처분청은 청구인이 1995.5.19. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지외 17필지 토지 48,644㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득한 후 자동차관리사업(정비업)내인가 및 일단의 공업용지 조성사업 실시계획인가와 교통영향평가 등을 거쳐 1996.12.23. 건축허가(연면적 : 34,511㎡)를 받고 1997.3.15. 공사를 착공하였고, 그후 IMF로 인한 경제 사정이 악화됨에 따라 여러차례 설계변경을 거쳐 공사를 진행하다가 청구인이 1999.4.28. ㅇㅇ써비스(주)를 합병한 후 1999.6.25. 건축물사용승인을 받았으나, 최종 설계변경(1998.12.12.) 당시 이건 토지중 그 지상 정착물의 바닥면적(4,993.18㎡)에 용도지역별 적용배율(도시계획지구외의 지역 : 7배)을 곱하여 산정한 면적을 초과하므로 그 초과토지(9,552.74㎡, 이하 “이건 쟁점 토지”라 한다)를 법인의 비업무용 토지로 보아 그 취득가액(1,816,354,148원)에 구지방세법(1998.12.31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제112조제2항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 283,351,230원, 농어촌특별세 25,973,860원, 합계 309,325,090원(가산세 포함)을 승계납세의무자인 청구인에게 2000.6.15. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 당초 ㅇㅇ써비스(주)가 1995.5.19. 이건 토지를 취득한 후 자동차관리사업내인가와 공업용지조성사업실시계획인가를 받고 1996.12.23. 건축허가(연면적 : 34,511㎡)를 받은 후 1997.3.15. 건축공사를 착공하던중 IMF로 인한 경기침체로 인하여 여러차례 설계변경을 거쳐 1998.10.27. 건축면적축소(34,511㎡→4,993.18㎡)에 따른 공업용지조성사업 변경인가를 받고 1998.12.12. 설계 및 용도를 변경하여 공사를 진행하다가 정부의 강력한 기업구조조정 정책의 일환으로 ㅇㅇ써비스(주)가 청구인에게 합병된 후 청구인이 1999.6.25. 건축물에 대한 사용승인을 받은데 대하여, 처분청은 최종설계변경(1998.12.12.)당시 기준면적을 초과한다는 이유로 이건 쟁점 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 승계납세의무자인 청구인에게 이건 취득세 등을 중과세하였으나, 당초 처분청과 협의한대로 연차별 사업계획에 의거 2000. 4월부터 제2차 사업계획분에 대하여 현재 건축공사를 진행중에 있으므로, 제2차사업 종료 시점에서 기준면적 초과여부를 판단하여야 함에도 설계변경(1998.12.12.) 당시를 기준으로 하여 기준면적 초과 여부를 판단한 것은 잘못이 있을 뿐만 아니라, 건축물이 신축되지 아니한 토지의 경우는 별도로 야적장으로 승인을 받았으므로, 지상정착물의 부속토지가 아닌 야적장의 부속토지로 보아 비업무용 토지에서 제외되어야 하며(같은 취지의 대법원 판결 1995.11.21. 95누3312), 또한 1998.7.16. 개정된 지방세법시행령 제84조의4제3항제10호에서 건축물의 건축공사를 착공한 데에는 목적사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 보도록 규정하고 있고, 같은법시행령 제84조의4제1항제4호에서 종전에 건축중인 경우에 기준면적 초과 토지를 판단하는 경우와는 달리 건축물을 신축후 목적사업에 직접 사용하는 경우에 기존면적 초과 토지를 판단하도록 규정하고 있으므로, 건축중에 있는 경우는 기존면적 초과 여부를 판단할 수 없는데도 이건 쟁점 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구의 다툼은 건축물 준공직전의 설계변경 당시를 기준으로 하여 기준면적 초과여부를 산출한 것이 적법한지 여부에 있다.

