가. 청구인은 2002.4.29. OOO 답 3,064㎡ 중 2분의 1을 취득하여 보유하던 중 2003.10.22. 위 토지 중 615㎡가 같은 리 99-30으로 분할되었으며, 2004.7.29. 같은 리 99-30 토지 지상에 청구인의 배우자 박OOO가 주택(이하 “이 건 주택”이라 한다)을 신축하였고, 2009.2.23. 이 건 주택 부수토지 중 131㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)가 같은 리 99-43으로 분할되어 OOO에 수용된 후, 청구인은 2009.4.30. 양도소득세 예정신고를 하면서 「조세특례제한법」제99조의3 제1항 제2호에 의한 신축주택의 취득자에대한 과세특례를 적용하고 납부할 세액이 없는 것으로 하여 신고하였다.

나. 처분청은 청구인에 대하여 세무조사를 실시한 결과, 이 건 주택과 부수토지인 쟁점토지의 소유자가 다르다 하여 「조세특례제한법」제99조의3 제1항 제2호에 의한 신축주택의 취득자에 대한 과세특례 적용을 배제하고 2013.5.13. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.8.8. 심판청구를 제기하였다(처분청은청구인이 심판청구를 제기하자, 공익사업용 토지 감면 적용 청구주장에대하여 2013.8.14. 직권으로 양도소득세 OOO원을 감액 경정함).

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점토지는 공공용지로 수용된 필지로 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면 규정이 적용되어야 하며, 또한 처분청은 이 건 주택과 쟁점토지의 소유자가 다르다는 사유만으로 신축주택 감면 신청을 배제하였으나, 이 건 주택과 쟁점토지 소유자는 청구인과 청구인의 배우자로서 동일 세대원이므로 「조세특례제한법」제99조의3에 의한 감면대상에 해당함에도 이를 배제하여 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인의 공익사업용 토지 감면 적용 주장에 대하여 처분청은 사업인정고시일(2008.6.2)로부터 소급하여 2년 이전 토지에 해당한다고 판단하여 현금보상분 20% 감면을 인정하여 양도소득세 OOO원을 직권으로 감액경정하였다.

(2) 「조세특례제한법」제99조의3에서 감면대상은 거주자가 신축주택(건물연면적의 2배 이내의 부수토지 포함)을 취득하여 양도한 경우라고 규정하고 있어, 주택과 부수토지의 소유자가 상이한 경우에는 그 소유자들이 동일세대원이라고 할지라도 부수토지의 양도소득은 신축주택 감면대상에 포함되지 아니하는 것이므로 청구인은 신축주택 취득자에 대한 감면대상에 해당하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점토지가 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면 규정이 적용되어야 한다는 청구주장이 본안심리대상인지 여부

② 주택 소유자와 그 부수토지 소유자가 다른 경우 그 부수토지에 대하여 「조세특례제한법」제99조의3의 신축주택의 양도소득세 과세특례규정이 적용될 수 있는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구인의 공익사업용 토지 감면 적용 주장에 대하여 양도소득세 OOO원을 직권으로 감액경정하였으며, 주택과 부수토지의 소유자가 상이한 경우에는 동일 세대원이라고 할지라도 부수토지의 양도소득은 신축주택 감면대상에 포함되지 아니하는 것이라면서,양도소득세 경정결의서, OOO간 도로 확·포장공사 공고문, 신축주택 취득자에 대한 과세특례 적정여부 검토서, 주택 임시사용승인서 등을 제시하였다.

(2) 청구인은 쟁점토지가 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면 규정이 적용되어야 하며, 이 건 주택과 쟁점토지의 소유자가 동일 세대원이므로 「조세특례제한법」제99조의3에 의한 감면대상에 해당한다고 주장하면서, OOO건설사업소의 보상협의요청 공문, 부동산 매매계약서, 등기부등본 등을제출하였다.

(3) 쟁점①에 대하여 본다.

(가) 「국세기본법」제55조는 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 그 처분의 취소 또는 변경을 구하거나 필요한 처분을 구하는 심판청구를 할 수 있다고 규정하고 있는바,

청구주장 중 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면 적용에 대한 심판청구는 처분청이 이미 직권으로 감액 경정하여청구인에 대한 불이익한 처분이 존재하지 아니하고 심리의 실익이 없으므로 부적법한 청구로 판단된다.

(4) 쟁점②에 대하여 본다.

(가) 이 건 주택 및 쟁점토지의 등기사항전부증명서에 의하면, OOO 토지 지상의 이 건 주택은 2004.7.29. 박OOO에게, 쟁점토지는2002.9.10. 공유물분할을 원인으로2002.9.12. 청구인에게 소유권이전등기가 각 경료된 것으로 나타난다.

(나) 살피건대, 「조세특례제한법」제99조의3에서 양도소득세 감면대상은 거주자가 신축주택(건물연면적의 2배 이내의 부수토지 포함)을 취득하여 양도한 경우라고 규정하고 있어 주택과 부수토지의 소유자가 상이한 경우에 부수토지의 양도소득은 신축주택 감면대상에 포함되지 않는 것으로 해석되는바(국심 2006중4504, 2007.6.7. 같은 뜻임),

이 건의 경우 2004.7.29. OOO 토지 지상에 신축된 이 건 주택은 청구인의 배우자인 박OOO의 소유이고 이 건 주택의 부수토지인 쟁점토지는 청구인의 소유로서 주택과 부수토지의 소유자가 상이한 경우에 해당되는 점, 「조세특례제한법」제99조의3에서 주택과 부수토지 소유자들이 동일 세대원인지 여부는 고려대상이 아닌 점에 비추어 쟁점토지의 양도소득은 신축주택 감면특례 적용대상에 포함되지 아니한다.

더욱이, 이 건 주택은 「조세특례제한법」제99조의3에서 정하는 신축주택 취득기간(2001.5.23.～2003.6.30)이 지난 후인 2003.10.22. 토지가 분할되어 2004.7.29. 주택을 신축하였으므로 신축주택 감면특례 적용대상으로 볼 수 없다.

따라서, 처분청이 양도소득세 과세특례 적용을 배제하고 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제1호, 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.