가.청구법인은 2008.7.1. 개업하여 OOO층에서 제조업을 영위하는 법인사업자로서, 오염된 토양을 복원하는 기술을 보유하고 있으며, 2010. 11.29. 청구외 OOO(이하 “OOO”이라 한다)과 정부의 공적개발원조사업(ODA사업) 관련 ‘OOO 폐잔재활용 바이오에너지 및 부산물 생산사업 수행용역’(이하 “쟁점용역”이라 한다)의 공급과 관련하여 OOO원의 용역계약을 체결(계약기간 : 2010.11.29∼2013.2.28,용역수행기간 : 2010.11.29.∼2012.11.28.)하고, 2011.6.8. OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 발급한 후 확정신고하였으나, OOO이 이에 대한 지급을 거부하고 실제 지출내역에 한하여 세금계산서를 발급할 것을 요청함에 따라 2011.7.18. 청구법인은 OOO원의 전자세금계산서를 다시 발급하였고, 당초 2011.6.8. 발급한 세금계산서 금액 OOO원에 대해서는 2011.10.31. 부(-)의 수정세금계산서(△OOO원)를 발급하고 2011년 2기 확정신고시 과세표준을 감액하여 부가가치세 신고를 하였다.

나. 처분청은 청구법인이 OOO에 대하여 2011.6.8. 발급한 OOO원의 쟁점세금계산서는 실제 용역을 공급한 대가로 발급된 것이 아니고 “추가로 집행가능한 선급금”을 공급가액으로 하여 발급된 것이며, 실제 용역의 대가로는 2011.7.18. OOO원의 세금계산서가 발급된 것으로 확인하였으며, 2011.10.31. 청구법인이 발급한 수정세금계산서(△OOO원)는 작성연월일을 쟁점세금계산서와 같이 2011.6.8로하여 세금계산서를 발급하고 2011년 1기 부가가치세를 수정신고하여야 함에도 작성연월일을 2011.10.31.로 하고 2011년 2기 확정신고시 과세표준을 감액하여 신고한 것으로 판단한 바, 2011.6.8. 발급된 OOO,OOO,OOO원의 쟁점세금계산서는 용역의 공급 없이 발급한 세금계산서로서 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 가산세를 가산하여 2012.4.9. 청구법인에게 2011년 1기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.6.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인과 OOO과의 계약(용역수행기간 : 2010.11.29.∼ 2012.11.28.)은중간지급조건부계약으로 표준계약서에 따라 중도금지급기일이 정해지지 않아 기성분을 수시청구하도록 되어 있는 바, 2011.6.8. OOO실무담당자와의 협의결과에 따라 OOO원의 쟁점세금계산서를 첨부하여 기성청구하였으나, OOO 재무팀은 결제를 미루고 실제 지출한 비용만 결제한다는 내부방침에 의거 사후적으로 감액한 것으로서, 이는 최초 계약내용이 구체적이지 않아 계약조건을 변경감액한 것으로 보아 2011.10.31. 수정세금계산서를 발급하였다.

이는 기성청구분에 대한 거래당사자간의 수정된 부분으로 정상거래지 위장거래가 아니며 계약조건을 사후변경한 세금계산서들을 사실과 다른 세금계산서로 본다면 수정세금계산서 발급취지에 맞지 않을 뿐만 아니라 유사 심판사례(국심 94경1397, 1994.7.24)도 있는 바, 2011.10.31. 발급한 수정세금계산서는 계속적인 용역의 연속과정에서 거래당사자간 계약조건의 변경으로 인한 수정세금계산서이므로 이에 대한 처분청의 가산세 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인이 제출한 OOO의 ‘윤OOO’과 청구법인의 ‘유OOO’의 2011.6.7. 이메일에서 2011.6.8. 청구된 쟁점세금계산서의 금액 OOO,OOO,OOO원은“추가집행가능한 선급금”으로 명시되어 있고, 실제 지출한 비용만 결제한다는 OOO 내부방침에 따라 상기 법인의 유OOO는 2011.7.11. 실제 지출된 항공료, 출장비, 보험료 등의 비용에 대하여 관련자료를 제출하여 2011.7.18. OOO원의 영세율세금계산서가 발급되었으므로 동 금액이 실제 용역의 공급가액인 것으로 확인되며, 2011.10.31. 청구법인이 발급한 수정세금계산서(△OOO원)도 작성연월일을 쟁점세금계산서와 같이 2011.6.8.로 하여 세금계산서를 발급하고 2011년 1기 부가가치세를 수정신고 하여야 하나, 2011년 2기 확정신고한 것으로 확인되는 바, 2011.6.8. 발급한 OOO원의 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로서 「부가가치세법」 제22조 제3항 제2호의 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서를 발급한 경우에 해당하므로 OOO원을 부과한 처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점세금계산서 발급에 대하여 세금계산서 가공발급가산세를 부과한 처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 「부가가치세법」제22조 제2항 제1호에 의하면 세금계산서의 발급시기를 경과하여 발급하거나 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 적혀 있지 아니하거나 사실과 다른 경우 그 공급가액에 대하여 100분의 1에 해당하는 금액을 가산세로 부담하도록 규정되어 있으며, 같은 조 제3항 제2호에는 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서를 발급한 경우 그 공급가액에 대하여100분의 2에 해당하는 금액을 가산세로 부담하도록 규정되어 있다.