먼저 관계법령을 보면, 구지방세법 제112조제2항 및 지방세법시행령 제84조의4제1항제4호가목에서 법인이 토지를 취득한 후 유예기간 내에 목적사업에 직접 사용하는 토지로서 지상정착물의 바닥면적에 용도지역별 적용배율(공업지역 : 4배, 도시계획지역외의 지역 : 7배)을 곱하여 산출한 면적을 초과하는 경우 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세하도록 규정하고 있고, 지방세법 제15조에서 법인이 합병하였을 경우에 합병후 존속하는 법인과 합병으로 인하여 설립된 법인은 합병전의 사실에 대하여 부과할 지방자치단체의 징수금 또는 피합병법인이 납부 또는 납입할 지방자치단체의 징수금을 납부 또는 납입할 의무를 진다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 처분청은 청구외 ㅇㅇ써비스(주)가 1995.5.19. 이건 토지를 취득한 후 자동차관리사업내인가, 공업용지조성사업결정(안)공람공고, 도시계획 입안에 따른 사업계획서제출, 공업용지조성사업 실시계획인가 및 교통영향평가 등을 거쳐 1996.12.23. 건축허가를 받고 공사를 착공하였고, 그 후 여러 차례 설계변경을 거쳐 공사를 진행하다가 1999.4.28. 청구인이 ㅇㅇ써비스(주)를 합병한 후 1999.6.25. 건축물 사용승인을 받았으나, 최종 설계변경(1998.12.12.) 당시 지상 건축물의 바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지가 있으므로 그 부분을 법인의 비업무용 토지로 보아 승계납세의무자인 청구인(1999.4.28. ㅇㅇ써비스주식회사와 합병)에게 이건 취득세를 부과 고지하였음을 알 수 있다.

청구인은 연차별사업계획에 의거 현재 건축공사가 진행중에 있고, 건축물이 건축되지 아니한 부분에 대하여는 별도로 야적장으로 승인을 받았을 뿐만 아니라, 1998.7.16. 개정된 지방세법시행령 제84조의4제1항제4호에서 종전에 건축중인 경우에 기준면적 초과 토지를 판단하는 경우와는 달리 건축물 신축후 목적사업에 사용하는 경우에 기준면적 초과 여부를 판단하도록 규정하고 있으므로 이건 쟁점 토지를 비업무용 토지로 볼 수 없다고 주장하고 있다.

살피건대, 지방세법시행령 제84조의4제1항제4호에서 법인이 토지를 취득한 후 유예기간내에 목적사업에 직접 사용하고 있는 토지로서 지상정착물의 바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산출한 면적을 초과하는 토지를 법인의 비업무용 토지로 보도록 규정하고 있는바, 이건의 경우 청구외 ㅇㅇ써비스(주)가 1995.5.19. 이건 토지를 취득한 후 자동차관리사업내인가, 공업용지조성사업결정(안)공람공고, 도시계획입안에 따른 사업계획서 제출, 공업용지조성사업실시계획인가 및 교통영향평가 등을 거쳐 1996.12.23. 건축허가를 받고 공사를 착공하다가 여러차례 설계변경을 거쳐 공사를 계속적으로 진행하던 중에 청구인이 ㅇㅇ써비스(주)를 흡수합병(1999.4.28.)한 후 1999.6.25. 건축물 사용승인을 받았으나, 최종 설계변경(1998.12.12.)을 하기 전인 1999.10.10. 처분청에 공업용지 조성사업실시계획변경인가를 신청하면서 1999.12.31.까지 건축물(연면적 4,993.18㎡)를 먼저 신축하고 2000년부터 2003년까지 정비사업소 및 부품사업소(건축물 연면적 11,653.98㎡)를 증축하기로 사업계획을 제출하여 1998.10.27. 변경인가를 받은 후 1998.12.12. 건축변경(설계 및 용도변경) 허가를 받고 공사를 진행하여 1999.6.25. 이건 건물의 사용승인을 받고 2000.4.10. 처분청으로부터 건축물 13,430.41㎡를 증축하는 것으로 공업용지조성사업실시계획변경인가를 받은 후 2000.4.17. 건축허가(건축연면적 13,430.41㎡)를 받고 2000.4.25.부터 공사를 착공하고 있는 점을 보면, 청구인과 같이 계속적으로 공사를 진행해오면서 사업계획에 의거 건축물을 증축하는 경우는 1998.7.16. 개정된 지방세법시행령 제84조의4제1항제4호의 규정에 의거 최종적으로 건축물을 증축한 이후에 기준면적 초과 여부를 판단하여야 함에도 1998.12.12. 설계변경 당시를 기준으로 기준면적 초과 여부를 판단한 것은 잘못이라 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2000. 8. 29.

행 정 자 치 부 장 관