1. 원처분의 요지

처분청은 장학재단인 청구인이 1996.4.20.ㅇㅇ도ㅇㅇ시ㅇㅇ동ㅇㅇ번지 대지 1,375㎡(이하 “이건 토지”라 한다)와 그 지상건축물 2,347.87㎡(지하1층, 지상6층, 이하 이건 토지와 합하여 “이건 부동산”이라 한다)를 증여로 취득하였으므로 지방세법 제290조제1항제18호의 규정에 의하여 취득세 등을 과세면제하였으나, 이건 부동산중 일부를 임대하였으므로 이건 부동산중 임대용에 사용하고 있는 건축물 면적 1,713.87㎡에 대하여 안분계산한 시가표준액(425,036,748원)에 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제1항과 제131조제1항제2호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 10,200,870원, 농어촌특별세 935,070원, 등록세 7,650,660원, 교육세 1,402,620원, 합계 20,189,220원(가산세 포함)과 이건 토지중 임대용에 사용하고 있는 토지 1,003.7㎡(이하 “이건 쟁점토지”라 한다)는 수익사업에 사용하고 있으며, 그 연간 임대수입금액이 법인 장부가액의 100분의 3에 미달하므로 법인의 비업무용 토지에 해당된다고 보아 그 시가표준액(501,850,000원)에 지방세법 제112조제2항 및 제131조제1항제2호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 90,333,000원, 농어촌특별세 8,280,520원, 등록세 9,033,300원, 교육세 1,656,100원, 합계 109,302,920원(가산세 포함)을 합산한 취득세 100,533,870원, 농어촌특별세 9,215,590원, 등록세 16,683,960원, 교육세 3,058,720원, 합계 129,492,140원(가산세 포함)을 1998.1.9. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 1985.5.10. 어려운 환경속에서도 열심히 공부하는 모범학생들에 대한 학비보조 사업 등을 목적사업으로 하여 설립된 장학재단으로서 기존의 기본재산으로는 장학사업의 실효성에 한계를 느껴 안정적인 장학금 수입원을 확보하고자 1996.6.24. 청구인의 이사장으로 재직하고 있는 청구외 ㅇㅇㅇ과 청구외 ㅇㅇㅇ의 자인 청구외 ㅇㅇㅇ 외 1인이 공동으로 소유하고 있던 이건 부동산을 증여로 취득한 것으로 이건 부동산은 청구인이 취득하기 이전에 이미 청구외 ㅇㅇㅇ 외 2인이 청구외 ㅇㅇㅇ 외 6인에게 임대하여 임차인들이 식당, 꽃집, 여관 등으로 사용하고 있었으며, 이건 부동산을 청구인이 취득하게 됨에 따라 임차인인 청구외 ㅇㅇㅇ 외 1인과 각각 임대차기간을 1년 혹은 2년으로 하여 임대차계약을 갱신 체결하였고, 이건 부동산중 임대용에 사용하고 있는 부분의 연간 임대수입금액은 35,864,000원(임대보증금 4,000,000원×4/10,000×365 + 월임대료 2,940,000원×12월)이고, 이러한 임대수입금액을 토지와 건물가액에 따라 안분하면 이건 쟁점토지의 연간 임대수입금액은 19,418,066원이 되며, 이건 토지는 증여로 취득하였으므로 그 취득가액은 취득 당시의 시가표준액(510,850,000원)이 되고, 이건 쟁점토지의 연간 임대수입금액이 이건 쟁점토지의 취득가액에 100분의 3을 곱하여 계산한 금액(15,055,500원)을 초과하므로 법인의 비업무용 토지에 해당하지 아니하며, 또한 임대수입금액을 계산함에 있어서 법인세법 기본통칙 2-11-5...17에서 “임차인이 임차자산을 개수하는 조건으로 저렴한 요율로 건물을 임차한 경우 임차인이 임대차계약에 의하여 부담한 건물 개수비는 임대인의 임대수입에 해당한다”라고 하고 있음에 비추어 청구인도 저율의 임대료를 받는 대신 임차인이 비용을 부담하고 설치한 시설 등에 대하여 임대계약 만료후 일체의 권리가 청구인에게 귀속되도록 임대차계약을 체결하였으므로 이건 부동산의 임차인인 청구외 ㅇㅇㅇ외 6인이 부담한 시설투자비 총액(362,613,657원)도 임대기간에 따라 안분하여 연간 임대수입금액에 포함하여야 하고, 이렇게 안분한 시설투자비를 당초 계산한 임대수입금액에 포함하면 이건 쟁점토지의 취득가액의 100분의 3을 초과하므로 법인의 비업무용 토지에 해당하지 아니하며, 또한 이건 부동산의 취득 경위 등을 고려할 때 정당한 사유가 있다고 볼 수 있으므로 처분청이 이건 쟁점토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과 처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 임대용 부동산에 대하여 과세면제한 취득세 등을 추징하고 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로

가.먼저 관계법령의 규정을 살펴보면

지방세법 제111조제1항에서 “취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다... ”라고 규정하고, 같은조 제2항에서 “제1항의 규정에 의한 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “토지에 대한 시가표준액은 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(...)에 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 지방자치단체의 장이 결정고시한 과세표준액 적용비율을 곱하여 산정한 가액”이라고 규정하고 있으며, 같은조 제5항에서 “다음에 게기하는 취득(증여·기부 기타 무상취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다”라고 규정한 다음, 그 제3호에서 “판결문·법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득”이라고 규정하고 있고, 구 지방세법 제112조제1항에서 “취득세의 세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다”라고 규정하고, 같은조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 ... 법인의 비업무용 토지 ...을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다... ”라고 규정하고 있으며, 지방세법시행령 제84조의4제1항에서 “ 지방세법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용 토지는 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “법인이 토지를 취득한 날부터 1년(...)내에 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지... ”라고 규정하고, 같은조 제3항에서 “다음 각호에 정하는 토지는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용 토지로 본다. 다만, 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “내무부령이 정하는 부동산임대용으로 취득한 토지로서 다음 각목의 1에 해당하는 토지”라고 규정하고서, 나목에서 “부동산임대업을 주업으로 하는 법인이 지상정착물이 있는 토지를 임대한 경우로서 내무부령으로 정하는 방법에 의하여 산정한 당해 토지의 1년간 임대수입 금액이 당해 토지가액의 100분의 3에 미달하는 토지... ”라고 규정하고, 다목에서 “부동산임대업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 지상정착물이 있는 토지를 임대한 경우로서 당해 법인이 그 지상정착물 연면적의 100분의 10이상을 직접 사용하지 아니하는 경우의 당해 지상정착물의 부속토지와 당해 법인이 그 지상정착물 연면적의 100분의 10이상을 직접 사용하는 경우로서 임대용에 공한 지상정착물의 부속토지가 나목에 해당하는 경우의 당해 토지...”라고 규정하고 있으며, 지방세법시행규칙 제46조의4에서 “영제84조의4제3항제1호나목의 규정에 의한 대상토지·토지가액·임대수입금액의 계산 등은 다음 각호의 1에 정하는 바에 의한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “대상토지 : 임대용에 공하고 있는 토지를 대상으로 하되, 매필지별(...)로 적용한다”라고 규정하고, 그 제3호가목에서 “토지의 가액은 당해 법인의 장부가액으로 한다... ”라고 규정하고 있고, 그 제4호나목에서 “임대기간에 따라 임대료를 징수하는 경우에는 임대일수에 해당하는 금액을 임대금액(임대차계약상으로 보아 수입되어야 할 미수금액을 포함한다)으로 하며, 보증금을 따로 징수한 때에는 가목의 규정에 의하여 산출한 수입금액을 가산한 것을 수입금액으로 한다”라고 규정하고, 다목에서 “지상건축물이 있는 토지에 대한 임대수입금액은 건축물 및 그 부속토지에 대한 임대수입금액 총액에 그 건축물의 가액과 그 부속토지의 가액(제3호의 규정을 준용하여 계산한 가액을 말한다)을 합산한 총가액에 대한 토지가액의 비율을 곱하여 산출한 금액으로 한다”라고 규정하고, 라목에서 “임대수입금액의 계산기간이 365일에 미달하는경우(...)에는 다음 산식에 의하여 산정한 금액을 임대수입금액으로 한다 : 임대수입금액 = 임대수입금액/임대일수 × 365”라고 규정하고 있고, 구지방세법 제131조제1항에서 “부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다”라고 규정한 다음, 그 제2호에서 “제1호 이외의 무상으로 인한 소유권의 취득 : 부동산 가액의 100분의 15...”라고 규정하고 있으며, 지방세법 제290조제1항에서 “다음 각호의 법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제 ... 한다. 다만, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하거나 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다”라고 규정한 다음, 그 제18호에서 “정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립되거나 그 적용을 받는 ... 장학단체 ... ”라고 규정하고 있다.

