가. 청구법인은 OOOO OOO OOO OO에서 풍력발전단지를 조성하고 있는 법인으로서, 2007년 제1기 부가가치세 과세기간 중 OOO주식회사(이하 “OOO”이라 한다)로부터 사업타당성검토 용역을 제공받고 공급가액 356,000,000원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하였으며, 부가가치세 신고시 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하였다.

나. 처분청은 OO세무서장으로부터 OOO이 자료상이며 쟁점세금계산서가 가공세금계산서라는 과세자료를 통보받아, 청구법인을 조사하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 확인하고 관련 매입세액을 불공제하여, 2010.5.10. 청구법인에게 2007년 제1기 부가가치세 55,795,000원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.8.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

거래처인 OOO의 실질대표 OOO은 청구법인의 대표 OOO가 운영하는 거래소상장기업인 주식회사 OOOOOO에 20억원을 투자하여 제3자 배정 유상증자에 참여하였으나, 자금악화로 퇴출될 위기에 처하자 결손금보전을 위한 무상감자 결정이 되어 주주의 지위를 상실한 사실이 있으며, 이후 20억원을 회수하기 위하여 OOO를 검찰, 공정거래위원회, 증권감독원, 감사원 등에 고발 및 진정하였으나 모두 무혐의 처분된 사실이 있는데, 이러한 OOO이 개인감정에 의하여 쟁점세금계산서가 가공세금계산서라고 진술한 사실만으로 실거래를 부인한 처분은 부당하다.

청구법인은 일본과의 합작법인으로서 모든 사업추진과 대금결제는 오차가 없으며, 당초 계약서에 의하여 용역제공이 이루어졌고, OOO의 실질대표 OOO이 수차에 걸쳐 현장을 방문하였으며, 공사 당시 관할 세무서인 OO세무서에서 2007년 제1기 부가가치세 환급 현지조사시 토지 관련 매입세액만 불공제 처분하고 나머지를 인정하여 다른 공사는 정상거래로 인정한 사실을 보아도 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하고 과세한 처분은 부당하므로 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

용역도급계약서의 견적내용과 OO 풍력발전단지 건설 예비타당성보고서 등의 작성기관이 다른 점, 거래대금의 계좌입금내역 등에 비추어 보면, OOO의 실질대표 OOO이 개인감정에 의하여 허위 진술한 것이 아니라 용역의 제공이 없었던 것으로 판단되며, 부가가치세 환급 현지확인조사에서 담당공무원이 정상거래로 판단하였다고 하더라도 거래당사자가 거래를 부인하고 대금이 변칙 입금된 사실 등에 의하여 용역이 제공된 사실이 없다고 확인되었으므로, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

자료상으로 확정된 거래처로부터 수취한 매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

⑴ 부가가치세법 제17조【 납부세액 】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의2. 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

⑵ 부가가치세법 시행령 제60조【매입세액의 범위】② 법 제17조 제2항 제1호의2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

다. 사실관계 및 판단

⑴ 청구법인은 2005.12.12. OOOO OOO OOO OOO OOOOO에서 설립되었고 현재는 OOOO OOO OOO OOO OOOOOO번지에 본점을 두었으며 자본금 42억원의 일본법인(29.13%)과 합작한 법인으로서, OOOO OOO OOO OOO OOOO 일대 임야 4,908,582㎡에서 풍력발전사업을 영위하기로 하고 2006년 6월부터 OO풍력발전단지 건설에 대한 사업타당성 검토를 시작하여 2007.8.17. 산업자원부로부터 발전사업인가를 얻은 것으로 나타난다.

⑵ 처분청의 과세자료처리보고서(2010.4.8.) 등에 의하면, 청구법인은 OOO으로부터 풍력발전단지 건설 타당성 검토 용역을 제공받고 쟁점세금계산서를 수취한 것으로 신고하였으나, OOO에 대한 OO세무서의 자료상혐의자 조사에서 OOO이 건설면허 대여자로서 자료상으로 확정됨에 따라, 처분청은 청구법인을 조사하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 확인하고 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과한 것으로 나타난다.

