처분청은 첫째, 청구인이 1991.10.29. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 공장용지 33,058.9㎡(이하“ㅇㅇ동 토지”라 한다)를 취득하여 1991.12.18. 공장 건축허가(연면적 9,064.94㎡)를 받아 1993.10.26. 건축공사를 착공한 후 1994.11.8.과 1995.11. 1. 설계를 변경하고 1996. 2.15. 건축물 사용검사를 받았으나, 공장입지기준면적을 초과하므로 그 초과토지(8,042.32㎡, 이하 “제1토지”라 한다)를 법인의 비업무용 토지로 보아 그 취득가액(363,014,540원)에 구지방세법(1994.12. 22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제2항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 56,630,260원(가산세 포함)을 1998. 8. 7. 부과 고지하였고,

둘째, 청구인이 1995.12.26. ㅇㅇ프레스공업(주)을 흡수 합병하면서 취득한 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 공장용지 15,579.7㎡(이하 “제2토지”라 한다)와 같은 동 ㅇㅇ번지 도로 684.12㎡(이하“제3토지”라 한다)중, 제2토지를 2년이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 1997.3.29. 매각하였으므로 과세면제된 취득세와 등록세 등 추징대상에 해당됨은 물론 법인의 비업무용 토지에 해당된다고 보아, 그 취득가액(775,645,000원)에 구지방세법(1997. 8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제1항, 제2항 및 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 139,616,100원, 농어촌특별세 9,226,210원 및 등록세 27,923,220원, 교육세 5,119,250원, 합계 181,884,780원(가산세 포함)을 1998.8.7.과 같은해 8.17. 부과 고지하였으며,

셋째, 제3토지의 경우는 그 취득일로부터 2년이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 과세 면제된 취득세 등의 추징대상에 해당된다고 보아 그 취득가액(34,155,000원)에 구 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 819,720원, 농어촌특별세 75,140원 및 등록세 1,229,580원, 교육세 225,420원, 합계 2,349,860원(가산세 포함)을 1998.8.7.과 같은해 8.17. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 자동차 부품 제조업 등을 목적사업으로 하는 법인으로서,

첫째, 자동차 부품 생산 공장을 설치하기 위하여 1991.10.29. ㅇㅇ동 토지를 취득한 후 1991.12.18. 공장 건축물 연면적 9,096.94㎡ 규모로 건축허가를 받았으나, 건축허가 설계서(평면도)상에 저장시설 및 테니스장 면적(6,107.5㎡, 이하“저장시설 등”이라 한다)이 포함되어 있는데도 공장입지 기준면적을 산출하면서 저장시설 등의 면적을 제외한 것은 부당하며,

둘째, 제2토지와 제3토지의 경우는 청구인이 1995.12.26. ㅇㅇ프레스공업(주)을 흡수 합병하면서 취득세등을 면제 받은 후 1996.12.24. 건축물 착공신고를 하고 건축공사를 하던 중 국내 자동차 시장의 계속적인 불항으로 인한 주거래처(ㅇㅇ 자동차)의 매출부진으로 경영난을 겪게 되어 ㅇㅇ시 및 ㅇㅇ산업단지관리공단에 반납하려고 하였으나, ㅇㅇ시 및 ㅇㅇ산업단지 관리공단의 자금 사정으로 반납하지 못하고 ㅇㅇ산업단지관리공단이 지정한 ㅇㅇ산업(주)외 3개업체에 1997.3.29. 환매한 것이므로, 구지방세법 제276조제1항단서 규정의 공업단지관리공단 또는 공업단지관리기관이 지정하는 자에게 환매한 것으로 보아 취득세등을 면제하여야 함에도 과세면제된 취득세등을 추징한 것은 부당하며, 또한 경영난으로 인한 자금사정 악화로 부득이 매각한 정당한 사유가 있는데도 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세등을 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구의 다툼은 공장입지기준면적 산정이 적법한지와 토지를 매각한 정당한 사유가 있는지 여부에 있다.

관계법령을 보면,구 지방세법 제112조제2항 및 구지방세법시행령(1998. 7.

