2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 한국철도공사에게 고속철도선로 등 사용용역(이하 ‘쟁점선로사용용역’이라 한다)을 공급하고 한국철도공사로부터 선로사용료를 지급받는 한편, 원고 소유의 고속철도선로 등에 대하여 한국철도공사로부터 시설유지 ㆍ 보수 수탁용역을 제공받고 한국철도공사에게 유지보수비를 지급하고 있다.

나. 원고는 2008. 5. 9. 한국철도공사와 고속철도선로 등 사용계약을 체결하였는데, 그 주요 내용은 다음과 같다.

제8조(선로등 사용료) ① 한국철도공사는 원고가 제공하는 선로등에 대하여 선로등 사용료를 지급하여야 한다.

② 제1항에 의한 선로등 사용료는 정부의 중립적 전문기관 용역결과에 따른 선로등 사용기준 방침이 확정되면 이를 2008년도부터 적용한다.

다만, 2008년도에 위 기준의 적용이 불가할 경우에는 원고가 기등록한 철도시설관리권 구간 영업수입의 31%로 하고, 2008년도 말까지 122,500,000,000원(부가가치세 포함)을 우선 지급한다.

③ 제2항 단서에 의한 선로등 사용료는 2009년 1월말까지 정산하여 지급하되, 차후 용역결과에 따른 정부의 선로등 사용기준 방침이 확정되면 이를 적용하여 재정산 조치한다.

제9조(선로등 사용료 지급) ① 한국철도공사는 선로등 사용료를 매분기별로 원고가 발행하는 납부고지서에 의하여 계약당사자가 지정한 은행계좌에 납부하여야 한다.

다만, 필요할 경우 원고가 한국철도공사에게 지급해야 할 고속철도 유지보수비와 상계처리하고, 차액분만 납입할 수 있다.

다. 원고는 2008. 7. 25. 피고에게 2008년 제1기 부가가치세 과세기간의 선로사용료를 같은 기간의 유지보수비와 같은 금액으로 하여 부가가치세 신고를 하였으나, 대전지방국세청 세무조사반의 ‘2008년 제1기분...