청구법인은 인천광역시 중구 O동 OOOOOO에 본점을 두고 전세버스 운송업을 영위하는 법인으로서 95.8.30. 청구법인과 청구외 OOOO 주식회사(사업장 : 경기도 부천시 OO구 OO동 OOOO)간에 사업O 전세버스 30대에 관한 매매계약을 체결하고 공급가액 1,283,333,400원의 매입세금계산서를 95.8.30. 교부받아 95년 제2기 부가가치세 예정신고시 당해 세금계산서의 매입세액 128,333,100원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 공제하여 조기환급신고를 하였다.

처분청은 청구외 OOO(OOOO 주식회사 OO표이사)이 부천세무서장에게 제출한 『OOOO 주식회사의 전대표이사인 OOO이 회사의 주요자산을 이사회등의 내부의결절차도 없이 단독으로 청구법인에게 매출하였다』는 내O의 진정서에 대하여 부천세무서장이 조사한 통보내O등에 의하여 사실과 다른세금계산서로 보아 쟁점매입세액을 불공제하고 96.1.24. 청구법인에게 환급거부통지를 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 96.3.22. 심사청구를 거쳐 96.6.27. 이 건 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 부가가치세의 조속한 환급결정을 요구하는 진정서를 95.11.24. 처분청에 제출하였으며 당해 진정서에 대한 처분청의 회답을 96.1.24. 접하고 이를 처분청의 공식적인 환급거부 처분으로 보아 이로부터 60일이내인 96.3.22. 심사청구를 하였는 바, 이는 적법한 심사청구이며, 부가가치세법상의 조기환급기한 다음날을 기산일로 하여 심사청구기한이 도과되었다는 국세청장의 주장은 위법하다.

(2) 청구법인이 청구외 OOOO 주식회사와의 사업O 차량의 양도양수계약을 체결하고 당해 계약을 보다 확실하게 하기 위하여 공증을 한 후 인증서까지 작성하였으며 관계법령에 따라 관할관청으로부터 인가서를 받아 자동차등록원부에 명의이전등록을 하였으며, 자동차 양도양수계약서상 청구외 OOOO주식회사의 채무를 부담키로 한 약정에 따라 OOOO주식회사의 제3채권자에게 채무변제를 약속하는 각서 및 확인서를 작성교부하는등 부가가치세법이 규정한 계약상·법률상 원인에 의한 정당한 과세거래이며, 이와 관련된 매입세금계산서임에도 불구하고, 처분청은 어떤 점이 사실과 다른 매입세금계산서라는 구체적 사유 및 설명도 없이 환급을 거부하는 것은 위법·부당하다.

나. 국세청장 의견

청구법인이 부가가치세법 제24조 제2항 제2호에 의한 설비투자조기환급신고를 95.10.25. 에 이행하였으므로 같은 법 시행령 제73조 제1항에 따라 그로부터 15일이 되는 95.11.10. 까지 환급되어야 하나, 이 건의 경우 환급기한인 95.11.10.이 경과하여도 환급이 되지 아니하였으므로 환급이 거부된 것으로 보아야 하며, 95.11.11.부터 60일이 되는 날인 96.1.9.까지 필요한 처분을 구하는 이의신청 또는 심사청구를 하여야 하나 96.1.9.부터 73일이 경과한 96.3.22. 에 심사청구를 하였으므로 불복청구기간이 도과된 부적법한 청구다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

먼저, 이 건 심판청구가 적법한 심판청구인지를 가리고, 적법한 심판청구인 경우 청구법인이 부가가치세 신고시 제출한 매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

나. 적법한 심판청구인지 여부에 대하여

국세기본법 제61조 제1항의 규정에 의하면 『심사청구는 당해처분이 있은 것이 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)로부터 60일내에 하여야 한다.』고 규정되어 있다.

청구법인의 조기환급신고에 대하여 처분청의 환급거부통지가 청구법인에게 도달한 날(96.1.24.)에 거부 처분의 효력이 발생되므로 96.1.25.을 심사청구기간의 기산일로 하면 96.3.24.이 심사청구기한이 되므로 96.3.22. 에 심사청구를 한 것은 적법한 청구다.

따라서, 국세청장이 이를 부적법한 청구로 보아 각하한 것은 잘못이므로 이 건은 본안심리를 하여야 할 것이다.

다. 사실과 다른 세금계산서에 해당 여부

(1) 관련법령

㉮ 부가가치세법 제6조 제1항에서 『재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다』고 규정하고 있고,

같은 법 제16조 제1항에서 『납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 O역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성연월일

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항』이라고 규정하고 있으며,

같은 법 제17조 제2항에서 『다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액』이라고 규정하고 있다.

㉯ 상법 제374조 제1항에서 『회사가 다음의 행위를 함에는 제434조에 정하는 결의가 있어야 한다.

