가. 청구법인은 2009.12.15. 종합부동산세 과세기준일(2009.6.1.) 현재 보유하고 있는 과세물건에 대하여 종합부동산세액 계산시 공제되는재산세액 상당액으로 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 2009년도 종합부동산세 OOO원과 농어촌특별세 OOO원을 신고·납부한 후, 2012.12.14. 처분청에게 종합부동산세 OOO원(농어촌특별세 OOO원 별도)을 과다신고·납부하였다는 이유로 경정청구(이하 “쟁점경정청구”라 한다)를하였으나, 처분청은 2013.6.26. 청구법인에게 경정할 이유가 없음을 통지 하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2013.9.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

동일한 과세대상인 부동산에 대하여 보유세로서의 성격을 같이 하고있는 재산세와 종합부동산세를 ‘중첩적’으로 부과하면 이중과세로서 위법하다.

그래서 「종합부동산세법」은 이러한 이중과세 문제를 종합부동산세액을 산정함에 있어 종합부동산세의 과세대상에 부과된 재산세액을 공제하는 방법으로 해결하고 있는바, 원칙적으로 종합부동산세 부과대상인 과세기준금액 초과분에 대하여 부과된 재산세액은 전액 공제되어야함에도 ‘공정시장가액비율’을 거듭 적용함으로써 결과적으로 종합부동산세에서 공제되는 재산세액은 실제로 공제되어야 할 재산세액 중 공정시장가액비율 상당액으로 한정되어 있어 명백한 이중과세에 해당한다.

따라서, 동일한 과세대상에 대한 재산세와 종합부동산세의 이중과세에 해당되는 청구법인의 쟁점경정청구금액은 환급결정되어야 한다.

나. 처분청 의견

종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액은 2009년 개정된 「종합부동산세법 시행령」제5조의3 등에 명확히 규정된 내용에 의하여 산정하는 것이며, 따라서 종합부동산세 계산시 공제할 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용한 청구법인의 당초 신고분은 정당하다고 판단하여 쟁점경정청구에 대하여 청구법인에게 경정할 이유가 없다는 통지를 한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여산정하는 것은 이중과세로 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 종합부동산세법 (2008.12.26. 법률 제9273호로 개정되어 2010.3.31.법률 제10221호로 개정되기 전의 것)

제13조 (과세표준) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

③ 제1항 또는 제2항의 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

제14조 (세율 및 세액) ③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」제188조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제195조의2에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」제188조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은법 제195조의2에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 종합부동산세법 시행령 (2009.2.4. 대통령령 제21293호로 개정된 것)

제2조의4 (공정시장가액비율) ① 법제8조 제1항 본문 및 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 100분의 80을 말한다.(2009.2.4. 신설)

② 법 제13조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 100분의 80을 말한다. 다만, 2009년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 70으로하고, 2010년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 75로 한다.(2009.2.4. 신설)

제5조의3(토지분 종합부동산세의 재산세액 공제) ① 법 제14조 제7항에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

② 법 제14조 제7항에 따라 토지분 별도합산세액에서 공제되는 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한금액으로 한다.

(3) 종합부동산세법 시행령 (2005.12.31. 대통령령 제18848호로 제정되어 2009.2.4. 대통령령 제21293호로 개정되기 전의 것)

제5조의3(토지분 종합부동산세의 재산세액 공제) ① 법 제14조 제7항의 규정에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

② 법 제14조 제7항에 따라 토지분 별도합산세액에서 공제되는 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

(4) 지방세법

제110조 (과세표준) ① 토지·건축물·주택에 대한재산세의 과세표준은 제4조 제1항 및 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

1. 토지 및 건축물: 시가표준액의 100분의 50부터 100분의 90까지

2. 주택: 시가표준액의 100분의 40부터 100분의 80까지

(5) 지방세법 시행령

제109조 (공정시장가액비율) 법 제110조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 다음 각 호의 비율을 말한다.

1. 토지 및 건축물: 시가표준액의 100분의 70

2. 주택: 시가표준액의 100분의 60

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 「종합부동산세법」(2008.12.26. 법률 제9273호로 개정되어 시행되고 2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것) 제14조 제3항 및 제6항에 따라 2009년도 종합부동산세액을 계산하면서 공제되는 재산세액을 산정함에 있어서 「종합부동산세법 시행령」(2009.2.4. 대통령령 제21293호로 개정되어 시행되고 2011.3.31. 대통령령 제22813호로 개정되기 전의 것) 제5조의3 제1항 및 제2항 소정의 ‘종합·별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합·별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’을 ‘과세기준금액 초과분 공시지가 × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세 표준세율’의 방법[종합부동산세법 시행규칙(2009.9.23. 기획재정부령 제102호로 개정된 것) 별지 제3호 서식 부표(2) 중 작성요령 참조]으로 계산하여 신고·납부한 후에, 2012.12.14. 위 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액(종합·별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합·별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액)을 ‘과세기준금액 초과분 공시지가 × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 표준세율’의 방법(재산세 공정시장가액비율 적용 배제)으로 재계산하여 처분청에 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 과다신고·납부하였다는 이유로 경정청구하였다(아래 <표1>, <표2> 참조).

OOO

(2) 기획재정부가 2009년 5월에 발간한 ‘2008년 간추린 개정세법’에 의하면, 「종합부동산세법 시행령」제4조의2 (종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 산출방식 규정) 개정이유는 공정시장가치 기준으로 중합부동산세 과세표준 산정방식이 변경됨으로 인해 과세기준금액 초과 금액 중 일부가 과세표준에서 제외되는 부분이 발생하고, 과세기준금액 초과분 전체에 대한 재산세액을 공제할 경우 재산세액이 과다 공제되는 문제가 발생하기 때문으로, 2009.1.1. 이후 최초 납세의무 성립분부터 적용한다고 되어 있다.

(3) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 「종합부동산세법」상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 납부할 종합부동산세에서 공제함으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다 할 것인바, 「종합부동산세법」에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로, 「지방세법」에서 시가표준액에 재산세 공장시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있으므로, 「종합부동산세법 시행령」제5조의3 제1항 및 제2항의 각 산식 중 분자에 해당하는 “종합·별도합산과세대상인 토지분 과세기준 금액을 초과하는 분에 대하여 종합·별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이라 함은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액이라고 하겠다(조심 2012서1637, 2012.6.4. 같은 뜻).

따라서, 청구법인이 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 2009년도 종합부동산세를 신고·납부한 후, 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율만을 적용하여 경정청구한 것을 처분청이 경정할 이유가 없음을 통지한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.