소송비용은 원고의 부담으로 한다.

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑1 내지 4호증, 갑 제5호증의 1, 2, 3, 갑 제6, 7호증, 을 제1호증의 1 내지 4, 을 제2호증의 1 내지 6, 을 제3호증의 1 내지 11, 을 제5호증의 1 내지 4, 을 제11, 12호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 모아 보면, 이를 인정할 수 있고, 달리 반증이 없다.

가. 원고는 2001. 6. 7. 부동산매매업, 부동산 임대업 및 부동산 개발업 등을 영위하기 위해 설립된 주식회사인데, 2005. 4. 18.경 폐업하였다.

나. 원고는 2002사업연도의 수입금액을 797,900,000원으로, 2003사업연도의 수입금액을 2,681,800,000원으로, 2004사업연도의 수입금액을 1,446,000,000원으로 각 산정한 다음 이를 토대로 별지 법인세계산표의 2002사업연도, 2003사업연도 및 2004사업연도의 각 신고세액란의 기재와 같이 2002사업연도, 2003사업연도 및 2004사업연도의 각 법인세 과세표준 및 그 각 세액 신고를 하고 그 각 신고세액을 자진 납부하였다.

다. 피고는 2005. 8. 31.부터 그 해 10. 28.까지 사이에 아래의 매출누락명세표(이하 '매출누락명세표'라 한다.)의 매출(양도)물건란 기재 각 매출(양도)물건의 각 매수자로부터 실매매계약서와 확인서를 교부받거나 계좌입금내역을 확인하는 등 실지조사방식을 통하여 원고에 대한 세무조사를 실시하였고, 그 결과 원고가 매출누락명세표의 신고누락금액란 기재와 같이 부동산 수입금액에 관한 신고를 누락한 것으로 인정하였다.

매출누락명세표

(단위 :원)

순번

사업

연도

매출(양도)물건

부동산 수입금액 신고누락내용

신고금액

실제매출

(양도)금액

신고누락금액

1

2002

○○시 ○구 ○○동 ○○○-○및 같은 동 ○○○-○

407,400,000

472,340,000

64,940,000

소계

407,400,000

472,340,000

64,940,000

2

2003

○○시 ○구 ○○동

○○○○-○ 외 8필지

541,800,000

880,000,000

338,200,000

3

2003

○○시 ○구 ○○동

외 4필지

715,000,000

905,000,000

190,000,000

4

2003

○○시 ○구 ○○동

○○○외 7필지

223,000,000

277,200,000

54,200,000

5

2003

○○시 ○구 ○○동 ○○○○-○ 및 같은 동 ○○○○-○

230,000,000

290,100,000

60,100,000

소계

1,709,800,000

2,352,300,000

642,500,000

6

2004

○○시 ○구 ○○동 ○○○○-○○

303,000,000

587,500,000

284,500,000

7

2004

위 같은 동 ○○○○-○○

440,000,000

822,169,590

382,169,590

8

2004

위 같은 동 ○○○○-○○

180,000,000

420,000,000

240,000,000

9

2004

○○ ○○군 ○○면 ○○리

○○○-○

260,000,000

428,970,000

168,970,000

소계

1,183,000,000

2,258,639,590

1,075,639,590

라. 이에 피고는 원고가 2002사업연도의 신고누락 수입금액 64,940,000원, 2003사업연도의 신고누락 수입금액 642,500,000원 및 2004사업연도의 신고누락 수입금액 1,075,639,590원을 원고의 각 해당사업연도의 각 익금에 산입한 후 별지 법인세계산표의 2002사업연도, 2003사업연도 및 2004사업연도의 각 경정세액란 기재와 같이 각 사업연도별 법인세의 각 과세표준 및 그 각 세액을 산출한 다음, 2005. 11. 1. 원고에 대하여 2002사업연도 법인세 14,453,690원, 2003사업연도 법인세 222,681,850원 및 2004사업연도 법인세 255,550,130원(위 각 세액은 원고의 신고납부세액을 공제한 금액임)을 각 부과하는 처분(이하'당초과세처분'이라 한다.)을 하였다.

