2. 피고가 2008. 11. 11. 원고에게 한 2005 사업연도 법인세 606,658,240원 부과처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

이 법원이 이 부분에 관하여 쓸 이유는 아래와 같이 고쳐 쓰는 외에는 제1심 판결 이유 중 해당 부분(2쪽 5째 줄～3쪽 12째 줄) 기재와 같다. 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 따라 인용한다.

○ 2쪽 표 바로 위 ‘같다’ 다음에 ‘(오덱은 각 설정연도 다음해에 각 준비금 전액을 설정된 목적에 사용하고, 사용 내역에 따른 회계처리를 마쳤다)’를 추가한다.

○ 3쪽 2째 줄 ‘48,000원씩’ 다음에 ‘[선명 회계법인에 의뢰하여 구 상속세 및 증여세법 시행령에 정해진 보충적 평가방법에 의해 이 사건 주식 시가를 산정한 결과인 47,954원(1주당 순손익가치 43,080원, 순자산가치 35,285원)을 절상한 가액이다]’를 추가한다.

○ 3쪽 5째 줄 ‘51,694원’ 다음에 ‘(1주당 순손익가치 50,720원, 순자산가치 31,617원)’를 추가한다.

2. 주장 및 판단

가. 원고 주장

1) 비상장주식 시가에 대한 보충적 평가방법을 규정한 구 상속세 및 증여세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19333호로 개정되기 것, 이하 ‘구 상증세법 시행령’이라 한다) 제56조 제3항 은 ‘ 제1항 제1호 규정에 의한 순손익액은 법인세법 제14조 규정에 의한 각 사업연도 소득에 제1호 규정에 의한 금액을 가산한 금액에서 제2호 규정에 의한 금액을 차감한 금액에 의한다’고 규정(이하 ‘이 사건 전단 규정’이라 한다)하고 있었다. 1999. 12. 31. 개정 시 후단에 ‘이 경우 각 사업연도소득 계산 시 손금에 산입된 충당금 또는 준비금이 세법 규정에 따라 일시 환입되는 경우에는 당해 금액이 환입될 연도를 기준으로 안분한 금액을 환입될 각 사업연도 소득에 가산한다’라는 조항(이하 ‘이 사건 후단 규정’이라 한다)이 신설되었다.

종래 조세 행정 실무에서는 상증세법 시행령에서 정한 보충적 평가방법에 따라 비상장주식 가치를 평가하는 경우 손손익액은 기업회계상 당기순이익을 의미하는 것으로 해석하여 각 사업연도 소득금액에서 조세특례제한법(이하 ‘조특법’이라 한다)에 따른 준비금 설정액과 환입액을 가감하여 왔으나, 이 사건 후단 규정이 신설된 이후부터는 이를 가감하지 아니하는 것으로 입장을 변경하였다.

2) 이 사건 주식 시가에 관한 원, 피고 간 견해 차이는 기본적으로 손손익액 산정에서 비롯되고 있다. 즉, 순손익액 산정 시 피고가 변경된 입장에 따라 1999년 및 2001년에 설정된 연구 및 인력개발준비금과 중소기업투자준비금 합계액 4,381,682,152원 중 이 사건 주식 양도 이전 과거 3개 사업연도(2002～2004년)에 익금으로 환입된 3,048,348,819원(=2002년 793,894,040원+2003년 793,894,050+2004년 1,460,560,719원)을 해당 사업연도 소득에 가산한 반면에 원고는 위 환입액은 법인세 과세이연을 위한 단순한 세무조정 사항에 불과할 뿐 기업회계상 당기순이익에 해당하지 않는다고 보아 이를 가산할 수 없다고 보는 것이다.

3) 피고 주장과 같이 준비금 설정액과 환입액을 그대로 각 사업연도 소득에 반영하여 순손익액을 산정하게 되면, 특정 사업연도에만 준비금 설정(손금산입)과 환입(익금산입)이 있는 경우 준비금이 설정된 사업연도에는 사업연도 소득이 실제보다 축소되어 저가로 평가되고, 준비금이 환입된 사업연도에는 사업연도 소득이 실제보다 부풀려져 고가로 평가되는 결과를 낳게 된다. 이는 납세자가 조특법상 준비금 설정 및 환입 제도를 통하여 임의로 주식평가액을 조정하여 주식 가치를 왜곡시킬 위험성이 있다는 점에서 허용될 수 없는 것이다.

