가.처분청은 청구법인이 종합부동산세(이하 “종부세”라 한다) 과세기준일(2013.6.1.) 현재 보유하고 있는 과세물건(종합합산토지 66건, 별도합산토지 891건)에 대하여, 종합합산토지는 [(감면 후 공시가격 - OOO원)× 종부세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.5%],별도합산토지는 [(감면 후 공시가격 - OOO원) × 종부세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.4%]를 적용하여 「공제할 재산세액」을 계산하여, 2013.11.26. 청구법인에게 2013년 귀속 종부세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 결정·고지하였다.

나.청구법인은 이에 불복하여 2014.2.21. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

처분청은 청구법인의 종부세에서 공제되는 재산세액 산정시 종부세 공정시장가액비율 및 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하였는바,이와 같이 공정시장가액비율을 두 번 적용하는 것은 「종합부동산세법」의 문언해석에 부합하지 않고, 종부세에서 공제되는 재산세액은 실제 공제되어야할 재산세액 중 공정시장가액비율 상당액에 한정되는 결과로이중과세 문제가 발생되며, 재정경제부의 종부세 관련 설명자료(2009.9.3.)에서 지방자치단체에서 과세한 재산세는 전액 공제된다고 공적 견해를 표명하였고, 헌법재판소 결정(2008.11.13. 선고 2006헌바112결정)에서 재산세를 납부한 부분에 대하여 다시 종부세를 납부하는 것이아니므로 종부세와 재산세 사이에 이중과세의 문제는 발생하지 않는다고하였는바 이를 반대해석하면 재산세로 부과된 세액을 전액 공제하지 않는 것은 이중과세 문제를 야기할 수 있는 것으로 이 건 과세처분은 부당하다.

나.처분청 의견

청구법인의 본 청구건 외 2009년도 귀속 종부세 및 농어촌특별세 부과처분과 관련한 판결(서울고등법원 2011.12.15. 선고 2011누21593 판결)에서도 쟁점 사안인 이중과세와 관련하여 청구법인 주장이 이유없음을 판시하였고, 종부세와 재산세를 부과함에 있어 일부세액을 공제하지 않았다는 이유만으로 입법재량의 한계를 현저히 벗어난자의적인 입법이라고 할 수 없다는 판례에 따라 당초 고지한 2013년 종부세 및 농어촌특별세의 부과처분은 정당하다.

3.심리 및 판단

가.쟁점

2013년 귀속 종합부동산세의 공제할 재산세액 계산시 종부세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 적용한 것의 당부

나.관련법령

(1) 종합부동산세법 제13조(과세표준) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

②별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

제14조(세율 및 세액) ③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」 제111조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

⑥별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」 제111조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

⑦토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2)종합부동산세법 시행령 제5조의3(토지분 종합부동산세의 재산세 공제)① 법 제14조 제7항에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

②법 제14조 제7항에 따라 토지분 별도합산세액에서 공제되는 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

(3) 지방세법 제110조(과세표준) ① 토지·건축물·주택에 대한 재산세의 과세표준은 제4조 제1항 및 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

1.토지 및 건축물: 시가표준액의 100분의 50부터 100분의 90까지

2.주택: 시가표준액의 100분의 40부터 100분의 80까지

제111조(세율) ① 재산세는 제110조의 과세표준에 다음 각 호의 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

1.토지

가.종합합산과세대상

나.별도합산과세대상

제112조(재산세 도시지역분) ① 지방자치단체의 장은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 제1호에 따른 도시지역 중 해당 지방의회의 의결을 거쳐 고시한 지역(이하 이 조에서 "재산세 도시지역분 적용대상 지역"이라 한다) 안에 있는 대통령령으로 정하는 토지, 건축물 또는 주택(이하 이 조에서 "토지등"이라 한다)에 대하여는 조례로 정하는 바에 따라 제1호에 따른 세액에 제2호에 따른 세액을 합산하여 산출한 세액을 재산세액으로 부과할 수 있다.

1.제110조의 과세표준에 제111조의 세율을 적용하여 산출한 세액

(4) 지방세법 시행령 제109조(공정시장가액비율) 법 제110조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 다음 각 호의 비율을 말한다.

1. 토지 및 건축물: 시가표준액의 100분의 70

2. 주택: 시가표준액의 100분의 60

다.사실관계 및 판단

(1)처분청은 청구법인에게 2013년 귀속 종부세를 결정·고지하면서 종부세에서 「⑨공제할 재산세액」으로 아래 <표1>과 같이 OOO원을 공제하였다.

<표1>

(2)청구법인은 아래 <표2>의 ⑦과세표준 표준세율 재산세액 계산 시 ③종부세공정시장가액비율(80%)과 재산세 공정시장가액비율(70%)이 이중으로 계산됨에 따라 공제되어야할 재산세액 중 ③종부세공정시장가액비율(80%) 상당액의 재산세액만 공제되기 때문에 「⑨공제할 재산세액」으로 ③종부세 공정시장가액비율(80%)이 계산되지 아니한 OOO원을 공제해야 한다고 주장한다.

<표2>

(3) 「종합부동산세법 시행령」 제5조의3 제1항 및 제2항과 같은 법 시행규칙[별지 제3호서식 부표(2)] 종합부동산세 과세표준 계산명세서 작성방법에 의하면, 「⑦과세표준 표준세율 재산세액」을 계산할 때 종합(별도)합산과세대상 토지분 과세표준(=④)에 종합(별도)합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율[=70%*0.5%(0.4%)]을 적용하도록 규정되어 있다.

(4)살피건대, 「종합부동산세법」상 재산세액의 공제 규정은 종부세과세표준에 대하여 해당 과세대상 종합·별도합산과세대상인 토지에 부과된 재산세액을 납부할 종부세에서 공제하여 줌으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있는 점, 문리적으로도종부세 과세표준(과세기준가액을 초과하는 공시가격 × 공정시장가액비율)에 대한 “재산세액”을 계산하여야 한다는 것으로 해석되고, 「지방세법」제110조 제1항 및 제111조 제1항에 “재산세액”은 시가표준액에공정시장가액비율을 곱하여 산정한 과세표준에 표준세율을 적용하여 산정하도록 규정한 점, 「종합부동산세법 시행규칙」 별지 제3호 서식부표(2) 작성방법에 “과세표준 표준세율 재산세액 : (감면후 공시가격 - 과세기준금액) × 종부세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.4%(또는 0.5%)”이라고 설명한 점 등을 고려하였을 때, 「종합부동산세법 시행령」제5조의3 제1항 및 제2항의 각 산식 중분자에 해당하는 “종합·별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여종합·별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이라 함은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종부세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시재산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 재산세 과세표준에 재산세 표준세율을 적용한 금액을 말한다고 할 것(조심 2013서3463, 2013.11.21. 외 다수 같은 뜻임)이므로 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.