청구인은 91.6.26 취득한 서울특별시 성동구 OO동 OO OOOO 대지 129㎡ 및 주택 60.11㎡(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 92.1.23 청구외 OOO에게 양도하고 자산양도차익예정신고나 과세표준확정신고를 한 바 없다.

처분청은 이에 대하여 기준시가로 양도차익을 산정하고 98.1.15 청구인에게 92년 귀속 양도소득세 26,362,990원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 98.3.16 심사청구를 거쳐 98.6.26 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구인 주장

쟁점주택의 등기부등본상 그 매매원인일이 91.12.25로 되어 있고, 재개발조합의 조합원 명부에도 쟁점주택의 소유자가 91.12.25 청구인으로부터 청구외 OOO으로 명의변경되었음이 조합장의 사실확인서에 의하여 확인되고 있는 바, 쟁점주택의 양도시기는 91.12.25이므로 이 건 과세처분은 부과제척기간이 경과한 이후의 처분으로서 부당하며 설사, 부과제척기간내의 처분이라 하더라도 쟁점주택의 양도는 1년 이내의 단기거래에 해당되므로 처분청이 양도시기의 근거로 본 검인계약서상의 거래가액(취득가액 130,000,000원, 양도가액 140,000,000원)을 기준으로 양도차익을 계산하여 과세하여야 함에도 기준시가로 양도차익을 계산하여 과세한 처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견

쟁점주택은 91.12.25 매매를 원인으로 92.1.23 소유권이전등기되었고, 청구인을 채무자로 하고 채권최고액을 160,000,000원으로 하여 쟁점주택에 설정된 근저당권이 92.1.22자 해지를 원인으로 92.1.23 말소등기되었는 바, 부동산 거래관행상 말소등기원인일인 92.1.22 잔금이 청산되었다고 보아야 하므로 양도소득세를 부과할 수 있는 시점인 93.6.1부터 5년 이내인 98.1.5 이 건 양도소득세를 결정고지하였으므로 국세부과제척기간이 경과하여 과세하였다는 청구주장은 이유없고, 위 근저당권 말소에 대한 특약사항의 약정이 없는 부동산매매계약서만으로는 실지양도가액이 확인되지 아니하는 경우에 해당하므로 기준시가로 양도차익을 계산하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주택의 양도시기가 언제인지 여부와 1년 이내의 단기거래로서 과세표준 및 세액결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 실지거래가액으로 신고를 하지 아니하여 기준시가로 양도차익을 계산하여 과세한 처분의 당부에 있다.

나. 관련법령

소득세법 제27조에는『자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다』고 규정하고 있고,

같은 법 시행령 제53조 제1항에는『법 제27조에 규정하는 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다』고 규정하면서, 그 제1호에서『대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다』고 규정하고 있다.

한편, 소득세법 제96조 제1호 및 제97조 제1항 제1호 가목에서『양도가액 및 취득가액은 제94조 제1호·제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시 및 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다』고 규정하고 있고,

같은 법 시행령 제166조 제4항 제1호 및 제3호에는『법 제96조 제1호 단서 및 법 제97조 제1항 제1호 가목 단서에서 “당해자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우”라 함은 단기매매차익을 목적으로 제157조 제3항 제2호의 자산 및 취득후 1년 이내의 자산을 양도하는 경우, 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우』라고 규정하고 있으며, 같은 조 제5항 제1호 및 제2호에는 『제4항의 규정을 적용함에 있어서 제4항 제1호 및 제2호의 경우 부동산의 취득 또는 양도의 경위와 그 이용실태 등에 비추어 단기매매차익을 목적으로 하지 아니하거나 부정한 방법으로 거래한 것이 아니라고 인정되는 경우, 제4항 제3호의 경우 신고한 실지거래가액이 거래증빙 등에 의하여 확인되지 아니하는 경우에는 제6항의 자문을 거쳐 실지거래가액의 적용대상에서 제외할 수 있다고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 쟁점토지의 양도시기가 언제인지 여부에 대하여 본다.

