2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2015. 10. 30. 원고에 대하여 한 2012년 귀속 증권거래세 000,000,000원의 경정거부처분을 취소한다(소장의 청구취지에 기재된 '2015. 12. 30.'은 '2015. 10. 30.'의 오기로 보인다).

가. 원고는 소프트웨어 개발 및 판매업을 영위하는 법인으로서 2012. 9. 28. 국외 특수관계인인 싱가포르 소재 법인인 AAA(이하 '양도법인'이라고 한다) 소유의 주식회사 BBB 보통주 532,066주(이하 '이 사건 주식'이라 한다)를 000,000,000,000원에 양수한 후 2012. 11. 14. 피고에게 위 양도가액에 법인세법 제98조 제1항 제5호에 따라 10% 세율을 적용하여 법인세 000,000,000,000원을 원천징수하여 신고・납부하고, 같은 날 위 양도가액에 구 증권거래세법(2015. 12. 29. 법률 제13628호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제8조, 제9조에 따라 0.5% 세율을 적용하여 증권거래세 000,000,000원을 신고・납부하였다.

나. 서울지방국세청은 2015. 4.경 원고에 대한 세무조사 과정에서 국제조세조정에 관한 법률(이하 '국제조세조정법'이라고 한다) 제4조에 의해 이 사건 주식의 정상가격을 00,000,000,000원으로 평가하여 피고에게 과세자료를 통보하였다. 이에 따라 피고는 정상가격을 기준으로 원천징수 법인세액을 다시 산정하여 원고에게 법인세0,000,000,000원을 감액 결정하여 환급함과 동시에 양도가액과 정상가격의 차액인 00,000,000,000원을 양도법인의 배당소득으로 보아 법인세법 제98조 제1항 제3호 및 한국・싱가포르 조세협약 제10조 제2항 나목에 따라 15% 세율을 적용하여 원고에게 원천징수 법인세 0,000,000,000원을 추가 경정・고지하였다.

다. 원고는 2015. 9. 1. 피고에게 '이 사건 주식의 양수도에 관한 증권거래세 과세표준도 법인세의 경우와 마찬가지로 실제거래가격이 아니라 정상가격인 00,000,000,000원이 적용되어야 하므로 기납부한 증권거래세 중 000,000,000원을 환급해 달라'는 취지의 경정청구를 하였으나, 피고는 2015. 10. 30. 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 '이 사건 거부처분'이라 한다).

라. 원고는 이 사건 거부처분에 불복하여 2016. 1. 13. 조세심판원장에게 심판청구를 하였으나 2016. 5. 31. 심판청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 10호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 이 사건 거부처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

이 사건과 같이 주권 등이 정상가격보다 높은 가격으로 양도된 경우 법인세 과세표준 산정시에는 정상가격을 적용하고, 증권거래세 과세표준 산정시에는 거래가격(양도가액)을 적용한다면, 하나의 거래에 관하여 두 개의 가격을 적용하는 셈이어서 실질과세의 원칙에 맞지 않고 헌법상 평등원칙이나 조세평등주의에도 위배된다. 따라서 이 사건 주식 양수도에 관한 증권거래세 과세표준 산정시 정상가격이 아닌 양도가액이 적용되어야 한다는 취지의 이 사건 거부처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 증권거래세법 제7조 제1항은 증권거래세 과세표준을 정하고 있는데, 그 과세표준에 대하여, 제2호는 '제1호 외의 주권 등을 양도하는 경우에는 다음 각목의 구분에 의한 가액'으로 정한다고 하면서, 가목 본문에서 '주권 등의 양도가액을 알 수 있는 경우에는 해당 주권 등의 양도가액'으로 하되, 다만 다음의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음에 규정하는 가액으로 한다고 하면서 (2)에서 '소득세법 제126조, 법인세법 제92조 또는 국제조세조정법 제4조에 따라 주권 등이 정상가격보다 낮은 가액으로 양도된 것으로 인정되는 경우에는 그 정상가격으로 한다'고 규정하고 있다.