마. 원고는 2006. 1. 10. ○○지방국세청장에게 당초과세처분에 대한 이의신청을 하였는데, ○○지방국세청장은 그 해 2. 22. 피고에 대하여 매출누락명세표의 제9항 기재부동산(이하'쟁점공장용지'라 한다.)에 관한 실지취득가액을 재조사하여 다시 과세표준 및 세액을 경정하라는 결정을 하였다.

바. 이에 피고는 2006. 3.경 쟁점공장용지에 대한 실지취득가액을 재조사하였는데, 원고가 쟁점공장용지를 주식회사 ○○으로부터 매수할 당시의 금융자료를 통해 확인되는 2억 원 외에 객관적인 증빙자료를 제출하지 아니하자 쟁점공장용지에 대한 실지취득가액을 원고의 장부상 취득가액인 43,650,957원 보다 156,349,043원이 더 많은 2억 원으로 정한 다음 그 해 4. 3. 쟁점공장용지에 대한 취득가액 중 153,349,043원(계산상으로는 156,349,043원이 맞으나 착오로 3,000,000원을 누락함)을 손금에 적게 계상하였다는 이유로 그 금액을 2004사업연도의 손금에 추가로 산입하여 이를 토대로 별지 법인세계산표의 2004사업연도의 2차경정세액란 기재와 같이 원고의 2004사업연도 법인세 과세표준과 그 세액을 다시 산출한 다음, 원고의 2004사업연도 법인세액을 당초의 255,550,130원에서 203,194,460원으로 감액하는 내용의 경정결정을 하고, 그 달 26.경 원고에게 이를 고지하였다.

사. 한편 피고는 이 사건 소송계속 중이던 2007. 11. 26. 쟁점공장용지에 대한 취득가액 중 전항에서 본 바와 같이 계산착오로 누락하였던 3,000,000원을 손금에 적게 계상하였다는 이유로 그 금액을 2004사업연도의 손금에 추가로 산입하여 이를 토대로 별지 법인세계산표의 2004사업연도의 3차경정세액란 기재와 같이 원고의 2004사업연도 법인세 과세표준과 그 세액을 다시 산출한 다음, 원고의 2004사업연도 법인세액을 당초의 203,194,460원에서 202,170,220원으로 감액하는 내용의 경정결정을 하고, 그 무렵 원고에게 이를 고지하였다(이하 당초과세처분 중 2002사업연도 법인세 14,453,690원, 2003사업연도 법인세 222,681,850원의 각 부과처분부분 및 2007. 11. 26.자로 최종 감액경정된 2004사업연도 법인세 202,170,220원의 부과처분부분을 통틀어 '이 사건 과세처분'이라 한다.).

2. 이 사건 과세처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고는 이 사건 처분이 관계법령에 따른 것으로서 적법하다고 주장한다.

이에 대하여 원고는 아래와 같은 사유로 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다고 주장하므로, 차례로 살펴본다.

나. 쟁점공장용지의 실제 취득가액

⑴ 원고의 주장

원고는, "원고가 2002. 8. 1. 주식회사 ○○으로부터 쟁점공장용지 7,095㎡를 370,000,000원에 매입하였음에도 불구하고, 피고가 이 사건 과세처분을 함에 있어 그 중 200,000,000원만을 쟁점공장용지의 실제취득가액으로서 손금에 산입하였으므로, 원고의 2004사업연도 법인세 과세표준과 그 세액을 산출함에 있어 그 차액 170,000,000원을 추가로 손금에 산입하여야 한다."고 주장하고 있다.

⑵ 인정사실

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 을 제3호증의 1, 5 내지 11의 각 기재에 변론 전체의 취지를 모아 보면, 이를 인정할 수 있다.

