처분청은 청구인이 1997.3.18.ㅇㅇ도ㅇㅇ군ㅇㅇ읍ㅇㅇ리ㅇㅇ번지외 11필지에 대하여 매매로 취득한 후 같은해 3.19. 농지에 대한 등록세율(1,000분의 10)을 적용하여 등록세 등을 신고 납부하였으나, 같은리ㅇㅇ번지 전 826㎡(이하 “이건 토지”라 한다)가 공부상 지목은 농지이나 종합토지세 과세대장상 지목이 대지임에도 농지로 등록세 세율을 적용한 것이확인되어 취득가액(346,094,000원)을 과세표준으로 하여 같은법 제131조제1항의제3호(2)목의 세율(1,000분의 30)을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 8,306,250원, 교육세 1,522,800원, 합계 9,829,050원(가산세 포함)을 1999.5.4. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 이건 토지에 대하여 1997.3.18. 이건 토지의 취득이전부터 농작물(옥수수)이 재배되어 있었고(현장사진 첨부), 청구외 ㅇㅇㅇ(전소유자)과 ㅇㅇㅇ(인근주민)의 확인서와 1997년도 처분청의 개별공시지가 산정자료인 토지특성조사표의 토지이용상황과 토지대장상 전으로 등재되어 있는데도 이건 토지의 등록세 세율을 대지로 적용한 부과처분이 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 청구인의 이건 토지에 대한 등록세 세율을 적용함에 있어서 대지로 등록세율을 적용하여 부과한 처분이 정당한지 여부에 관한 다툼이라 하겠다.

먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제131조제1항제3호 및 각목에서 상속이나 무상이외의 원인으로 부동산을 취득하는 경우, 농지는 부동산가액의 1,000분의 10을, 그 외에는 부동산가액의 1,000분의 30의 세율을 적용하여 등록세를 신고 납부하도록 규정하고 있고, 같은법시행령 제89조제2항에서는 「법 제131조제1항에서 “농지”라 함은 등기 당시 종합토지세 과세대장상의 지목이 전·답·과수원 또는 목장용지인 토지를 말한다」라고 규정되어 있다.

청구인의 경우를 보면, 이건 토지는 1997년도 개별공시지가 산정자료인 토지 특성조사표의 이용상황에 전으로 등재되어 있으나, 종합토지세 제도가 시행된 1990년이후 종합토지세 과세대장에는 대지로 등재되어 있으며 1997.3.18. 등기 당시인 1996년도 종합토지세 과세내역서에도 현황지목이 대지로 입증되고 있으며, 청구인은 1997.3.18. 매매를 원인으로 하여 이건 토지를 취득한 후 같은해 3.19. 농지에 대한 등록세율을 적용하여 등록세를 신고 납부하였으나, 종합감사시 이건 토지가 종합토지세 과세대장상 지목이 대지인 것이 확인되어 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 등을 추징부과 고지하였음을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 공시지가 산정자료인 토지특성조사표에 전으로 기재되어 있고 당시 농작물이 재배되고 있었다는 인근주민들의 확인서를 제시하면서 농지에 해당되는 세율이 적용되어야 한다고 주장하고 있으나 이건 토지의 경우 현재로서는 당시의 사실상 지목이 농지였는지 여부도 불분명할 뿐 아니라 등록세의 세율을 적용함에 있어서는 사실상 농지인지의 여부를 판단하여 과세하도록 규정되어 있지 않고, 등기 당시 종합토지세과세대장상의 지목이 농지면 현황이 농지가 아니라도 농지로서의 세율을 적용하도록 규정하고 있으며, 대법원판례(1997.3.25. 96누11549)에서도 “종합토지세는 공부상의 등재사실에 불구하고 현황지목에 의하여 부과한다고 규정하고 있으므로 결국 종합토지세 과세대장상의 지목과 사실상 현황지목이 다르다 하여도 등기당시의 종합토지세 과세대장상의 지목에 의하여 등록세의 세율이 적용된다”는 취지로 판단하고 있는 점을 보면 청구인의 주장은 받아들일수 없는 것이라 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2000. 1. 26.

행 정 자 치 부 장 관