(1) 경기도 OOO군 진건면 OO리 OOO, OOOOO, OOOOO, OOOOO, OOO, OOO, OOOOO, OOOOO의 8필지 대지 3,857㎡ 및 건물 744.63㎡의 양도대금 중 계약금과 중도금으로 상환한 금융기관 부채 85,500,000원 및 관련 미지급이자 48,593,860원에 OO 특별부가세를 감면하여 그 과세표준과 세액을 경정하고,

(2) 나머지 청구는 기각합니다.

청구법인은 시내버스업을 영위하는 OOOO 법인으로서 1999.11.23 청구법인 소유의 경기도 OOO군 진건면 OO리 OOO, OOOOO, OOOOO, OOOOO, OOO, OOO, OOOOO, OOOOO의 8필지 대지 3,857㎡ 및 건물 744.63㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 12억5,000만원에 양도하고, 1999.1.1～1999.12.31사업연도(이하 “1999사업연도”라 한다)의 법인세과세표준신고시 조세특례제한법 제36조(중소사업자의 경영안정지원을 위한 양도소득세 감면)의 규정에 의거 쟁점부동산의 양도에 따른 특별부가세 139,343,355원을 감면신고하였다.

처분청은 청구법인이 쟁점부동산의 양도대금을 1999사업연도이내에 금융부채를 상환하는데 사용하여야 관련 특별부가세를 감면받을 수 있음에도 양도대금 12억5,000만원 중 5억100만원만 1999사업연도에 금융기관의 부채를 상환하는데 사용한 사실을 확인하고, 청구법인이 일정기간내에 사용하지 않은 쟁점부동산의 양도대금에 대하여 감면신고된 특별부가세의 추징세액을 계산하여 2001.12.20 청구법인에게 1999사업연도분 법인세 특별부가세 104,401,570원을 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2002.2.6 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 1999.6.1 쟁점부동산의 양도계약을 체결하면서 수령한 계약금 1억2,500만원으로 1999.6.15 OO은행의 대출금 8,550만원을 상환하였고, 또한 감면세액 계산시 금융기관 부채의 미지급이자 48,593,860원을 상환한 바 있으나, 이러한 상환금액을 고려하지 않고 이 건 특별부가세 감면신청을 하였으므로 동 금액에 OO 특별부가세 감면을 추가로 인정하여야 한다.

(2) 처분청이 이 건 처분에서 금융기관 부채의 감소금액 계산시 금융기관 부채에서 당좌차월금액을 제외하였으나, 동 금액도 금융기관으로부터 신용으로 차입한 부채에 해당되므로 금융기관 부채의 상환액에 동 금액을 포함하여 특별부가세 감면세액을 계산하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 조세특례제한법 제36조 제2항에서 특별부가세감면을 받은 OOOO자가 토지 등을 양도한 날로부터 3월이 되는 날(3월이 되는 날이 사업연도 종료일 이후에 도래하는 경우는 사업연도 종료일) 이내에 토지 등의 양도대금으로 금융기관부채를 상환하지 않은 경우 감면세액을 추징하도록 규정되어 있으므로 청구법인이 동 기간이내에 사용하지 않은 부분에 OO 감면세액을 추징한 이 건 처분은 정당하다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제33조 제2항에 당좌차월은 금융기관 부채에서 제외하도록 규정되어 있으므로 이를 제외하여 금융부채의 감소액을 계산한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 중소사업자가 금융기관부채상환을 위해 사업용 부동산 양도시 특별부가세 등의 감면규정과 관련하여 중소사업자가 부동산 양도계약 후 잔금청산일전에 그 계약금과 중도금으로 금융기관의 부채를 상환하거나 금융기관부채의 미지급이자를 상환한 경우 특별부가세의 감면이 가능한 것인지 여부

(2) 당좌차월이 금융기관의 부채에 해당하는지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제36조 【중소사업자의 경영안정지원을 위한 양도소득세 등의 감면】

