원심판결 이유에 의하면 원심은, 법인세법시행령 제46조 제1항 소정의 "특수관계 있는 자"에 해당하는지의 여부는 납세의무자를 주체로 하여 그 거래상대방이 같은 조항 제1호 내지 제7호 의 관계에 있는지의 여부에 따라 정하여야 할 것이라고 전제한 다음, 이 사건에서 원고법인 또는 원고법인의 이사장과 그 친족 및 이사 등을 주체로 하여서는 소외 진흥기업주식회사가 위 제1호 내지 제7호 의 관계 중 어느 것에도 해당한다고 인정할 만한 증거가 없으므로 원고법인이 위 소외회사의 주주이면서도 위 소외회사로 부터 배당금을 수령하지 않고 이를 유보시켰다 하여 그 행위계산을 부인할 수는 없다고 판단하였다.

그러나 납세의무자인 어느 법인이 그 법인에 대하여 출자자의 지위에 있는 타 법인 또는 개인과 거래를 한 경우에 있어서 이들 사이에 법인세법시행령 제46조 제1항 제1호 소정의 특수관계가 성립함은 물론이려니와, 반대로 납세의무자인 당해 법인이 스스로 출자자의 지위에 서서 그 출자를 받은 타 법인을 상대방으로 하여 거래를 한 경우에 있어서도 위 특수관계는 성립한다 할 것이고, 그 거래로써 당해 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 행위 또는 소득금액의 계산을 부인할 수 있는 것이므로 ( 당원 1984.4.10. 선고 83누84 판결 , 1985.3.26. 선고 83누160 판결 , 1989.1.17. 선고 87누901 판결 등 참조) 원심판결에는 법인의 부당행위계산 부인에 있어서의 특수관계성립에 관한 법리오해의 위법이 있다 할 것이고 이는 판결에 영향을 미쳤음이 명백하므로 이 점을 지적하는 논지는 이유있다.

그러므로 원심판결 중 피고 패소부분을 파기하고 이 부분 사건을 원심법원에 환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.