나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면

처분청은 청구인이 이건 부동산을 취득하고 그 일부를 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 임대하였으며, 연간 임대수입금액이 그 토지가액의 100분의 3에 미달하므로 이건 부동산중 임대한 부분에 대하여 과세면제한 취득세 등을 추징하고 이건 쟁점토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다.

그런데 청구인은 이건 쟁점토지의 연간 임대수입금액이 이건 쟁점토지 가액의 100분의 3을 초과할 뿐만 아니라, 연간 임대수입금액의 계산에서 임차인이 부담한 시설투자비를 제외한 것은 부당하다고 주장하고 있다.

살피건대, 구지방세법 제1항, 제2항제1호 및 제5항제3호, 제112조제1항 및 제2항, 제131조제1항제2호, 제290조제1항제18호, 지방세법시행령 제84조의4제1항제1호, 제3항제1호 나목 및 다목, 지방세법시행규칙 제46조의4제1호, 제3호가목, 제4호나목, 다목 및 라목의 규정을 종합하면, 정부로부터 허가 등을 받아 설립된 장학단체가 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 과세면제하나 취득일로부터 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하거나 수익사업에 사용하는 경우에는 그러하지 아니하고, 부동산임대업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 지상정착물이 있는 토지를 임대한 경우로서 연간 임대수입금액이 당해 토지가액의 100분의 3에 미달하는 경우에는 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세하도록 규정하고 있는 바, 먼저 청구인이 취득 등기한 이건 부동산에 대하여 일반세율로 과세면제한 취득세 등을 추징한 것이 정당한지 여부에 대하여 살펴보면, 장학단체 등이 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 과세면제하는 것이나 수익사업에 사용하는 경우에는 그러하지 아니한다고 규정하고 있으며, 청구인이 이건 부동산을 취득 등기하고 부동산 임대업에 사용한 것은 장학사업을 위한 자금 조달을 목적으로 수익사업을 영위한 것으로서 과세면제한 취득세 등의 추징대상에 해당한다 하겠으므로 처분청이 일반세율로 과세면제한 취득세 등을 추징한 것은 정당하다 하겠으며,

다음으로 이건 쟁점토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분에 대하여 살펴보면, 청구인의 경우 1996.4.20. 이건 부동산에 대하여 청구외 ㅇㅇㅇ 외 2인과 증여계약을 체결하여 취득하였고, 1996.6.24. 이건 부동산에 대한 소유권 이전등기를 하였으며, 1996.4.20. 청구인이 이건 부동산을 취득하기 이전에 이미 임차하여 사용하고 있던 임차인들과 이건 부동산중 지하층 346㎡와 5층 방 2개(임대료 월 800,000원)에 대하여 청구외 ㅇㅇㅇ과, 지상1층중 9.6㎡(임대료 월 100,000원)에 대하여 청구외 ㅇㅇㅇ와, 지상1층중 119.07㎡(월 임대료 300,000원)를 청구외 ㅇㅇㅇ과, 지상2층～지상6층 971.35㎡와 5층 방2개(월 임대료 1,500,000원)에 대하여 청구외 ㅇㅇㅇ과, 5층 방 1개(임대보증금 1,000,000원, 월 임대료 60,000원)에 대하여 청구외 ㅇㅇㅇ과, 5층 방1개(임대보증금 1,000,000원, 월 임대료 60,000원)에 대하여 청구외 ㅇㅇㅇ과 5층 방2개(임대보증금 2,000,000원, 월 임대료 120,000원)에 대하여 청구외 ㅇㅇㅇ와 1996.4.26. 명도하기로 임대차계약을 갱신하였으며, 또한 이건 부동산중 지하층을 임차하여 레스토랑을 운영하고 있는 청구외 ㅇㅇㅇ, 지상1층을 식당을 운영하고 있는 청구외 ㅇㅇㅇ, 그리고 지상 2～6층을 임차하여 여관을 운영하고 있는 ㅇㅇㅇ과는 특약사항으로서 임대차기간 종료후 영업용 시설물을 현 상태대로 인계하기로 계약을 체결한 사실을 제출된 임대차계약서 공정증서(대구지방검찰청안동지청 증서 1996년 제55호～제58호)에서 알 수 있는 바, 먼저 이건 쟁점토지의 연간 임대수입금액을 계산하여 보면, 청구인이 이건 부동산의 임대로 인한 사용 수익의 권리는 1996.4.25. 취득하였다고 볼 수 있고, 각 월별 임대료 수입의 합계가 2,940,000원이고 임대보증금이 4,000,000원이며, 임대수입기간이 1년에 미달하므로 이를 연간 임대수입금액으로 환산하면 35,864,000원{(2,940,000원×12월)+(4,000,000원×4/10,000×365일)}이 되고, 이러한 연간 임대수입금액을 법인장부상의 이건 토지가액(1,512,500,000원)중 임대용에 공한 이건 쟁점토지가액 1,104,070,000원(1,512,500,000원×1,003.7㎡/1,375㎡)과 이건 부동산중 건축물의 장부가액(691,302,000원)을 임대용에 사용하고 있는 면적에 대하여 안분한 가액 485,999,095원(691,302,500원×1,713.87㎡/2,437.87㎡)에 따라 안분하면 이건 쟁점토지의 연간 임대수입금액은 24,902,293원{35,864,000원×1,104,070,000원/(1,104,070,000원+485,999,095원)}이 되며, 청구인은 임차인이 부담한 시설투자비를 임대기간에 따라 연간 임대수입금액에 배분하여야 하며 임차인인 청구외 ㅇㅇㅇ이 임차한 부동산에 레스토랑 신설공사를 하면서 시공자인 청구외 (주)ㅇㅇ에 공사대금으로 179,835,500원(부가가치세 포함)을 지급하였고, 임차인중 청구외 ㅇㅇㅇ이 임차한 부동산에 여관시설공사를 하면서 청구외 (주)ㅇㅇ에 91,388,407원(부가가치세 포함)을 지급하였고, 청구외 ㅇㅇㅇ이 임차한 부동산에 시설공사비로 91,389,750원을 지급하였으므로 이렇게 임차인이 부담한 시설공사비 총액(362,613,657원)을 임대차기간(3년)에 따라 안분한 금액 120,871,219원을 연간 임대수입금액에 포함하여야 한다고 주장하지만, 임차인인 청구외 ㅇㅇㅇ외 2인이 임차한 부동산에 대하여 시설투자비로 지급한 금액이 법인장부 등에 의하여 입증되고 있지 아니할 뿐만 아니라, 법인세법기본통칙 2-11-5...17(임차인이 부담한 건물개수비의 손익귀속시기)에서도 임차인이 개수하는 조건으로 무상 또는 저렴한 요율로 건물을 임대한 경우 임차인이 부담한 건물개수비를 임대수익으로 처리하도록 하고 있으나, 임대인의 임대수익으로 계상하는 금액은 임차인이 부담한 건물개수비로서 자본적 지출에 한정되도록 하고 있으며, 이건 부동산의 임차인들인 청구외 ㅇㅇㅇ 외 2인이 임차한 이건 부동산에 대하여 실시한 공사내역을 보면 주로 도색, 타일설치, 천정공사, 목구조물 설치, 바닥공사 등 임차한 건물을 임차 용도대로 레스토랑, 식당, 여관 등을 영위하기 위한 영업시설을 설치한 것에 불과하고, 이러한 공사가 이건 부동산의 내용연수를 연장하는 등의 자본적 지출을 위하여 소요된 비용이라고 볼 수는 없어 임차인이 부담한 이러한 시설투자비를 임대수입에 포함하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠으며,

