가. 종교단체인청구인은 2004.7.9. OOO아파트 401동 401호 84.98㎡(이하 대지 46.79㎡를 포함하여 “이 건 주택”이라 한다)를 김OOO으로부터 승계취득 하고 같은 날 「지방세법」제107조 제1항 및 같은 법 제127조 제1항 제1호에서 규정한 종교용에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 하여 취득세 등을 비과세 받은 후 2004.7.15. 청구인 명의로 소유권이전등기하여 청구인 소속 수녀들의 공동숙소로 사용하였다.

나.처분청은 성당의 목적사업을 수행함에 있어 필수불가결한 중추적인 주임신부의 숙소로 사용하지 아니하고 수녀들의 숙소로 사용하고 있는 이 건 주택은 종교용에 직접 사용하는 부동산이라고 볼 수 없으므로이 건 주택 취득당시 시가표준액 210,000,000원을 과세표준으로 하고,「지방세법」제112조 제1항 및 같은 법 제131조 제1항 제3호 (2)목의 세율을 적용하여 산출한 취득세 5,588,100원, 등록세 8,382,150원, 합계 13,970,250원(가산세 포함)을 2008.10.15. 부과고지 하였다.

다.청구인은이에 불복하여2008.11.26. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

⑴ 2001.10.28. OOO 388-1번지 토지를 취득하고 임시용 건축물을 신축하여 OOO성당으로 사용해 오던 중 신도시건설지역으로 편입되어 토지는 2006.6.19. 사업시행자인 한국토지공사에 등기이전 되었고, 건물은 매매예약에 의하여 한국토지공사에 소유권이전청구권가등기가 경료된 상태에 있어 성당신축용 종교부지가 확정되는 대로 철거할 예정이며,

⑵ 성당으로 사용하던 임시용 건축물에는 건물구내에 사제관과 수녀원을 건축할 수 없어 임시용 성당건물 인근 건물을 임대하여 사제관과 수녀원으로 사용하다가 이 건 주택을 취득하여 사제관으로 사용하고자 하였으나 기존에 사용하던 수녀 2명이 이 건 주택을 계속 사용하고 주임신부는 다른 아파트를 임차하여 사제관으로 사용해 왔고, OOO산하 성당 111처 중 97처 성당은 구내에 사제관과 수녀원을 운영하고 있으나 OOO성당을 포함한 4처만이 구내에 둘 수 없는 부득이한 사정으로 외부에 사제관과 수녀원을 운영하고 있는 바,

⑶ 신부나 수녀는 성당의 필요 불가결한 존재이고 이들이 거처할 숙소는 종교용에 직접 사용하는 것으로 보아 취득세 등의 비과세 대상이 되어야 하나 성당의 중추적인 역할을 하는 주임신부의 사제관으로 사용하는 1주택만 비과세 대상으로 본다면 2004.7.9. 취득한 이 건 주택에 대하여는 취득세 등을 비과세 하고, 2007.10.11. 취득한 OOO 203동 1304호에 대하여는 취득세 등을 과세하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

종교단체가 취득·등기하는 부동산이라 하더라도 취득세 등의 비과세 대상은 종교의식, 예배축전, 종교교육, 선교 등 종교목적으로 직접 사용하는 부동산에 한하는 것이라 할 것이고, 특히 비영리단체가 구외에 소재하는 주거용 주택을 취득하는 경우는 일반인과의 조세형평을 고려하여 목적사업수행에 중추적인 역할을 하는 자가 사용하여야 하며, 불가피한 사유로 인하여 당해 사업장 외에 숙박시설을 설치하는 경우에 한하여 극히 한정적으로 비과세대상으로 인정하여야 할 것이므로 청구인의 경우 수녀들이 성당에서 중요한 역할을 담당한다고 하더라도 교회의 부목사, 강도사, 전도사 등과 같이 수녀는 성당의 목적사업을 수행함에 있어 필수불가결한 중추적인 존재에 해당된다고 할 수 없으므로OOO수녀들이 숙소로 사용하는 이 건 주택은 종교용에 직접 사용하는 부동산으로 보기는 어렵다 할 것이므로 부과고지한 이 건 취득세 등은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(재)OOO천주교회유지재단이 성당구외에 소재한 아파트를 취득하여 수녀들의 숙소로 사용하고 있는 경우 종교용에 직접 사용하는 것으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령

