2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 1/5은 원고가 나머지는 피고가 각 부담한다.

가. 원고는 도소매업(전자상거래업)을 주업으로 하는 법인으로， ① 2008년 제1기 부 가가치세 과세기간 중 주식회사 BBB로부터 공급가액 합계 OOOO원의 매입세금계산서 7매를， 2010년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 CCC로부터 공급가액 합계 OOOO원의 매입세금계산서 6매를 수취하였고， ② 2008년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 DDD에게 공급가액 합계 OOOO원의 매출세금계산서 6매를， 2010년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 DDD 및 주식회사 EEE에게 공급가액 OOOO원의 매출세금계산서 6매를 교부한 후， 이를 기초로 해당 과세기간의 부가가치세를 신고 ・ 납부하였다(이하 위 세금계산서들을 '이 사건 세금계산서'라 하고， 이에 기재된 거래를 '이 사건 거래'라 한다).

나. 서울지방국세청장은 2011. 5. 17.부터 2011. 8. 24.까지 원고 및 관련 업체 등에 대한 세무조사를 실시하여 원고가 수수한 이 사건 세금계산서가 모두 가공세금계산서라고 보고 이를 피고에게 통보하였다.

다. 피고는 위 통보에 따라 이 사건 세금계산서상 매입세액과 매출세액을 모두 감액 하고 세금계산서불성실가산세를 가산하여 2011. 9. 1. 원고에게 청구취지 기재와 같이 부가가치세(가산세 포함)를 경정 ・ 고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다， 한편 각 과세기간 세금계산서불성실가산세는 2008년 제1기 OOOO원， 2008년 제2기 OOOO원， 2010년 제1기 OOOO원， 2010년 제2기 OOOO원이고， 경정세액 내지 환급세액과의 정산을 거쳐 위 청구취지 기재 금액이 최종적으로 부과된 것이어서， 2008년 제1기 부과액 OOOO원에서 해당 기간 불성실가산세 OOOO원을 공제한 나머지 OOOO원만이 부가가치세 본세에 해당하고， 나머지 과세기간의 청구취지 기재 금액은 모두 가산세로만 이루어져있다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2011. 12. 13. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2012. 7. 20. 위 청구는 기각되었다.

인정근거 다툼 없는 사실， 갑 제2 내지 5호증， 을 제1호증(가지번호 있는 호증은 이를 포함， 이하 같다)의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 부가가치세 본세 부분

원고는 이 사건 거래가 가공거래라는 사실을 알지 못한 선의의 거래당사자이다.

거래상대방이 명의위장사업자 등으로 판정되었다고 하더라도 당해 사업자를 선의의 거래당사자로 볼 수 있는 때에는 경정결정 등 불이익한 처분을 할 수 없다는 것이 확립된 대법원 판례이자 부가가치세 기본통칙의 내용인바， 위 법리에서 말하는 위장사업자임을 인식하지 못한 것이나 이 사건에서와 같이 실물 거래가 존재하지 않는다는 사실을 인식하지 못한 것이나 모두 '세금계산서의 기재내용과 거래의 실질이 다르다는 점을 인식하지 못한 경우'에 해당하여 본질적인 차이가 없음에 비추어， 위 법리는 이 사건에도 적용될 수 있다고 보아야 한다.

따라서 선의의 거래당사자인 원고에게 매입세액을 불공제하는 등으로 부가가치세 본세를 경정 ・ 고지한 것은 위법하다.

(2) 가산세 부분

원고는 이 사건 거래가 가공거래인 줄 전혀 몰랐고， 이를 의심할 만한 사정도 없었으므로， 이 사건 세금계산서와 관련하여 원고에게 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 보아야 한다. 따라서 이 사건 처분 중 가산세 부과 처분은 모두 면제되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1， 6 내지 18호증， 을 제2 내 지 5호증의 각 전부 또는 일부 기재， 증인 FFF， GGG의 각 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

(1) HHH는 유통업체인 주식회사 DDD， 주식회사 EEE와 주식회사 III(이하 위 회사들을 개별적으로 지칭할 때에는 'DDD'， 'EEE','III'이라 하고， 위 회사들을 합하여 'DD3사'라 한다)의 실제 운영자인데， DD3사는 2005년부터 중소기업 제품의 판로 개척과 경영 활성화 등을 위해 정부가 출자한 주식회사 CCC(이하 'CCC'라 한다)와 상품의 매입과 납품 등에 대한 위탁 계약을 체결하고 그 업무를 대행하여 왔다.

(2) HHH는 홈쇼핑 사업에 투자하여 약 OOOO원의 손해를 입으면서 발생한 채무변제에 사용할 자금을 마련하기 위하여， 자신이 운영하는 DD3사가 중소기업유통센터로부터 매입업무와 매출업무를 모두 위탁받고 있음을 기화로， 상품의 기본 유통 흐 름이 DD3사 → 주식회사 BBB(이하 'BBB'이라 한다) 또는 CCC → DD3사로 이루어지는 순환거래를 가공하여 그런 사정을 모르는 BBB 등 회사들로부터 대금을 먼저 지급받아 자신의 채무변제 등에 사용하고 이후에 계속 확대되면서 이루어지는 가공거래에서 위 회사들로부터 지급받은 대금으로 기존의 대금을 갚아나가기로 마음먹고， 실제 BBB 등 회사들의 직원을 기망하여 위와 같은 가공거래를 하였다.

