2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 피고는 원고가 주식회사 ○○(당시에는 □□□□□□ 주식회사였으나 주식회사 ○○으로 상호변경되었는바, 이하 ○○이라 한다)으로부터 육군 제0000부대(이하 이 사건 부대라 한다) 통합막사 신축공사(이하 이 사건 공사라 한다) 중 철골 및 판넬공사(이하 쟁점공사라 한다)를 공급가액 7천만원(이하 매출누락부분이라 한다)에 하도급받았으나 부가가치세 및 법인세 신고시 이를 누락하였다는 이유로, 2005. 9. 16. 원고에게 2001년 제1기분 부가가치세 14,385,000원, 2001 사업연도 법인세 20,501,600원 및 위 매출누락금액을 대표이사 최★★에 대한 상여로 처분하여 원천분 근로소득세 18,906,800원을 각 부과 · 고지하였다(이하 당초 처분이라 한다).

나. 이에 대하여 원고가 국세심판을 청구하자 국세심판원은 2006. 10. 23. 매출누락 부분 중 중 공급가액 16,881,491원은 부가가치세 및 법인세 신고를 한 것으로 확인되어 이를 제외한 나머지 부분(이하 쟁점부분이라 한다)을 과세표준에 산입하여 당초 처분을 부가가치세 10,607,767원, 2001 사업연도 법인세 15,557,348원, 근로소득 원천세 13,085,218원으로 감액 · 경정하였다(이하 당초 처분 중 감액되어 남은 부분을 이 사건 처분이라 한다).

〔인정근거〕다툼 없는 사실, 을 제1호증의 1 내지 9, 을 제2호증의 1 내지 5, 을 제3호증의 1, 2, 을 제4호증의 1 내지 9, 을 제5호증의 1 내지 5, 을 제6호증의 1, 2의 각 기재

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고와 ○○ 사이에 작성된 2000. 12. 26.자 하도급계약서는 당초 원도급자였던 ●●●건설 주식회사(이하 ●●이라 한다)와 원고간의 하도급계약이 파기되어 노임 정산액 등 공사비만 받기로 하였으나 이를 지급받지 못하여 공사보증회사인 ○○으로부터 지급받기 위하여 작성된 것이므로, 쟁점부분은 원고의 매출로 볼 수 없고, 또한 쟁점부분 중 지체상금으로 수령하지 못한 11,592,110원은 법인세법 제34조, 법인세법 시행령 제62조가 규정하는 대손금에 해당하므로 법인소득에서 차감되어야 하며, 그 외에 쟁점 공사시 발생한 노임 등 인건비 3,980만원을 손금에 산입하면 실질적인 법인소득이 없을 뿐만 아니라 쟁점공사와 같은 경우 2001년 표준소득률은 8.5%로서 이를 적용한 소득은 5,950,000원에 불과하여 지체상금 11,592,110원을 공제하면 쟁점공사로 인한 소득은 전혀 없게 되므로, 부가가치세, 법인세 및 원천 근로소득세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련법령

〔법인세법〕

제34조 (대손충당금등의 손금산입)

① 내국법인이 각 사업연도에 외상매출금·대여금 기타 이에 준하는 채권의 대손에 충당하기 위하여 대손충당금을 손금으로 계상한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소극금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

② 내국법인이 보유하고 있는 채권중 채무자의 파산등 대통령령이 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액(이하 이 조에서 "대손금"이라 한다)은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

〔법인세법 시행령〕

제62조 (대손금의 범위)

① 법 제34조제2항에서 대통령령이 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 「상법」에 의한 소멸시효가 완성된 외상매출금 및 미수금

2. 「어음법」에 의한 소멸시효가 완성된 어음

8. 채무자의 파산, 강제집행, 형의 집행, 사업의 폐지, 사망, 실종, 행방불명으로 인하여 회수할 수 없는 채권

③ 제1항 각호의 1에 해당하는 대손금은 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도의 손 금으로 한다.

