청구법인은 2006. 7. 5. 2000～2004사업연도에 발생한 이월결손금 308,424,792원(이하 “쟁점이월결손금”이라 한다)을 2005사업연도의 법인세 과세표준 계산시 공제하여 달라며 경정청구를 하였다.

처분청은 청구법인이 2000～2004사업연도 기간 동안 소득금액을 신고한 사실이 없으므로(처분청이 결정한 사실도 없다) 청구법인의 경정청구가 경정청구의 대상이 아닌 것으로 판단하여, 2006. 8. 17. 청구법인의 경정청구에 대하여 거부처분(각하 결정)을 하였다.

청구법인은 이에 불복하여, 2006. 9. 1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 2005사업연도 법인세 과세표준을 신고한 이상, 청구법인은 경정청구를 할 수 있고, 경정청구의 내용이 2000～2004사업연도에 발생한 이월결손금을 2005사업연도 법인세에 반영해 달라는 것이므로 처분청의 거부처분은 부당하다.

(2) 청구법인의 2000～2004사업연도 기간 동안 쟁점이월결손금이 발생한 것이 확인되므로, 이는 2005사업연도에서 공제되어야 한다.

나. 처분청 의견

경정청구는 “법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출한 납세의무자” 및 “법정신고기한 내의 신고에 대한 결정 또는 경정을 받은 납세의무자”에 한하여 할 수 있는 것인데, 청구법인은 2000～2004사업연도 사이에 사업과 관련된 소득금액을 신고한 사실이 없고, 결정이나 경정을 받은 사실도 없으므로 청구법인의 경정청구는 부적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 이 건 심판청구가 적법한지 여부

(2) 2005사업연도의 법인세 과세표준 계산시 쟁점이월결손금을 공제하여 달라는 청구법인 주장의 당부

나. 관련법령

(1) 국세기본법 제45조의2【경정등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

(2) 법인세법 제13조【과세표준】내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위안에서 다음 각호의 규정에 의한 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액

(3) 법인세법 시행령 제69조【용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도】① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 건설ㆍ제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 “건설 등”이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 건설 등의 계약기간(그 목적물의 건설 등의 착수일부터 인도일까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 1년 이상인 건설 등의 경우 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 동항의 규정에 불구하고재정경제부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도(이하 이 조에서 “작업진행률”이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 재정경제부령이 정하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심리자료를 종합하여 보면, 청구법인은 1998. 4. 30. 서울특별시 OO구 무악동 59-1외 111필지 51,224㎡에 총 810세대(그 중 550세가 조합원분)의 아파트와 상가를 신축하기 위해 설립되어, 2004. 5. 3. 사업시행인가를 받은 법인으로, 2006. 7. 5. 처분청에 아래 <표>와 같이 2005사업연도 법인세를 경정청구 한 사실이 확인된다.

(2) 먼저, 이 건 심판청구의 적법여부에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청은 2000～2004사업연도에서 발생한 이월결손금을 2005사업연도 법인세 계산시 공제하여 달라는 청구법인의 위 경정청구에 대하여, 청구법인이 2000～2004사업연도 기간 동안 법인세 신고를 한 사실이 없으므로 경정청구가 부적합하다는 이유로 거부처분을 하였다.

(나) 살피건대, 처분청은 이 건 경정청구가 2005사업연도 법인세에 관한 것이지만 그 실제내용은 2000～2004사업연도 중 발생한 결손금을 인정해달라는 것으로, 청구법인이 2000～2004사업연도에 법인세과세표준신고서를 제출한 사실이 없는 이상 청구법인의 2005사업연도 법인세에 관한 이 건 경정청구는 부적법하다고 주장하나,

국세기본법 제45조의2 제1항에 의하면 “과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자가 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때” 경정청구를 할 수 있는 것으로 규정되어 있어, “과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자”는 특별한 사정이 없는 한 위 조항에 규정된 사유가 있을 경우 경정청구를 할 수 있다고 할 것이므로,

청구법인이 2005사업연도 법인세 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 사실에 대하여 특별히 다툼이 없는 이상, 청구법인의 이 건 경정청구는 적법하다 할 것이고, 경정청구의 내용이 청구법인이 법정신고기한내에 법인세 과세표준신고서를 제출하지 아니한 2000～2004사업연도 중 발생한 결손금과 관련이 있다하여 이를 달리 볼 것은 아니라고 판단된다.

(3) 다음으로, 청구법인의 경정청구 사유에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 2005사업연도에 대한 법인세 신고시, 이월결손금누적액은 원가에 반영할 사항이 아님에도 불구하고 착오로 2004사업연도까지 발생한 결손금누적액 전부를 원가누계에 산입한 후 작업진행률에 따라 소득금액을 계산하여 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였으니, 정상적인 방식으로 작업진행률에 따른 소득금액을 산출한 후 이월결손금누적액을 공제한 금액으로 과세표준을 경정하여 산출되는 법인세와 당초 신고분 법인세와의 차액을 환급하여야 한다고 주장하며, 청구법인의 재무제표, 감사보고서, 정기총회보고서 등을 제출하였다.

