가. 청구인은 OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)와 근린생활시설증축공사(이하 “쟁점공사”라 한다)에 대한 도급계약을 체결하고 OOO 쟁점공사의 완료로 건축물 사용승인을 받았으며, OOO과의 소송에 따라 OOO 법원판결에 따라 총 공사대금 중 당초 잔금OOO 및 추가공사비OOO를 포함한 OOO(부가가치세 포함)을 지급하였으나 OOO로부터 세금계산서를 발급받지 못하여 OOO 「조세특례제한법」제126조의4 제2항에 따른 매입자발행세금계산서 발행을 위하여 처분청에 거래사실확인을 신청하였다.

나. 처분청은 OOO세무서장(공급자관할서장)에게 거래사실확인을 요청하였고, 공급자관할서장은 잔금의 공급시기를 사용승인일OOO로 발행대상이 아닌 것으로, 추가 공사금액OOO은 매입자발행세금계산서 발행대상에 해당하는 것으로 보아 OOO 청구인에게 통지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 OOO 이의신청을 거쳐 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

공사잔금에 대하여 다툼이 있는 경우 세금계산서는 법원의 확정판결이 있는 때를 공급시기로 하여 세금계산서를 발급하여야 하는 것으로OOO, 당초 쟁점공사의 완료시기는 2010년 제2기이나 동 공사대금의 잔금지급에 대한 OOO의 확정판결이 OOO로 잔금에 대한 공급시기는 OOO인바, 처분청이 계약서상 공사잔금의 공급시기를 쟁점건물의 사용승인일(2011.3.28.)로 보아 공급시기 경과로 매입자발행세금계산서 거래사실 확인불가로 통지한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

OOO 판결문에 따르면 추가 공사대금을 포함한 총 공사잔금은 OOO으로, 이 금액에는 당초 계약서상 잔금 OOO과 추가공사비 OOO이 포함되어 있는바, 계약서상 총 공사대금 중 잔금OOO을 제외한 나머지 금액은 이미 지급하였고, 미지급한 당초 공사 잔금에 대하여는 청구인과 다툼이 없으므로 잔금은 법원판결 이전에 확정되었다고 볼 수 있으므로 공급시기는 사용승인일인 OOO이고, 공급일이 속한 세금계산서 발급시기에 미발급한 OOO에도 잘못이 있으나, 청구인은 부가가치세를 지급할 의무가 있고 당초 공사대금 중 잔금 OOO에 대한 공사대금에 이견이 없는 이상 매입세액 공제를 받기 위해서는 위 공급일에 따른 세금계산서 발급시기로부터 3개월 이내에 신청하여야 하나 이를 이행하지 않았음이 명백하므로 처분청의 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점공사 잔금의 공급시기를 법원의 확정판결일로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제16조【용역의 공급시기】① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

1. 역무의 제공이 완료되는 때

2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다.

제34조【세금계산서 발급시기】① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다.

② 제1항에도 불구하고 사업자는 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전 제17조에 따른 때에 세금계산서를 발급할 수 있다.

③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다)까지 세금계산서를 발급할 수 있다.

1. 거래처별로 1역월(1曆月)의 공급가액을 합하여 해당 달의 말일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

2. 거래처별로 1역월 이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합하여 그 기간의 종료일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

3. 관계 증명서류 등에 따라 실제거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

(2) 부가가치세법 시행령 제22조【용역의 공급시기 】법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호에 따른다. 다만, 폐업 전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도 기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

