처분청은 청구인이 2004.1.16. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇ가 ㅇㅇ번지(변경 후 같은 동 ㅇ가 ㅇㅇ번지) 지상에 공동주택 및 상가(이하 “이 사건 건축물”이라 한다)를 신축하여 2003.12.30. 처분청으로부터 사용승인을 받고, 이 사건 건축물의 총 도급가액(230,057,967,428원) 중 총 건축면적에서 일반분양용 건축물의 면적으로 안분하여 산출한 일반분양용 건축물의 건축가액(95,513,029,652원)을 과세표준으로 하여 취득세 1,910,260,590원, 농어촌특별세 162,873,910원, 등록세 764,104,230원, 지방교육세 152,820,840원, 합계2,990,059,570원을 2004.1.19. 및 2004.2.27. 각각 신고납부하자 이를 수납하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 이 사건 건축물에 대하여 신축함에 따라 아래 비교된 과세표준내역과 같이 2003.12.30. 취득 신고한 과세표준(230,057,958,428원)이 잘못이라고 하면서, 2003.12.31. 최종정산결과에 따른 총도급공사금액에서 조합원 이주비에 대한 이자상당액, 토지구입비, 안전진단비, 교통영향평가비, 유치원철거보상금, 감정평가비, 하수도분담금, 공유지분 분할등기비, 조합원지분매입비, 조합운영비 및 기타사업비를 차감하여 산출한 과세표준(190,964,576,869원)으로 세액을 계산하여야 하므로 관련세액의 환급하여 줄 것을 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 재건축주택사업이 완료됨에 따라 신축 취득된 건물에 대한 취득세 신고납부한 데 대하여, 법령상 수정신고납부기일을 경과하여 심사청구시 수정신고한 과세표준으로 세액을 산출하여 과다납부 세액이 환급될 수 있는지와 취득신고한 과세표준에서 이주비 대여금이자 및 안전진단비 등이 포함되는 지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제104조제8호에서 취득은 매매·교환·상속·증여·기부·법인에 대한 현물출자·건축개수·공유수면의 매립·간척에 의한 토지의 조성·기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상무상을 불문한 일체의 취득을 말한다고 규정하고 있고, 구 지방세법 제105조제10항에서 주택건설촉진법 제44조의 규정에 의한 주택조합이 당해 조합원용으로 취득하는 조합주택용부동산(공동주택과 부대·복리시설 및 그 부속 토지를 말한다)은 그 조합원이 취득한 것으로 본다고 규정하고 있으며, 지방세법 제110조(2003. 5. 29. 법률 제6916호로 개정되기 이전의 것, 이하 같다)에서 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정한 다음 그 제1호에서 신탁(신탁법에 의한 신탁으로서 신탁등기가 병행되는 것에 한한다)으로 인한 신탁재산의 취득으로서 다음 각목의 1에 해당하는 취득이라 하면서 단서에 주택법 제44조의 규정에 의한 주택조합과 조합원간의 신탁재산 취득을 제외한다고 규정하고 있고, 그 가목에서 위탁자로부터 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우의 취득과 그 나목에서 신탁의 종료 또는 해지로 인하여 수탁자로부터 위탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우의 취득이라고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 1999.10.23. 청구인은 관할관청으로부터 재건축주택조합 설립인가를 받고, 2000.4.7. 주택건설사업계획을 승인받았으며, 2000.5.20. 