가. 원고는 네비게이션 등 잡화 도소매업을 영위하는 법인으로, 아래 표 기재와 같이 2010년 제2기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 A(이하 ‘A’라 한다)로부터 공급가액 합계 1,841,007,673원의 매입세금계산서(이하 ‘이 사건 매입세금계산서’라 한다) 4매를 교부받았고, 주식회사 중소기업유통센터(이하 ‘중소기업유통센터’라 한다)에게 공급가액 1,927,972,363원의 매출세금계산서(이하 ‘이 사건 매출세금계산서’라 한다) 4매를 교부한 후, 위 매출세금계산서 중 2010. 11. 30.자 매출세금계산서를 제외한 나머지 세금계산서에 대하여 2010년 제2기 부가가가치세를 신고납부하였다

(이하 이 사건 매입세금계산서와 매출세금계산서를 통틀어 ‘이 사건 세금계산서’라 하고, 이 사건 세금계산서와 관련된 거래를 ‘이 사건 거래’라 한다). (단위 : 원) 매입세금계산서 수취내역 매출세금계산서 교부내역 매입일자 공급가액 매출일자 공급가액 2010. 8. 2. 457,129,964 2010. 8. 25. 478,720,909 2010. 9. 7. 457,299,709 2010. 9. 29. 478,918,455 2010. 10. 15. 459,390,364 2010. 10. 29. 481,071,182 2010. 11. 15. 467,187,636 2010. 11. 30. 489,261,817 합 계 1,841,007,673 합 계 1,927,972,363

나. 서울지방국세청장은 2011. 5. 17.부터 2011. 8. 24.까지 원고 및 관련 업체 등에 대한 부가가치세 조사를 실시하여, 원고가 수수한 이 사건 세금계산서를 가공세금계산서로 보아 피고에게 과세자료를 통보하였다.

다. 이에 따라 피고는 이 사건 세금계산서상의 매출세액과 매입세액을 모두 감액하고, 이 사건 세금계산서 수수에 대하여 세금계산서불성실가산세 등을 적용하여, 2011. 9. 1. 원고에게 2010년 제2기 부가가치세 94,487,960원을 경정고지하였는데, 구체적인 경정 내용은 다음과 같고, 가산세액 91,657...