4) 이 사건 전단 규정은 경제적 손익개념에 입각하여 주주에게 실제 귀속되는 이익액을 최대한 반영한 순손익액을 산정하기 위하여 법인세법 제14조 규정에 따른 각 사업연도 소득에 그 소득 계산에서 익금 불산입되었던 각종 수익을 가산하고, 손금 불산입되었던 각종 비용 등을 공제하는 구조를 취하고 있다. 이러한 입법 취지에 비추어 보면, 법인세 과세이연 목적에 불과한 조특법상 준비금 설정 및 환입액은 각 호에 규정된 여부에 관계없이 각 사업연도 소득 계산에서 당연히 가감되어야 하는 것이다. 또한 순손익액 산정 시 각 사업연도 소득에 조특법에 따른 준비금 환입액이 포함될 것을 전제로 한 이 사건 후단 규정은 모법이 위임한 범위를 벗어나 헌법이 정한 조세법률주의에 반하는 것이다. 이와 같은 해석 기준에 따라 이 사건 주식 가치를 평가해 보면 46,317원(1주당 순손익가치 43,253원, 순자산가치 31,617원, 이를 각각 3:2 비율로 가중평균)이 되고 이는 원고가 주식 양도 시 적용한 48,000원보다 오히려 저가이다. 원고가 시가보다 낮은 가액으로 이 사건 주식을 양도하였다는 전제하에 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

5) 원고는 비상장주식인 이 사건 주식 양도에 즈음하여 선명 회계법인에 상증세법 시행령에서 정한 보충적 평가방법에 따른 시가 산정을 의뢰하였고, 선명 회계법인은 조특법에 따른 준비금 환입액으로 인하여 실제 주식가치가 왜곡되는 것을 방지하기 위하여 각 사업연도 소득에서 위 환입액을 공제하여 이 사건 주식 시가를 47,954원으로 산정하였다. 원고는 그 결과에 따라 삼광유리에 이 사건 주식을 양도하였을 뿐이므로 이는 경제적 합리성을 결한 비정상적 행위에 해당하지 않는다. 따라서 원고가 이 사건 주식 양도 시 적용한 시가가 피고가 산정한 시가보다 낮다는 이유만으로 곧바로 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 ‘관계법령’ 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전 것, 이하 같다) 제52조 제1항 에 의하면, 내국법인이 한 행위 또는 소득금액 계산이 특수관계자와 거래로 인하여 법인 소득에 대한 조세 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 법인이 한 행위 또는 소득금액 계산(이하 ‘부당행위계산’이라 한다)에 관계없이 법인의 각 사업연도 소득금액을 계산할 수 있다. 제2항 에 의하면, 부당행위계산 해당 여부는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자 간 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(이하 ‘시가’라 한다)을 기준으로 한다. 부당행위계산 유형 및 시가 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령에 위임되어 있는데, 구 법인세법 시행령(2005. 12. 31. 대통령령 제19255호로 개정되기 전 것, 이하 같다) 제88조 제1항 제3호 는 부당행위계산 유형 중 하나로 ‘자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물 출자한 경우’를 규정하고 있고, 제89조 제2항 제2호 는 주식 ‘시가’가 불분명한 경우에는 구 상증세법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전 것, 이하 같다) 제63조 규정을 준용하여 평가한 가액에 의하도록 규정하고 있다.

2) 원고는 이 사건 주식을 법인세법상 특수관계자에 해당하는 삼광유리에 1주당 48,000원씩에 양도하였는데, 원고가 한 행위가 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제3호 가 정한 부당행위계산에 해당하는지 여부를 판정하려면 먼저 이 사건 주식 시가가 얼마인지가 밝혀져야 한다. 이 사건 주식은 비상장주식으로서 정상적인 거래 가액이 존재하지 아니하므로 결국 구 상증세법 제63조 제1항 제1호 다목 규정을 준용하여 ‘당해 법인 자산 및 수익 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가’한 가액에 따라야 한다.