다음으로, 청구인은 이건 쟁점토지의 가액은 취득 당시의 시가표준액이 되어야 하고 이건 쟁점토지의 연간 임대수입금액이 그 가액의 100분의 3을 초과한다고 주장하지만, 지방세법시행규칙제46조의4제3호에서 토지의 가액을 법인 장부가액으로 하며, 재평가된 경우에는 재평가액으로 한다고 규정하고 있고, 청구인이 작성한 기본재산목록과 1996년도 합산대차대조표에서 한국감정원의 평가액을 근거로 이건 토지가액을 1,512,500,000원, 이건 부동산중 건물가액은 691,302,500원과 721,010,500원으로 각각 상이하게 기재되어 있는 사실을 알 수 있고, 이러한 평가액은 전문감정기관에 의하여 평가된 이건 토지의 합리적인 가액을 반영하고 있다고 볼 수 있으며, 토지 재평가를 한 경우에는 재평가액을 토지 가액으로 보도록 규정하고 있는 점에 비추어 임대용 토지에 대한 법인의 비업무용 토지 해당 여부를 판단할 때 토지의 취득가액을 기준으로 하여야 한다고 단정할 수 없다 하겠으며 법인장부 등에 의하여 나타난 합리적인 토지 가액을 기준으로 판단하는 것이 타당하다 할 것으로서, 청구인이 재무제표 등을 관할세무서에 제출한 사실이 없다 하더라도 이렇게 청구인이 작성한 법인장부상의 이건 토지가액을 기준으로 법인의 비업무용 토지에 해당하는지 여부를 판단하는 것이 타당하고, 이건 쟁점토지의 법인장부상 가액(1,104,070,000원)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액(33,122,100원)보다 이건 쟁점토지의 연간 임대수입금액이 적으므로 이건 쟁점토지의 연간 임대수입금액이 그 토지 가액의 100분의 3을 초과하므로 법인의 비업무용 토지에 해당하지 아니한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠으나,

청구인은 장학사업을 목적사업으로 하는 공익법인으로서 이건 부동산을 증여로 취득하여 취득 목적대로 장학사업을 위한 자금조달을 목적으로 사용하고 있고, 이건 부동산에는 청구인이 취득하기 이전에 이미 청구외 ㅇㅇㅇ외 5인이 임차하여 사용하고 있었으며, 3년인 기존 임대차 계약의 임대기간이 경과되지 아니하였으므로 청구인이 이러한 기존 임대차계약을 승계하여 잔여 임대기간에 따라 임대차 계약을 갱신체결하였으며, 이렇게 청구인이 기존의 임대차계약상의 임대료와 동일한 임대료로 잔여 임대기간에 대한 임대차계약을 체결한 것은 임차인의 권익보호 등을 위하여 사회통념에 비추어 수긍할 수 있는 것이라는 점을 고려하면, 비록 이건 쟁점토지의 연간 임대수입금액이 그 토지가액의 100분의 3에 미달한다 하더라도 그러한데는 청구인을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 것인데도 처분청이 이러한 청구인의 특성, 취득경위 등을 고려하지 아니하고 이건 쟁점토지의 연간 임대수입금액이 그 장부가액의 100분의 3에 미달한다는 사유만으로 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분은 잘못이 있다 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1998. 7. 29.

행 정 자 치 부 장 관

(제 2 안)

제98-361호

결 정 서

위 당사자간 취득세 등 부과 사건에 관하여 1998년 6월 1일 청구인으로부터 심사청구가 있으므로 이를 심의하여 다음과 같이 결정한다.