16. 대통령령 제15835호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제84조의4제1항제2호에서 법인이 토지를 취득한 날로부터 5년이내에 정당한 사유없이 매각하는 경우 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세하도록 규정하고 있고, 구지방세법시행령 제84조의4제3항제6호에서 공장용 건축물의 부속토지로서 공장입지 기준면적을 초과하는 토지는 법인의 비업무용 토지로 보지만, 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있다. 또한, 구지방세법(1995.12.6. 법률 제4995호로 개정되기 전의 것) 제276조제1항제1호가목에서 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 공업단지안에서 공장을 신축하고자 하는 자가 최초로 취득하는 토지에 대하여는 취득세·등록세를 면제하지만, 그 취득일로부터 2년이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우(당해 공업단지관리기관 또는 당해 공업단지관리기관이 지정하는 자가 환매하는 경우를 제외한다)또는 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용 토지가 된 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징하다고 규정하고 있다.

먼저, 공장입지기준면적 산정이 적법한지 여부를 살펴보면, 청구인의 경우 1991.10.29. ㅇㅇ동 토지를 취득한 후 1991.11.10. ㅇㅇ종합건설(주)과 토목공사 도급계약을 체결하고 공사를 진행하다가 1991.12.18. 건축허가를 받않고, 그 후 시공회사를 (주)ㅇㅇ으로 변경하여 1993.10.26. 건축공사착공신고서를 제출한 사실이 확인되고 있다.

신축중인 공장에 대한 입지기준면적을 산정할 경우 법인의 비업무용 토지 유예기간이 경과되는 시점(1993.10.29.)의 건축허가상 건물 연면적과 기계장치 또는 저장시설 등의 연면적을 합한 면적을 기준으로 하여 공장입지기준면적을 산정하여야 하고, 종업원의 후생복지를 위한 체육시설용 토지도 공장의 입지기준면적 산정시 이를 제외한 나머지 토지로서 공장입지기준 면적을 산정하여야 하나, 운동장과 코트 등과 같은 체육시설용 토지에는 축구, 배구, 테니스 경기가 가능한 시설이 있어야 하므로, 청구인과 같이 축구, 배구, 테니스 경기가 가능한 시설이 설치되지 아니한 경우는 이를 인정할 수 없다. 그러나 1991.12.18. 허가 받은 건축허가서상에 건물(연면적 9,096.94㎡)외에 저장시설 등(ㅇㅇ종합건설이 공사한 부분의 저장시설 등 면적 포함)이 포함되어 있는 사실이 확인되고 있으므로 저장시설등 (배수로, 정화조, 지하 저수조, 국기게양대, 수배전설비, 도시가스 및 상수도 배관, 폐수처리설비)연면적을 공장 건축물 연면적에 포함시켜 공장입지기준면적을 산정하여야 함에도 저장시설 등의 연면적을 공장건축물 연면적에 포함시키지 아니한 것은 잘못이 있다 하겠다.

다음으로 제2토지를 공업단지관리기관이 지정한 자에게 환매 하였는지와 매각한 정당한 사유가 있는지 여부, 그리고 제3토지에 대하여 과세면제한 취득세등을 추징한 처분이 적법한지 여부를 살펴보면, 청구인의 경우 1995.12.26. 제2토지를 취득한 후 건축허가를 받아 1996.12.24. 건축공사를 착공한 후 공사를 진행하던중 경기 불황으로 인한 자금압박을 받게 됨에 따라, ㅇㅇ산업단지관리공단이 지정한 자에게 제2토지를 환매하였다고 하나, 청구인의 경우 공업배치및공장설립에관한법률 제41조의 규정에 의한 ㅇㅇ산업단지관리공단 또는 ㅇㅇ산업단지관리공단이 지정한 자에게 환매한 것이 아니고, 또한 청구인의 경우 건축공사를 진행하던 도중 경기 불황으로 인한 자금사정악화로 목적사업에 직접 사용하기를 포기하고 제2토지를 매각하였다고 하더라도 법인 내부의 사정에 불과하므로 정당한 사유에 해당되지 아니하며,

제3토지의 경우도 공장용에 직접 사용하지 아니하고 방치하고 있으므로 과세면제된 취득세와 등록세등을 추징한 처분은 적법하다 하겠다.

다만, 법인의 합병으로 인하여 부동산을 취득하는 경우에는 무상 취득으로 보아 그 과세표준을 시가표준액(제2토지:391,050,470원, 제3토지:17,171,412원)으로 하여야 하고, 등록세의 세율도 1000분의 15의 세율을 적용하여야 함에도 법인장부상 가액을 과세표준으로 함은 물론 등록세의 세율을 1000분의 30으로 하여 취득세와 등록세 등을 부과 고지한 처분은 잘못이 있다 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1999. 2. 27.

행 정 자 치 부 장 관