⑶ 청구법인은 쟁점세금계산서가 실제 용역을 제공받고 수취한 세금계산서라고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

㈎ OO세무서의 자료상혐의자 조사 복명서(2009.5.21.)에 의하면, OOO의 실질경영자는 법인등기부등본상의 공동대표자인 OOO과 OOO이 아닌 OOO의 친형 OOO이고, OOO은 거래처 영업 담당으로서 조사당시 연락이 두절된 것으로 나타난다. OOO은 토공, 철근콘크리트, 상하수도 등의 전문건설면허가 있는 회사로서 건설면허가 없는 회사나 개인에게 면허를 대여하고 그 대가로 공사금액의 3% ～ 5%의 수수료를 받았으며, 수수료를 수령하는 계좌는 면허를 대여하는 자들의 편의상 OOO 명의의 법인통장을 만들어 준 것으로 확인된다. OOO의 실질대표 OOO은 전말서에서 청구법인과의 거래시 청구법인의 OOO 이사의 요청을 받아 가공세금계산서를 교부하고 거래대금은 OOO이 만들어 준 OO은행 계좌(OOOOOOOOOOOO)로 입금하였다가 직접 출금하였다고 확인하였고, OOO의 OO은행 계좌(OOOOOOOOOOOO)에 부가가치세 신고 직전인 2007.7.24. 부가가치세액에 상당하는 35,600,000원이 입금된 것으로 확인된다. 한편 OOO에 대한 자료상 고발은 OOOO지검에서 2009.12.10. ‘혐의없음(증거불충분)’으로 통보된 것으로 나타난다.

㈏ ‘OO풍력단지 건설에 따른 타당성검토용역도급계약서’에 의하면, 동 사업타당성 검토용역은 용역기간이 2006.8.30. ～ 2007.8.29., 용역대금은 356,000,000원, 대금지급 시기는 명시되지 않았으나 이체확인증에는 2006.8.30. 313,000,000원, 2006.9.4. 43,000,000원이 지급되어 용역공급 전에 공급대가 356,000,000원이 지급되었고, 2007.7.24. 부가가치세 상당액인 35,600,000원이 지급된 것으로 나타난다.

㈐ 공사사실 증빙인 견적서에는 직접공사비 262,000,000원, 토목공사 타당성조사 84,700,000원, 전기공사 타당성조사 54,000,000원, 건축공사 타당성조사 44,500,000원 소로개설비용 46,000,000원, 허가신청서 작성 53,500,000원으로 기재되었고, 소로개설비용은 2007.8.23. 당시 관할 OO세무서 조사에서 공사 사실을 확인한 것으로 나타난다.

㈑ 처분청의 검토보고서(2010.5.4.)에 의하면, OOO으로부터 용역을 제공받은 증빙이 없고, 전기사업허가신청서의 타당성보고서 작성 업체인 OOOOOOOOOO에서는, 담당연구원이 개인적으로 검토해준 사실은 있으나, 용역을 의뢰받아 보고서를 작성한 사실은 없다고 확인한 것으로 나타난다.

㈒ 위 사실 등을 종합하면, OOO은 면허를 대여하고 수수료를 받은 업체로서 자료상으로 고발된 점, OOO의 실질대표 OOO은 청구법인에 대한 용역제공 없이 가공세금계산서를 교부하였다고 시인한 점, 용역결과물인 사업타당성 검토보고서가 존재하지 않고, 사업타당성 보고서 작성업체인 OOOOOOOOOO에서는 담당연구원이 개인적으로 검토해준 사실은 있으나, 용역을 의뢰받아 보고서를 작성한 사실이 없다고 확인한 점, 공급가액 상당액은 용역제공 전에 지급하고, 부가가치세 상당액은 부가가치세 신고 직전에 별도로 지급된 점 등에 비추어 청구법인은 OOO으로부터 사업타당성 검토 용역을 공급받은 것으로 인정하기 어렵다. 따라서 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 과세한 당초 처분은 잘못이 아니라고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.