가. 청구법인은 2012.1.19. OOO를 취득하고, 2012.1.20. 이 건 토지에 대하여 「지방세특례제한법」(2014.1.1. 법률 제12175호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제50조 제1항에 따른 종교 단체가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이라 하여 취득세 등의 면제를 받았다.

나. 처분청은 2015.3.27. 이 건 토지에 대한 현지확인을 실시한 결과, 청구법인이 2015.1.9. 이 건 토지상에 교회 신축을 위한 착공신고를 하였으나 현지확인일 현재 착공하지 아니한 사실을 확인하고, 이 건 토지를 유예기간(그 취득일부터 3년 이내)에 해당 목적에 직접 사용하지 않은 것으로 보아, 그 취득가액 OOO을 과세표준으로 하여 산출한 취득세OOO을 2015.6.24. 청구법인에게 부과‧고지하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2015.7.10. 이의신청을 거쳐 2015.12.1.심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 2009년도에 OOO을 신축하여 이전한 교회로서, 2012.1.19. 이 건 토지를 취득하였고, OOO를 신축하기 위하여 건축설계 등을 마치고 2012.5.18. 처분청으로부터 제2교회에 대한 건축허가를 받아 착공을 착실히 준비하던 중 같은 해 11월경 OOO에 상당하는 양도소득세(이하 “이 건 양도소득세”라 한다)를 부과받았는데, 청구법인은 이 건 양도소득세의 부과처분이 잘못되었다고 판단하였고, 또한, 이 건 양도소득세액은 그 당시 제1교회를 취득하기 위하여 종전교회의 보상금을 모두 사용한 터라 청구법인의 존폐가 달린 커다란 액수였을 뿐만 아니라 이 건 양도소득세의 부과처분에 대한 불복과정에서 제1교회 및 이 건 토지에 압류처분이 이루어져서 그 불복의 결과에 따라 이 건 토지가 처분될 수 있는 상황이었기 때문에 더 이상 제2교회의 신축 건은 신경을 쓸 여력이 없었다.

다행히, 행정소송을 진행하던 과정에서OOO이 2014년도에 이 건 양도소득세의 부과처분의 부당함을 인정하여 그 부과처분을 취소해주고, 이 건 토지 등에 대한 압류를 해제하였으며, 이에 청구법인은 제2교회를 건축하고자 하는 분명한 의지가 있었기 때문에 2015.1.9. 제2교회 신축을 위한 착공신고를 하였고, 처분청의 세무공무원이 현지확인(2015.3.27.)을 다녀간 뒤인 2015.4.1. 착공을 하였으며, 공사를 진행할 만한 재정적인 여력이 부족하였지만 청구법인의 교회 신도들과 청구법인의 대표자 가족들이 협력하여 7개월의 공사기간을 거쳐 제2교회를 신축하였다.

이와 같이, 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 제2교회를 신축하기 위한 진지한 노력을 다하였고, 이 건 양도소득세의 부과처분에 대한 불복(심판청구 및 행정소송)은 청구법인이 어떻게 할 수 없는 외부적 사유에 해당하는바, 청구법인이 이 건 토지를 유예기간(3년) 내에 해당 목적에 직접 사용하지 못한데 정당한 사유가 있다고 보아 이 건 부과처분을 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

취득세의 추징을 배제하는 정당한 사유라 함은 해당 사업에 대한 취득세 등을 감면하는 입법취지를 충분히 고려하면서 그 목적사업에 직접 사용하는 데에 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상‧사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이고, 건축공사에 ‘착공’이라 함은 실질적으로 건축공사에 착공하여 터파기 공사 등 본격적인 공사를 착수한 경우의 토지만을 뜻한다할 것이며, 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다할 것인바,