쟁점주택은 91.5.1자 매매를 원인으로 91.6.26 청구인 명의로 소유권이전등기되었다가 91.12.25자 매매를 원인으로 92.1.23 청구외 OOO 명의로 소유권이전등기되었고, 채권최고액을 160,000,000원으로, 청구인을 채무자로 하고 근저당권자를 청구외 OOO외 1인으로 하여 근저당권이 설정되었다가 92.1.22자 해지를 원인으로 92.1.23 동 근저당권이 말소되었음이 등기부등본에 의하여 확인된다.

청구인은 91.12.25 매매로 인한 조합원의 명의가 변경되었음을 확인한다는 OOO구역 재개발조합장 OOO의 사실확인서를 증빙자료로 제시하면서 91.12.25이 양도일이라고 주장하고 있으나, 청구인이 주장하는 양도시기(91.12.25)는 잔금지급약정일 또는 잔금청산일이 아니라 매매계약일이고, 근저당권이 92.1.22자 해지를 원인으로 92.1.23 말소등기된 점, 잔금청산일을 확인할 수 있는 계약서, 영수증 등 구체적이고 객관적인 증빙자료를 제시하지 아니하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 잔금청산일이 확인되지 아니하므로 등기접수일(92.1.23)을 양도시기로 보아야 할 것이고, 이 날을 양도시기로 볼 경우 그 부과제척기간은 98.5.31이 되므로 98.1.15 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 적법하다고 판단된다.

(2) 다음, 기준시가로 양도차익을 산정하여 과세한 처분의 당부에 대하여 본다.

청구인은 쟁점주택을 91.6.26 취득하여 92.1.23 양도함으로써 1년 이내의 단기거래에 해당되고, 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하지 아니한 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

청구인은 심사청구시 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 과세하여야 한다고 주장하면서 취득가액이 168,000,000원으로 기재된 매매계약서와 양도가액이 168,000,000원으로 기재된 매매계약서를 제출하였음이 심사결정문에 의하여 확인된다.

청구인은 쟁점토지의 양도는 1년 이내의 단기거래이므로 실지거래가액(취득가액은 130,000,000원, 양도가액은 140,000,000원)에 의하여 과세하여야 한다는 주장이나, 이 거래가액은 심사청구시 제시한 매매계약서상의 거래가액과 상이할 뿐만 아니라 양도당시 및 취득당시의 실지매매계약서임을 입증할 수 있는 영수증, 거래상대방의 거래사실확인서 등의 구체적이고 객관적인 증빙자료가 뒷받침되지 아니하여 실지거래가액이 확인되는 경우에 해당하지 아니한다 하겠고,

위 관련법령에 의하면, 1년 이내의 단기거래인 경우에도 실지거래가액이 확인되는 경우에만 실지거래가액에 의하여 양도차익을 계산하는 것이고 실지거래가액이 확인되지 아니하는 때에는 당연히 기준시가에 의하는 것임을 알 수 있고, 또한 납세자가 과세표준 및 세액결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에 신고하지 아니하여 이미 그 규정에 따른 실지거래가액을 주장할 수 없게 된 상태에서 뒤늦게 당해 거래가 투기거래임을 내세우면서 기준시가에 의한 경우보다 오히려 자신에게 유리한 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 줄 것을 요구한다는 것은 결국 법이 규제하고자 하는 투기행위를 내세워 다른 일반거래자 이상으로 법의 보호를 받겠다는 것에 지나지 아니하여 공평과세의 견지에서 이를 허용하기 어렵다는 점 등을 고려하여 볼 때, 이는 거래가 비록 투기거래 등의 유형에 해당하더라도 그 실지거래가액에 따른 양도차익이 기준시가에 의한 양도차익에 미치지 못할 경우에는 과세관청은 당해 거래를 실지거래가액의 적용대상에서 제외시킬 수 있다고 봄이 타당하다 할 것이다.(국심 95구 361, 95.8.11외 다수 같은 뜻)

그렇다면, 이 건 거래가 1년 이내의 단기거래라 하더라도 청구주장의 실지거래가액에 의한 양도차익(8,905,930원)이 기준시가에 의한 양도차익(36,615,278원)에 미치지 못하며, 또한 과세표준 및 세액결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 처분청에 신고한 사실이 없는 쟁점주택의 양도에 있어서는 그 양도차익을 기준시가에 의하여 계산하는 것이 타당하다고 인정되므로 처분청이 기준시가로 양도차익을 계산하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분에 잘못이 없다고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.