1. 관련법령

가. 국세기본법(2008.2.29. 법률 제8870호로 개정되기 전의 것)

제55조 【불복】 ① 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다.

제61조 【청구기간】 ① 심사청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일이내에 제기하여야 한다.

제63조 【청구서의 보정】 ① 국세청장은 심사청구의 내용이나 절차가 이 법 또는 세법에 적합하지 아니하나 보정할 수 있다고 인정하는 때에는 20일이내의 기간을 정하여 보정할 것을 요구할 수 있다. 다만, 보정할 사항이 경미한 경우에는 직권으로 이를 보정할 수 있다.

제65조 【결정】 ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각호의 규정에 의하여야 한다.

1. 심사청구가 부적법하거나 제61조에 규정하는 청구기간이 지난 후에 있었거나 심사청구후 제63조제1항에 규정하는 보정기간내에 필요한 보정을 하지 아니한 때에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.

제66조 【이의신청】 ⑥ 제61조제1항·제3항 및 제4항·제62조제2항·제63조·제64조제1항 단서 및 제2항과 제65조·제65조의2의 규정은 이의신청에 관하여 준용한다. 다만, 제65조제2항 중 “90일”은 이를 “30일”로 한다.

제78조 【결정절차】 ① 국세심판원장이 심판청구를 받은 때에는 국세심판관회의가 그 심리를 거쳐 이를 결정한다. 다만, 심판청구의 대상이 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 소액인 것 또는 경미한 것인 경우나 심판청구가 청구기간의 경과후에 있은 때에는 국세심판관회의의 심리를 거치지 아니하고 주심국세심판관이 이를 심리하여 결정할 수 있다.

제81조 【심사청구에 관한 규정의 준용】 제61조제3항 및 제4항·제63조·제65조와 제65조의2의 규정은 심판청구에 관하여 이를 준용한다. 다만, 제63조제1항 중 “20일내의 기간”은 이를 “상당한 기간”으로 한다.

나. 국세기본법시행령(2008.2.29. 대통령령 제20654호로 개정되기 전의 것)

제62조 【소액심판】 법 제78조제1항 단서에서 "소액인 것 또는 경미한 것"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

2. 심판청구가 과세표준 또는 세액의 결정에 관한 것 이외의 것으로서 유사한 청구에 대하여 이미 국세심판관회의의 의결에 따라 결정된 사례가 있는 것

2. 사실관계 및 판단

가. OO세무서장이 주식회사 OOOOOOOO(이하 “청구외법인”이라 한다)에 대하여 세무조사를 실시하여 처분청에 과세자료를 통보함에 따라, 처분청은 청구법인이 2003년 제2기부터 2004년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 중 청구외법인으로부터 교부받은 공급가액 125,022천원(2003년 제1기 70,039천원, 2004년 제1기 54,983천원)의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 실물거래가 없는 가공자료로 보아 관련 매입세액을 불공제하고, 관련 매입액을 손금불산입하여 2007.5.14. 및 2007.6.1. 청구법인에게 부가가치세 2003년 제2기분 11,634,870원, 2004년 제1기분 8,283,730원, 법인세 2003사업연도분 2,771,610원, 2004사업연도분 33,320,640원을 경정·고지하고, 법인소득금액 계산상 익금산입한 금액 137,524,200원(2003년 77,042,900원, 2004년 60,481,300원)을 대표이사 신OO에 대한 상여로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지서를 발송하였으나, 청구법인이 신OO로부터 관련 소득세를 원천징수하여 납부하지 아니하자 2007.8.7. 청구법인에게 원천세 2003년 귀속 28,983,530원, 2004년 귀속 6,191,270원을 경정·고지하였는 바, 청구법인은 이 건 심판청구를 하면서 ‘처분이 있음을 처음으로 안 날’을 2007.6.14.로 기재한 심판청구서를 제출하였으나, 이 건 법인세와 부가가치세의 납세고지서는 처분청의 2차례에 걸친 송달노력 끝에(1차는 반송됨) 2007.6.5. 청구법인의 대표이사 신OO의 주소지에서 신OO의 부친인 청구외 신OO가 수령하였음이 처분청이 제출한 등기우편물 배달증명서 등에 의하여 확인되고, 원천세의 납세고지서는 2007.8.7. 송달된 사실에 대하여 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

나. 청구법인은 위 과세처분에 불복하여 2007.9.11. 이의신청을 하면서 청구이유를 추후 제출한다고 하였으나 제출한 사실이 없음이 확인되고, 처분청이 2007.9.7. 청구이유와 증거서류를 2007.9.28.까지 보정하여 제출할 것을 요구하였으나 청구법인은 요구한 서류를 제출하지 아니하여, 동 이의신청은 불복기간 경과(법인세와 부가가치세는 납세고지서 송달일로부터 98일이 경과하여 이의신청함) 및 보정요구 불응에 따른 심리불가( 국세기본법 제66조제6항) 등을 이유로 각하 결정되었으며, 동 이의신청에 대한 결정서를 2007.10.17. 수령한 청구법인은 2008.1.14. 이 건 심판청구를 제기하였다.

다. 국세기본법 제66조제6항의 규정에 의하면, 심사청구에 관한 제61조제1항·제63조 및 제65조의 규정은 이의신청에 관하여 이를 준용하고, 같은법 제81조의 규정에 의하면, 심사청구에 관한 제63조 및 제65조의 규정은 심판청구에 관하여 이를 준용하는 바, 청구법인은 이 건 법인세와 부가가치세의 납세고지서를 수령한 날(2007.6.5.)로부터 98일이 지난 2007.9.11. 이의신청을 하였고, 처분청의 보정요구에 응하지 아니하여, 동 이의신청은 청구기간 경과 및 보정요구 불응에 따라 심리가 불가함을 이유로 각하 결정되었으므로 이 건 심판청구는 전심절차를 결여한 부적법한 청구로 판단된다(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO OO OO OO).

3. 결 론

이 건 심판청구는 전심절차를 결여한 부적법한 청구로 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.