가. 처분청은 2019년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인이 소유하고 있는 OOO 외 토지(이하 “쟁점토지”라 한다) 중 의과대학 부속병원이 의료업에 직접 사용하는 토지는 「지방세특례제한법」 제41조 제7항 제1호에 따라 재산세 등의 100분의 50 감면 대상인 것으로 보아 이를 재산세 과세표준에서 차감하고, 나머지 감면되지 아니한 부분 17,709.50㎡은 건축물의 부속토지로서 별도합산과세대상으로 구분하여 2019.9.6. 청구법인에게 2019년도 재산세 OOO, 재산세 도시지역분 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO을 부과·고지하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2019.12.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인 소유 토지 중 「지방세특례제한법」상 재산세를 경감받은 토지는 「지방세법」 제106조 제1항 제1호 단서 나목 및 제2호 단서의 “재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지는 종합합산 또는 별도합산 대상으로 보지 않는다”는 법문의 문리해석 상 종합합산과세대상, 별도합산과세대상이 아닌 분리과세대상 토지로 구분되어야 한다.

나. 처분청 의견

지방세법령에서 분리과세대상 토지를 한정적·열거적으로 규정한 입법취지 등을 고려할 때, 「지방세법」 제106조 제1항 제1호 단서 나목 및 제2호 단서는 감면토지의 감면비율 외 부분을 분리과세대상으로 보겠다는 것이 아니라, 재산세를 경감하고 남은 과세표준액에 대해서만 종합 또는 별도합산과세대상으로 분류하여 합산하고 경감한 금액은 합산하여 과세하지 않는다는 취지로 해석하는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 토지 중 재산세의 50%의 경감비율에 해당하는 감면토지를 우선하여 과세표준에서 제외하고, 나머지 과세토지에 대하여는 「지방세법」 제113조 제1항 제2호에서 규정하는 별도합산과세대상으로 구분하는 방식으로 하여 이 건 재산세 등을 부과․고지한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

재산세가 경감되는 감면토지의 감면비율 외 부분을 별도합산과세대상으로 구분하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 2019년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재의 재산세 과세대상 구분에 관하여 「지방세법」 제106조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제101조에서는 별도합산과세대상 토지를, 같은 법 제106조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제102조에서는 분리과세대상 토지를 각 열거하고 있고, 같은 법 제106조 제1항 제1호에서는 위 별도합산과세대상과 분리과세대상 토지를 제외한 모든 토지를 종합합산과세대상으로 구분하고 있으며, 쟁점토지는 위 규정에서 분리과세대상으로 열거되어 있지 아니하다.

(2) 「지방세법」의 입법연혁을 살펴보면, 종합토지세 또는 지방세가 경감되는 토지의 경감되는 토지의 과세구분에 관한 규정은 1989.6.1. 처음 신설된 후 정부의 재산세제 개편에 따라 2005년부터 종합토지세가 재산세(지방세)와 종합부동산세(국세)로 이원화되면서 2005.1.5. 이전까지는 종합토지세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지가액은 종합합산 또는 별도합산 과세표준에 합산하지 않는다고 규정하여 오다가, 2005.1.5. 이후로는 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지를 종합합산 또는 별도합산과세대상 토지로 보지 않는다고 규정하였고, 2019.12.3.에는 그 내용을 삭제하였다.

(3) 최근 개정된 「지방세법」(2019.12.3., 법률 제16663호로 개정된 것) 제106조의 입법이유, 국회 회의록(행정안전위원회 검토보고서 등) 등을 보면, 토지분 재산세의 경감 방식에 관한 규정을 과세대상구분체계에 관한 조문에서 과세표준에 세율을 적용하는 방식에 관한 조문으로 이관함으로써 재산세를 경감할 때 과세대상구분을 분리과세로 전환하는 취지가 아님을 명확히 하는 것이라고 기재되어 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

