청구인은 95년 제2기분 부가가치세 확정신고시 95.12.31자 거래분 486,000,000원을 신고누락하여 96.5.4 과세표준 수정신고를 하면서 국세기본법 제49조의 규정에 의하여 납부할 가산세의 50%를 경감하여 매출처별세금계산서합계표 미제출가산세 2,430,000원과 신고납부불성실가산세 2,430,000원을 납부하였다.

처분청은 청구인이 수정신고시 납부한 가산세를 매출처별 세금계산서합계표 지연제출가산세로 보면서 그 지연제출가산세는 예정신고누락분을 확정신고시 적용하는 가산세에 적용되는 것이다 하여 청구인이 신고한 가산세를 매출세금계산서합계표 미제출가산세를 적용하는 것으로 보아 해당 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 가산세 4,860,000원이 정당한 것으로 보는 한편 신고납부불성실가산세는 수정신고에 따른 신고불성실가산세만 감면되고 납부불성실가산세는 감면되지 아니하는데 이 경우 납부불성실가산세가 신고불성실가산세보다 크므로 납부불성실가산세인 4,860,000원을 적용하여 97.12.16 청구인에게 95년 제2기분 부가가치세 4,860,000원을 추징고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 97.1.31 이의신청, 97.4.3 심사청구를 거쳐 97.7.3 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

국세기본법 제45조 제1항에서 “과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 후 관할세무서장이 결정 또는 경정하여 통지를 하기전까지 과세표준 수정신고서를 제출하고 미납된 세액을 납부할 경우 국세기본법 제49조의 규정(최초의 과소신고로 인하여 부과하여야 할 가산세의 100분의 50에 상당하는 세액을 경감한다)에 의하여 부과하여야 할 가산세의 100분의 50이 경감되는 바, 청구인의 경우와 같이 신고와 동시에 세액을 납부하고 세금계산서 합계표를 제출하는 경우에는 공히 부과하여야 할 가산세의 100분의 50에 상당하는 세액을 경감하여야 함에도 처분청과 같이 신고와 납부를 분리하여 납부불성실가산세는 경감이 되지 않는다는 이유등으로 과세한 이 건 처분은 가산세경감 혜택을 부여한다는 위 국세기본법 제49조의 규정취지에 위배된 부당한 처분이므로 이건 과세처분을 취소함이 타당하다.

나. 국세청장 의견

첫째, 매출처별세금계산서합계표 미제출가산세에 대하여 살펴본다.

부가가치세법 제22조 제3항의 규정에 의하면 매출처별세금계산서합계표를 예정신고·확정신고시 또는 예정신고누락분을 확정신고시에 제출하지 아니한 때에는 제출하지 아니한 공급가액에 대하여 개인사업자는 1/100의 가산세를 적용하고 예정신고 또는 확정신고시 제출하지 아니하고 과세표준 수정신고기한내에 제출하는 경우에도 적용한다고 규정하고 있다.

청구인은 지연제출가산세인 5/1000를 적용하였으나 이는 예정신고시 제출하지 못한 매출처별세금계산서합계표를 확정신고시 제출하는 경우에 적용하는 것으로 이는 수정신고와는 달리 과세기간내에 제출한 경우 가산세부담을 수정신고보다 경감하여 주는 것이다. 그렇다면 처분청이 매출처별세금계산서합계표 미제출가산세율 1/100을 적용하여 과세한 당초처분에 달리 잘못이 없다.

둘째, 신고납부불성실가산세에 대하여 살펴본다.

국세기본법 제49조의 규정에 의하면 신고불성실가산세에 대하여는 국세기본법 제45조의 규정에 의한 과세표준수정신고서를 법정 신고기한 경과후 6월이내에 제출하는 경우에는 100분의 50에 상당하는 세액을 경감하도록 규정하고 납부불성실가산세에 대하여는 추가납부에 따른 경감규정이 삭제되어 수정신고에 따른 경감규정이 적용되지 아니하며 신고불성실가산세와 납부불성실가산세가 동시에 적용되는 경우에는 그중 많은 금액의 가산세를 적용하도록 규정하고 있다.( 부가가치세법 제22조 제5항)

또한 국세기본법 제49조는 개별세법에 우선하여 적용되는 조항이므로 신고·납부불성실가산세가 동시에 적용되는 경우에는 국세기본법 제49조에 의한가산세 규정을 먼저 적용한 후 부가가치세법 제22조 제5항의 규정을 적용하는 것이므로(같은뜻 : 재경원 소비46015-21, 96.1.30) 이 건 가산세의 적용에 있어서는 신고 및 납부불성실가산세가 동시에 적용되는 것으로 신고불성실가산세는 50% 경감을 적용하면 2,430,000원이며 납부불성실가산세는 경감이 되지 않으므로 4,860,000원이 되어 이중 많은 금액인 납부불성실가산세 4,860,000원이 적용되는 것이므로 처분청이 신고납부불성실가산세로 4,860,000원을 적용하여 결정고지한 당초처분에 달리 잘못이 없다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