주 문

처분청은 장학재단인 청구인이 1996.4.20.ㅇㅇ도ㅇㅇ시ㅇㅇ동ㅇㅇ번지 대지 1,375㎡(이하 “이건 토지”라 한다)와 그 지상건축물 2,347.87㎡(지하1층, 지상6층, 이하 이건 토지와 합하여 “이건 부동산”이라 한다)를 증여로 취득하였으므로 지방세법 제290조제1항제18호의 규정에 의하여 취득세 등을 과세면제하였으나, 이건 부동산중 일부를 임대하였으므로 이건 부동산중 임대용에 사용하고 있는 건축물 면적 1,713.87㎡에 대하여 안분계산한 시가표준액(425,036,748원)에 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제1항과 제131조제1항제2호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 10,200,870원, 농어촌특별세 935,070원, 등록세 7,650,660원, 교육세 1,402,620원, 합계 20,189,220원(가산세 포함)과 이건 토지중 임대용에 사용하고 있는 토지 1,003.7㎡(이하 “이건 쟁점토지”라 한다)는 수익사업에 사용하고 있으며, 그 연간 임대수입금액이 법인 장부가액의 100분의 3에 미달하므로 법인의 비업무용 토지에 해당된다고 보아 그 시가표준액(501,850,000원)에 지방세법 제112조제2항 및 제131조제1항제2호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 90,333,000원, 농어촌특별세 8,280,520원, 등록세 9,033,300원, 교육세 1,656,100원, 합계 109,302,920원(가산세 포함)을 합산한 취득세 100,533,870원, 농어촌특별세 9,215,590원, 등록세 16,683,960원, 교육세 3,058,720원, 합계 129,492,140원(가산세 포함)을 1998.1.9. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 1985.5.10. 어려운 환경속에서도 열심히 공부하는 모범학생들에 대한 학비보조 사업 등을 목적사업으로 하여 설립된 장학재단으로서 기존의 기본재산으로는 장학사업의 실효성에 한계를 느껴 안정적인 장학금 수입원을 확보하고자 1996.6.24. 청구인의 이사장으로 재직하고 있는 청구외 ㅇㅇㅇ과 청구외 ㅇㅇㅇ의 자인 청구외 ㅇㅇㅇ 외 1인이 공동으로 소유하고 있던 이건 부동산을 증여로 취득한 것으로 이건 부동산은 청구인이 취득하기 이전에 이미 청구외 ㅇㅇㅇ 외 2인이 청구외 ㅇㅇㅇ 외 6인에게 임대하여 임차인들이 식당, 꽃집, 여관 등으로 사용하고 있었으며, 이건 부동산을 청구인이 취득하게 됨에 따라 임차인인 청구외 ㅇㅇㅇ 외 1인과 각각 임대차기간을 1년 혹은 2년으로 하여 임대차계약을 갱신 체결하였고, 이건 부동산중 임대용에 사용하고 있는 부분의 연간 임대수입금액은 35,864,000원(임대보증금 4,000,000원×4/10,000×365 + 월임대료 2,940,000원×12월)이고, 이러한 임대수입금액을 토지와 건물가액에 따라 안분하면 이건 쟁점토지의 연간 임대수입금액은 19,418,066원이 되며, 이건 토지는 증여로 취득하였으므로 그 취득가액은 취득 당시의 시가표준액(510,850,000원)이 되고, 이건 쟁점토지의 연간 임대수입금액이 이건 쟁점토지의 취득가액에 100분의 3을 곱하여 계산한 금액(15,055,500원)을 초과하므로 법인의 비업무용 토지에 해당하지 아니하며, 또한 임대수입금액을 계산함에 있어서 법인세법 기본통칙 2-11-5...17에서 “임차인이 임차자산을 개수하는 조건으로 저렴한 요율로 건물을 임차한 경우 임차인이 임대차계약에 의하여 부담한 건물 개수비는 임대인의 임대수입에 해당한다”라고 하고 있음에 비추어 청구인도 저율의 임대료를 받는 대신 임차인이 비용을 부담하고 설치한 시설 등에 대하여 임대계약 만료후 일체의 권리가 청구인에게 귀속되도록 임대차계약을 체결하였으므로 이건 부동산의 임차인인 청구외 ㅇㅇㅇ외 6인이 부담한 시설투자비 총액(362,613,657원)도 임대기간에 따라 안분하여 연간 임대수입금액에 포함하여야 하고, 이렇게 안분한 시설투자비를 당초 계산한 임대수입금액에 포함하면 이건 쟁점토지의 취득가액의 100분의 3을 초과하므로 법인의 비업무용 토지에 해당하지 아니하며, 또한 이건 부동산의 취득 경위 등을 고려할 때 정당한 사유가 있다고 볼 수 있으므로 처분청이 이건 쟁점토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과 처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 임대용 부동산에 대하여 과세면제한 취득세 등을 추징하고 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로

가.먼저 관계법령의 규정을 살펴보면

지방세법 제111조제1항에서 “취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다... ”라고 규정하고, 같은조 제2항에서 “제1항의 규정에 의한 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “토지에 대한 시가표준액은 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(...)에 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 지방자치단체의 장이 결정고시한 과세표준액 적용비율을 곱하여 산정한 가액”이라고 규정하고 있으며, 같은조 제5항에서 “다음에 게기하는 취득(증여·기부 기타 무상취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다”라고 규정한 다음, 그 제3호에서 “판결문·법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득”이라고 규정하고 있고, 구 지방세법 제112조제1항에서 “취득세의 세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다”라고 규정하고, 같은조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 ... 법인의 비업무용 토지 ...을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다... ”라고 규정하고 있으며, 지방세법시행령 제84조의4제1항에서 “ 지방세법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용 토지는 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “법인이 토지를 취득한 날부터 1년(...)내에 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지... ”라고 규정하고, 같은조 제3항에서 “다음 각호에 정하는 토지는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용 토지로 본다. 다만, 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “내무부령이 정하는 부동산임대용으로 취득한 토지로서 다음 각목의 1에 해당하는 토지”라고 규정하고서, 나목에서 “부동산임대업을 주업으로 하는 법인이 지상정착물이 있는 토지를 임대한 경우로서 내무부령으로 정하는 방법에 의하여 산정한 당해 토지의 1년간 임대수입 금액이 당해 토지가액의 100분의 3에 미달하는 토지... ”라고 규정하고, 다목에서 “부동산임대업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 지상정착물이 있는 토지를 임대한 경우로서 당해 법인이 그 지상정착물 연면적의 100분의 10이상을 직접 사용하지 아니하는 경우의 당해 지상정착물의 부속토지와 당해 법인이 그 지상정착물 연면적의 100분의 10이상을 직접 사용하는 경우로서 임대용에 공한 지상정착물의 부속토지가 나목에 해당하는 경우의 당해 토지...”라고 규정하고 있으며, 지방세법시행규칙 제46조의4에서 “영제84조의4제3항제1호나목의 규정에 의한 대상토지·토지가액·임대수입금액의 계산 등은 다음 각호의 1에 정하는 바에 의한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “대상토지 : 임대용에 공하고 있는 토지를 대상으로 하되, 매필지별(...)로 적용한다”라고 규정하고, 그 제3호가목에서 “토지의 가액은 당해 법인의 장부가액으로 한다... ”라고 규정하고 있고, 그 제4호나목에서 “임대기간에 따라 임대료를 징수하는 경우에는 임대일수에 해당하는 금액을 임대금액(임대차계약상으로 보아 수입되어야 할 미수금액을 포함한다)으로 하며, 보증금을 따로 징수한 때에는 가목의 규정에 의하여 산출한 수입금액을 가산한 것을 수입금액으로 한다”라고 규정하고, 다목에서 “지상건축물이 있는 토지에 대한 임대수입금액은 건축물 및 그 부속토지에 대한 임대수입금액 총액에 그 건축물의 가액과 그 부속토지의 가액(제3호의 규정을 준용하여 계산한 가액을 말한다)을 합산한 총가액에 대한 토지가액의 비율을 곱하여 산출한 금액으로 한다”라고 규정하고, 라목에서 “임대수입금액의 계산기간이 365일에 미달하는경우(...)에는 다음 산식에 의하여 산정한 금액을 임대수입금액으로 한다 : 임대수입금액 = 임대수입금액/임대일수 × 365”라고 규정하고 있고, 구지방세법 제131조제1항에서 “부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다”라고 규정한 다음, 그 제2호에서 “제1호 이외의 무상으로 인한 소유권의 취득 : 부동산 가액의 100분의 15...”라고 규정하고 있으며, 지방세법 제290조제1항에서 “다음 각호의 법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제 ... 한다. 다만, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하거나 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다”라고 규정한 다음, 그 제18호에서 “정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립되거나 그 적용을 받는 ... 장학단체 ... ”라고 규정하고 있다.

나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면

처분청은 청구인이 이건 부동산을 취득하고 그 일부를 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 임대하였으며, 연간 임대수입금액이 그 토지가액의 100분의 3에 미달하므로 이건 부동산중 임대한 부분에 대하여 과세면제한 취득세 등을 추징하고 이건 쟁점토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다.

그런데 청구인은 이건 쟁점토지의 연간 임대수입금액이 이건 쟁점토지 가액의 100분의 3을 초과할 뿐만 아니라, 연간 임대수입금액의 계산에서 임차인이 부담한 시설투자비를 제외한 것은 부당하다고 주장하고 있다.

