청구법인은 1924.10.13. OOOOOOO의 설립허가를 받아 설립된 법인으로서 OOO OOOO OOO OOO O OOOOO번지 임야 115,041㎡를 초대 기상대장이었던 이OO OOO 박사의 부인 김OO으로부터 1976.12.22. 기증받아 청소년들의 OOOO학습프로그램인 『OOOOO』등의 수련교육에 사용하여 오다 2000.8.14.필지 분할된 OOO O OOOOO번지 임야 10,752㎡(이하 “쟁점1토지”라 한다)가도로용지로 OOO시에 수용됨에 따라 보상금 OOO,OOO,OOO원을 수령하였고,OOOOO OOO OOO OO번지 전 441㎡(이하 “쟁점2토지”라 한다)를 1968.3.21. 취득하여사회복지법인 OOOOO OOO생들의 침수피난처 및 부식공급경작지로 사용하다 1999.11.23. OOOOO에 수용되었으나 청구법인이 대체보상을 요구하여 보상금을 수령하지 아니하자 OOOOO는 보상금 OOO,OOO,OOO원을 OOOOOO법원에 공탁하였고, 이후 청구법인은 대체보상을 포기하고 2003.1. 토지보상금을 수령하였다.

처분청은 공익법인 사후관리계획에 의해 확인조사결과 청구법인이 수용당한쟁점토지를 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 것으로보아 2003.8.4. 청구법인에게 1999사업연도 법인세 OOO,OOO,OOO원, 2000사업연도 법인세 OO,OOO,OOO원을결정고지 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2003.10.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 “선교, 교양, 사회개발, 사회복지, 청소년지도육성, 농촌사회교육, 수련시설 및 야외활동, 국제친선, 환경운동, 자연보존 등”을 목적사업으로 법인등기부에 등재하고, OOOOO와 OOO시에 수용 당한 쟁점토지를 3년이상 OOOOO OOOO들의 대피처 및 자연학습장,청소년들의 별자리 캠프 수련교육 등법인의 고유목적사업에직접 사용하였기 때문에 이는 법인세법제3조(과세소득)에 의하여 수익사업에서 제외되는 소득에 해당하므로 수용 당한 쟁점토지의 양도차익에 대하여 법인세와 특별부가세를 과세한 당초 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인의 설립근거를 보면 사회복지사업법에 의하여 설립된 법인에해당되지 아니하고, 수용 당한 쟁점토지는 종교의 보급 기타 교화목적에3년 이상 직접 사용한 토지에 해당하지 아니하므로 특별부가세의 면제대상에 해당하지 아니하여 당초 과세한 처분은 정당하고,청구법인도 2000사업연도 법인세신고시 쟁점1토지는 면제대상으로 보지 아니하여 특별부가세를 기준시가로 계산하여 신고한 사실이 있으며, 청구법인에대한 조사시에도 쟁점 양도토지와 관련하여 별도의 이의제기나 관련증빙을제출한 사실이 없었는바, 청구법인이 쟁점토지를 법인의 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 법인세와 특별부가세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지가 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용되었는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

(1) 법인세법(2000.12.29. 법률 제6293호로 개정되기 전의 것)

제3조 【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 수익사업 이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

(2) 조세특례제한법(2000.12.29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것)

제82조 【사회복지법인 등에 대한 특별부가세의 면제】

① 2000년 12월 31일 이전에 다음 각호의 1에 해당하는 토지 등을 당해 법인의 고유목적사업에 사용하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 특별부가세를 면제한다.

1. 사회복지사업법에 의하여 설립된 사회복지법인이 그 고유목적에 3년 이상 직접 사용한 토지 등

2. 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인이 그 고유목적에 3년 이상 직접 사용한 토지 등

④ 제1항의 규정을 적용 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 면제신청을 하여야 한다.

(3) 법인세법시행령(1998.12.31. 대통령령 제15970호로 개정된 것)

제2조 【수익사업의 범위】

② 법 제3조 제2항 제5호에서 대통령령이 정하는 것 이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지 관리 등을 위한 관람료 입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

(4)조세특례제한법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17034호로 개정되기 전의 것)

제77조 【사회복지법인 등에 대한 특별부가세의 면제】

① 법 제82조 제1항의 규정에 의한 특별부가세의 면제는 그 면제신청서류에의하여 고유목적사업에 사용할 목적으로 토지 등을 양도하는 것이 확인되는 경우에 한한다.

⑥ 법 제82조의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받은 자가 토지 등의양도금액을 고유목적사업에 사용한 때에는 그 사용일이 속하는 사업연도의과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 고유목적사업사용명세서를 제출하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 쟁점토지가 OOO시와 OOOOO에 수용됨에 따라 보상금을 수령하였고, 처분청은 수용당한 쟁점토지가 법인의 고유목적사업에 직접 사용되지 않은 것으로 보아 쟁점토지의 양도차익에 대하여 법인세와 특별부가세를 과세하였음이 심리자료 등에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인은 수용된 쟁점토지가 OOOOO OOO생들의 자연학습장과 청소년들의 별자리 캠프 수련교육 등 법인의 고유목적사업에 직접 사용되었기 때문에 과세처분은 부당하다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 위 관련법령 법인세법시행령 제2조 제2항을 보면 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것은 과세소득의 범위에서 제외한다고 규정하고 있다.

(나) 청구법인이 제시한 청소년들의 꿈동산 캠프 일정표를 보면 3박4일의 캠프일정 중 첫째날 20:00시부터 22:00까지 별자리관찰이라는 프로그램이 포함되어 있으나 쟁점1토지에서 실제 별자리 관찰을 하였는지 객관적으로 확인되지 아니하고, 또한 쟁점1토지에는 별자리 관찰에 필요한 어떠한 시설물이나 별자리 관찰장소를 알리는 어떠한 안내표시도 설치되어 있지 아니한 것으로 확인된다.

(다) 쟁점2토지를 보호원생들의 대피소와 자연학습장으로 공동경작 하였다는 OOOOO은 보호아동을 수용하기 위하여 청구법인과 별도로 1957.10.14. 설립된 사회복지법인임이 법인등기부 등본에 나타난다.

(라) 청구법인은 쟁점토지가 OOO시와 OOOOO에 각각 수용됨에 따라 토지보상금을 수령하고 소유권이전등기를 하였으나 이에 대한 특별부가세의 면제신청을 하지 아니한 것으로 확인된다.

(3) 위의 사실 및 법령을 종합하여 보면, 법인세법시행령 제2조 제2항에서 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것은 과세소득의 범위에서 제외한다고 규정하고 있는바, 청구법인은 쟁점토지가 별자리 관측과 OOOOO 원생들의 자연학습장 등 법인의 고유목적사업에 직접 사용하였다고 주장하고 있으나, 청구법인이 별자리 관측 수련교육에 사용하였다는 쟁점1토지에는 별자리 관측이나 별자리 관측장소를 알리는 시설물이 설치되어있지 않아 별자리 관측용 수련교육에 실제 사용되었는지 객관적으로 확인되지 아니하고, 또한 OOOOO은 청구법인과는 별도로 설립된 사회복지법인으로 쟁점2토지가 OOOOO 원생들의 대피소와 자연학습장으로 사용되었다는 주장 역시 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용되었다고 인정하기는 어려워 보인다. 따라서 처분청이 쟁점토지가 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용되지 아니한 것으로 보아 쟁점토지의 양도차익에 대한 법인세와 특별부가세를 과세한 당초 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.