이 건 양도소득세의 부과처분에 대한 소송 취하일(2014.8.9.)부터 이 건 토지에 대한 감면유예기간 경과(2015.1.19.) 후 처분청의 현지확인일(2015.3.27.)까지도 이 건 토지에 착공이 이루어지지 않은 것으로 확인되는 점, 이 건 양도소득세의 부과처분은 청구법인의 외부적 사유가 아닌 내부적 사유에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 이 건 토지를 유예기간 내에 해당 용도에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 종교목적으로 취득한 이 건 토지를 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도에 직접 사용하지 않은 데에 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법률

지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 일부개정되기 전의 것) 제50조[종교 및 제사 단체에 대한 면제] ① 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 수익사업에 사용하는 경우

2.정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3.해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인과 OOO에 매수하고, 그 잔금은 2012.1.19. 지급하기로 한 것으로 기재되어 있다.

(나)청구법인은 이 건 토지의 지상에 건축허가를 신청하여 2012.5.18. 건축허가를 받은 사실이 처분청의 공문(건축과-18826)에 의해 확인된다.

(다)우리 원의 심판결정OOO를 1거주자로 보고, 그 1거주자가종전교회를 양도하고 양도소득세를 무신고하였다 하여 2009년 귀속 양도소득세OOO을 2013.1.16. 청구법인에게 결정·고지하였고, 청구법인이 이에 대하여 2013.3.18. 심판청구를 제기하였으며, 우리 원은 2013.5.14. 기각결정한 것으로 확인된다.

(라) 대법원 인터넷사이트의 ‘나의 사건검색’에 의하면, 청구법인이 2013.8.13. OOO이 2014.8.9. 소취하를 하여 종결된 것으로 나타난다.

(마) OOO은 청구법인에 대한 이 건 양도소득세를 2014.7.16. 결정취소하였고,OOO에게 양도소득세를 과세할 예정이라고 비고란에 기재하였다.

(바) 이 건 토지의 등기사항전부증명서에 의하면, 청구법인은 이 건 토지에 대한 소유권이전등기를 2012.2.6. 경료하였고, OOO압류하였다가 2014.6.27. 압류해제를 한 것으로 확인된다.

(사) 청구법인은 2015.1.9. 이 건 토지에 제2교회 신축을 위한 착공신고를 하였고, 같은 날 처분청은 착공신고필증을 청구법인에게 교부하였다.

(아) 처분청의 세무공무원은 2015.3.27. 이 건 토지에 대하여 현지확인을 실시하고, 청구법인이 2015.3.27. 16:20 현재까지 이 건 토지를 착공하지 아니하고 미사용한 것으로 보고하였다.

(자) 청구법인은 처분청의 현지확인 후, 2015.4.1.부터 실제 공사를 시작하였고, 7개월간에 걸쳐 제2교회 신축공사를 하였다고 주장하며 제2교회의 사진을 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 「지방세특례제한법」제50조 제1항에서 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하되, 다만, 그 부동산을 수익사업에 사용하는 경우, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있는데, 위 규정에서의 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지‧제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유업무에 사용하고자 정상적인 노력을 다 했음에도 시간적 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 고유목적에 사용하기 위한 진지한 노력 여부, 행정관청의 귀책사유 여부 등을 참작하여 사안별로 구체적, 개별적으로 판단하여야 할 것인바,

이 건의 경우, 청구법인은 이 건 토지를 취득한 날(2012.1.19.)부터 3년이 되는 날까지 그 지상에 제2교회 신축을 위한 착공신고만 하였을 뿐 실제 착공이 이루어지지 않은 것으로 확인되는 점, 이 건 양도소득세 부과처분이 취소된 날(2014.7.16.)부터 이 건 토지에 대한 취득세의 감면유예기간까지 착공신고 이외에 이 건 토지를 해당 목적에 사용할 적극적인 노력이 있었다고 보기 어려운 점, OOO의 이 건 양소득세 부과처분은 행정관청의 사용금지‧제한 등 불가피한 외부적 사유로 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 정당한 사유 없이 이 건 토지의 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않은 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.