청구인은 부산광역시 금정구 OO동 OOOOOO 대지 270㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 78.7.12 취득하여 보유하던중 쟁점토지가 부산광역시 고시 제 OOOOOOOO(94.8.13)에 의하여 OO식물원 진입로 개설공사에 편입되어 95.12.19 부산광역시에 양도(수용)하였다.

처분청은 쟁점토지에 대한 양도소득세를 93.12.31 개정된 조세감면규제법(법률 제4666호) 부칙 제16조 제8항 및 구 조세감면규제법(93.12.31 개정전의 것) 제57조 제1항 제2호의 규정에 의하여 70%를 감면하고, 농어촌특별세법 제3조 제1호의 규정에 의하여 위 양도소득세 감면에 대한 농어촌특별세를 결정하였으며, 양도시기를 등기접수일인 96.1.29로 보아 양도소득세특별공제를 배제하여 96.11.16 청구인에게 양도소득세 542,392원 및 동 농어촌특별세 5,830,860원을 결정고지하였다가 양도시기를 95.12.19로 보아 양도소득특별공제를 하여 96.12.9 양도소득세 542,392원을 감액경정하고 감면세액 추가분에 대한 농어촌특별세 304,686원을 증액경정하여 96.12.9 청구인에게 통보하였다.

청구인은 이에 불복하여 96.11.29 심사청구를 거쳐 97.1.21 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

농어촌특별세법 제4조, 같은법시행령 제4조 제7항 및 조세감면규제법 부칙(93.12.31 법률 제4666호) 제16조 제8항의 규정에 의하여 농어촌특별세가 비과세 되나, 농어민이 직접 경작한 농지만 비과세되고 도시인이 양도한 토지는 비과세되지 않는다함은 헌법 제59조의 규정에 있는 조세법률주의에 배치되는 부당한 과세처분이므로 이 건 취소되어야 한다.

나. 국세청장 의견

양도소득세 감면세액에 대하여 농어촌특별세가 비과세되기 위해서는 당해토지가 농지세 과세대상인 농지로서 조세감면규제법 제55조 제1항 각호에 해당하는 자가 직접 경작한 농지이어야 하는 것이므로 이 건의 경우 농어촌특별세가 과세되는 것(재일 46014-907, 95.4.12 동지)으로 보아 과세한 당초처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지 양도에 대한 양도소득세 감면의 경우 농어촌특별세 비과세대상인지 여부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

농어촌특별세법 제2조 제1항 및 제3조 제1호에서 조세감면규제법 등에 의하여 소득세 등을 감면받은 자는 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다고 규정하고 있고, 같은법 제4조 제2호 및 같은법시행령 제4조 제1항 제1호에서는 농지소재지에 거주하는 농민이 직접 경작한 토지를 토지수용법 기타 법률에 의하여 수용당함으로 인하여 얻은 소득에 대한 양도소득세를 조세감면규제법 제63조의 규정에 의하여 감면받은 경우에는 농어촌특별세를 비과세한다고 규정하고 있다.

한편, 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항에서는 법 또는 이 영에서 농어촌특별세 비과세 대상으로 규정된 조세감면규제법의 해당 규정과 같은 취지의 감면을 규정한 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률의 해당 규정에 대하여 동법 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에 동 경과조치 또는 특례에 대하여서도 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 조세감면규제법(93.12.31 개정법률 제4666호) 부칙 제16조제8항에서 이 법 시행당시(94.1.1) 내국인이 15년 이전에 취득한 토지 등으로서 종전의 제57조 제1항 각호의 1에 해당하는 토지 등을 95.12.31 이내에 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 추징 등에 관하여는 종전의 제57조의 규정에 의한다고 규정하고 있어 쟁점토지의 양도에 대하여는 양도소득세의 70%를 감면하도록 규정하고 있다.

다. 사실 및 판단

쟁점토지는 도시계획구역내 건물이 있는 대지이고, 청구인이 78.7.12 취득한 후 부산광역시 고시 OOOOOOOOO(94.8.13)에 의하여 OO식물원 진입로 개설공사에 편입되었으며 95.11.29 중앙토지수용위원회의 재결결정에 따라 95.12.19 보상금 216,800,000원을 수령하였고, 96.2.26 청구인이 자산양도차익예정신고를 하면서 양도소득세를 70%를 감면하여 자진신고납부한 사실에 대하여는 다툼이 없다.

처분청이 쟁점토지는 농지소재지에 거주하는 농민이 직접 경작한 농지가 아닌 대지이므로 그 양도소득세 감면은 농어촌특별세 비과세 대상이 아니라고 보아 과세한 데 대하여, 청구인은 쟁점토지의 경우 위 조세감면규제법의 규정에 의하여 양도소득세 감면대상이고 따라서 그에 대한 농어촌특별세도 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항의 규정에 의하여 비과세 되어야 한다고 주장하고 있으나,

위 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항의 규정은 조세감면규제법에 의한 양도소득세 감면이 농어촌특별세법 제4조 및 같은법시행령 제4조에 열거된 농어촌특별세 비과세 대상에 해당되고 93.12.31 개정된 조세감면규제법 부칙 제13조 내지 제19조에 규정된 양도소득세등의 감면에 관한 경과조치 또는 특례의 적용대상에도 해당되는 경우에 그 경과조치 또는 특례에 대하여도 농어촌특별세를 비과세한다는 의미인 바,

쟁점토지의 경우 위 93.12.31 개정된 조세감면규제법 부칙 제16조 제8항의 양도소득세 감면에 관한 경과조치의 적용대상에는 해당된다 하겠으나, 농지소재지에 거주하는 농민이 직접 경작한 농지가 아닌 도시계획구역내 건물이 있는 대지인 쟁점토지에 대한 양도소득세 감면은 농어촌특별세법 제4조 및 같은법시행령 제4조에 열거된 비과세 대상에 해당되지 아니하므로 위 농어촌특별법시행령 제4조 제7항의 적용 대상이 아니라고 할 것(국심 96광 1169, 96.8.1외 다수 같은 뜻임)이다.

그렇다면 쟁점토지에 대한 양도소득세 감면이 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항의 규정에 의한 농어촌특별세 비과세 대상이라는 청구주장은 법령 해석의 오해에서 비롯된 주장으로 이유 없고, 처분청의 과세처분은 정당하다고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.