위 각 규정에 의하면, 주권 등을 양도하는 경우 증권거래세 과세표준은 원칙적으로 해당 주권 등의 양도가액을 알 수 있는 경우에는 양도가액을 적용하나, 예외적으로 국제조세조정법 제4조 등에 따라 주권 등이 정상가격보다 낮은 가액으로 양도된 것으로 인정되는 경우에는 정상가격을 적용한다고 할 것이다.

위 증권거래세법 규정의 취지는, 증권거래세는 거래세이므로 실제거래가액을 기준으로 과세함이 원칙이나 특수관계자들 사이에 증권거래세의 부담을 부당하게 감소시키기 위하여 주식 등을 정상가격보다 낮은 가격으로 거래하는 경우 예외적으로 이를 규제하기 위하여 실제거래가액이 아닌 정상가격을 기준으로 증권거래세를 과세하겠다는 것으로서 이는 공평과세의 원칙을 구현하기 위한 입법정책의 일환으로 볼 수 있다. 이와 반대로 특수관계자들 사이에 주식 등을 정상가격보다 높은 가격으로 거래하는 경우는 증권거래세의 부담을 부당하게 감소시킬 우려가 없고 오히려 납세자가 다른 목적을 위하여 증권거래세 부담의 증가를 자초한 것으로 볼 수 있으므로 이에 대하여 굳이 정상가격을 기준으로 증권거래세를 과세하는 예외규정을 두지 아니하고 실제거래가액을 기준으로 증권거래세를 과세한다고 하더라도 이는 원칙에 입각한 것이고, 입법재량의 범위를 벗어난다고 할 수도 없다. 원고의 주장과 같이, 동일한 거래에 대하여 법인세를 과세함에 있어서는 증권거래세의 경우와 달리 오히려 특수관계자들 사이에 정상가격보다 높은 가격으로 거래한 것을 문제삼아 정상가격으로 거래한 것으로 재구성한다고 하더라도 이는 그와 같은 거래로 인하여 수득세인 법인세의 부담을 부당하게 감소시키는 것을 규제하기 위한 예외적인 조치이고, 특수관계자들 사이에 조세의 부담을 감소시키기 위하여 이루어지는 거래를 규제한다는 점에서 위의 증권거래세법 규정과 같은 취지라고 할 수 있다. 국제조세조정법 제4조 제1항이 과세당국은 특수관계자 사이의 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우에는 정상가격을 기준으로 과세표준과 세액을 정할 수 있다고 규정한 것도 같은 취지에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높음으로 인하여 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 경우를 규제할 수 있도록 하기 위한 것이며 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 우려가 없는 경우에 대하여까지 일률적으로 정상가격을 기준으로 과세하도록 하는 규정은 아니다.

따라서 특수관계자들 사이에 주식 등을 정상가격보다 높은 가격으로 거래한 경우에 대하여 법인세법에서는 그로 인한 법인세 부담의 부당한 감소를 규제하기 위하여 정상가격을 기준으로 법인세를 과세하도록 하면서 증권거래세법에서는 그로 인한 증권거래세 부담의 부당한 감소가 없어 실제거래가액을 기준으로 증권거래세를 과세하도록 한다고 하더라도 이는 특수관계자들 사이의 부당한 조세회피행위를 규제하겠다는 합리적이고 일관된 입법정책에 따른 것이므로 이를 두고 국제조세조정법 제4조 제1항의 취지에 배치된다거나 조세평등주의, 실질과세의 원칙 등에 위배된다고 할 수 없다.

그러므로 주권 등이 정상가격보다 높은 가액으로 양도되는 경우 그 증권거래세 과세표준은 원칙으로 돌아가 증권거래세법 제7조 제1항 제2호 가목 본문에 따라 해당 주권 등의 양도가액을 알 수 있는 한 해당 주권 등의 양도가액으로 한다고 봄이 상당하다.

2) 이 사건의 경우 앞서 본 바와 같이 이 사건 주식은 정상가격보다 높은 가액으로 양도된 경우에 해당하고, 그 양도가액은 주식양도계약서 등에 의하여 알 수 있으므로, 이 사건 주식 양도수에 관한 증권거래세 과세표준은 증권거래세법 제7조 제1항 제2호가목 본문에 따라 이 사건 주식의 양도가액이라고 할 것이다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

라. 소결론

이 사건 거부처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.