(나) 우선, 청구법인이 제출한 ‘재무제표’, ‘감사보고서’, ‘정기총회 보고서’를 종합하여 보면, 아래 <표>와 같이 청구법인의 1997～ 2004사업연도 사이에 발생한 회계상 결손금누적액은 1,024,560천원이고, 이 중 2000사업연도 이후 발생한 회계상 결손금누적액은 1,002,355천원이며, 특히 2000사업연도 이후 영리사업부분에서 발생한 회계상 결손금누적액은 308,424천원인 것으로 나타나 있다.

(다) 그리고, 청구법인이 한 당초 신고 및 경정청구 내용을 살펴보면, 청구법인은 아래 <표>와 같이 당초 신고시에는 1997사업연도 이후 이월결손금누적액 전부(1,024,560천원)를 2005사업연도 발생원가에 합산한 후, 작업진행률(27.74%)을 구하고, 작업진행률에 의한 익금 및 손금을 계산하여 과세표준을 산출하였다가,

경정청구시 우선 이월결손금을 제외한 발생원가를 기준으로 작업진행률(27.14%)을 구하고, 작업진행률에 의한 익금 및 손금 을 계산한 후, 2000사업연도 이후의 영리사업부분에 대한 이월결손금누적액 308,424천원을 공제하여 과세표준을 산출하는 것으로 수정한 사실이 확인된다.

(라) 살피건대, 법인세법 제13조 제1호는, “과세표준 계산시 각 사업연도의 개시일전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액이 있는 경우에는 이를 각 사업연도의 소득의 범위안에서 순차로 공제한다.”라고 규정되어 있고,

법인세법상 결손금은 반드시 법인의 과세표준 확정신고나 정부의 조사·결정에 의한 과세표준 확정시에 결손금으로 조사된 금액만이 아니라 어느 사업연도의 손금 총액이 익금 총액을 초과하는 경우 그 금액은 당연히 결손금에 해당하며, 이 경우 이월결손금은 법정 공제기간인 5년 이내에서 먼저 발생한 것부터 순차로 공제하여야 하는 것(대법원 2004. 6. 11. 선고 2003두13212 판결 참조)이므로,

만약, 청구법인에게 2005사업연도 당시 이월결손금이 남아있고, 이 부분이 과세표준 계산시 반영되지 아니하였거나, 반영하였다하더라도 계산착오로 인하여 당초 신고한 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하게 된 경우에는 이 부분은 경정되어야 할 것이므로, 특별한 사정이 없는 한 청구법인의 경정청구는 받아들여져야 할 것이다.

(라) 다만, 법인세법상 공제되는 이월결손금은 기업회계상 이월결손금이 아니라 법인세법상(세무상) 결손금, 즉 세무계산상 어느 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액을 의미하는 것이어서, 경정을 위하여는 청구법인의 2004사업연도까지 세무계산상 이월결손금누적액이 얼마인지 알아야 할 것인데, 청구법인은 2005사업연도 전에는 법인세 과세표준신고서를 제출한 사실이 없어 이를 알 수 없는 바,

비록 수백명 조합원의 이해관계가 얽혀 있는 재건축 조합인 청구법인의 특성상 신뢰성이 비교적 높은 재무재표, 감사보고서, 정기총회보고서 등의 회계장부를 통하여 청구법인의 기업회계상 이월결손금이 존재하는 사실이 확인되기는 하나, 기업회계상 이월결손금을 그대로 법인세법상 이월결손금으로 볼 수 없는 점을 고려하면, 결국 청구법인의 2005사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정하려면, 처분청이 청구법인의 법인세법상 이월결손금이 얼마인지 여부를 먼저 조사하여야 할 것이다.

(라) 한편, 청구법인은 2000사업연도 이후 각 사업연도에 발생한 이월결손금 전부가 과세표준에서 공제되어야 한다는 취지로 주장하나,

국세기본법 제26조의2에서는 권리관계를 조속히 확정시키기 위하여 ‘국세부과의 제척기간’을 규정하고 있는 바, 국세부과의 제척기간이 경과하면 정부의 부과권은 소멸되어 과세표준이나 세액을 변경하는 어떠한 결정도 할 수 없게 되는 점(국세기본법 기본통칙 3-4-4…26의2, 같은 뜻임)과의 형평을 고려한다면, 국세부과제척기간이 경과되기 전에 세법상 결손금으로 확정되어 부과제척기간이 경과한 사업연도의 결손금을 새롭게 확정하여야 하는 경우에는 그 경정이 불가능하다 할 것(국심 2005광2803, 2006. 3. 16. 같은 뜻)인데,

이 건 경정청구가 2000사업연도 법인세 부과제척기간 기산일인 2001. 4. 1.로부터 5년이 지난 후인 2006. 7. 5. 이루어졌으므로, 결국 부과제척기간이 도과한 2000사업연도 결손금을 추인하여 2005사업연도 법인세를 경정할 수는 없다고 할 것이다.

(4) 따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부(부적법 각하 포함)한 것은 잘못이 있는 것으로 판단되고, 처분청은 2001사업연도(2000사업연도는 제외)부터 각 사업연도에 발생한 이월결손금을 조사한 후 이 부분을 반영하여 2005사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정함이 적법·타당하다 할 것이다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007년 1월 10일

주심국세심판관 주 영 섭

배석국세심판관 이 광 호

남 궁 훈

김 재 구