살피건대, 구지방세법 제1항, 제2항제1호 및 제5항제3호, 제112조제1항 및 제2항, 제131조제1항제2호, 제290조제1항제18호, 지방세법시행령 제84조의4제1항제1호, 제3항제1호 나목 및 다목, 지방세법시행규칙 제46조의4제1호, 제3호가목, 제4호나목, 다목 및 라목의 규정을 종합하면, 정부로부터 허가 등을 받아 설립된 장학단체가 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 과세면제하나 취득일로부터 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하거나 수익사업에 사용하는 경우에는 그러하지 아니하고, 부동산임대업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 지상정착물이 있는 토지를 임대한 경우로서 연간 임대수입금액이 당해 토지가액의 100분의 3에 미달하는 경우에는 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세하도록 규정하고 있는 바, 먼저 청구인이 취득 등기한 이건 부동산에 대하여 일반세율로 과세면제한 취득세 등을 추징한 것이 정당한지 여부에 대하여 살펴보면, 장학단체 등이 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 과세면제하는 것이나 수익사업에 사용하는 경우에는 그러하지 아니한다고 규정하고 있으며, 청구인이 이건 부동산을 취득 등기하고 부동산 임대업에 사용한 것은 장학사업을 위한 자금 조달을 목적으로 수익사업을 영위한 것으로서 과세면제한 취득세 등의 추징대상에 해당한다 하겠으므로 처분청이 일반세율로 과세면제한 취득세 등을 추징한 것은 정당하다 하겠으며,

다음으로 이건 쟁점토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분에 대하여 살펴보면, 청구인의 경우 1996.4.20. 이건 부동산에 대하여 청구외 ㅇㅇㅇ 외 2인과 증여계약을 체결하여 취득하였고, 1996.6.24. 이건 부동산에 대한 소유권 이전등기를 하였으며, 1996.4.20. 청구인이 이건 부동산을 취득하기 이전에 이미 임차하여 사용하고 있던 임차인들과 이건 부동산중 지하층 346㎡와 5층 방 2개(임대료 월 800,000원)에 대하여 청구외 ㅇㅇㅇ과, 지상1층중 9.6㎡(임대료 월 100,000원)에 대하여 청구외 ㅇㅇㅇ와, 지상1층중 119.07㎡(월 임대료 300,000원)를 청구외 ㅇㅇㅇ과, 지상2층～지상6층 971.35㎡와 5층 방2개(월 임대료 1,500,000원)에 대하여 청구외 ㅇㅇㅇ과, 5층 방 1개(임대보증금 1,000,000원, 월 임대료 60,000원)에 대하여 청구외 ㅇㅇㅇ과, 5층 방1개(임대보증금 1,000,000원, 월 임대료 60,000원)에 대하여 청구외 ㅇㅇㅇ과 5층 방2개(임대보증금 2,000,000원, 월 임대료 120,000원)에 대하여 청구외 ㅇㅇㅇ와 1996.4.26. 명도하기로 임대차계약을 갱신하였으며, 또한 이건 부동산중 지하층을 임차하여 레스토랑을 운영하고 있는 청구외 ㅇㅇㅇ, 지상1층을 식당을 운영하고 있는 청구외 ㅇㅇㅇ, 그리고 지상 2～6층을 임차하여 여관을 운영하고 있는 ㅇㅇㅇ과는 특약사항으로서 임대차기간 종료후 영업용 시설물을 현 상태대로 인계하기로 계약을 체결한 사실을 제출된 임대차계약서 공정증서(대구지방검찰청안동지청 증서 1996년 제55호～제58호)에서 알 수 있는 바, 먼저 이건 쟁점토지의 연간 임대수입금액을 계산하여 보면, 청구인이 이건 부동산의 임대로 인한 사용 수익의 권리는 1996.4.25. 취득하였다고 볼 수 있고, 각 월별 임대료 수입의 합계가 2,940,000원이고 임대보증금이 4,000,000원이며, 임대수입기간이 1년에 미달하므로 이를 연간 임대수입금액으로 환산하면 35,864,000원{(2,940,000원×12월)+(4,000,000원×4/10,000×365일)}이 되고, 이러한 연간 임대수입금액을 법인장부상의 이건 토지가액(1,512,500,000원)중 임대용에 공한 이건 쟁점토지가액 1,104,070,000원(1,512,500,000원×1,003.7㎡/1,375㎡)과 이건 부동산중 건축물의 장부가액(691,302,000원)을 임대용에 사용하고 있는 면적에 대하여 안분한 가액 485,999,095원(691,302,500원×1,713.87㎡/2,437.87㎡)에 따라 안분하면 이건 쟁점토지의 연간 임대수입금액은 24,902,293원{35,864,000원×1,104,070,000원/(1,104,070,000원+485,999,095원)}이 되며, 청구인은 임차인이 부담한 시설투자비를 임대기간에 따라 연간 임대수입금액에 배분하여야 하며 임차인인 청구외 ㅇㅇㅇ이 임차한 부동산에 레스토랑 신설공사를 하면서 시공자인 청구외 (주)ㅇㅇ에 공사대금으로 179,835,500원(부가가치세 포함)을 지급하였고, 임차인중 청구외 ㅇㅇㅇ이 임차한 부동산에 여관시설공사를 하면서 청구외 (주)ㅇㅇ에 91,388,407원(부가가치세 포함)을 지급하였고, 청구외 ㅇㅇㅇ이 임차한 부동산에 시설공사비로 91,389,750원을 지급하였으므로 이렇게 임차인이 부담한 시설공사비 총액(362,613,657원)을 임대차기간(3년)에 따라 안분한 금액 120,871,219원을 연간 임대수입금액에 포함하여야 한다고 주장하지만, 임차인인 청구외 ㅇㅇㅇ외 2인이 임차한 부동산에 대하여 시설투자비로 지급한 금액이 법인장부 등에 의하여 입증되고 있지 아니할 뿐만 아니라, 법인세법기본통칙 2-11-5...17(임차인이 부담한 건물개수비의 손익귀속시기)에서도 임차인이 개수하는 조건으로 무상 또는 저렴한 요율로 건물을 임대한 경우 임차인이 부담한 건물개수비를 임대수익으로 처리하도록 하고 있으나, 임대인의 임대수익으로 계상하는 금액은 임차인이 부담한 건물개수비로서 자본적 지출에 한정되도록 하고 있으며, 이건 부동산의 임차인들인 청구외 ㅇㅇㅇ 외 2인이 임차한 이건 부동산에 대하여 실시한 공사내역을 보면 주로 도색, 타일설치, 천정공사, 목구조물 설치, 바닥공사 등 임차한 건물을 임차 용도대로 레스토랑, 식당, 여관 등을 영위하기 위한 영업시설을 설치한 것에 불과하고, 이러한 공사가 이건 부동산의 내용연수를 연장하는 등의 자본적 지출을 위하여 소요된 비용이라고 볼 수는 없어 임차인이 부담한 이러한 시설투자비를 임대수입에 포함하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠으며,

