가. 청구법인은 선박 제조업체로 수출용선박 제작과정에 투입된 임가공용역에 대해 「임가공 용역제공 사실 증명 확인서」를 거래처에 발급해주어 임가공용역에 대해 부가가치세 신고시 영세율(매출) 적용의 근거로 사용하도록 하였고, 방위산업물자인 함정 제작과정에 투입된 임가공용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)에 대하여도 「임가공 용역제공 사실 증명 확인서」를 거래처에 발급하여, 거래처들은 영세율을 적용받을 수 있는 방산업자가 아님에도 부가가치세 신고시 영세율로 부가가치세를 신고하였다.

나. 처분청은 2014년 4월경 청구법인의 거래처들에 대한 부가가치세 신고내용을 분석하여 쟁점용역과 관련한 영세율 적용이 잘못되었음을 확인하여 거래처들에 대해 수정신고를 안내하였고, 거래처들(폐업자 포함)은 부가가치세를 수정신고·납부하였으며, 청구법인은 부가가치세 2009년 제1기분부터 2013년 제2기분까지에 대하여 계속사업 중인 거래처들로부터는 수정세금계산서를 수수하였으나, 이미 폐업한 거래처들에 대해서는 수정세금계산서를 수수하지 못한 채, 청구법인이 거래처들에 지급한 2009년 제1기부터 2013년 제2기까지의 부가가치세 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

다. 처분청은 아래 <표>와 같이 2009년 제1기～2010년 제2기 부가가치세 합계 OOO경정청구 기한이 도과한 부적법한 청구, 2011년 제1기～2013년 제2기 중 부가가치세 합계 OOO(이하 “쟁점폐업자거래분”이라 한다)은 폐업자와의 거래분이라는 이유로 2014.7.24. 청구법인의 경정청구를 거부하였다(2012년 제2기～2013년 제2기 폐업자와의 거래분 부가가치세 합계 OOO백만원을 제외한 OOO백만원의 환급결정을 하였고, 2011년 제1기～2012년 제1기 부가가치세는 과세기준자문위원회에 상정하여 계류 중임).

라. 청구법인은 이에 불복하여 2014.10.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 경정청구기간이 도과된 후에는 직권으로 경정하여야 하는 것인바, 국세부과제척기간과 경정청구기간의 차이로 인하여 청구법인에게 일방적으로 불리한 결과를 초래하고 있고, 거래처들이 세금계산서를 잘못 발행하는 세법상의 의무를 위반하였는데, 청구법인은 정당한 이유 없이 매입세액 공제를 받지 못하는 불이익을 받고 있고, 직권경정처분에는 법률상의 기간 제한이 없을 뿐만 아니라 경정청구제도와 경정처분은 아무런 관련이 없으므로 경정청구기간이 도과하였다고 하여도 처분청에서 직권으로 경정하여 부가가치세 환급을 하여야 한다.

(2) 심판례(조심 2011부3067, 2011.12.8.)와 같이 거래처들이 폐업하여 수정세금계산서를 교부할 수 없는 상태이므로 수정세금계산서를 교부받지 않았다는 절차적 이유만을 가지고 쟁점폐업자거래분에 대한 경정청구를 거부한 처분은 잘못이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 직권 경정을 통해 환급받지 않는다면 청구법인에게 일방적으로 불리하고 「국세기본법」상의 재산권 부당침해금지의 원칙에도 위배되는 것이므로 직권으로 경정하여 환급해주는 것이 타당하다고 주장하나, 「국세기본법」제45조의2는 애초 신고의 오류에 의한 과다신고·납부한 것에 대하여 감액경정 등을 청구하는 것으로 법정 신고기한 이후 3년 이내 청구 할 수 있다고 규정되어 있고, 신고납부제도에 의한 세목에서 납세자 착오로 과다신고된 경우 정부가 감액하여야 할 의무는 없으나, 과세표준과 세액의 신고내용에 명백한 오류가 있는 경우는 세무서장이 경정·결정 할 수 있는 것으로 해석하고 있으나, 청구법인은 당초 부가가치세 신고시 과다 납부하거나, 부가가치세를 지급하고 받은 매입세금계산서를 신고 누락한 사실 없이 2014년에 와서야 방위산업물자인 함정 제작시 제공받은 임가공용역에 대해 “임가공 용역제공 사실 증명 확인서”를 거래처들에게 잘못 발급해주어 영세율 적용 대상임을 오인하게 한 사실을 알았고, 이러한 사실 때문에 지급하지 않았던 부가가치세를 거래처들이 부가가치세 수정신고·납부시 지급하여 당초 신고시 정당하게 받은 매입세금계산서가 누락된 것이 아닌 것이어서 당초 신고 내용에 과다납부의 명백한 오류가 없음을 알 수 있고, 잘못 발행된 영세율 매출세금계산서에 대해 거래처가 수정신고·납부하지 않을 경우 세무서장이 경정·결정하여 거래처들에게 부가가치세를 고지하게 되므로 청구법인이 늦게라도 거래처에 부가가치세를 지급했다는 사실만으로 직권경정을 하지 않는 것이 재산권을 부당하게 침해했다고도 볼 수 없다.