(3) 그러던 중 CCC나 BBB로부터 매출처 다변화 요청이 있었고， 그에 따라 2008년 2월경 BBB의 직원 JJJ과 HHH는 당시 원고의 담당 직원인 KKK에게 거래 안정성 및 신규 매출처 확보를 위하여 원고가 BBB과 DDD 사이의 거래를 중개해 주면 좋겠다는 취지로 제안하여 앞서 본 바와 같이 원고가 BBB로부터 물품을 구입하고 DDD에게 이를 판매하는 내용의 각 계약이 체결되었고， 2010년에도 같은 이유로 원고가 CCC로부터 물품을 구입하고 DDD와 EEE에게 이를 판매하는 내용의 각 계약이 체결되었으며， 이에 따라 이들 회사 사이에 이 사건 세금계산서가 수수되었다. 한편 이 사건 거래가 계속되는 동안 매출회사로부터 대금은 정상적으로 결재되어 왔다.

(4) 원고의 매입처인 BBB이나 CCC와의 계약에서는 매도인인 위 회사들이 원고가 정한 장소에 물품을 납품하도록 되어 있을 뿐， 원고의 검수의무 등에 대한 규정이 없고， 반면에 원고의 매출처인 DDD나 EEE 와의 계약에서는 매수인인 위 회사들이 물품의 하자가 없음을 확인하도록 되어 있다.

(5) 이 사건 거래의 납품대상 물품은 청소기， 가공식품류 등 일상 생활용품으로 다품종， 소량의 제품들이었고， 이 사건 거래로 인한 원고의 수수료율(마진율)은 2008년 1.5%， 2010년 3.1%， 평균 2.6%였고{원고가 이 사건 거래와 같은 전체 B2B(Business to Business， 기업이 기업을 대상으로 각종 서비스나 물품을 판매하는 방식의 전자상거래) 분야에서 취득한 수수료율은 2008년 6.3%， 2010년 4.8%이다}， 이 사건 거래로 인한 매출액 점유율은 총매출액 대비 약 0.11%~0.45%였다.

라. 판단

(1) 부가가치세 본세(2008년 제1기분 OOOO원의 부가가치세 중 OOOO원 부분) 부분

원고가 들고 있는 법리는 그 설시 그대로 실물 거래 자체는 있었으나 실제 공급자와 세금계산서상 공급자가 다른 경우 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장 사실에 대하여 선의의 거래당사자일 경우를 전제한 것으로서， 이 사건과 같이 실물 거래 자체가 없는 경우에 적용 내지 유추적용되는 법리가 아니므로， 이에 반하는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

(2) 가산세 부분

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 세법에 규정된 신고 ・ 납세의무 등을 위반한 경우에 세법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서， 납세자의 고의・과실은 고려되지 아니 하되， 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라 고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다(대법원 2005. 11. 25. 선고 2004두930 판결 등 참조).

위 법리에 비추어 이 사건을 보건대， 위 인정사실을 통하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들， 즉，① 이 사건 거래는 기본적으로 HHH의 사기행각의 일환으로 이루어지게 된 것인 점，② DDD 등 매출처가 매입처를 일방적으로 선택하여 원고에게 통보한 것이 아니고， BBB이나 CCC 등의 매출처 다 변화 요구가 있었고， 위 BBB 등의 정상적인 제의를 통하여 원고가 이 사건 거래에 이르게 된 것으로 보이는 점，③ 더욱이 원고와 교섭한 매입처인 BBB 은 대기업 계열사이고 CCC는 공기업이었던 점，④ 이 사건 거래의 수수료율은 1.5% - 3.1%로 원고의 통상적 인 B2B 거래 수수료율보다도 낮은 수준이었던 점，⑤ 이 사건 거래기간 동안 반품에 따른 대금정산이 이루어졌다는 자료가 없으나， 이 사건 거래에는 B2C(Business to Consumer)， 기업이 제공하는 물품 등이 개별 소비자에게 직접적으로 제공되는 전자상거래 등의 거래 형태) 거래와는 달리 개별 소비자에게 직접 물품이 인도되도록 하는 내용이 포함되어 있지 아니하므로 반품에 따른 정산이 빈번히 이루어질 수밖에 없는 거래유형이라고 보기 어려운 점，⑥ 이 사건 거래를 위한 각 계약내용에 원고의 검수의무에 대한 규정이 없고， 원고로서는 매출처로부터 대금이 정상적으로 결재되면 특별한 사정이 없는 한 물품이 매출처에 문제없이 인도되었다고 생각할 수 있는 점，CD 이 사건 거래로 인한 매출액도 원고의 총매출액에 비하여 미미하여 원고가 위 계약상 의무를 넘어 이 사건 거래에 주목하고 있었다거나 혹은 그러하여야 한다는 것을 기대하기도 어려운 점 등을 종합하여 보면， 원고로서는 이 사건 거래가 가공거래라는 사실을 알지 못하였고， 이를 의심할 수 있는 상황에 있지도 않았다고 보이므로， 당초 이 사건 세금계산서와 관련한 부가가치세 신고에 있어 원고의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 봄이 타당하다

결국 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하므로， 모두 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.