다음으로, 청구인은 이건 쟁점토지의 가액은 취득 당시의 시가표준액이 되어야 하고 이건 쟁점토지의 연간 임대수입금액이 그 가액의 100분의 3을 초과한다고 주장하지만, 지방세법시행규칙제46조의4제3호에서 토지의 가액을 법인 장부가액으로 하며, 재평가된 경우에는 재평가액으로 한다고 규정하고 있고, 청구인이 작성한 기본재산목록과 1996년도 합산대차대조표에서 한국감정원의 평가액을 근거로 이건 토지가액을 1,512,500,000원, 이건 부동산중 건물가액은 691,302,500원과 721,010,500원으로 각각 상이하게 기재되어 있는 사실을 알 수 있고, 이러한 평가액은 전문감정기관에 의하여 평가된 이건 토지의 합리적인 가액을 반영하고 있다고 볼 수 있으며, 토지 재평가를 한 경우에는 재평가액을 토지 가액으로 보도록 규정하고 있는 점에 비추어 임대용 토지에 대한 법인의 비업무용 토지 해당 여부를 판단할 때 토지의 취득가액을 기준으로 하여야 한다고 단정할 수 없다 하겠으며 법인장부 등에 의하여 나타난 합리적인 토지 가액을 기준으로 판단하는 것이 타당하다 할 것으로서, 청구인이 재무제표 등을 관할세무서에 제출한 사실이 없다 하더라도 이렇게 청구인이 작성한 법인장부상의 이건 토지가액을 기준으로 법인의 비업무용 토지에 해당하는지 여부를 판단하는 것이 타당하고, 이건 쟁점토지의 법인장부상 가액(1,104,070,000원)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액(33,122,100원)보다 이건 쟁점토지의 연간 임대수입금액이 적으므로 이건 쟁점토지의 연간 임대수입금액이 그 토지 가액의 100분의 3을 초과하므로 법인의 비업무용 토지에 해당하지 아니한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠으나,

청구인은 장학사업을 목적사업으로 하는 공익법인으로서 이건 부동산을 증여로 취득하여 취득 목적대로 장학사업을 위한 자금조달을 목적으로 사용하고 있고, 이건 부동산에는 청구인이 취득하기 이전에 이미 청구외 ㅇㅇㅇ외 5인이 임차하여 사용하고 있었으며, 3년인 기존 임대차 계약의 임대기간이 경과되지 아니하였으므로 청구인이 이러한 기존 임대차계약을 승계하여 잔여 임대기간에 따라 임대차 계약을 갱신체결하였으며, 이렇게 청구인이 기존의 임대차계약상의 임대료와 동일한 임대료로 잔여 임대기간에 대한 임대차계약을 체결한 것은 임차인의 권익보호 등을 위하여 사회통념에 비추어 수긍할 수 있는 것이라는 점을 고려하면, 비록 이건 쟁점토지의 연간 임대수입금액이 그 토지가액의 100분의 3에 미달한다 하더라도 그러한데는 청구인을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 것인데도 처분청이 이러한 청구인의 특성, 취득경위 등을 고려하지 아니하고 이건 쟁점토지의 연간 임대수입금액이 그 장부가액의 100분의 3에 미달한다는 사유만으로 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분은 잘못이 있다 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1998. 7. 29.

행 정 자 치 부 장 관

(제 2 안)

제98-361호

결 정 서

위 당사자간 취득세 등 부과 사건에 관하여 1998년 6월 1일 청구인으로부터 심사청구가 있으므로 이를 심의하여 다음과 같이 결정한다.

주 문

청구인의 심사청구는 이를 기각한다.

이 유

1. 원처분의 요지

처분청은 장학재단인 청구인이 1996.4.20.ㅇㅇ도ㅇㅇ시ㅇㅇ동ㅇㅇ번지 대지 1,375㎡(이하 “이건 토지”라 한다)와 그 지상건축물 2,347.87㎡(지하1층, 지상6층, 이하 이건 토지와 합하여 “이건 부동산”이라 한다)를 증여로 취득하였으므로 지방세법 제290조제1항제18호의 규정에 의하여 취득세 등을 과세면제하였으나, 이건 부동산중 일부를 임대하였으므로 이건 부동산중 임대용에 사용하고 있는 건축물 면적 1,713.87㎡에 대하여 안분계산한 시가표준액(425,036,748원)에 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제1항과 제131조제1항제2호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 10,200,870원, 농어촌특별세 935,070원, 등록세 7,650,660원, 교육세 1,402,620원, 합계 20,189,220원(가산세 포함)과 이건 토지중 임대용에 사용하고 있는 토지 1,003.7㎡(이하 “이건 쟁점토지”라 한다)는 수익사업에 사용하고 있으며, 그 연간 임대수입금액이 법인 장부가액의 100분의 3에 미달하므로 법인의 비업무용 토지에 해당된다고 보아 그 시가표준액(501,850,000원)에 지방세법 제112조제2항 및 제131조제1항제2호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 90,333,000원, 농어촌특별세 8,280,520원, 등록세 9,033,300원, 교육세 1,656,100원, 합계 109,302,920원(가산세 포함)을 합산한 취득세 100,533,870원, 농어촌특별세 9,215,590원, 등록세 16,683,960원, 교육세 3,058,720원, 합계 129,492,140원(가산세 포함)을 1998.1.9. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 1985.5.10. 어려운 환경속에서도 열심히 공부하는 모범학생들에 대한 학비보조 사업 등을 목적사업으로 하여 설립된 장학재단으로서 기존의 기본재산으로는 장학사업의 실효성에 한계를 느껴 안정적인 장학금 수입원을 확보하고자 1996.6.24. 청구인의 이사장으로 재직하고 있는 청구외 ㅇㅇㅇ과 청구외 ㅇㅇㅇ의 자인 청구외 ㅇㅇㅇ 외 1인이 공동으로 소유하고 있던 이건 부동산을 증여로 취득한 것으로 이건 부동산은 청구인이 취득하기 이전에 이미 청구외 ㅇㅇㅇ 외 2인이 청구외 ㅇㅇㅇ 외 6인에게 임대하여 임차인들이 식당, 꽃집, 여관 등으로 사용하고 있었으며, 이건 부동산을 청구인이 취득하게 됨에 따라 임차인인 청구외 ㅇㅇㅇ 외 1인과 각각 임대차기간을 1년 혹은 2년으로 하여 임대차계약을 갱신 체결하였고, 이건 부동산중 임대용에 사용하고 있는 부분의 연간 임대수입금액은 35,864,000원(임대보증금 4,000,000원×4/10,000×365 + 월임대료 2,940,000원×12월)이고, 이러한 임대수입금액을 토지와 건물가액에 따라 안분하면 이건 쟁점토지의 연간 임대수입금액은 19,418,066원이 되며, 이건 토지는 증여로 취득하였으므로 그 취득가액은 취득 당시의 시가표준액(510,850,000원)이 되고, 이건 쟁점토지의 연간 임대수입금액이 이건 토지의 취득가액에 100분의 3을 곱하여 계산한 금액(15,055,500원)을 초과하므로 법인의 비업무용 토지에 해당하지 아니하며, 또한 임대수입금액을 계산함에 있어서 법인세법 기본통칙 2-11-5...17에서 “임차인이 임차자산을 개수하는 조건으로 저렴한 요율로 건물을 임차한 경우 임차인이 임대차계약에 의하여 부담한 건물 개수비는 임대인의 임대수입에 해당한다”라고 하고 있음에 비추어 청구인도 저율의 임대로를 받는 대신 임차인이 비용을 부담하고 설치한 시설 등에 대하여 임대계약 만료후 일체의 권리가 청구인에게 귀속되도록 임대차계약을 체결하였으므로 이건 부동산의 임차인인 청구외 ㅇㅇㅇ외 6인이 부담한 시설투자비 총액(362,613,657원)도 임대기간에 따라 안분하여 연간 임대수입금액에 포함하여야 하고, 이렇게 안분한 시설투자비를 당초 계산한 임대수입금액에 포함하면 이건 쟁점토지의 취득가액의 100분의 3을 초과하므로 법인의 비업무용 토지에 해당하지 아니하며, 또한 이건 부동산의 취득 경위 등을 고려할 때 정당한 사유가 있다고 볼 수 있으므로 처분청이 이건 쟁점토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과 처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 임대용 부동산에 대하여 과세면제한 취득세 등을 추징하고 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로