㈎ 원고는 2003. 9. 9. 쟁점공장용지에 관하여 주식회사 ○○(이하 '○○'이라 한다.)으로부터 원고 앞으로 2002. 9. 9. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤는데, 당시까지도 쟁점공장용지에는 채권최고액 2억 6천만 원, 채무자 ○○, 근저당권자 주식회사 ○○은행으로 된 근저당권이 설정되어 있었다.

㈏ 그런데 원고는 2003. 9. 17. 주식회사 ○○은행으로부터 기업자유예금대출 1억 원 및 소기업특별지원자금대출 1억 원 합계 2억 원을 대출받은 다음 그 돈으로 쟁점공장용지에 관하여 전항과 같이 설정되어 있던 ○○은행 명의의 근저당권을 말소하는 한편, 그 날 새로이 쟁점공장용지에 채권최고액 2억 4천만 원, 채무자 원고, 근저당권 주식회사 ○○은행으로 된 근저당권설정등기를 마쳤다.

⑶ 판단

전항의 인정사실 및 원고가 현재까지도 ○○으로부터 쟁점공장용지를 매수하면서 ○○에게 전항에서 인정한 200,000,000원 외에 추가로 매매대금을 지급하였다고 인정할 만한 금융자료를 제출하지 못하고 있는 점 등을 종합하여 보면, 원고는 ○○으로부터 쟁점공장용지를 200,000,000원에 취득하였다고 봄이 상당하다.

그 반면, 원고가 ○○으로부터 쟁점공장용지를 370,000,000원에 매수하였다는 원고의 주장 중 피고 스스로 인정하는 200,000,000원을 초과하는 부분에 부합하는 듯한 을 제3호증의 2의 기재는 원고가 현진에게 그 금액을 지급하였다는 금융자료 등 객관적인 증거를 전혀 제시하지 못하는 점에 비추어 이를 믿기 어렵고, 갑 제8, 9호증의 각 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하며, 그 밖에 이를 인정할 만한 아무런 증거가 없다.

따라서 "원고가 앞서 주장한 바와 같은 이유로 원고의 2004사업연도 법인세 과세표준과 그 세액을 산출함에 있어 170,000,000원을 추가로 손금에 산입하여야 한다."는 원고의 주장은 이를 받아들일 수 없다.

다. 매출누락명세표의 제8항 기재 부동산의 실제 매도대금

⑴ 원고의 주장

원고는, "원고가 2004.경 ○○○에게 매출누락명세표의 제8항 기재 부동산(이하 '쟁점 대지'라 한다.)을 매도하면서 그 매매계약서에는 매도대금을 420,000,000원으로 기재하였는바, 그 매도대금 420,000,000원은 원고가 쟁점대지에 건축하여 ○○○에게 양도하기로 한 건물의 건축공사대금이 포함된 금액이다. 그런데 원고가 그 건물을 건축할 수 없어서 쟁점 대지의 매도대금을 당초의 420,000,000원에서 건물의 건축공사대금을 공제한 322,500,000원으로 조정하였다. 따라서 피고가 원고의 2004사업연도 법인세 과세표준과 그 세액을 산출함에 있어 97,500,000원(420,000,000원-322,500,000원) 상당을 익금에 과다 산입하였다."고 주장하고 있다.

⑵ 판단

을 제3호증의 3, 을 제5호증의 1 내지 4의 각 기재에 의하면, ○○○은 원고에게 2004. 5. 10. 쟁점대지의 매매대금 중 계약금 10,000,000원을, 그 달 11. 그 중도금 30,000,000원을, 그 해 6. 1. 그 잔대금 380,000,000원 합계 420,000,000원을 지급한 사실을 인정할 수 있으므로, 이에 반하는 원고의 위 주장도 이를 받아들일 수 없다.