구 상증세법 위임에 따라 비상장주식 평가 방법을 규정한 구 상증세법 시행령 제54조 제1항 은 1주당 순손익가치와 순자산가치를 각각 3:2 비율로 가중평균한 가액에 의한다고 규정하고 있는데, 제56조 제3항 에 의하면, 1주당 순손익가치 산정 기초가 되는 최근 3년간 각 사업연도 순손익액은 법인세법 제14조 규정에 의한 각 사업연도 소득에 제1호 규정에 의한 금액을 가산한 금액에서 제2호 규정에 의한 금액을 차감한 금액에 의한다.

구 법인세법 제14조 에 의하면, 각 사업연도 소득은 그 사업연도에 속하는 익금 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금 총액을 공제하여 계산하는데, 여기에서 익금이란 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익 금액이며( 제15조 제1항 ), 손금이란 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비 금액이다( 제19조 제1항 ). 한편 구 법인세법 제15조 제3항 은 수익의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항을 대통령령으로 정하도록 하고 있고, 이에 따라 구 법인세법 시행령 제11조 제7호 는 손금에 산입한 금액 중 환입된 금액을 수익의 범위에 포함시키고 있다.

3) 피고는 이 사건 주식 거래일 기준으로 최근 3년간 사업연도인 2002～2004 사업연도에는 오덱이 설정한 중소기업투자준비금과 연구 및 인력개발준비금이 각 해당 사업연도에 익금으로 환입되었으므로 이처럼 익금으로 환입된 각 준비금을 해당 사업연도 소득으로 보아 이 사건 주식 시가를 정하면서 순손익가치 산정에 참작하였다. 그러나 구 법인세법 시행령 제11조 제7호 는 법인세 과세표준을 정하기 위하여 둔 규정으로 비상장주식 시가를 평가하는 데 준용될 것은 아니다. 그 이유는 다음과 같다.

① 법인세법상 소득·익금·손금은 기업회계상 당기순이익·수익·비용 개념에 각 대응하는 것이나, 법인세법에서는 각 사업연도 소득금액 계산에 필요한 모든 사항을 완결적으로 규정하지 아니한 채 기업회계상 당기순이익 계산을 기초로 조세정책적 요청 등을 반영하여 세법 규정에 따른 일정한 가감조정(세무조정, 구체적으로는 익금산입·손금불산입·손금산입·손금불산입) 사항만을 규정하는 구조를 취하고 있다. 구 상증세법 시행령 제56조 제3항 이 각 사업연도 손손익액 산정 시 법인세법 제14조 규정에 의한 각 사업연도 소득에서 가산하도록 규정하고 있는 제1호 규정 금액이란 기업회계상 수익에 해당하는 것이지만 세법 규정에 의하여 익금불산입된 것이고, 차감하도록 규정하고 있는 제2호 규정 금액이란 기업회계상 비용에 해당하는 것이지만 세법 규정에 의하여 손금불산입된 것이다. 이 사건 전단 규정이 법인세법 제14조 규정에 의한 각 사업연도 소득에 대하여 위와 같은 가감 조정을 거치도록 한 취지는 결국 기업회계상 당기순이익에 따라 주당 순손익액을 산정하겠다는 원칙을 선언한 것으로 보아야 한다. 주식 가격은 다양한 요인에 의하여 결정되는 것이므로 비상장주식에 대한 평가방법을 정할 때 어느 요인을 어떻게 반영할 것인가는 행정입법에 맡겨져 있다고 할 것이지만, 주당 순손익액을 평가 요소에 반영하는 이상에는 세무조정 이전에 주주에게 실제 귀속되는 경제적 이익액을 기초로 하는 것이 객관적이고 합리적인 평가를 담보하기 위한 최소한 요구사항이 된다. 따라서 이 사건 전단 규정과 같이 법인세법 제14조 규정에 의한 각 사업연도 소득금액을 출발점으로 순손익액을 계산하는 구조하에서는 기왕에 이루어진 세무조정에 대한 반대 조정을 통하여 기업회계상 당기순손익으로 환원시킬 것이 반드시 요구된다.