가.먼저 관계법령의 규정을 살펴보면

지방세법 제111조제1항에서 “취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다... ”라고 규정하고, 같은조 제2항에서 “제1항의 규정에 의한 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “토지에 대한 시가표준액은 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(...)에 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 지방자치단체의 장이 결정고시한 과세표준액 적용비율을 곱하여 산정한 가액”이라고 규정하고 있으며, 같은조 제5항에서 “다음에 게기하는 취득(증여·기부 기타 무상취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다”라고 규정한 다음, 그 제3호에서 “판결문·법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득”이라고 규정하고 있고, 구 지방세법 제112조제1항에서 “취득세의 세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다”라고 규정하고, 같은조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 ... 법인의 비업무용 토지 ...을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다... ”라고 규정하고 있으며, 지방세법시행령 제84조의4제1항에서 “ 지방세법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용 토지는 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “법인이 토지를 취득한 날부터 1년(...)내에 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지... ”라고 규정하고, 같은조 제3항에서 “다음 각호에 정하는 토지는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용 토지로 본다. 다만, 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “내무부령이 정하는 부동산임대용으로 취득한 토지로서 다음 각목의 1에 해당하는 토지”라고 규정하고서, 나목에서 “부동산임대업을 주업으로 하는 법인이 지상정착물이 있는 토지를 임대한 경우로서 내무부령으로 정하는 방법에 의하여 산정한 당해 토지의 1년간 임대수입 금액이 당해 토지가액의 100분의 3에 미달하는 토지... ”라고 규정하고, 다목에서 “부동산임대업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 지상정착물이 있는 토지를 임대한 경우로서 당해 법인이 그 지상정착물 연면적의 100분의 10이상을 직접 사용하지 아니하는 경우의 당해 지상정착물의 부속토지와 당해 법인이 그 지상정착물 연면적의 100분의 10이상을 직접 사용하는 경우로서 임대용에 공한 지상정착물의 부속토지가 나목에 해당하는 경우의 당해 토지...”라고 규정하고 있으며, 지방세법시행규칙 제46조의4에서 “영제84조의4제3항제1호나목의 규정에 의한 대상토지·토지가액·임대수입금액의 계산 등은 다음 각호의 1에 정하는 바에 의한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “대상토지 : 임대용에 공하고 있는 토지를 대상으로 하되, 매필지별(...)로 적용한다”라고 규정하고, 그 제3호가목에서 “토지의 가액은 당해 법인의 장부가액으로 한다... ”라고 규정하고 있고, 그 제4호나목에서 “임대기간에 따라 임대료를 징수하는 경우에는 임대일수에 해당하는 금액을 임대금액(임대차계약상으로 보아 수입되어야 할 미수금액을 포함한다)으로 하며, 보증금을 따로 징수한 때에는 가목의 규정에 의하여 산출한 수입금액을 가산한 것을 수입금액으로 한다”라고 규정하고, 다목에서 “지상건축물이 있는 토지에 대한 임대수입금액은 건축물 및 그 부속토지에 대한 임대수입금액 총액에 그 건축물의 가액과 그 부속토지의 가액(제3호의 규정을 준용하여 계산한 가액을 말한다)을 합산한 총가액에 대한 토지가액의 비율을 곱하여 산출한 금액으로 한다”라고 규정하고, 라목에서 “임대수입금액의 계산기간이 365일에 미달하는경우(...)에는 다음 산식에 의하여 산정한 금액을 임대수입금액으로 한다 : 임대수입금액 = 임대수입금액/임대일수 × 365”라고 규정하고 있고, 구지방세법 제131조제1항에서 “부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다”라고 규정한 다음, 그 제2호에서 “제1호 이외의 무상으로 인한 소유권의 취득 : 부동산 가액의 100분의 15...”라고 규정하고 있으며, 지방세법 제290조제1항에서 “다음 각호의 법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제 ... 한다. 다만, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하거나 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다”라고 규정한 다음, 그 제18호에서 “정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립되거나 그 적용을 받는 ... 장학단체 ... ”라고 규정하고 있다.

나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면

처분청은 청구인이 이건 부동산을 취득하고 그 일부를 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 임대하였으며, 연간 임대수입금액이 그 토지가액의 100분의 3에 미달하므로 이건 부동산중 임대한 부분에 대하여 과세면제한 취득세 등을 추징하고 이건 쟁점토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다.

그런데 청구인은 이건 쟁점토지의 연간 임대수입금액이 이건 쟁점토지 가액의 100분의 3을 초과할 뿐만 아니라, 연간 임대수입금액의 계산에서 임차인이 부담한 시설투자비를 제외한 것은 부당하다고 주장하고 있다.

살피건대, 구지방세법 제1항, 제2항제1호 및 제5항제3호, 제112조제1항 및 제2항, 제131조제1항제2호, 제290조제1항제18호, 지방세법시행령 제84조의4제1항제1호, 제3항제1호 나목 및 다목, 지방세법시행규칙 제46조의4제1호, 제3호가목, 제4호나목, 다목 및 라목의 규정을 종합하면, 정부로부터 허가 등을 받아 설립된 장학단체가 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 과세면제하나 취득일로부터 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하거나 수익사업에 사용하는 경우에는 그러하지 아니하고, 부동산임대업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 지상정착물이 있는 토지를 임대한 경우로서 연간 임대수입금액이 당해 토지가액의 100분의 3에 미달하는 경우에는 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세하도록 규정하고 있는 바, 먼저 청구인이 취득 등기한 이건 부동산에 대하여 일반세율로 과세면제한 취득세 등을 추징한 것이 정당한지 여부에 대하여 살펴보면, 장학단체 등이 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 과세면제하는 것이나 수익사업에 사용하는 경우에는 그러하지 아니한다고 규정하고 있으며, 청구인이 이건 부동산을 취득 등기하고 부동산 임대업에 사용한 것은 장학사업을 위한 자금 조달을 목적으로 수익사업을 영위한 것으로서 과세면제한 취득세 등의 추징대상에 해당한다 하겠으므로 처분청이 일반세율로 과세면제한 취득세 등을 추징한 것은 정당하다 하겠으며,

