청구법인은 학술연구를 목적으로 OO연구원법에 의거 설립된 조세감면규제법 제8조에 의한 공공법인으로서 89.1.1 부터 89.12.31 각 사업년도(이하“89사업년도”라 한다)의 법인세와 방위세의 과세표준 및 세액을 신고하면서 법인세는 103,607,510원의 환급세액이 있고 법인세에 대한 방위세는 95,685,750원의 납부세액이 있으므로 실제 납부할 세액이 없다 하여 방위세 95,685,750원을 납부하지 아니하였다.

이에 대하여 처분청은 청구법인이 환급세액으로 신고한 법인세 103,607,510원이 환급금으로 결정되지 아니하였고, 따라서 방위세에 충당된 바 없으므로 청구법인이 방위세를 납부기한내에 납부하지 아니하였다 하여 방위세무납부가산세 19,137,150원을 90.6.16 청구법인에게 결정고지하자 이에 불복하여 전심절차를 거쳐 91.2.4 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장

청구법인이 89사업년도 법인세와 방위세의 과세표준 및 세액을 신고하면서 법인세는 103,607,510원의 환급세액이, 동 방위세는 95,685,750원의 납부세액이 발생하여 납부할 세액이 없다 하여 동 방위세 95,685,750원을 납부하지 않은데 대하여 처분청은 방위세무납부가산세 19,137,150원을 부과하였으나 청구법인은 법인세는 과세표준확정신고에 의하여 납세의무가 확정되고 예외적으로 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때에 한하여 경정등의 부과처분을 하게 되는데 환급해야 할 세액이 있음에도 내부적인 사무처리절차상 환급결정을 하지 않았다는 사유로 환급신고세액을 자진납부하는 국세에 충당하지 않고 방위세를 무납부로 보아 가산세를 부과한 처분은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견

청구법인은 89사업년도 법인세 과세표준 및 세액을 90.3.31 처분청에 신고하면서 법인세를 103,607,510원의 환급받을 세액으로, 동 방위세는 95,685,750원의 자진납부할 세액으로 신고하였고, 동 방위세를 환급해야 할 법인세에서 충당후 나머지를 환급해 줄 것을 문서로 요청한 사실은 있으나 청구법인의 이 건 법인세 신고시 처분청에는 청구법인에게 국세환급금으로 결정한 금액이 없었으므로 처분청에서 청구법인에게 환급해야 할 금액이 없음에도 청구법인이 충당을 요구하면서 자진신고납부기한까지 납부하지 않은 방위세에 대하여 처분청이 방위세무납부가산세를 부과한 이 건 결정에 달리 잘못이 있어 보이지 않는다는 의견이다.

4. 쟁점

이 건의 다툼은 법인세와 방위세의 과세표준 및 세액신고시 법인세에서 환급세액이 있다 하여 방위세를 납부하지 않은 경우 그 납부하지 아니한 방위세에 대하여 무납부가산세를 부과한 처분의 당부를 가리는 데 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단

먼저 관련법규정을 보면, 국세기본법 제51조 제1항에 『세무서장은 납세의무자가 국세·가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액(세법에 의하여 환급세액에서 공제한 후의 잔여액을 말한다)이 있는 때에는 즉시 그 오납액·초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다』고 규정하고 있고, 동법 동조 제2항에서 『세무서장은 국세환급금으로 결정한 금액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 다음 각호의 국세·가산금 또는 체납처분비에 충당하여야 한다. 다만, 제3호 또는 제4호의 국세에의 충당은 세법에 의하여 세무서장에게 제출하는 계산서류에 납세자가 그 국세에 충당받고자 하는 뜻을 부기한 경우에 한한다』고 규정하면서 그 제3호에서 『세법에 의하여 자진납부하는 국세』로 규정하고 있음을 알 수 있다.

