청구법인이 청구외 (주)OOOO으로부터 2004년도에 가공매입세금계산서 346,300천원을 교부받아 2004사업연도 법인세 과세표준 신고시 손금에 산입하였다가, OO지방국세청장의 (주)OOOO 세무조사시 ‘위장·가공거래 혐의자료 소명안내문’을 받고 가공거래 사실확인서를 제출한 후 2005.8.22. 법인세 과세표준 수정신고·납부를 하면서 부당하게 사외유출된 금액 380,930천원(부가가치세 34,630천원이 포함된 금액이며 이하 “쟁점금액”이라 한다)을 회수하고 세무조정으로 익금산입하여 사내유보로 소득처분하였다.

OO지방국세청장의 처분청에 대한 감사시 청구법인이 한 익금산입은 경정이 있을 것을 미리 알고 한 것으로 보아 쟁점금액을 대표이사에게 상여로 소득처분하라는 감사지적을 하였고 처분청은 위 감사지적에 따라 소득처분한 후 2006.7.3. 청구법인에게 2004년 귀속 근로소득세 123,467,160원을 고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2006.7.21. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인이 OO지방국세청장으로부터 통보받은 ‘위장·가공거래 혐의자료 소명안내문’은 청구법인에 대한 세무조사통지로 볼 수 없고, 조세당국의 협조요청에 의한 가공매입확인서 제출이 법인세법시행령 제106조 제4항 단서규정 적용의 근거가 된다면 확인서 작성 거부자와 형평성이 맞지 아니하는 바, 이를 경정이 있을 것을 미리 알고 한 것으로 해석하여 대표자에게 상여로 처분한 것은 동 규정을 지나치게 확대해석한 것이므로 부당하다.

나. 처분청 의견

법인세법시행령 제106조(소득처분) 제4항 규정은 여러차례 개정이 되었다가 2003.12.31. 삭제되어 2004.1.1. 이후 개시하는 사업연도분부터는 수정신고 여부에 불문하고 그 실질에 따라 소득처분토록 하였다가, 2005.2.19. 위 제106조 제4항의 규정을 다시 신설하여 국세기본법 제45조의 수정신고 기한내에 매출누락 등 부당하게 사외유출된 금액을 기업이 스스로 회수하여 세무조정으로 익금산입하여 수정신고하는 경우에는 과도한 세부담의 불이익이 없도록 사내유보로 소득처분하되, 다만 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니한다고 규정하면서 이 영 시행부칙에 시행후 수정신고하는 분부터 적용한다고 규정되어 있는 바, 청구법인이 거래처의 자료상혐의자 추적조사시 OO지방국세청장으로부터 2005.5.23. ‘위장·가공거래 혐의자료 소명안내문’을 받고 2005.8.17. 가공매입사실을 확인하는 거래사실확인서를 제출한 후 2005.8.22 법인세 과세표준수정신고와 함께 사외유출된 금액을 회수한 것은 2005.2.19. 개정된 법인세법시행령 제106조 제4항 단서 규정의 경정이 있을 것을미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입한 경우에 해당한다 할 것이므로이를 대표자에 대한 상여로 처분하여 과세한 처분에는 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

가공매입세금계산서에 대하여 거래처 세무조사시 ‘위장·가공거래 혐의자료 소명안내문’을 받은 후 사외유출된 금액을 회수하고 익금산입하여 법인세를 수정신고 한 것에 대하여 경정이 있을 것을 미리 알고 익금산입한 것으로 보아 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

국세기본법 제45조 【수정신고】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때

법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여 배당 기타 사외유출 사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

법인세법시행령 제106조【소득처분】④ 내국법인이 「국세기본법」 제45조의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다.다만, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다.

법인세법시행령부칙(2005.2.19. 대통령령 제18706호)

제1조 【시행일】 이 영은 공포한 날부터 시행한다.

제7조 【소득처분에 관한 적용례】 제106조 제4항의 개정규정은이 영 시행후 수정신고하는 분부터 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 (주)OOOO으로부터 2004년도에 가공매입세금계산서 346,300천원을 교부받아 2004사업연도 법인세 과세표준 신고시 손금에 산입하였다가, 거래처의 자료상혐의자 추적조사시 OO지방국세청장으로부터 2005.5.23. ‘위장·가공거래 혐의자료 소명 안내문’을 받고 2005.8.17. 가공매입사실을 확인하는 거래사실확인서를 제출한 후 2005.8.22 법인세 과세표준수정신고와 함께 사외유출된 금액을 회수하여 사내유보로 소득처분 하였으며, 처분청은 위 익금산입이 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입한 경우에 해당한다고 보아 쟁점금액을 대표자에 대한 상여로 소득처분한 후 이 건 고지하였으며 위 사실관계에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 청구법인이 2005.5.23. OO지방국세청장으로부터 받은 ‘위장·가공거래 혐의자료 소명안내문’에는 “(주)OOOO에 대한 자료상혐의자 추적조사와 관련하여 붙임(거래사실확인서) 세금계산서의 수수내역과 같이 청구법인과 거래한 것으로 되어 있는 바, 위장·가공혐의가 있는 귀하와의 거래분에 대하여 첨부한 거래사실확인서에 의해 사실대로 작성하여 회신하여 주시기 바란다”라고 되어 있다.

(3) 살피건대, 2005.2.19. 신설된 법인세법시행령 제106조 제4항에 국세기본법 제45조의 수정신고 기한내에 매출누락 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 처분하나, 다만 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정되어 있는 바, 청구법인이 거래처의 자료상혐의자 추적조사시 OO지방국세청장으로부터 2005.5.23. ‘위장·가공거래 혐의자료 소명안내문’을 받고 2005.8.17. 가공매입사실을 확인하는 거래사실확인서를 제출한 후 2005.8.22 법인세 과세표준수정신고와 함께 사외유출된 금액을 회수한 것은 2005.2.19. 개정된 법인세법시행령 제106조 제4항 단서 규정의 경정이 있을 것을미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입한 경우에 해당한다 할 것이므로이를 대표자에 대한 상여로 처분하여 과세한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다(OOOOOOO OOOO, OOOOOOOOOOOO OO OO OO)O

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.