(2) 청구법인이 제시한 심판례(조심 2011부3067, 2011.12.8.)는 납세자의 사업내용이 면세사업임에도 당초 신고시 착오로 과세사업으로 판단하여 과다납부한 부가가치세에 대해 폐업으로 인해 수정세금계산서 발급을 하지 못하더라도 당초 신고 내용에 명백한 오류가 있으므로 과다납부한 부가가치세를 지급해야한다는 취지로, 거래처가 폐업되어 수정세금계산서를 발급받을 수가 없으므로 이러한 절차를 이행하지 않더라도 부가가치세를 환급해야 한다는 청구법인의 사정과는 다른 것이고, 언제든지 부가가치세만 지급하면 세금계산서의 수수에 관계없이 지급한 부가가치세에 대해 매입세액공제를 받아야 한다는 청구주장은 「부가가치세법」에 근거가 없는 것이며, 당초에 잘못 적용된 영세율에 대해 뒤늦게 부가가치세를 지급하고 수정세금계산서 수수 없이 매입처별 세금계산서합계표에 부가가치세 지급금액을 기재하여 경정청구한데 대해 매입세액공제를 거부한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 경정청구기간이 도과된 것으로 보아 경정청구를 거부(2009년 제1기～2010년 제2기)한 처분의 당부

② 쟁점폐업자거래분에 대하여 매입세액을 공제할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제45조의2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

(2) 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(3) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것) 제59조【수정세금계산서 교부사유 및 교부절차】법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 교부할 수 있다.

5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 기재된 경우: 세무서장이 경정하여 통지하기 전까지 세금계산서를 작성하되, 당초에 교부한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 작성하여 교부하고, 수정하여 교부하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 교부한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 쟁점용역과 관련하여 2009년 제1기～2013년 제2기 부가가치세 합계 OOO환급을 구하는 경정청구를 하였는바, 2012년 제2기～2013년 제2기 부가가치세는 폐업자와의 거래분 부가가치세 OOO백만원을 제외한 OOO백만원을 환급·결정하였고, 2011년 제1기～2012년 제1기 부가가치세는 과세기준자문위원회에 상정하여 회신을보류하였으며, 2009년 제1기～2010년 제2기 부가가치세 합계 OOO경정청구 기한이 도과한 부적법한 청구로, 2011년 제1기～2013년 제2기 부가가치세 중 OOO은 폐업자와의 거래분이라는 사유로 2014.7.24. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있도록 「국세기본법」제45조의2 제1항에서 규정하고 있는 바, 2009년 제1기분 부가가치세의 법정신고기한은 2009.7.25., 2009년 제2기분 부가가치세의 법정신고기한은 2010.1.25., 2010년 제1기분 부가가치세의 법정신고기한은 2010.7.25., 2010년 제2기분 부가가치세의 법정신고기한은 2011.1.25.로 청구법인이 경정청구서를 제출한 2014.7.24. 현재 모두 3년을 경과하여 경정청구의 대상이 되지 않는 것으로 보이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

청구법인은 폐업한 거래처들에게 부가가치세를 지급하였고 거래처들이 부가가치세를 납부하였으므로 수정세금계산서를 교부받지 못하였다할지라도 매입세액으로 공제하여야 한다고 주장하나, 쟁점폐업자거래분의 거래처들은 폐업하여 사업자의 지위에 있지 않아 청구법인이 수정세금계산서를 교부받지 못한 것으로 나타나고, 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출하여 「국세기본법」제45조의2의 경정청구기간 이내에 해당한다 할지라도 과세표준 및 세액의 산정은 각 개별세법에서 규정하는 절차에 따라 경정 또는 결정하는 것인 점 등에 비추어 수정세금계산서를 교부받지 아니한 쟁점폐업자거래분의 부가가치세에 대하여 매입세액을 공제하여야 한다는 청구법인의 환급경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.