라. 차입금에 대한 지급이자의 손금산입

⑴ 원고의 주장

원고는, "원고가 ① 2003. 2. 15. ○○○로부터 500,000,000원을 이자 연 25%로 정하여 차용하고, 그 해 6, 10.부터 그 해 10. 28.까지 사이에 ○○○에게 그 차용금의 이자로 합계 125,000,000원을 지급하였고, ② 2003. 9. 20. ○○○로부터 600,000,000원을 이자 연 25%로 정하여 차용하고, 2004. 2. 3.부터 그 해 6. 10.까지 사이에 ○○○에게 그 차용금의 이자로 합계 150,000,000원을 지급하였으며, ③ 2003. 3.경 ○○○으로부터 400,000,000원을 연 25%로 정하여 차용하고, 그 무렵 ○○○에게 그 차용금의 이자로 100,000,000원을 지급하였다. 따라서 원고의 각 사업연도별 법인세의 각 과세표준과 그 각 세액을 산출함에 있어 위 각 이자 합계 375,000,000원을 손금에 산입하여야 한다."고 주장하고 있다.

⑵ 판단

원고가 그의 주장과 같이 ○○○, ○○○, ○○○으로부터 합계 1,500,000,000원을 차용하고, ○○○, ○○○, ○○○에게 그 이자로 합계 375,000,000원을 지급하였다는 점에 부합하는 듯한 을 제4호증의 1 내지 4의 각 기재와 증인 ○○○, ○○○, ○○○의 각 증언은, ① 원고가 1,500,000,000원 상당의 거액을 차용하고, 그 원금과 이자 375,000,000원 합계 1,875,000,000원을 변제하였다고 주장하면서도 그에 관한 금융자료, 법인의 회계장부 등 객관적인 증거자료를 제출하지 못하고 있는 점, ② 원고가 차용금의 이자조로 375,000,000원이라는 거액의 금융비용을 지출하였음에도 불구하고, 원고의 각 사업연도별 법인세의 각 과세표준과 그 각 세액을 신고함에 있어 이를 손금에 산입하는 것을 누락하였다는 것은 경험칙상 선뜻 납득하기 어려운 점 등에 비추어 이를 믿기 어렵고, 그 밖에 달리 이를 인정할 만한 아무런 증거가 없으므로, 이에 반하는 원고의 위 주장도 또한 이를 받아들일 수 없다.

마. 추계조사방식에 의한 과세

⑴ 원고의 주장

원고는, "원고가 그 동안 부동산을 매도하는 경우 매수자의 요청에 따라 관행적으로 거래금액을 낮추어 계약서를 작성하여 그에 관한 검인을 받고, 이를 근거로 수입금액을 산출하여 왔다. 그 결과 그 수입금액은 실제와 다른 허위의 금액이다. 다른 한편으로 원고는 여러 항목의 필요경비를 지출하였음에도 불구하고 이를 장부에 계상하지 않았고, 또 그 필요경비에 관한 증빙서류도 보관하지 않고 있다. 따라서 원고의 이와 같은 사정은 법인세법상 추계사유인 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당하므로, 피고는 이 사건 과세처분을 함에 있어 원고의 2002사업연도, 2003사업연도, 2004사업연도 법인세의 각 과세표준과 그 각 세액을 추계조사방식으로 결정하여야 한다."고 주장하고 있다.

⑵ 판단

㈎ 추계과세는 과세표준과 세액 결정의 근거가 되는 납세자의 장부와 증빙서류 등이 없거나 그 내용이 미비 또는 허위이어서 근거과세의 방법으로 사용할 수 없는 경우에 예외적으로 인정되는 것이므로, 실지조사가 불가능하여 추계의 방법에 의할 수밖에 없는 경우에 한하여 추계과세를 할 수 있고, 설령 납세자가 비치, 기장한 장부나 증빙서류 중 일부 허위로 기재된 부분이 포함되어 있다고 하더라도 그 부분을 제외한 나머지 부분은 모두 사실에 부합하는 자료임이 분명하여 이를 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 그 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 결정하여야지 추계조사방법에 의해서는 아니 된다.