관리처분계획과 유사한 총회결의를 받기 위하여 재건축조합 총회를 열어 승인을 득하고, 2000.5.24. ㅇㅇ주식회사와 공사계약을 체결하였으며, 2000.5.30.부터 2000.10.30.까지 조합원 토지를 조합으로 신탁등기를 완료한 다음 2000.12.21. 일반분양용 공동주택에 대하여 분양을 개시하였으며, 2003.8.14. 청구인은 신설된 도시및주거환경정비법에 의거 법인으로 등기하였고, 2003.12.30. 재건축주택사업완료에 따른 건축물(조합원용 852세대, 일반분양분 539세대, 총 1,391세대) 사용승인을 득하자 2004.1.19. 이 사건 취득세 등을 신고납부한 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 2003.12.30. 취득 신고한 과세표준이 잘못이라고 하면서 최종정산결과에 따른 총도급공사금액에서 조합원 이주비에 대한 이자상당액 및 안전진단비 등을 차감하여 산출한 과세표준으로 세액을 계산하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 보면, 먼저 법령상 수정신고납부기일을 경과하여 심사청구시 수정신고한 과세표준으로 세액을 산출하여 과다납부 세액이 환급될 수 있는지 여부를 살펴보면, 청구인은 심사청구 과정에서 과세표준을 새로이 산출하여 주장하기를, 이 사건 건축물에 대하여 사용승인 받음에 따라 지방세를 신고납부기한까지 신고납부를 함에 있어서 납부할 과세표준 또는 세율 적용대상이 확정되지 아니한 채로 2003.12.30. 총공사도급금액(250,419,934,097원)에서 부가가치세를 차감하여 산출한 과세표준(230,057,958,428원)으로 취득신고하였고, 그 후 지방세심사청구에 의하여 이 사건 건축물에 대하여 최종정산결과에 따라 총도급공사금액(249,450,376,657원)에서 조합원 이주비에 대한 이자상당액 및 토지구입비등을 차감하여 산출한 것을 과세표준(190,964,576,869원)으로 하여 세액을 수정하므로 환급하여 줄 것을 요구하나, 지방세법 제71조제1항에서 이 법에 의한 신고납부기한내에 지방세를 신고납부한 자가 신고납부한 후에 과세표준액 및 세액계산의 근거가 되는 면적ㆍ가액등이 공사비의 정산 등에 의하여 변경되거나 확정된 경우에는 기업회계기준에 따라 장부에 기장한 날부터 60일이내에 수정신고를 할 수 있다고 규정함으로서, 과세표준 또는 세율 적용대상이 확정되지 아니함에 따라 불가피하게 과소 또는 과다 신고납부한 납세자에게 사후에 수정신고납부할 수 있는 기회를 부여하여 가산세의 가산 등 불이익을 받지 않도록 수정신고납부제도를 두고 있는 바, 청구인이 법인장부에 기장된 날이 언제인지를 입증되지 않으나 통상적으로 적어도 최종적으로 공사비 등이 정산된 시점이나 그 이전으로 보아야 할 것으로 그 시점으로부터 60일이내에 수정신고납부를 하여야 함에도 약 8개월(장부기장일을 감사보고서 작성한 시점으로 본다면 약 5개월이 경과함)이 경과하여 지방세심사청구에 의하여 수정신고한 것이므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠다. 그러나 청구인이 이의신청시 주장한 당초 취득신고한 과세표준(230,057,958,428원)에서 이주비 대여금이자 및 안전진단비 등이 포함되는지 여부를 보면, 2000.5.24. 