「지방세법」 제106조에서 재산세 과세대상인 토지를 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분하면서 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 나머지는 모두 종합합산과세대상인 것으로 규정하고 있는바 같은 조 제1항 제1호 단서 나목 및 제2호 단서에서 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지 또는 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지는 종합합산과세대상 및 별도합산과세대상에서 제외하도록 규정하고 있을 뿐 해당 토지 중 재산세가 과세되는 비율에 해당하는 토지에 대하여는 「지방세법」 제106조에서 특별히 달리 정하고 있지 아니하므로 동 규정에서 정한 과세대상의 구분에 관한 일반적인 기준에 따라 구분하여 과세함이 해당 조문의 문언에 부합하여 보이는 점, 「지방세법」 제106조에서 분리과세대상을 둔 것은 정책적 고려에 따라 중과세 또는 경과세의 필요가 있는 토지에 대하여 예외적으로 별도의 기준에 의하여 분리과세함으로써 종합 또는 별도합산과세에서 오는 불합리함을 보완하고자 하는 것으로 그 대상은 「지방세법」 제106조 및 같은 법 시행령 제102조에서 한정적으로 규정하고 있는바 쟁점토지는 분리과세대상으로 나열되어 있지 아니한 점, 「지방세법」에서 2005.1.5. 이전에는 ‘재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지가액’을 ‘재산세가 면제되는 토지가액’과 함께 종합합산 또는 별도합산 과세표준에 합산하지 않는다고 규정하였는데, 종합부동산세가 신설된 2005.1.5.부터는 ‘재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지’를 ‘종합 또는 별도합산대상 토지로 보지 않는다”고 개정하였다가, 2019.12.3.에는 종합합산과세대상을 ‘별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지’로만 규정하고 “재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지는 종합합산 또는 별도합산 대상으로 보지 않는다”는 문구는 삭제하는 것으로 개정한 점 등에 비추어 「지방세법」 제106조는 재산세가 경감되는 토지의 경감비율 부분은 각 과세구분별 과세표준 합산대상에서 제외하고, 해당 토지 중 과세되는 나머지 부분은 해당 토지의 과세대상 구분에 따라 종합합산 또는 별도합산 과세대상으로 분류하여 과세하라는 의미로 해석함이 법령의 문언, 체계 및 연혁에 부합하여 보인다.

따라서 처분청이 쟁점토지를 별도합산과세대상으로 보아 재산세 등을 부과한 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제6항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ : 관련 법령

(1) 지방세특례제한법

제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에도 불구하고 「고등교육법」 제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 각각 경감한다.

1. 2020년 12월 31일까지는 취득세의 100분의 50을, 재산세( 「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다)의 100분의 50을 각각 경감한다.

(2) 지방세법(1989.6.1. 법률 제4128호로 개정된 것)

제234조의15(과세표준) ① 종합토지세의 과세표준은 종합합산과세표준·별도합산과세표준 및 분리과세표준으로 구분한다.

② 종합합산과세표준은 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 전국의 모든 토지 중 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 제외한 토지의 가액(제111조의 규정에 의한 과세시가표준액을 말한다. 이하 이 절에서 같다)을 합한 금액으로 한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 토지의 가액은 이를 합산하지 아니한다.

1. 이 법 또는 관계법령의 규정에 의하여 종합토지세가 비과세 또는 면제되는 토지의 가액

2. 제234조의14의 규정에 의하여 종합토지세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지가액

③ 별도합산과세표준은 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 전국의 모든 건축물의 부속토지 중 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지의 가액을 합산한 금액으로 한다. 다만, 제2항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 토지의 가액은 이를 합산하지 아니한다.

④ 분리과세표준은 제2항 제3호 내지 제6호의 가액으로 한다.

(3) 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정된 것)

제182조(과세대상의 구분) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.

가. 이 법 또는 관계법령의 규정에 의하여 재산세가 비과세 또는 면제되는 토지

나. 이 법 또는 다른 법령의 규정에 의하여 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지

2. 별도합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지 및 별도합산과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지. 다만, 제1항 제1호 가목 및 나목의 규정에 의한 토지는 이를 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.

3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 1에 해당하는 토지

가. 공장용지·전·답·과수원 및 목장용지로서 대통령령이 정하는 토지

나. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중소유 임야로서 대통령령이 정하는 임야

다. 제112조 제2항의 규정에 의한 골프장(동조동항 각호외의 부분 후단의 규정을 적용하지 아니한다)용 토지와 동조동항의 규정에 의한 고급오락장용 토지로서 대통령령이 정하는 토지

라. 가목 내지 다목의 규정에 의한 토지와 유사한 토지로서 분리과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지

(4) 지방세법(2019.12.3. 법률 제16663호로 개정되기 전의 것)

제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.

가. 이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

나. 이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지

2. 별도합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지. 다만, 제1호 가목 및 나목에 따른 토지는 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.

가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지

나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험·연구·검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

다. 철거·멸실된 건축물 또는 주택의 부속토지로서 대통령령으로 정하는 부속토지

3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호·지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

가. 공장용지·전·답·과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지

나. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중 소유 임야로서 대통령령으로 정하는 임야

다. 제13조 제5항에 따른 골프장용 토지와 같은 항에 따른 고급오락장용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

라. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제2조 제1호에 따른 공장의 부속토지로서 개발제한구역의 지정이 있기 이전에 그 부지취득이 완료된 곳으로서 대통령령으로 정하는 토지

마. 국가 및 지방자치단체 지원을 위한 특정목적 사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

바. 에너지·자원의 공급 및 방송·통신·교통 등의 기반시설용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

사. 국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

아. 그 밖에 지역경제의 발전, 공익성의 정도 등을 고려하여 분리과세하여야 할 타당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

(5) 지방세법(2019.12.3. 법률 제16663호로 개정된 것)

제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지(단서 삭제).

2. 별도합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지.