가.청구인은 2001.5.14. OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 2002.8.8. 같은 지번에 다세대주택 10세대를 신축한 후, 2007년중에 501호를 제외한 9세대(이하 “신축주택”이라 한다)를 양도하고, 양도소득세 신고시「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3에 의한 신축주택의 감면세액을 실지거래가액으로 계산하면서 종전주택 취득시점부터 양도일까지의 양도소득금액 전부를 감면대상으로 신고하였다.

나.처분청은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용 중 전체 양도소득금액에서 신축주택 취득후 양도시점까지 발생한 양도소득금액에 대하여는 같은 규정에 따른 감면대상 소득으로 인정한 반면, 종전주택 취득일(2001.5.14.)부터 신축주택 취득일 전일(2002.8.7.) 까지 발생한 양도소득금액에 대하여는 조특법상의 과세특례 적용을 배제하고 2012.8.8. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2012.10.30. 이의신청을 거쳐 2013.2.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

이 건 과세근거가 된 국세청의 새로운 예규(재산세과-227, 2009. 1.20.)는 “단독주택(그 부수토지 포함)을 취득하여 보유하다 당해 주택의 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우로서 종전 단독주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 쟁점규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것”이라고 하고 있는 바, 동 예규는 신축주택의 양도에 재건축·재개발 주택을 포함하여 규정하면서 신축주택의 경우에는 전액 감면하고 재건축·재개발 주택의 경우에는 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득에 대하여는 감면을 배제한 것은 감면범위를 축소하는 잘못된 해석이며, 과세관청이 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)를 변경하기 전까지는 쟁점규정을 “신축주택 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 전액 감면하고, 5년이 지나 양도하는 경우에는 5년간 발생한 양도소득금액을 과세소득에서 차감하는 것”으로 해석·적용한 바, 관련 법령의 개정 등의 별다른 사정 변경 없이 새로운 예규를 들어 과세한 것은 「국세기본법」제18조에서 규정하는 세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지원칙에 반하여 부당하다.

나. 처분청 의견

조세에 관한 법률의 해석에 관하여 그 부과요건이나 감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장·유추 해석하는 것은 허용하지 아니하고, 특히 감면요건 규정 중 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 공평원칙에도 부합하는 바, 쟁점규정은 주택의 전체 보유기간의 양도차익 중 신축주택 취득 이후 5년간의 양도차익에 대하여 감면해 주는 것으로 해석하는 것이 타당할 것이므로, 종전주택 취득일부터신축주택 준공일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상에서 제외하여야하는 것으로 쟁점규정을 잘못 해석한 청구주장은 받아들이기 어렵다

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

「조세특례제한법」제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】적용시 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액도 감면적용대상인지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 신축주택감면세액 계산 적정여부 검토서 및 처분청 결의서 등 이 건 심리자료에 의하면,청구인은 2001.5.14. 취득한 종전주택을 보유하다가 2001.9.12. 멸실한 후 2002.8.8. 같은 지번에 다세대주택 10세대를 신축하였다가 2007년중에 양도하고, 양도소득세 예정신고시 조특법 제99조의3 규정을 적용하여 양도소득금액 전체를 감면대상으로 신고하였으나, 처분청은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용 중 전체 양도소득금액에서 신축주택 취득후 양도시점까지 발생한 양도소득금액만을 감면대상 소득으로 인정하고 종전주택 취득일(2001.5.14.)부터 신축주택 취득일 전일(2002.8.7.)까지 발생한 양도소득금액에 대하여는 같은 법 제99조의3에 의한 감면적용을 배제하여청구인에게 양도소득세를 과세한 것으로 나타난다.

(2) 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에서 ‘거주자가 자기가 건설한신축주택(주택조합 또는 재개발조합원이 취득하는 주택 포함)을취득하여 그 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 양도 소득세 과세대상소득금액에서 해당 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 차감한다고 하면서제4항에서는 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 규정하고, 이를 위임받은 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에서는 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도 소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다’고 규정하고 있다.

(3) 청구인은「 조세특례제한법」 제99조의3 규정 어디에도 신축주택 취득일 이전과 이후로 나누어 양도소득을 계산한다고 규정한 바 없고, 신축주택에 대한 감면규정이 신설된 이래 “취득당시의 기준시가”라는 문구를 동일한 의미로 받아들여 신고·납부하여 왔고 과세당국에서도 이를 인정하여 왔다고 주장하나,

「조세특례제한법」제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액” 으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하므로 청구주장을 받아들이지 아니한 처분청의 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2012중964, 2012.4.17. 외 다수 같은 뜻).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.