(3) 조세특례제한법 제126조의4【매입자발행세금계산서에 의한 매입세액 공제 특례】① 「부가가치세법」 제16조에도 불구하고 납세의무자로 등록한 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 「부가가치세법」제16조에 따른 세금계산서 교부시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 재화 또는 용역을 공급받은 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서를 발행할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 OOO 소재에서 부동산임대업을 영위하는 자로 OOO과 쟁점공사에 대한 도급계약을 체결하였는데, 쟁점건물의 증축공사계약서에 의하면 공사기간은 OOO이고 공급가액은 OOO이며, OOO은 계약서에 명시된 기성시점에 기성부분에 대한 검사를 요청하여 검사에 합격하면 검사완료일로부터 14일이내 기성부분금을 지급하고, 준공한 경우 준공검사에 합격한 후 공사대금을 청구인에게 청구할 수 있으며, 청구인은 계약목적물을 인도받음과 동시에 공사대금을 지급한다고 되어 있는바, 공사대금 기성금지급 및 세금계산서 발행내역은 아래 <표1>과 같고, 처분청이 제시한 심리자료의 주요내용은 다음과 같다.

<표1> 세금계산서 발행 및 대금지급 내역

(가) 쟁점공사의 건물 건축물대장 및 등기부등본에 의하면, 쟁점공사로 증축된 건물(5～8층, 옥탑 1～2층)은 OOO 사용승인되었고, OOO등기접수하였다.

(나) 쟁점공사와 관련한 추가 공사계약서는 작성된 사실이 없고, 다만 OOO 공사업체가 건축주에게 추가 공사관련 견적서(공사원가계산서)를 제시하였다.

(다) 쟁점공사 관련 OOO 판결문OOO 및 OOO 판결문OOO, OOO 판결문OOO에 의하면, 쟁점공사와 관련하여 추가공사비 등에 대하여 다툼이 있어 OOO이 소송을 제기하여 1, 2심을 거쳐 OOO 상고 기각결정으로 종결되었고, 최종 확정된 OOO 판결문에 따라 청구인은 당초 공사잔금OOO과 추가공사대금OOO에서 공사지연으로 인한 손실보상금OOO, 공사업체의 미시공으로 인한 건물하자로 청구인이 공사하여 발생한 추가공사비 등OOO을 차감하고 공사대금 지연지급에 대한 이자상당액OOO을 가산하여 총 OOO을 OOO에 공탁한 사실은 아래 <표2>와 같다.

<표2>

(2) 법원판결에 의해 공사잔금을 지급하고 OOO로부터 매입세금계산서를 수취하지 못한 청구인은 「조세특례제한법」제126조의4의 규정에 의한 매입자발행세금계산서 발행을 위해 처분청에 쟁점공사금액OOO에 대하여 OOO 거래사실확인을 신청하였고, 처분청은 OOO세무서장에게 청구인의 거래사실확인신청서를 송부하였으며, OOO세무서장은 거래사실 확인결과 쟁점공사금액은 공급시기 경과로 매입자세금계산서 발행이 불가하다는 내용을 처분청에 통보하였고, 처분청은 OOO 청구인에게 거래사실 확인불가 통지를 한 후, OOO세무서장은 처분청에서 추가 제출한 자료를 검토하여 추가공사분OOO은 매입자발행세금계산서 대상에 해당된다고 하여 처분청에 재통지하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점공사의 공급시기를 법원의 판결에 의하여 대가가 확정된 OOO이라고 주장하나, 청구인과 OOO이 체결한 쟁점공사의 도급계약서는 기성부분에 대하여 검사완료일로부터 14일 이내 기성부분금을 지급하는 완성도기준 지급조건의 공사계약이고, 준공한 경우 준공검사에 합격한 후 공사대금을 청구할 수 있도록 계약하였는바, 쟁점공사로 증축된 건축물은 건축물관리대장상 OOO 사용승인이 된 것으로 나타나는 점, 청구인이 OOO과 추가 공사부분의 정산에 관한 분쟁으로 소송이 제기되어 OOO의 판결로 미지급한 공사대금의 잔액이 확정되었다 하더라도 이는 추가 공사용역에 관한 문제로 최초 계약서상 공사잔금의 공급시기는 사용승인일이고 추가 공사용역에 대한 공급시기는 OOO의 판결이 확정된 날로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 계약서상 잔금에 대하여 공급시기 경과로 매입자발행 세금계산서 발행대상이 아닌 것으로 보아 거래사실 확인불가로 통지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.