(2) 처분청 심리자료 등에 의하면 아래와 같은 사실 등이 나타난다.

1)청구법인은OOOOO과 OOO원의 용역계약을 체결하고 2011.6.8. OOO원의 쟁점세금계산서를 발급하였으나, OOO이 이에 대한 지급을 거부하고 실제 지출내역에 한하여 세금계산서를 발급할 것을 요청함에 따라 2011.7.18. OOO원의 전자세금계산서를 다시 발급하였고, 기 발급된 쟁점세금계산서에 대해서는 2011.10.31. 부(-)의 수정세금계산서를 발급하고 2011년 2기 확정신고시 과세표준을 감액하여 부가가치세 신고를 하였다.

2)처분청은 실제 공급된 용역에 대한 세금계산서는 2011.7.18. 발급된 OOO원의 세금계산서이며, 청구법인이 2011.10.31. 발급한 수정세금계산서(△OOO원)는 당초 2011.6.8. 발급한 쟁점세금계산서의 작성일자로 발급되지 않았을 뿐만 아니라 수정신고대상 과세기간도 2011년 1기가 아닌 2011년 2기인 것으로 확인한 바, 2011.6.8. 발급한 OOO원의 쟁점세금계산서는 사실과 다른세금계산서로서 「부가가치세법」제22조 제3항 제2호의재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서를 발급한 경우에 해당하는 것으로 보아 2012.4.9. 청구법인에게 2011년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.

3) 청구법인이 제출한 OOO 담당자 윤OOO과 청구법인의 담당자 유OOO간의 2011.6.7. 이메일을 보면2011.6.8. 발급한 OOO원의 쟁점세금계산서 금액은 “추가집행 가능한 선급금”으로 명시되어 있으나, OOO 감사실에서 이에 대한 지급을 거부하고 실제 지출내역에 한하여 세금계산서를 발급할 것을 요청하여 청구법인의 담당자 유OOO는 2011.7.11. 실제 지출된 항공료, 출장비, 보험료 등의 비용에 대하여 관련자료를 제출하였으며 이에 따라 2011.7.18. OOO원의 세금계산서가 발급된 것으로 확인된다.

(3) 청구법인은OOOOO과의 계약은별도의 중도금지급기일이 정해지지 않아 기성분을 수시청구하도록 되어 있어 2011.6.8. OOO실무담당자와의 협의결과에 따라OOO원의 쟁점세금계산서를 발급한 것이며 추후 OOO의 내부방침에 의거 사후적으로 감액한 것으로서, 2011.10.31. 발급한 수정세금계산서는 거래당사자간 계약조건의 변경으로 인한 수정세금계산서이므로 이에 대한 처분청의 가산세 부과처분은 취소되어야 한다고 주장하고 있다.

(4) 살피건대, OOO은 정부차원의 대외무상협력사업을 실시하는 정부출연기관이며 청구법인이 OOO에 공급하는 쟁점용역은정부의 공적개발원조사업(ODA사업) 관련 용역으로서, 쟁점용역을 공급하고 발급한 세금계산서도 일반세금계산서가 아닌 영세율세금계산서인 바, 정부출연기관인 OOO이 쟁점용역에 대한 대금 지급과 관련하여 공제 등을 통한 세무상 이익이 발생하는 거래구조는 아닌 것으로 판단되므로 청구법인이 OOO에 대하여 발급한 세금계산서 금액의 많고 적음과 그 발급시기에 따른 조세회피 및 세액탈루 소지는 적은 것으로 보인다. 또한,청구법인이 발급한 OOO원의쟁점세금계산서는 OOO 실무담당자와의 협의결과에 따라 발급한 것으로서, 국제협력단의 권한있는 다른 담당자가 이에 대한 지급을 거부하고 실제 지출한 비용으로 다시 발급할 것을 요구한 것은 지급금액에 견해차이가 발생한 것으로 보이며 실제 청구법인이 공급한 용역이 없었던 것은 아니므로 쟁점세금계산서를 용역의 공급없이 발급된 세금계산서로는 볼 수 없다 하겠다. 또한, 청구법인은 쟁점세금계산서 발급 이후 2011.10.31. 수정세금계산서 발급에 의하여 쟁점세금계산서 발급을 수정하고자 하였던 사실이 있는 등쟁점세금계산서는 착오에 의하여필요적 기재사항을 잘못 적은 경우에 해당한다고 볼 수 있으므로 「부가가치세법」제22조 제2항 제1호에 따라 세금계산서 기재불성실가산세(공급가액의 100분의 1)를 적용하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호ㆍ제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.