조합과 시공사간 작성된 ㅇㅇ아파트 재건축사업계약조건 상 제3조·제4조·제5조·제8조·제9조 등 이 사건과 관련된 조항을 종합하여 보면, 시공사는 이 사건 재건축사업에 대한 사업비를 부담하고 그 대가로 조합원 분담금 총액과 일반분양금 총액을 합한 금액을 받기로 하는 지분제 방식으로 조합과 계약을 체결하였고, 위 사업비에는 직접공사비와 사업경비(설계비, 인입시설분담금, 지질조사비, 안전진단비, 교통영향평가비 등 사업승인에 따른 비용 등)로 구분한 다음 시공사가 조합원에게 이주비를 무이자로 대여하는 대여금 이자는 위 사업비에 포함되지 않는다고 하고 있는 바, 먼저 조합원 이주비에 대한 이자상당액이 법령상 취득가격의 범위에 해당되는지와 그 상당액이 취득 신고한 취득세 과세표준에 포함되었는지를 보면, 취득가격에는 과세대상물건의 취득 시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해물건 자체의 가격(직접비용)은 물론 그 이외에 실제로 당해물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나(취득자금이자, 설계비 등) 그에 준하는 취득절차비용(소개수수료, 준공검사비용 등)도 간접비용으로서 이에 포함된다 할 것이나, 그것이 취득의 대상이 아닌 물건이나 권리에 관한 것이어서 당해물건 자체의 가격이라고 볼 수 없는 것이라면 과세대상물건을 취득하기 위하여 당해물건의 취득시기 이전에 그 지급원인이 발생 또는 확정된 것이라도 이를 당해물건의 취득가격에 포함된다고 보아 취득세과세표준으로 삼을 수 없다고(대법원 95누4155, 1996.1.26.) 하므로 조합원에게 대여한 이주비는 재건축사업기간 중 조합원이 다른 지역내의 주택 등으로 취득 또는 임차하여 거주할 수 있도록 지원되는 비용으로 이에 대한 이자비용은 통상적으로 시공사가 재건축사업에 선정되기 위하여 자기이윤에서 지급하겠다는 것으로서 이는 이 사건 건축물의 취득과는 관련이 없는 비용이라 할 것으로 보아 이 사건 취득세 과세표준에 해당되지 않는다고 볼 수 있다고 하겠으나, 청구인이 2004.3.30. 작성하여 관할관청 등에 제출한 ㅇㅇ아파트 정비사업조합 감사보고서나 2004.12월중 조합과 시공사간 1,2차 준공도급액 정산합의서상 지출내역에서 청구인이 시공사에게 지급한 도급공사금액은 각각 다르게 기재되어 있고, 취득세 과세표준으로 2차 정산합의서상 도급공사금액(230,057,958,428원)으로 취득신고를 한 사실로 보아 청구인이 주장하는 바와 같이 대여금이자(34,731,930,198원)가 위 신고된 취득세 과세표준 또는 공사도급금액에 포함되어 있다는 사항이 위 감사보고서나 정산서 등에 상세히 구분되어 있지 않고, 단지 건설공사비로만 일괄하여 기재되어 있을 뿐만 아니라 대여금이자가 포함되었다는 신뢰할만한 구체적인 관련증빙자료에도 확인되지 않는 이상, 조합원과 금융기관과의 대여금계약서상 그 이자비용을 보증회사인 시공사에서 부담한 사실과 시공사 자체서류인 조합원 개인에 대한 대여금과 이자내역에서 확인되고 있는 사실 등으로는 위 대여금이자가 취득세 과세표준에 포함되었다고 하는 주장은 근거가 없다고 할 수 있다 하겠다. 다음으로, 토지구입비, 안전진단비, 교통영향평가비, 유치원철거보상금, 감정평가비, 하수도분담금, 공유지분분할등기비, 조합원지분매입비, 조합운영비 및 기타사업비가 이 사건 취득세 과세표준에 포함되었는지를 살펴보면, 위 사업비용이 지방세법시행령 제82조의3제1항에서 규정한 취득가격의 범위에 해당하는지를 따져보는 것은 별론으로 하더라도, 위 사업비용은 1,2차 준공도급액 정산합의서상 지출내역에서 확인되고 있는 바와 같이 위 사업비용은 청구인이 시공사에게 지급한 도급공사금액(230,057,958,428원)에는 포함되어 있지 않을뿐더러 위 도급공사금액으로 취득세 과세표준으로 취득신고 하였고, 또한 제출된 위 사업비용에 대한 영수증 등 증빙서류에서도 시공사 명의로 지급한 사실이 입증되고 있지 않으므로 이는 청구인이 시공사에 지급한 도급공사금액과는 별도로 이 사건 재건축아파트 신축과 관련하여 지출한 가액이라 추정되는 것으로서 청구인이 위 사업비용을 이미 신고한 취득세 등의 과세표준에서 제외하여야 한다는 주장은 받아들일 수 없다 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 9. 23.

행 정 자 치 부 장 관