① 대통령령이 정하는 중소사업자(이하 제40조 및 제41조에서 중소사업자 라 한다)가 대통령령이 정하는 금융기관의 부채(이하 금융기관부채 라 한다)를 상환하기 위하여 사업용으로 사용한 토지등을 1999년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② 제1항의 규정에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 감면받은 자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 추징한다. 다만, 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 토지 등의 양도대금을 토지등을 양도한 날(장기할부조건인 경우에는 대통령령이 정하는 날을 말하며, 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그 사유가 종료된 날)부터 대통령령이 정하는 기한내에 토지등의 양도대금으로 금융기관부채를 상환하지 아니한 경우

(2) 같은법 시행령 제33조 【중소사업자의 경영안정 지원을 위한 양도소득세 등의 감면】

② 법 제36조 제1항에서 대통령령이 정하는 금융기관의 부채 라 함은 다음 각호의 금액을 말한다.

1. 금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률 제2조 제1호의 규정에 의한 금융기관(이하 이 조에서 "채권금융기관" 이라 한다)으로부터 사업과 관련하여 차입한 차입금(당좌차월을 제외한다)

2. 제1호의 차입금에 OO 이자

③ 법 제36조 제1항의 규정에 의하여 감면하는 세액은 감면대상소득금액에 OO 산출세액의 100분의 100으로 하되, 감면대상소득금액은 제1호의 금액에 제2호의 비율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

1. 토지 등(매매사업용의 토지등을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 양도일 현재 3년 이상 보유한 토지등을 당해 사업자의 재무구조개선을 위하여 양도함으로써 발생하는 소득금액

2. 금융기관부채의 감소액이 제1호의 규정에 의한 토지등을 양도하고 받은 대가 중에서 차지하는 비율(그 비율이 100분의 100을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분은 이를 없는 것으로 한다)

④ 제3항 제2호의 규정에 의한 금융기관부채의 감소액은 토지등의 양도일 현재 금융기관부채총액에서 당해 토지등의 양도일부터 1년이 되는 날 현재의 금융기관부채총액을 차감한 금액으로 한다.

⑥ 토지 등의 양도일부터 1년이 되는 날이 당해 토지등의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(거주자인 경우에는 자산양도차익 예정신고를 포함한다)기한이후에 도래하는 경우에는 재정경제부령이 정하는 부채상환계획서상의 금융기관부채의 예정감소액에 의하여 제3항의 규정을 적용한다.

⑩ 법 제36조 제2항 제1호에서 "대통령령이 정하는 기한" 이라 함은 토지등을 양도한 날(제9항에 해당하는 경우에는 그 사유가 종료된 날)부터 3월이 되는 날을 말하되，3월이 되는 날이 토지등을 양도한 날이 속하는 과세연도 종료일 이후에 도래하는 경우에는 당해 과세연도 종료일을 말한다.

⑪ 법 제36조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 감면받고자 하는 중소사업자는 토지등의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(거주자인 경우에는 자산양도차익 예정신고를 포함한다)와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저 쟁점(1)에 대하여

(가) 청구법인은 쟁점부동산을 12억5,000만원에 양도하기로 계약을 체결하고 그 대금은 계약일인 1999.6.1에 계약금 1억2,500만원을 수령하였으며, 1999.6.25에 중도금 5억원을 수령하였고, 1999.11.23에 잔금 6억2,500만원을 수령한 사실이 관련증빙에 의하여 확인되며, 청구법인이 쟁점부동산 양도계약체결일부터 1999사업연도말까지 금융기관의 부채를 변제한 내역이 다음과 같음을 관련 증빙등에 의하여 확인할 수 있고, 이 부분 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(나) 중소사업자의 경영안정지원을 위한 양도소득세 등의 감면을 규정한 조세특례제한법 제36조 제1항에는 중소사업자가 금융기관의 부채를 상환하기 위하여 사업용으로 사용한 토지 등을 1999년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하도록 규정되어 있고, 같은 조 제2항에는 양도소득세 또는 특별부가세를 감면받은 자가 토지 등의 양도대금을 토지 등을 양도한 날부터 대통령령이 정하는 기한내에 토지 등의 양도대금으로 금융기관부채를 상환하지 아니한 경우에는 감면세액을 추징토록 하고 있으며, 이를 위임받은 같은 법 시행령 제33조 제10항에서는 법 제36조 제2항 제1호에서 "대통령령이 정하는 기한" 이라 함은 토지등을 양도한 날부터 3월이 되는 날(3월이 되는 날이 토지 등을 양도한 날이 속하는 과세연도 종료일 이후에 도래하는 경우에는 당해 과세연도 종료일)로 규정되어 있으므로, 청구법인의 경우 쟁점부동산의 양도대금으로 금융기관의 부채를 1999사업연도 종료일인 1999.12.31까지 상환하는 경우에 특별부가세를 감면받을 수 있음을 알 수 있다.