1. 영업의 전부 또는 중요한 일부의 양도

2. 영업전부의 임대 또는 경영위임, 타인과 영업의 손익전부를 같이하는 계약 기타 이에 준할 계약의 체결, 변경 또는 해약

3. 다른 회사의 영업전부의 양수』라고 규정하고 있고,

같은 법 제398조에서 『이사는 이사회의 승인이 있는 때에 한하여 자기 또는 제3자의 계산으로 회사와 거래를 할 수 있다. 이 경우에는 민법 제124조의 규정을 적O하지 아니한다』고 규정하고 있으며,

같은 법 제434조에서 『제433조 제1항의 결의는 출석한 주주의 의결권의 3분의 2이상의 수와 발행주식총수의 3분의 1이상의 수로서 하여야 한다.』고 규정하고 있다.

(2) 95.8.30. 양도자인 OO관광 주식회사 전대표이사 OOO(94.12.5.～95.10.26.)과 양수자인 OOOO개발주식회사 대표이사 OOO(94.5.11.～95.10.26.간에 OOOO 주식회사 이사로 재직)간에 체결된 자동차매매계약서에는 『매매물건인 영업O 승합자동차 30대를 공급대가 1,411,666,500원에 양수도하는 것』으로 되어 있다. 이에 대하여 양도자인 OOOO 주식회사의 대표이사 OOO(89.10.5.～94.12.5., 95.10.16.～청구일 현재)은 95.12.1. 인천세무서에 『95.6.30. OOOO 주식회사의 발행 당좌수표가 부도된 후 OOOO 주식회사의 전대표이사 OOO과 상무이사로 있던 OOO(현 OOOOOO 주식회사의 대표이사)간에 아래와 같이 버스 양도 양수가 있었으나 이는 정식 주주총회등을 통하지 않은 부당거래로 청구법인의 환급금에 대해 지급정지를 요청』하는 진정을 한 바 있다.

- 아 래 -

(3) 진정내O(95.12.1.)에 대한 부천세무서의 조사내O에 의하면, 『OOOO 주식회사의 현 대표이사 OOO이 버스양도에 대한 거래무효소를 제기하였으며 거래사실 확인하고자 하나 장부등이 없어 거래사실 파악하기 어려우며 회사의 주요자산 매각시 이사회 결의가 있어야 하나 이사회 결의 없이 전 대표이사 OOO이 불법으로 명의이전한 사실이 확인되며, 양수자인 OOOO 주식회사에서는 위 매매계약서에 의한 공급가액에 대하여 부가가치세 신고사실 없으며, OOOO 주식회사에서는 매출사실 부인하므로 인천세무서에 신고된 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당된다』고 인천세무서에 정당한 세금계산서가 아닌 것으로 통보하였고,

양수자인 OOOOOO주식회사의 관할인 인천세무서의 조사내O에 의하면 『OOOOOO주식회사에 대한 환급현지확인 조사한 바, 버스 매입부분에 하자가 없어 환급결정하고자 하였으나 부천세무서로부터 환급보류요청이 있어 재차 사실내O을 조사한 바, 버스매출처인 OOOO 주식회사의 내부의사결정이 없이 전대표이사 OOO 단독으로 매출한 것이므로 사실과 다른 세금계산서라는 부천세무서의 통보내O을 OOOOOO(주)대표이사 OOO에게 소명하도록하고 정당한 거래이면 OOOO(주)가 부천세무서에 무신고한 매출에 대한 부가가치세를 신고납부하도록 하였으나 OOOO 주식회사의 전·OO표이사간의 내부분쟁으로 신고를 못하고 있는 실정이며, 부천세무서의 통보내O(사실과 다른 허위 세금계산서)에 따라 버스 30대에 대한 매입세액은 공제 부인하여 경정결의』한 사실이 관련공문에 의하여 확인된다.

(4) 96.6.13. 피고인 OOO에 대한 인천지방검찰청의 공소장에 의하면 『피고인 OOO는 OOOO 주식회사의 주주총회에서 중요재산의 양도에 관한 특별결의를 거치지 아니한 채 이사회 의사록을 위조, 제출하는 방법으로 OOOO 주식회사 소유의 사업O 전세버스 30대 시가 6억원 상당 및 차고지 임차권등을 피고인이 단독으로 경영하는 OOOO 개발주식회사 소유명의로 이전등록하여 OOOO 주식회사에 동액 상당의 재산상 손해를 가하였다』고 공소사실을 밝히고 있다.

(5) 반면에, 청구인은 쟁점매입세액과 관련한 사업O 전세버스 30대에 대한 소유권이 OOOO 주식회사의 주주총회등 합법적인 절차에 의하여 청구법인에게 이전되었다는 객관적인 증빙의 제시가 없다.

(6) 판단

상기내O을 종합하여 관련법령을 적O하여 보면, 관광버스회사의 주요자산인 쟁점매입세액과 관련한 사업O 전세버스 30대에 대한 소유권이 OOOO 주식회사의 주주총회 의결등의 절차를 거치지 아니하고, OOOO 주식회사의 전대표이사 OOO과 청구법인의 대표이사 OOO간에 불법적인 방법에 의하여 이루어져 이 건 계약체결은 무효라고 인정되므로, 부가가치세법 제6조에서 규정하고 있는 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도한 것이 아니라고 판단된다.

따라서 이 건 심판청구는 청구법인의 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.