⑴ 지방세법 제30조의5(지방세 징수권의 소멸시효)① 지방자치단체의 징수금의 징수를 목적으로 하는 지방자치단체의 권리는 그 권리를 행사할 수 있는 때부터 5년간 행사하지 아니할 때에는 시효로 인하여 소멸한다.

⑵ 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정된 것)제107조(용도구분에 의한 비과세)다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 1년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예·기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

⑶ 지방세법 제127조(용도구분에 의한 비과세)다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 1년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예·기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

⑷ 지방세법시행령 제79조(비영리사업자의 범위)①법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각호의 자를 말한다.

1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체

다. 사실관계 및 판단

⑴ 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정된 것)제107조 및 제127조 제1항은 용도구분에 의한 비과세 사유를 규정하면서 그 중의 하나로 제1호에서 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 및 등기를 들고 있고, 각 본문 단서에서는 취득·등기일로부터 1년(3년) 이내에 정당한 사유없이 취득·등기한 부동산의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세·등록세를 부과한다고 규정하고 있는 바, 그 각 규정에서 비영리사업자가 당해 부동산을 그 사업에 사용한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, 그 사업의 사용의 범위는 당해 비영리 사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것(대법원 2002.10.11. 선고 2001두878 판결)이고,

⑵ 「지방세법」제107조 규정에 의하여 종교용에 직접 사용하는 것으로 보아 취득세 등의 비과세 대상이 되는 주택이라 함은성당의 목적사업을 수행함에 있어 필수불가결한 중추적인 역할을 담당하는 주임신부가 사제관으로 사용하는 주택에 한하여 종교용에 직접 사용하는 것으로 볼 수 있다 할 것OOO이다.

⑶ 청구인이 제출한 증빙자료 중 “사목구파견 계약서”에서 OOO성당의 필요불가결한 중추적인 주임신부는 OOO으로 기재되어 있고, OOO신부는 OOO 아파트 405동 1201호를 임차하여 사제관으로 사용하던 중 2007.9.7. OOO 203동 1304호를 청구인 명의로 취득하여 2007.10.11. 처분청으로부터 취득세 등을 비과세 받은 후 사제관으로 사용하고 있는 것으로 확인되고 있다.

⑷ 청구인은 주임신부의 사제관으로 사용하기 위하여 2004.7.9. 취득한 이 건 주택에 대하여는 취득세 등을 비과세 하고, 2007.10.11. 취득한 OOO 203동 1304호에 대하여는 취득세 등을 과세하여야 한다고 주장하나 청구인이 제출한 거주사실확인서에서 “이 건 주택은 2004.7.8. OOO성당 수도자들의 숙소를 위하여 취득한 것이고, 현재까지도 OOO성당에서 활동하시는 수도자들의 숙소인 수녀원으로 활용하며, OOO 원장수녀와 OOO 수녀가 거주하고 있음”으로 확인하고 있으므로 수녀관으로 사용하고 있는 이 건 주택은 종교용에 직접 사용하는 것으로 보기 어렵다 할 것이므로 취득당시 비과세한 이 건 취득세 등에 가산세를 가산하여 부과고지한 것은 적법하다 할 것이고, 2007.10.11. 취득하여 실제 주임신부의 사제관으로 사용하고 있는 OOO 203동 1304호를 종교용에 직접 사용하는 것으로 보아 취득세 등을 비과세 한 것 또한 적법한 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세법」제77조 제5항과「국세기본법」제65조 제1항 제2호 및 제81조에 의하여 주문과 같이 결정한다.