다음으로 이 건 과세처분경위 및 청구주장내용을 보면, 청구법인은 89사업년도 법인세와 방위세의 과세표준 및 세액신고를 함에 있어 처분청으로부터 조세감면규제법 제8조 제4항 및 동법시행령 제5조에 의하여 법인세 신고기한을 90.4.1 로 연장승인을 받고 동 기한 하루전인 90.3.31 자로 위 과세표준 및 세액신고서를 제출하면서 법인세는 103,107,610원의 환급세액이 있고 법인세에 대한 방위세는 95,685,750원의 납부할 세액이 있어 실납부할 세액은 없는 것으로 보아 동 방위세 95,685,750원을 납부하지 아니하자 처분청이 동 방위세 무납부에 대한 가산세를 부과한 바,

이에 대하여 청구법인은 방위세법시행령 제4조에 의하면 방위세는 방위세의 과세표준이 되는 세액의 신고·납부서식에 의하여 이를 세액과 병기하고, 그 합계액을 기재하여 신고·납부하도록 함으로써 방위세와 방위세 과세표준이 되는 법인세액을 합계하여 납부할 세액을 정하는 것처럼 규정하고 있고 법인세 과세표준 및 세액신고서식을 보면, 법인세와 방위세의 차감납부세액과는 별도로 실납부세액이라는 기재란을 둠으로써 이를 법인세와 방위세를 합계한 금액을 기재하는 난으로 잘못 인식하도록 되어 있으며, 국세기본법 제51조 제1항 및 제2항의 규정에 의하면, 세무서장은 환급세액이 있는 때에는 『즉시』 그 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 하며 납세의무자가 국세환급금을 세법에 의하여 자진납부하는 국세에 충당하도록 요청할 경우에는 이에 충당하여야 하는 바, 처분청은 청구법인이 법인세와 방위세의 과세표준 및 세액신고를 하면서 국세환급금이 있는 것으로 신고하였음에도 이를 접수한 후 즉시 국세환급금결정은 하지 않고 단지 방위세 무납부에 대해서만 청구법인에게 가산세를 부과한 것은 부당하다는 주장이다.

살피건대, 방위세는 법인세액을 그 과세표준으로 하는 부가적인 성격을 가지는 조세로서 방위세의 과세표준과 세액신고를 법인세의 신고서식에 의하도록 하는 것은 법인세신고서식과 방위세신고서식을 달리 할 경우 야기될 수 있는 번잡함을 막아 신고 및 절차등을 간소화하기 위한 것으로 해석되는 바, 위 신고서식의????란(실납부세액란)은 자진신고한 납세의무자의 납부할 세액과 실제로 납부한 세액에 차이가 있을 경우 그 원인을 밝히기 위해 세무서장이 기재하는 난으로서 그 난에는 * 표를 부기하여 납세의무자가 기입하지 못하도록 주의를 환기시키고 있고, 더욱이 법인세와 방위세를 구분하여 별도로 기재하도록 하고 있는 것을 보면 납세자가 그 난에 법인세의 환급세액과 동 방위세의 납부세액을 임의로 상계하여 기재할 수 없음은 어렵지 않게 인지할 수 있을 것으로 보여진다.

또한 국세기본법 제51조 제1항에서 “세무서장은 ... 『즉시』 환급세액을 결정하여야 한다”고 규정하고 있어 일견 자진신고가 있는 경우 바로 환급세액을 결정하여야 하는 것으로 해석될 수도 있겠으나, 국세기본법 제52조에서는 국세환급금가산금을 계산함에 있어 법인세등의 자진신고시 발생한 환급세액의 경우에는 그 신고기한일로부터 30일이 경과한 후부터 기산하도록 하고 있음을 볼 때 위 규정에서의 『즉시』 결정하여야 한다는 의미는 자진신고와 동시에 결정하여야 한다는 의미로는 볼 수 없고, 신고기한일로부터 30일정도의 기간내에 납세의무자가 신고한 환급세액의 진위여부등을 가린 후 결정하여야 한다는 의미로 보는 것이 무리한 해석이라고 보여지지 않는다.

더구나 국세기본법 제51조 제2항에서 『세무서장은 국세환급금으로 결정한 금액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 국세등에 충당하여야 한다』고 규정하고 있는 바, 자진납부기일전에 결정된 국세환급금이 없는 이 건의 경우 “국세환급금결정”이라는 충당의 전제조건이 구비되지 아니한 상태(재무부예규, 세조 22601-413, 91.3.30 동지)로서 그러한 충당의 전제가 되는 “국세환급금결정”이 없다는 점에 관하여 처분청의 잘못이 있다고 보여지지는 아니한다.

따라서 처분청이 방위세법 제9조의 규정을 적용하여 이 건 방위세무납부에 대한 가산세를 부과한 처분에 달리 잘못이 없다고 판단된다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.