청구인은 (OOO외 1인 이하 “청구인”이라 한다) 91.4.13 광주직할시 동구 O동 OOOOO외 4필지 대지332.40㎡에 근린생활시설 지하1층 지상5층 건축면적 198.69㎡, 연면적 1,194.656㎡(이하 “이 건 건물”이라 한다)의 건축허가를 받고 92.6.11 동소 OOOOO외 4필지 근린생활시설 및 의료시설 118.26㎡, 연면적 711.034㎡의 증축허가 받아 93.3.24 준공하고 93년 1기 부가가치세 확정신고시 공통매입세액을 안분하지 아니하고 전액 공제하여 신고하였다.

처분청은 청구인이 이 건 건물 711.034㎡중 2층 118.26㎡를 청구인의 병원으로 사용한 것으로 보고 공통매입세액을 안분계산하여 93.10.16 청구인에게 92년 2기분 부가가치세 8,137,070원과 93년 1기분 부가가치세 3,285,750원을 부과하였다.

청구인은 이에 불복하여 93.11.5 이의신청, 93.12.16 심사청구를 거쳐 94.3.22 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주O 및 국세청O 의견

가. 청구주O

처분청은 청구인의 이 건 건물신축과 관련하여 총 면적 711.034㎡중 2층 (118.26㎡)은 청구인의 병원사업O으로 사용한 것으로 보아 기환급 받은 매입세액을 전시와 같이 부가가치세를 과세하였으나, 청구인은 이 건 건물이 설계변경으로 건축 연면적이 1,905.69㎡ 이고 2층 316.95㎡중 병원사용면적은 97.147㎡뿐이고 나머지는 사무실로 임대하였는 바, 면세부분 안분계산이 잘못되었으므로 시정하여 달라는 주O이다.

나. 국세청O 의견

이 건 건물은 93.3.21 준공되어 2층 일부를 청구인의 병원사업O으로 사용하였으나, 93.1기 확정신고시 공통매입세액을 안분하여 신고하지 아니하고 전액공제하였음이 확인되는 바, 93.1기 과세기간종료일현재 2층 부분에 대하여 임대한 사실이 없고, 청구인의 93년 면세관련 수입금액이 확정되지 아니 하였으므로 부가가치세법 제61조( 부가가치세법 시행령 제61조의 2의 오기로 보여짐) 제1항의 규정에 의한 공통매입세액의 정산여부는 별론으로 하더라도 93.1기 과세기간 이전 과세기간에 대한 공통매입세액의 안분계산은 총 예정 사용면적 1,905.69㎡에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적 316.95㎡의 비율로 안분계산함이 타당하다고 할 것이다.

따라서 면세사업에 관련된 예정사용면적 비율이 16.63%에 해당하고 이 비율은 당초 처분청의 결정비율과 동일하므로 당초 과세는 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 건물에 대한 공통매입세액 안분계산의 적정 여부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제17조 제2항 제4호에서 부가가치세가 면제되는 재화용역 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 동법 시행령 제61조(매입세액 안분계산) 제1항에 의하면 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고 동조 제4항에 의하면 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에는 동조 동항 제4호에서 총 예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율로 안분계산하도록 되어 있으며 같은법시행령 제61조의 2 제2항에서는 공통 매입세액을 총 예정 사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용 면적의 비율로 안분계산한 경우에는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총 사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 정산하도록 규정하고 있다.

다. 사실관계를 보면

이 건 건물은 91.4.13 건축허가시 건축면적 198.69㎡ 연면적 1,194.656㎡의 근린생활시설로 198.69㎡를 건축허가 받고 92.6.11 설계 변경하여 건축면적 118.26㎡, 연면적 711.034㎡의 근린생활시설 및 의료시설로 추가하여 증축 허가 받으므로써 총 건축면적은 지하1층 지상5층 건축면적 316.95㎡, 연면적 1,905.69㎡가 건축허가 되었고 일반 건축물 대O에 “2층면적(316.95㎡) 용도 (의원)”로 기재되어 있다.

라. 청구인은 이 건 건물 준공 후 2층의 일부를 청구인의 병원사업O으로 사용하고 93년 1기 부가가치세 확정신고하면서 총 예정사용 면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율을 신고한 바가 없고 93년 1기에는 이 건 건물을 임대한 바가 없다. 따라서 처분청이 건축물 대O에 기재된 대로 2층전체를 면세사업에 관련된 예정 사용면적으로 보아 매입세액을 안분계산하여 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. 그러나 청구인이 93.7.1 이 건 건물 2층 중 132㎡를 대전직할시 소재 OO자동차판매주식회사 대표이사 OOO와 임차보증금 72,000,000원, 월정 유지관리비 390,000원으로 93.7.1 ～ 95.6.30 기간의 임대차계약을 체결하였고 93.7.13 이 건 건물 2층중 24평을 부산시 북구 OOO동 O OOOO OOO과 임차보증금 10,000,000원, 관리비 192,000원 및 임대로 인한 부가가치세 부담금 100,000원으로 93.7.15 ～ 94.7.14 기간의 임대차계약을 체결하였으며 이에 따른 임대료수입을 93년 2기분 부가가치세 확정신고 하였음이, 청구인이 제출한 심리자료(93.2 부가가치세 확정신고서, 부동산임대공급 가액명세서 부동산 임대차계약서 등)에 제시되고 있어서 93년 2기에는 이 건 건물의 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되었다 할 것이므로 이 법시행령 제61조의 2 제2항의 규정에 의하여 총 사용면적에 대한 면세사용 면적비율에 의하여 공통매입세액을 정산함은 별론으로 하고, 당초처분을 취소하라는 이 건 청구주O은 이유없다.

따라서 이 건 심판청구는 청구주O이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.