가. 청구법인은 1995.10.15. 개업한 화장품 등 제조자개발생산(Original Development Manufacturing, ODM) 전문기업인바, 2017.3.31. 2011사업연도 기간 동안 청구법인의 디자인부서에서 발생한 인건비 OOO만원을 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조 및 같은 법 시행령 제8조에서 규정하고 있는 연구․인력개발비 세액공제에 해당하는 것으로 하여 2011사업연도 법인세 OOO원의 공제를 구하는 경정청구(이하 “1차 경정청구”라 한다)를 하였고 처분청은 2017.7.24. 1차 경정청구를 인용결정하였다.

나. 청구법인은 2017.8.31. 2012～2016사업연도 기간 동안 청구법인의 디자인부서에서 발생한 인건비 합계 OOO억 OOO만원(이하 “쟁점인건비”라 한다)이 연구ㆍ인력개발비 세액공제에 해당하는 것으로 하여 아래 ＜표1＞ 내역과 같이 법인세의 공제․환급을 구하는 경정청구(이하 “이 건 경정청구”라 한다)를 하였다.

＜표1＞ 청구법인의 연구․인력개발비공제 경정청구내역

OOO

다. 처분청은 쟁점인건비의 경우 세액공제 대상이 되는 고유디자인의 개발과 관련된 비용에 해당하지 아니한 것으로 보아 2018.2.13. 이 건 경정청구를 거부하면서 2016사업연도 법인세 OOO원의 환급(1차 경정청구에서 공제세액으로 인용한 OOO원 포함)을 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2018.5.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인의 디자인부서(근무인원 총 8명)는 근무인원 전원이 디자인을 전공한 전문인력으로 ODM제품을 위한 화장품 용기, 케이스, 포장 등의 디자인 개발을 전담하고 있어 일반적인 관리․지원활동과는 근본적인 성격이 상이한 점, 청구법인의 경우와 같은 ODM업체의 고유디자인 개발비용의 경우 OEM방식의 경우와 달리 유통사로부터 디자인을 위탁받아 수행하는 것이 아니라 청구법인이 자체적으로 제품 콘셉트를 만들어 제품의 연구개발, 제조, 포장, 납품의 전 과정을 수행하는 것으로 청구법인의 다자인 부서에서 개발한 디자인 샘플들은 모두 고유한 디자인으로 청구법인이 소유하고 있는 점, 다만 청구법인의 디자인부서에서 개발한 디자인에 대하여 실용신안 등을 전부 등록하지 아니한 이유는 디자인 개발건수가 매우 많아 이를 건별로 모두 등록하는 것은 실무적으로 불가능할 뿐만 아니라 빠른 트렌드 변경으로 실용신안권을 유지․관리하는데 실무적으로 어려움이 많아 등록의 실익이 없기 때문인 점, 청구법인은 유통사로부터 제품을 제조․납품하여 제품의 대가를 수령하기 때문에 연구개발단계에서 보조금 등의 혜택이 부여(중복혜택 방지를 위하여 이와 같은 보조금 부분에 대하여 세액공제대상에서 제외)되는 정부과제와 그 실질이 다른 점 등에 비추어 쟁점인건비를 연구ㆍ인력개발비 세액공제대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

(2) 청구법인은 이 건 경정청구(2017.8.31.)에 앞서 2017.3.31. 이 건 경정청구(2012～2016사업연도분)와 동일한 사유로 2011사업연도 법인세 OOO원의 공제를 구하는 경정청구(1차 경정청구)를 제기하여 처분청이 2017.7.24. 1차 경정청구를 인용한 사실이 있음에도 어떠한 합리적인 사유 없이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 신의성실원칙 등에 반하는 위법한 처분이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인과 한국OOO 등 유통사 사이에 작성된 ODM견적서 등에 의하면 쟁점인건비 등 디자인 관련비용이 제품의 원가를 구성하고 있어 이를 납품가격으로 청구되었던 것으로 추정되고 발주처(유통사)의 요구에 의한 제품을 생산하고 있는 점 등에 비추어 관련 실용신안 등의 소유권은 청구법인이 아닌 유통사에게 있는 것으로 보이는 점, 청구법인의 디자인부서가 고유디자인 개발업무만 전담하였는지 여부 및 구체적인 연구개발행위와 쟁점인건비와의 관련성 등이 불명확한 점 등에 비추어 쟁점인건비가 연구ㆍ인력개발비 세액공제대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 2011사업연도 법인세에 대한 경정청구(1차 경정청구)가 인용된 사실을 들어 이 건 경정청구 거부처분이 신의성실원칙에 위배된다고 주장하고 있으나 신의성실원칙은 당초 처분이 적법한 경우에 한하여 적용되는 것이므로 청구주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점인건비가 연구ㆍ인력개발비 세액공제대상에 해당하는지 여부

② 신의성실원칙 위배 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제9조(연구·인력개발준비금의 손금산입) ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구·인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액( 「법인세법」 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2018년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1) 중소기업인 경우 : 100분의 25

(2) 조세특례제한법 시행령 제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등) ① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

2. 국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

② 제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.

1. 일반적인 관리 및 지원활동

2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험

3. 반복적인 정보수집 활동

4. 경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동

5. 특허권의 신청·보호 등 법률 및 행정 업무

6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사·탐사하는 활동

7. 위탁받아 수행하는 연구활동

[별표 6] 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련)