가. 청구법인은 주식회사 OOO등에 각종 인쇄물을 납품하고, 시설관리 및 청소용역 등을 영위하는 내국법인으로, 1978.5.23. OOO대 324.6㎡, 같은 동 OOO대 187.1㎡, 같은 동 OOO대 284.6㎡ 합계796.3㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO천원에 취득하여 청구법인이 직접 노외주차장을 운영하다가 2000.7.1부터 2001.6.30.까지 쟁점토지 중 40㎡를 OOO에, 2000.8.1.부터 2007.12.20.까지 쟁점토지 중 730.29㎡(2001.7.6. 794.40㎡로 변경)를 지류 도·소매업자인 OOO주식회사(이하 OOO이라 한다)에 임대하였고, 2007.12.20. 주식회사 OOO(이하 OOO라 한다)에 OOO에 양도한 후, 2007사업연도 법인세 신고 시 쟁점토지의 양도차익 OOO을 유형자산처분이익으로 계상하였을 뿐, 법인의 양도소득에 대한 세액을 추가로 산정하여 신고하지 아니하였다.

나. OOO지방국세청장은 2011.2.15.부터 2011.3.28.까지 청구법인에 대한 법인세 수시조사를 실시하여, 쟁점토지가 「지방세법」에 의한 재산세 종합합산과세대상에 해당하고, 쟁점토지의 임차인 OOO이 쟁점토지를 하치장 등이 아닌 영업장 내지 사업장으로 사용하였으므로 쟁점토지는 「법인세법」제55조의2 제2항 제4호 소정의 비사업용 토지로서 토지 등 양도소득에 대한 과세특례대상에 해당한다고 보아 처분청에 과세자료를 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 2011.5.6. 청구법인에게 2007사업연도 법인세 OOO을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.8.2. 심판청구를 제기하였으나2013.4.11. 기각결정을 받았고, 서울행정법원(2013구합17305, 2014.5.1.)을 거쳐 서울고등법원에 법인세 부과처분 취소청구 소를 제기하였으며, 서울고등법원은 본세에 대해서는 처분청의 부과처분이 타당하나 납세고지서 상 구분표시가 이루어지지 않았음을 사유로 처분청의 부과처분 중 납부불성실가산세 부과처분이 위법하다고 판결하였다.

라. 처분청은 이에 당초 부과처분 중 납부불성실가산세를 취소한 후, 2015.3.10. 납부불성실가산세에 대한 산출근거를 명시하여 청구법인에게 다시 납부불성실가산세를 부과하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2015.5.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

조세심판원은 2013년에 청구법인에 대한 처분청의 최초의 부과처분이 적법하다는 취지의 결정(조심 2011서2895, 2013.4.11.)을 한 바 있으나, 최초의 부과처분 중 납부불성실가산세를 제외한 본세 등에 대한 부과처분의 적법여부에 대해서는 현재 대법원의 판단을 기다리고 있는바, 이 건 납부불성실가산세 부과처분에 대해서는 대법원의 판결을 기다린 후, 그에 따라 결정하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구인은 납부불성실가산세 부과처분에 대해서 대법원의 판결을 기다린 후, 그에 따라 결정해 달라고 하면서 그에 따른 법적 근거는 전혀 제시하지 않고 있고, 위법한 납세고지라는 고등법원의 판결이 있는 이상 이를 취소하고 「국세기본법」제26조의 2에 따라 즉시 재고지한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인에게 납부불성실가산세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제26조의2【국세 부과의 제척기간】① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다)에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년간]. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(국제거래에서 발생한 부정행위로 법인세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받아 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세의 경우에는 15년간)으로 한다.

1의2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간

가. 「소득세법」 제81조 제3항 제4호

나. 「법인세법」 제76조 제9항 제4호

다. 「부가가치세법」 제60조 제2항 제2호ㆍ제3항 및 제4항

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호ㆍ제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

4. 상속세ㆍ증여세는 제1호, 제1호의2, 제2호 및 제3호에도 불구하고 부과할 수 있는 날부터 10년간. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 부과할 수 있는 날부터 15년간으로 한다.