② 구 조특법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전 것. 이하 같다) 제4조 , 제9조 규정을 종합하면, 사업용 자산 등 개체 또는 신규취득에 소요되는 자금에 충당하거나 연구 및 인력개발 등에 소요되는 비용에 충당하기 위하여 투자준비금 또는 연구 및 인력개발준비금을 손금으로 계상한 때에는 일정한 금액 범위 안에서 당해 과세연도 소득금액 계산에서 이를 손금에 산입하고, 위와 같이 손금에 산입한 투자준비금 또는 연구 및 인력개발준비금이 설정된 목적에 사용된 경우에는 손금에 산입한 과세연도 종료일 이후 3년이 되는 과세연도부터 3년간 균분하여 각 과세연도 소득금액 계산에서 익금에 산입하도록 규정하고 있다. 이들 준비금은 이익잉여금 처분 시 준비금(임의적립금)으로 처분하고 법인세 신고 시 비용(손금)으로 신고하였다가 일정 기간 경과 후 준비금(임의적립금)에서 미처분이익잉여금으로 환입하고, 법인세 신고 시 수익(익금)으로 신고하는 방식으로 회계처리가 이루어진다. 즉, 이들 준비금 설정이나 환입 자체는 기업회계상 손익거래에 해당하지 아니하고, 투자 또는 연구 및 인력개발을 촉진하기 위하여 그에 소요될 재원을 확보하였을 때 세무조정(신고조정)에 의한 손금 산입을 인정하였다가 일정 기간 경과 후 익금에 산입하는 방식으로 그 기간 동안 조세 부과를 유예하는 조세 지원책에 불과한 것이다.

4) 오덱은 1999년 및 2001년에 연구 및 인력개발준비금과 중소기업투자준비금 합계액 4,381,682,152원을 설정하였고, 구 조특법 제4조 제1항 , 제9조 제1항 에 따라 각 설정연도 법인세 신고 시 이들 준비금 설정액을 손금에 산입하였다. 오덱은 각 설정연도 다음해에 각 준비금 전액을 설정된 목적에 사용하였고, 구 조특법 제4조 제2항 제1호 , 제9조 제2항 제1호 에 따라 준비금 중 2002년에 793,894,040원, 2003년에 793,894,050원, 2004년에 1,460,560,719원을 환입하여 해당 사업연도 법인세 신고 시 익금에 산입하였다. 그러나 위 환입액은 준비금을 손금에 산입하여 이연시킨 법인세를 부과하기 위한 세무조정 기법일 뿐 기업회계상 당기순이익에 포함되는 수익에 속하지 아니한다. 이 사건 전단 규정은 기업회계상 당기순이익에 따라 주당 순손익액을 산정하겠다는 원칙을 선언한 것이고, 동항 각호는 이를 구체화한 예시적 규정으로 보아야 하므로 2002～2004 사업연도 법인세 신고 시 익금에 산입된 환입액은 명문 규정 여부에 관계 없이 구 상증세법 제56조 규정에 의한 순손익액 산정 시 법인세법 제14조 규정에 의한 각 사업연도 소득금액에서 공제되어야 한다.

오덱에 대한 2002～2004 사업연도 소득금액에서 위 준비금 산입액을 공제한 순손익액을 기초로 계산한 1주당 순손익가치는 43,253원이고, 1주당 순자산가치는 31,617원이므로(갑 2호증, 을 1호증 기재, 변론 전체 취지), 구 상증세법 시행령 제54조 제1항 에 따라 평가한 이 사건 주식 시가는 46,317원이다.

원고는 시가보다 높은 가액인 48,000원에 이 사건 주식을 양도하였지 시가보다 낮은 가액으로 양도한 것이 아니다. 상증세법 시행령에 정해진 보충적 평가방법에 의하여 산정한 이 사건 주식 시가가 51,694원이라는 전제하에 이루어진 이 사건 처분은 부당행위계산 여부에 관하여 나아가 판단할 필요 없이 위법하다.

3. 결 론

제1심 판결을 취소한다. 이 사건 처분을 취소한다.

[별지 관계 법령 생략]