(다) 위 사실관계와 관계법령을 종합해 볼 때, 처분청은 청구법인이 쟁점부동산의 양도계약을 체결하면서 수령한 계약금으로 상환한 금융기관부채에 대해서는 쟁점부동산의 양도일인 잔금청산일전에 상환한 것이어서 이를 감면세액 계산시 양도일 현재 금융기관부채 총액에서 제외하였으나, 조세특례제한법 제36조는 중소사업자의 재무구조 개선과 경영 안정화를 도모하기 위하여 그 제1항에서 중소사업자가 금융기관부채를 상환하기 위해 사업용으로 사용한 토지 등을 양도할 경우 특별부가세 등을 감면하도록 하고, 그 제2항에서는 금융기관부채의 조기상환을 유도하기 위해 당해 양도자금으로 토지 등의 양도일로부터 3월이내에 금융기관부채를 상환하지 아니할 경우 감면세액 추징규정을 두고 있는 바, 청구법인이 상환한 위 금융기관부채는 쟁점부동산의 잔금청산일 전에 변제한 것으로 쟁점부동산 양도일 현재의 금융기관부채는 아니나 청구법인은 위 금융기관부채를 상환하기 위해 쟁점부동산을 처분하고 그 계약금과 중도금으로 위 금융기관부채를 조기에 상환한 것으로 볼 수 있고 위 감면세액 추징규정의 입법취지나 거래통념에 비추어 보아도 청구법인이 계약금을 받아 금융기관부채에 사용한 금액을 쟁점부동산의 양도일 현재 금융기관부채총액에 포함시켜 감면세액을 계산함이 타당하다고 판단된다.

(라) 이와 같은 이유로 청구법인이 쟁점부동산의 잔금청산일을 전후하여 쟁점부동산의 양도대금으로 상환한 위 금융기관부채의 미지급이자 48,593,860원 역시 조세특례제한법 시행령 제33조 제2항 제2호의 규정에 의한 금융기관부채로 보이므로 동 금액에 OO 특별부가세 감면을 추가로 인정하여야 한다는 청구법인의 주장은 정당하다.

(2) 쟁점(2)에 대하여

(가) 청구법인은 쟁점부동산의 양도대금으로 당좌차월 금액인 1억5,000만원을 1999.11.24 상환하였으므로 이 부분에 OO 특별부가세를 감면하여야 한다고 주장하고 있으나, 처분청은 당좌차월이 금융기관의 부채에 해당되지 않으므로 관련 특별부가세는 감면할 수 없다고 보아 이 건 처분하였다.

(나) 금융기관의 부채는 조세특례제한법 시행령 제33조 제2항 제1호에서 금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률 제2조 제1호의 규정에 의한 금융기관(이하 이 조에서 "채권금융기관" 이라 한다)으로부터 사업과 관련하여 차입한 차입금(당좌차월을 제외한다)으로 한다고 규정하고 있어, 당좌차월을 금융기관의 부채에서 제외하고 있으므로 당좌차월에 대하여는 조세특례제한법 제36조의 중소사업자의 경영안정지원을 위한 특별부가세 등의 감면규정을 적용할 수 없음을 알 수 있고, 이 건 청구법인이 금융기관의 당좌차월을 상환한 부분에 대해 특별부가세의 감면을 배제한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.