으로 하여 1994.7.15. 취득하였고, 2014.7.11. OOO 등에 양도하여 등기부등본상 취득일을 기준으로 하더라도 보유 기간은 50년에 가까운 점, 청구종중의 족보, 개장 신고증명서, 항공사진 등에 의하면 쟁점임야에 양도 당시 12여기의 선조들의 묘소가 소재하였던 것으로 보이고, 제24대손인 OOO의 매장일은 1906.12.3., OOO의 배우자인 OOO의 매장일은 1926.10.24., 제26대손인 OOO의 배우자인 OOO의 매장일은 1900.11.22.로 나타나는바 매장일로부터 양도일까지 100여년에 이르는 점, 청구종중이 쟁점임야 양도 즈음 이장 산지를 대체 취득하여 화장한 유골을 안치한 점,

청구종중 대표자의 진술에 의하면 청구종중이 쟁점임야에 안치한 선조들의 묘소를 종원들이 공동으로 벌초하고 시제를 모시는 등 쟁점임야와 묘소를 직접 관리하였다는 것인바 그 진술에 신빙성이 있는 점 등에 비추어 청구종중이 쟁점임야를 3년 이상 계속하여 고유목적사업을 수행한 것으로 봄이 타당하다 할 것이다.

따라서, 처분청이 쟁점임야가 청구종중의 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용되지 아니한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.