다음으로 이건 쟁점토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분에 대하여 살펴보면, 청구인의 경우 1996.4.20. 이건 부동산에 대하여 청구외 ㅇㅇㅇ 외 2인과 증여계약을 체결하여 취득하였고, 1996.6.24. 이건 부동산에 대한 소유권 이전등기를 하였으며, 1996.4.20. 청구인이 이건 부동산을 취득하기 이전에 이미 임차하여 사용하고 있던 임차인들과 이건 부동산중 지하층 346㎡와 5층 방 2개(임대료 월 800,000원)에 대하여 청구외 ㅇㅇㅇ과, 지상1층중 9.6㎡(임대료 월 100,000원)에 대하여 청구외 ㅇㅇㅇ와, 지상1층중 119.07㎡(월 임대료 300,000원)를 청구외 ㅇㅇㅇ과, 지상2층～지상6층 971.35㎡와 5층 방2개(월 임대료 1,500,000원)에 대하여 청구외 ㅇㅇㅇ과, 5층 방 1개(임대보증금 1,000,000원, 월 임대료 60,000원)에 대하여 청구외 ㅇㅇㅇ과, 5층 방1개(임대보증금 1,000,000원, 월 임대료 60,000원)에 대하여 청구외 ㅇㅇㅇ과 5층 방2개(임대보증금 2,000,000원, 월 임대료 120,000원)에 대하여 청구외 ㅇㅇㅇ와 1996.4.26. 명도하기로 임대차계약을 갱신하였으며, 또한 이건 부동산중 지하층을 임차하여 레스토랑을 운영하고 있는 청구외 ㅇㅇㅇ, 지상1층을 식당을 운영하고 있는 청구외 ㅇㅇㅇ, 그리고 지상 2～6층을 임차하여 여관을 운영하고 있는 ㅇㅇㅇ과는 특약사항으로서 임대차기간 종료후 영업용 시설물을 현 상태대로 인계하기로 계약을 체결한 사실을 제출된 임대차계약서 공정증서(대구지방검찰청안동지청 증서 1996년 제55호～제58호)에서 알 수 있는 바, 먼저 이건 쟁점토지의 연간 임대수입금액을 계산하여 보면, 청구인이 이건 부동산의 임대로 인한 사용 수익의 권리는 1996.4.25. 취득하였다고 볼 수 있고, 각 월별 임대료 수입의 합계가 2,940,000원이고 임대보증금이 4,000,000원이며, 임대수입기간이 1년에 미달하므로 이를 연간 임대수입금액으로 환산하면 35,864,000원{(2,940,000원×12월)+(4,000,000원×4/10,000×365일)}이 되고, 이러한 연간 임대수입금액을 법인장부상의 이건 토지가액(1,512,500,000원)중 임대용에 공한 이건 쟁점토지가액 1,104,070,000원(1,512,500,000원×1,003.7㎡/1,375㎡)과 이건 부동산중 건축물의 장부가액(691,302,000원)을 임대용에 사용하고 있는 면적에 대하여 안분한 가액 485,999,095원(691,302,500원×1,713.87㎡/2,437.87㎡)에 따라 안분하면 이건 쟁점토지의 연간 임대수입금액은 24,902,293원{35,864,000원×1,104,070,000원/(1,104,070,000원+485,999,095원)}이 되며, 청구인은 임차인이 부담한 시설투자비를 임대기간에 따라 연간 임대수입금액에 배분하여야 하며 임차인인 청구외 ㅇㅇㅇ이 임차한 부동산에 레스토랑 신설공사를 하면서 시공자인 청구외 (주)ㅇㅇ에 공사대금으로 179,835,500원(부가가치세 포함)을 지급하였고, 임차인중 청구외 ㅇㅇㅇ이 임차한 부동산에 여관시설공사를 하면서 청구외 (주)ㅇㅇ에 91,388,407원(부가가치세 포함)을 지급하였고, 청구외 ㅇㅇㅇ이 임차한 부동산에 시설공사비로 91,389,750원을 지급하였으므로 이렇게 임차인이 부담한 시설공사비 총액(362,613,657원)을 임대차기간(3년)에 따라 안분한 금액 120,871,219원을 연간 임대수입금액에 포함하여야 한다고 주장하지만, 임차인인 청구외 ㅇㅇㅇ외 2인이 임차한 부동산에 대하여 시설투자비로 지급한 금액이 법인장부 등에 의하여 입증되고 있지 아니할 뿐만 아니라, 법인세법기본통칙 2-11-5...17(임차인이 부담한 건물개수비의 손익귀속시기)에서도 임차인이 개수하는 조건으로 무상 또는 저렴한 요율로 건물을 임대한 경우 임차인이 부담한 건물개수비를 임대수익으로 처리하도록 하고 있으나, 임대인의 임대수익으로 계상하는 금액은 임차인이 부담한 건물개수비로서 자본적 지출에 한정되도록 하고 있으며, 이건 부동산의 임차인들인 청구외 ㅇㅇㅇ 외 2인이 임차한 이건 부동산에 대하여 실시한 공사내역을 보면 주로 도색, 타일설치, 천정공사, 목구조물 설치, 바닥공사 등 임차한 건물을 임차 용도대로 레스토랑, 식당, 여관 등을 영위하기 위한 영업시설을 설치한 것에 불과하고, 이러한 공사가 이건 부동산의 내용연수를 연장하는 등의 자본적 지출을 위하여 소요된 비용이라고 볼 수는 없어 임차인이 부담한 이러한 시설투자비를 임대수입에 포함하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠으며,

다음으로, 청구인은 이건 쟁점토지의 가액은 취득 당시의 시가표준액이 되어야 하고 이건 쟁점토지의 연간 임대수입금액이 그 가액의 100분의 3을 초과한다고 주장하지만, 지방세법시행규칙제46조의4제3호에서 토지의 가액을 법인 장부가액으로 하며, 재평가된 경우에는 재평가액으로 한다고 규정하고 있고, 청구인이 작성한 기본재산목록과 1996년도 합산대차대조표에서 한국감정원의 평가액을 근거로 이건 토지가액을 1,512,500,000원, 이건 부동산중 건물가액은 691,302,500원과 721,010,500원으로 각각 상이하게 기재되어 있는 사실을 알 수 있고, 이러한 평가액은 전문감정기관에 의하여 평가된 이건 토지의 합리적인 가액을 반영하고 있다고 볼 수 있으며, 토지 재평가를 한 경우에는 재평가액을 토지 가액으로 보도록 규정하고 있는 점에 비추어 임대용 토지에 대한 법인의 비업무용 토지 해당 여부를 판단할 때 토지의 취득가액을 기준으로 하여야 한다고 단정할 수 없다 하겠으며 법인장부 등에 의하여 나타난 합리적인 토지 가액을 기준으로 판단하는 것이 타당하다 할 것으로서, 청구인이 재무제표 등을 관할세무서에 제출한 사실이 없다 하더라도 이렇게 청구인이 작성한 법인장부상의 이건 토지가액을 기준으로 법인의 비업무용 토지에 해당하는지 여부를 판단하는 것이 타당하고, 이건 쟁점토지의 법인장부상 가액(1,104,070,000원)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액(33,122,100원)보다 이건 쟁점토지의 연간 임대수입금액이 적으므로 이건 쟁점토지의 연간 임대수입금액이 그 토지 가액의 100분의 3을 초과하므로 법인의 비업무용 토지에 해당하지 아니한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠으나,

청구인은 장학사업을 목적사업으로 하는 공익법인으로서 이건 부동산을 증여로 취득하여 취득 목적대로 장학사업을 위한 자금조달을 목적으로 사용하고 있고, 이건 부동산에는 청구인이 취득하기 이전에 이미 청구외 ㅇㅇㅇ외 5인이 임차하여 사용하고 있었던 사실과 3년인 기존 임대차 계약의 임대기간이 경과되지 아니한 사실을 알 수 있으나, 청구인이 이러한 기존 임대차 기간의 잔여기간에 1996.4.20. 임대차계약을 갱신하면서 반드시 기존 임대차계약의 임대료와 동일한 조건으로 임대차계약을 체결하여야 할 법률상의 책임이 있다고는 할 수 없어 청구인이 이러한 기존 임대차계약과 동일한 임대료로 잔여 임대기간에 따라 임대차 계약을 갱신체결하여 그 연간 임대수입금액이 당해 토지가액의 100분의 3에 미달하였다면 그 귀책사유는 청구인에게 있다 할 것이므로 정당한 사유가 있다고 볼 수는 없어 처분청이 이건 쟁점토지의 연간 임대수입금액이 그 장부가액의 100분의 3에 미달되므로 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분은 적법하다 하

겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1998. 7. 29.

행 정 자 치 부 장 관