㈏ 살피건대, 앞서 처분의 경위에서 본 바와 같이 피고는 2005. 8. 31.부터 그 해 10. 28.까지 사이에 원고에 대한 세무조사를 실시하면서 매출누락명세표의 매출(양도)물건란 기재 각 매출(양도)물건의 매수자로부터 실매매계약서와 확인서를 교부받거나 계좌입금내역을 확인하였던 점, 부동산매매업의 경우에는 비록 장부나 기타 증빙서류가 없다고 하더라도 그 소득금액이 부동산의 매수가액과 매도가액을 통하여 쉽게 파악이 되고 업종의 특성상 그 필요경비 또한 다른 업종과 비교하여 단순하고 소액인 점 등을 종합하여 보면, 원고의 2002사업연도, 2003사업연도 및 2004사업연도의 수입금액을 추계조사방식이 아닌 실지조사방식으로 산출하고, 이를 기준으로 원고의 2002사업연도, 2003사업연도 및 2004사업연도 법인세의 각 과세표준과 그 각 세액을 결정한 피고의 이 사건 과세처분은 적법하다고 할 것이므로, 이에 반하는 원고의 주장도 역시 이를 받아들일 수 없다.

3. 결 론

그렇다면 이 사건 과세처분이 위법하다는 이유로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유가 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

법 인 세 계 산 표

(단위 : 원)

구 분

2002사업연도

2003사업연도

신고세액

경정세액

신고세액

경정세액

수입금액

797,900,000

862,840,000

2,681,800,000

3,324,300000

당기순이익

13,587,156

13,587,156

4,811,682

4,811,682

익금산입

31,380

64,971,380

826,660

643,326,660

손금산입

0

0

0

0

차가감소득 금액

13,618,536

78,558,536

5,638,342

648,138,342

사업연도소득 금액

13,618,536

78,558,536

5,638,342

648,138,342

이월결손금

10,230,337

10,230,337

0

0

과세표준

3,388,199

68,328,199

5,638,342

648,138,342

세 율

15%

15%

15%

27%

산출 세액

508,229

10,249,229

845,751

162,997,352

가산세 합계

0

4,712,694

0

60,530,256

미납가산세

0

2,764,495

0

28,214,378

과소신고가산세

0

1,948,495

0

32,315,878

총결정세액

508,229

14,961,923

845,751

223,527,608

기납부세액

508,229

508,229

845,751

845,751

차감고지세액

0

14,453,690

0

222,681,850

(주) 이하 국고금관리법 제47조 제1항, 제2항의 각 규정에 따라 과세표준계산에서는 1원 미만을 버리고, 고지세액계산에서는 10원 미만을 버림.

구 분

2004사업연도

신고세액

경정세액

2차경정세액

3차경정세액

수입금액

1,446,000,000

2,521,639,500

2,521,639,500

2,521,639,500

당기순이익

-283,499,549

-283,499,549

-283,499,549

-283,499,549

익금산입

807,350

1,076,446,940

1,076,446,940

1,076,446,940

손금산입

0

0

153,349,043

156,349,043

차가감소득 금액

-282,692,199

792,947,391

639,598,348

636,598,348

사업연도소득 금액

-282,692,199

792,947,391

639,598,348

636,598,348

과세표준

-282,692,199

792,947,391

639,598,348

636,598,348

세 율

27%

27%

27%

27%

산출 세액

0

202,095,795

160,691,533

159,881,553

가산세 합계

0

53,454,337

42,502,915

42,288,670

미납가산세

0

13,035,178

10,364,605

10,312,360

과소신고가산세

0

40,419,159

32,138,310

31,976,310

총결정세액

0

255,550,132

203,194,468

202,170,223

기납부세액

0

0

0

0

차감고지세액

0

255,550,130

203,194,460

202,170,220