1. 제1항 제1호 내지 제7호에 해당하는 경우에는 당해 사유가 발생한 날

2. 기타의 경우에는 당해 사유가 발생하여 손금으로 계상한 날

다. 인정사실

(1) ●●은 2000. 6. 16. 이 사건 부대로부터 이 사건 공사를 403,452,833원에 도급받았고, ○○이 위 공사를 연대 보증하였으나 공정이 부진하자 이 사건 부대장은 계약기한내에 목적을 달성할 수 없다는 이유로 ●●에게 계약해지를 통보하고, ○○에게 연대보증시공을 요구하였다.

(2) 원고는 2000. 12. 26. ○○으로부터 이 사건 공사 중 철골 및 판넬공사를 공사기간 2000. 12. 16.부터 2001. 1. 20. 까지, 공사대금 7천만원(부가가치세 별도, 계약금 1,200만원, 잔금 5,800만원)에 하도급계약(이하 이 사건 하도급계약이라 한다)을 체결하였는데 공사대금 잔금 5,800만원은 전부명령으로 ○○의 공사대금에 최우선하여 지급 받기로 별도 약정하였다.

(3) ○○은 2001. 1. 3. 원고에게 5,800만원, 이△△에게 1억4,500만원의 일람출급 약속어음을 발행하고, 같은 날 ■■■■ 법무법인의 공증을 받았으며, 원고 등은 위 공정증서에 기해 ○○지방법원으로부터 ○○이 이 사건 부대로부터 수령할 공사대금에 대하여 채권압류 및 전부명령을 받았고, 이 사건 부대장은 위 전부명령에 따라 다음 지급내역표 기재와 같이 ○○에 지급할 공사대금을 원고 등에게 지급하였다.

지급내역표

일 자

금 액(원)

수령자

2001. 5. 18

22,590,830

이△△

2001. 5. 18

83,179,590

2001. 6. 18

39,430,360

2001. 6. 18

18,569,640

27,838,250

2001.12.24

29,855,510

1군 사령부

합계

221,464,180

〔인정근거〕 갑 제1호증, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 위 인정사실에 의하면, 이 사건 공사는 ○○이 마무리하여 완공한 것이고, 원고는 쟁점공사와 관련하여 이 사건 하도급계약에 기하여 ○○에게 건설용역을 제공하면서 매출누락부분을 수령하였다고 봄이 상당할 것이므로, 쟁점부분에 대한 매출이 존재하지 않는다는 원고의 주장은 이유 없다.

(2) 또한, 법인세법 제34조 제2항, 법인세법 시행령 제62조 제1항, 제3항에 의하면, 내국법인이 보유하고 있는 채권 중 채무자의 파산 등 대통령령이 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권은 "상법에 의한 소멸시효가 완성된 외상매출금 및 미수금, 어음법에 의한 소멸시효가 완성된 어음, 채무자의 파산, 강제집행, 형의 집행, 사업의 폐지, 사망, 실종, 행방불명으로 인하여 회수할 없는 채권"을 말하고, 위 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하도록 되어 있는바, 원고가 주장하는 지체상금 상당의 공사대금채권은 2001년도 당시 위 법령에서 규정한 대손요건에 해당하지 않으므로 이를 2001년 법인소득에서 차감하지 않은 것은 적법하다.

(3) 다음으로 원고가 쟁점공사를 시행하면서 노임 등 인건비로 3,980만원이 지급되었다는 점에 부합하는 갑 제5호증의 1 내지 11의 각 기재는 믿지 아니하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 이 사건 법인세를 산정하면서 위 인건비를 손금에 산입하지 않은 것은 적법하고, 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제66조 제3항 단서, 법인세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것) 제104조 제2항 제1호의 표준소득률이 적용되는 것은 과세관청이 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우인바, 하도급계약서를 근거로 매출누락된 공사금액을 인정하여 소득처분한 이 사건 경우는 그 적용이 없다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 모두 이유 없어 기각한다.