가. 납세자가 부정행위로 상속세ㆍ증여세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우

나. 「상속세 및 증여세법」 제67조 및 제68조에 따른 신고서를 제출하지 아니한 경우

다. 「상속세 및 증여세법」 제67조 및 제68조에 따라 신고서를 제출한 자가 대통령령으로 정하는 거짓 신고 또는 누락신고를 한 경우(그 거짓신고 또는 누락신고를 한 부분만 해당한다)

4의2. 부담부증여에 따라 증여세와 함께 「소득세법」 제88조 제1항 후단에 따른 소득세가 과세되는 경우 그 소득세는 제4호에 따라 증여세에 대하여 정한 기간

5. 제2호와 제3호의 기간이 끝난 날이 속하는 과세기간 이후의 과세기간에 「소득세법」 제45조 제3항, 「법인세법」 제13조 제1호, 제76조의13 제1항 제1호 또는 제91조 제1항 제1호에 따라 이월결손금을 공제하는 경우에는 그 결손금이 발생한 과세기간의 소득세 또는 법인세는 제2호와 제3호에도 불구하고 이월결손금을 공제한 과세기간의 법정신고기한으로부터 1년간

② 제1항에도 불구하고 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날부터 1년, 제3호에 따른 경정청구일 또는 조정권고일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정ㆍ판결, 상호합의, 경정청구 또는 조정권고에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구 또는 「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우

2. 조세조약에 부합하지 아니하는 과세의 원인이 되는 조치가 있는 경우 그 조치가 있음을 안 날부터 3년 이내(조세조약에서 따로 규정하는 경우에는 그에 따른다)에 그 조세조약의 규정에 따른 상호합의가 신청된 것으로서 그에 대하여 상호합의가 이루어진 경우

3. 제45조의2 제2항 또는 「국제조세조정에 관한 법률」 제10조의2제1항 및 제19조 제4항에 따른 경정청구 또는 같은 법 제10조의3 제1항에 따른 조정권고가 있는 경우

제47조의5 【납부 환급불성실가산세】① 납세자가 세법에 따른 납부기한 내에 국세를 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달한 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

(2) 법인세법

제55조의2【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서 "비사업용 토지"라 함은 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

가. 「지방세법」 또는 관계법률의 규정에 의하여 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

나. 「지방세법」 제182조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지

다. 토지의 이용상황·관계법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 감안하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것

③ 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법령의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

(3) 법인세법 시행령

제92조의3【비사업용 토지의 기간기준】법 제55조의2 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령이 정하는 기간"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1984.12.1. 쟁점토지를 사업장으로 하여 OOO이라는 상호로 개업하였고, 1997.4.11. OOO으로 상호를 변경(업종은 주차장 운영)하였으며, 2000.8.1. OOO로 상호를 변경(업종은 부동산 임대업)하였고, 다시 2004.11.1. OOO으로 상호를 변경한 것으로 나타난다.

(2)청구법인은 1978.5.23. 쟁점토지를 OOO천원에 취득하여 2000.7.31.까지 청구법인이 직접 OOO운영하다가, 2000.8.1.부터 2007.12.20.까지는 지류 도매상인 OOO에 임대하였고, 2007.12.20. 주식회사 OOO에게 OOO천원에 양도하였으며, 쟁점토지는 1997년부터 2007년까지 「지방세법」상 재산세 종합합산과세대상 토지에 해당하는 사실이 심리자료 등에 나타난다.

(3) 청구법인은서울행정법원 판결(2014.5.1. 선고 2013구합17305)을 거쳐 서울고등법원에 법인세 부과처분 취소청구 소를 제기하였으며, 처분청은 서울고등법원 판결(2014.12.10. 선고 2014누51496)에 따라 당초 부과처분 중 납세불성실가산세 부분의 부과처분을 취소한 후, 2015.3.10. 납부불성실가산세 부분에 대한 산출근거를 명시하여 청구법인에게 다시 납부불성실 가산세를 부과한 사실이 심리자료에 나타난다.

(4) 청구법인은 서울고등법원의 판결내용 중 원고패소한 본세 부분에 대하여 대법원(2015두35543)에 상고하였고, 2015.8.27. 최종 원고(청구법인) 패소(상고기각)로 확정되었는바, 청구법인의 법인세 부과처분 관련 불복진행 내용은 아래 <표>와 같다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 최초의 부과처분 중 납부불성실가산세를 제외한 본세 등에 대한 부과처분의 적법여부에 대해서는 현재 대법원의 판단을 기다리고 있는바, 납부불성실가산세 부과처분에 대해서는 대법원의 판결을 기다린 후, 그에 따라 결정하여 줄 것을 주장하나, 처분청이 위법한 납세고지라는 고등법원의 판결에 따라 이를 취소하고 「국세기본법」 제26조의2에 따라 재고지하는 것은 정당한 부과절차로 보이는 점, 서울고등법원의 판결내용 중 본세부분에 대하여 대법원에 상고하였으나 2015.8.27. 최종 원고 패소(상고기각)로 확정된 점 등에 비추어 당초 가산세 부분을 취소하고 위법한 처분을 바로 잡아 청구법인에게 납부불성실가산세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.