처분청은 청구인이 2005.7.26. ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 330번지 ○○마을 ○○동 ○○호(대지 34.273㎡, 건물 59.76㎡, 이하 “이 사건 아파트“라 한다)를 취득한데 대하여 종교용 부동산의 취득·등록으로 보아 취·등록세를 비과세하였으나, 처분청의 세무공무원이 2006.2.1. 현지 확인한 결과, 청구인이 이 사건 아파트를 종교용 시설로 직접 사용하지 않는 것으로 보아 그 취득가액 303,000,000원을 과세표준으로 하여 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제3호의 표준세율을 적용하여 산출한 취득세 7,586,510원, 등록세 7,586,510원, 지방교육세 1,396,100원, 합계 16,569,120원(가산세 포함)을 2006.5.20. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 이 사건 아파트를 이기적이고 폐쇄화되어가는 도심의 아파트 밀집지역의 신자들의 신앙심을 고취하기 위하여 신앙상담과 미사(집회) 등 종교활동에 사용하면서 이 지역의 사목을 전담하는 신부가 기거하기 위하여 매입하였으며, 2005.9.23. 2005년 정기 인사이동 시 신부 김○○를 ○○도 ○○시 ○○동 지역을 전담할 신부로 임명하였고, 현재 이 사건 아파트에서는 천주교 전례인 미사가 이루어지고 있고, 수시로 신자들이 드나들며 신앙상담과 신앙교육 등 종교활동의 장소로 이용하고 있으며, 또한, 가정을 이루며 살 수 있도록 허용된 개신교와는 달리 천주교 신부는 독신생활을 하도록 규정되어 있어 본 지역의 사목을 전담하는 신부 한 명만이 이 사건 아파트에 거주하고 있고, 당해 신부는 본 지역의 사목활동을 수행하는 데 중추적인 역할을 하고 있으므로 이 사건 아파트를 종교용 시설에 직접 사용하는 것으로 보아야 할 것인데도 처분청이 이미 비과세한 취·등록세 등을 추징하는 것은 부당하다고주장하며 이 사건 취득세 등의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은종교법인이 아파트를 취득한 후 지역전담 신부의 사택으로 사용하는 경우 종교용에 직접 사용하는 것으로 볼 수 있는지 여부에관한 것이라 하겠다.

먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제107조 및 제127조제1항에서 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 취득한 부동산을 수익사업에 사용하는 경우와 부동산의 취득·등기일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일 부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취·등록세를 부과한다고 규정하고 있으며, 지방세법시행령 제79조제1항에서 비영리사업자라 함은 다음 각호의 자를 말한다고 하고, 그 제1호에서 “종교 및 제사를 목적으로 하는 단체”로 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2005.7.26. 이 사건 아파트를 청구외김○○으로부터 303,000,000원에 취득한 후,2005.7.27. 종교용 부동산의 취득·등록으로 보아 비과세 확인서를 발급받았으며, 2005.9.23. ○○동 성당 주임 김○○를 ○○시 ○○동 지역전담으로 인사이동 발령을 하였으며, 그 후 2006.2.1. 처분청의 ○○공무원(지방세무주사 정○○, 지방세무서기 이○○)이 현지 확인한 결과 이 사건 아파트를 퇴임신부의 사택으로 사용하고 있어 ”종교용 시설“로 직접 사용하지 않는 것으로 보아 이 사건 취득세 등을 부과한 사실을 제출된 관련 증빙자료에 의하여 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 이 사건 아파트를 아파트 밀집지역 신자들의신앙상담과 미사(집회) 등 종교활동에 사용하면서 그 지역의 사목전담신부가 기거하기 위하여 매입하였으며, 2005년 정기 인사이동 시 신부 김○○를 이 지역전담 신부로 임명하여 현재 이 사건 아파트에서 천주교 전례인 미사가 이루어지고 있고, 신앙상담과 신앙교육 등 종교활동의 장소로 이용하고 있고, 이 지역의 사목활동을 수행하는 데 중추적인 역할을 하고 있는 신부 한 명만이 이 사건 아파트에 거주하고 있으므로 종교용 시설에 직접 사용하고 있다고주장하나, 지방세법 제107조 및 제127조제1항에서 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득·등기일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 취·등록세를 부과한다고 규정하고 있으며, 동 규정에서 직접 사용의 의미는 종교활동을 하는 비영리사업자의 종교의식, 종교교육, 선교활동 등에 직접 사용되고 있는지 여부를 구체적이고 객관적으로 판단하여야 할 것인 바, 2006.2.1. 처분청의 ○○담당공무원(지방세무주사 정○○, 지방세무서기 이○○)의 현지확인 출장복명서에 의하면 김○○ 퇴임신부가 거주하고 있음을 확인하고 있고, 2005.9.23. ○○교 ○○교구 인사발령에 의하면 ○○동 성당 주임 김○○가 ○○시 ○○동 지역전담으로 이동된 사실을 알 수 있으므로 청구인이 직접 사용하는 것으로 보기 어렵고, 더구나 경외에 위치하고 있는 성직자의 사택은 당해 천주교회의 필요불가결한 중추적 존재인 주임신부의 사택에 해당하는 경우에 한하여 취·등록세를 비과세하는 것으로 주임신부가 아닌 퇴임신부가 거주하는 사택까지 비과세하는 것은 아니므로, 청구인의 경우와 같이 지역전담신부의 사택사용하는 경우에는 설령 지역 신자들의 신앙상담과 미사(종교활동) 등에도 활용하여 오고 있다고 하더라도 종교용 시설에 직접사용하는 것으로 판단되지 아니하고, 더구나 이 사건 아파트는 경외에 위치하고 있어 그 용도에 직접 사용하는 것으로 보기 어렵다 할 것이므로 처분청에서 이 사건 취득세 등을 부과고지한 처분은 아무런 잘못이 없는 것으로 판단된다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2006. 9. 25.

행 정 자 치 부 장 관