95년 제2기분 부가가치세 확정신고시 매출누락액에 대하여 법정신고기한후 6월이내에 과세표준 수정신고와 동시에 세액을 납부할 경우 매출처별세금계산서합계표 미제출가산세와 신고·납부불성실가산세가 국세기본법 제49조의 규정에 의하여 납부할 가산세의 50%가 경감되는지의 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제22조 제1항에서 제6항까지는 각종의 가산세를 규정하고 있는데 그 제3항에서는 (첫째) 사업자가 교부한 세금계산서에 대한 매출처별세금계산서합계표를 ① 예정신고시 ② 확정신고시 ③ 예정신고시 누락분을 확정신고시에 제출하지 아니한 때에는 개인사업자의 경우 제출하지 아니한 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산한다고 규정하고 있고 (둘째) 사업자가 ① 예정신고시 ② 확정신고시 ③ 예정신고시 누락분을 확정신고시에 제출한 “매출처별 세금계산서합계표”의 기재사항중 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우에는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 분의 공급가액에 대하여 100분의 1(개인사업자)에 상당하는 금액을 납부세액에 가산한다고 규정하고 있으며 셋째) 예정신고분 “매출세금계산서합계표”를 확정신고시 제출하는 경우로서 위 기재불성실가산세등이 적용되지 않는 경우에는 예정신고누락분 공급가액에 대하여 1000분의 5(개인사업자)에 상당하는 금액을 납부세액에 가산한다고 규정하고 있다.

(2) 같은조 제5항에서는 그 제1호에서 사업자가 예정신고나 확정신고를 하지 아니하거나(무신고) 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달(과소신고)하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액)의 100분의 10(개인·법인 공통)에 상당하는 금액을 납부세액에 가산한다고 규정하고 있고 제2호에서는 사업자가 예정신고 또는 확정신고와 함께 납부하여야 할 세액을 납부하지 아니하거나(무납부) 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하는 때(과소납부)에는 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달하는 세액)의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부세액에 가산한다고 규정하면서 위 제1호와 제2호가 동시에 해당하는 경우에는 그중 많은 금액에 대하여 이를 적용하고 위 제1호와 제2호의 금액이 같은 경우에는 제1호의 금액(신고불성실가산세)을 적용한다고 규정하고 있다.

(3) 한편 국세기본법 제49조는 수정신고에 의한 감면규정을 적용하고 있는데 관할세무서장은 국세기본법 제45조의 규정에 의하여 과세표준 수정신고서를 법정신고기한 경과후 6월이내에 제출한 자에 대하여는 최초의 과소신고로 인하여 부과하여야 가산세의 100분의 50에 상당하는 세액을 경감한다고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 95년 제2기분 부가가치세 확정신고시 95.12.31자 거래분 486,000,000원(공급가액)을 신고누락하여 국세기본법 제45조의 규정에 의하여 96.5.4 과세표준 수정신고를 하면서 위 국세기본법 제49조의 규정에 의하여 납부할 가산세의 50%를 각각 경감하여 매출처별세금계산서합계표 미제출가산세 2,430,000원과 납부불성실가산세 2,430,000원을 납부하였다.

(2) 이 건의 경우에 있어서 청구인은 과세표준 수정신고서를 법정신고기한내에 제출하였으므로 국세기본법 제49조의 규정에 의하여 100분의 50에 상당하는 세액을 경감하여야 한다고 주장하고 있으나 국세기본법 제49조의 규정은 “최초의 과소신고로 인하여 부과하여야 할 가산세의 100분의 50에 상당하는 세액을 경감한다”고 규정하고 있으므로 동 규정은 신고납부불성실가산세에 적용되는 규정이고 이와 같이 일반과세사업자가 부가가치세 확정신고시 제출누락된 세금계산서를 국세기본법 제45조의 규정에 의하여 부가가치세 수정신고시 제출하는 경우 동 세금계산서에 대하여는 세금계산서 미제출가산세가 적용되는 것(국세청 부가1265.1-1821, 81.7.10)이므로 이부분 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(3) 다음으로 신고·납부불성실가산세에 대하여 살피건대, 신고불성실가산세와 납부불성실가산세를 적용함에 있어서 신고불성실가산세와 납부불성실가산세가 동시에 해당하는 경우에는 그중 많은 금액에 대하여 이를 적용하고 신고불성실가산세와 납부불성실가산세가 같을 경우에는 신고불성실가산세를 적용한다고 부가가치세법 제22조 제5항에서 규정하고 있는 바, 이 경우 사업자가 국세기본법 제45조의 규정에 의하여 부가가치세 수정신고를 하는 경우 당해사업자에 대한 가산세 적용에 있어서는 국세기본법의 규정을 적용한 후 신고불성실가산세와 납부불성실가산세를 규정하고 있는 부가가치세법 제22조 제5항의 규정을 적용하는 것(재경원 소비46015-21, 96.1.30)이므로 이 건의 경우를 보면 종전의 납부불성실가산세의 100분의 50을 경감한다는 국세기본법 제50조의 규정이 94.12.22 법률 제4810호로 삭제되어 국세기본법상 납부불성실가산세의 경감은 되지 아니함을 알 수 있고 국세기본법 제49조의 규정에 의한 신고불성실가산세만 경감되는데 이를 계산하면 신고불성실가산세는 50% 경감하면 2,430,000원이 산출되고 납부불성실가산세는 경감이 안되어 4,860,000원이므로 이중 많은 금액인 납부불성실가산세 4,860,000원이 적용된다고 할 것이므로 처분청이 매출처별세금계산서합계표 미제출가산세 4,860,000원과 납부불성실가산세를 4,860,000원으로 하여 과세한 처분에 달리 잘못이 없다고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.