가. 원고는 2010. 1. 8. 현대시멘트주식회사(이하 ‘현대시멘트’라고 한다)로부터 충북 단양군 매포읍 고양리 38-1 등 119필지 토지에 위치한 대중제 골프장인 오스타단양CC 골프장(이하 ‘이 사건 골프장’이라 한다)을 대금 600억 원에 양수하기로 하는 계약을 체결하고, 2010. 2. 26. 현대시멘트에게 잔금 540억 원을 지급하여 이 사건 골프장을 취득하였으며, 피고에게 아래 <표 1>의 기재와 같이 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세로 합계 1,703,459,350원을 신고납부하였다.

계정별 과세표준액 합계 취득세 농어촌 특별세 등록세 지방교육세 총계 41,443,169,330 1,703,459,350 829,529,290 82,281,730 659,946,810 131,701,520

1. 토지 30,562,883,896 1,404,226,750 611,257,670 61,125,760 609,869,440 121,973,880

2. 건물 2,431,829,866 111,731,590 48,636,590 4,863,650 48,526,130 9,705,220

3. 구축물 4,681,894,239 103,001,660 93,637,880 9,363,780 - -

4. 코스 0 0 - - - -

5. 기계 장비 563,573,194 12,677,510 11,525,010 1,152,500 - -

6. 차량 운반구 365,073,635 9,387,730 7,713,850 100,220 1,551,240 22,420

7. 공구와 기구 0 0 - - - -

8. 입목 2,837,914,500 62,434,110 56,758,290 5,675,820 - -

9. 시설 장치 0 0 - - - - 10. 비품 0 0 - - - - <표 1> (단위 : 원)

나. 피고는 충청북도의 원고에 대한 세무조사 결과 원고가 아래 <표 2>의 기재와 같이 이 사건 골프장 취득과 관련된 간접비용과 이 사건 골프장의 구축물 및 코스 관련 토지 등에 대한 취득세 과세표준 15,138,894,050원 및 등록세 과세표준 15,067,585,785원에 대한 지방세 신고납부를 누락한 것으로 보아, 2012. 10. 11. 원고에 대하여 취득세 438,162,530원, 농어촌특별세 43,811,860원, 등록세 436,106,980원, 지방교육세 87,218,280원을 부과고지하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). <표 2> (단위 : 원) 계정 과세물건...