가. 청구인은 OOO에서 ‘OOO’이라는 상호로 치과재료 판매 및 소프트웨어 개발업을 영위하고 있다.

나. OOO세무서장은 OOO에 대한 거래질서 관련 조사를 실시한 결과, 2012년 제2기에 OOO가 청구인에게 실물거래 없이 가공세금계산서를 발급한 것으로 보아 처분청에게 과세자료를 통보하였다.

다. 처분청은 OOO세무서장으로부터 통보받은 사항에 대한 사실관계 확인을 위해 현장확인을 실시하였고, 2012년 제2기에 청구인이 OOO로부터 기술개발 용역을 제공받는 것으로 계약한 거래(이하 “쟁점거래”라 한다)를 가공거래로 보고 OOO 청구인이 OOO로부터 발급받은 공급가액 OOO의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 가공세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 OOO 청구인에게 2012년 제2기 부가가치세 OOO을 경정ㆍ고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점거래는 청구인(OOO)이 OOO로부터 “미백조성물에 영향없는 재광화 조성물” 제품을 맞춤 개발하는 용역을 제공받은 실제 거래이다.

(2) 청구인은 2012년말에 OOO에 외주용역을 의뢰하여 개발업무를 진행하면서 부가가치세 조기환급 신청을 하였고, 2013년 2월에 처분청으로부터 현장실사를 받은 결과 쟁점거래에 대하여 정상거래로 판단되었다. 그 후 2014년에 OOO의 관할인 OOO세무서에서 거래내역 관련 증빙을 요청하였고, 청구인은 2013년 당시의 처분청의 현장실사 사실을 알려주었다.

(3) 처분청은 쟁점거래와 관련하여, 개발목적물을 특허출원한 자가 OOO의 대표자인 OOO이고, 제품의 판매도 OOO 및 OOO에서 이루어지는 점을 문제삼고 있다. 그러나, 청구인과 OOO, OOO는 사실상 공동으로 OOO, OOO(폐업) 및 OOO을 운영하고 있다. 청구인이 대표로 있는 OOO은 제품의 기획 및 개발 단계에서 활용되고 OOO은 제품의 제조 및 판매를 담당한다. OOO에서 취급하는 제품은 OOO의 제조업 허가증 및 판매업 허가증을 취득하여야 하는데, 기획 및 개발 담당사인 OOO에서는 이러한 OOO 허가를 별도로 취득하지 않았고, OOO에서 전담하는 것이다.

(4) 청구인과 OOO, OOO는 사실상 공동으로 OOO 및 OOO을 운영하고 있으므로, 쟁점거래에 대한 개발의뢰의 주체나 대금지급의 주체가 청구인이 아니라고 하여도 문제될 것이 없다. 또한, OOO의 실질 담당자가 OOO이었으므로, OOO의 요청에 따라 OOO의 계좌로 대금을 지급한 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인(OOO)은 OOO 개업하여 치과재료 판매 및 소프트웨어를 개발하는 사업자로 OOO 건물 4층에 사업장이 소재하고 동 건물 지하에 제조실이 마련되어 있으나, 위 동일한 장소에서 OOO(대표자 OOO, 2014.6.30. 폐업)과 OOO(대표자 OOO, 2014.7.5. 개업)이 사업을 운영 중이다.

(2) 사업자등록상 OOO의 대표자는 청구인이지만, 과세자료 내용이나 현장확인 과정에서 OOO, OOO, OOO의 사실상 운영자는 OOO으로 확인되고, 청구인은 현재 OOO의 고객지원팀장으로 근무 중이다. OOO의 주주는 OOO(40%), 청구인(30%), OOO(30%) 3인이다.

(3) 쟁점거래 관련 계약서상 개발목적물인 “치아용 재광화촉진제 조성물이 함유된 치아용 미백제 조성물(제품명 OOO)”은 OOO의 대표자인 OOO 본인 명의로 OOO에 특허출원한 사실이 확인되고, OOO은 동 품목과 관련한 매출을 일으킨 사실이 없으며, “OOO” 제품은 2013년 4월부터 OOO에서 판매가 개시되어 현재 OOO에서 판매중이다.

(4) 쟁점거래 관련 계약서 및 대금증빙에 따르면, 기술개발계약서의 작성일은 OOO이고 선행기술조사기간이 OOO까지이며, 개발의 진행이 원활하도록 대금을 분할 지급하기로 하고 OOO까지 대금을 지급하였으나, OOO 특허출원을 하였고, OOO 제품의 판매를 시작한 것을 보아 가공계약으로 판단된다.

(5) 청구인이 계약 체결 당시 OOO에 제시했다고 주장하는 “미백조성물에 영향없는 재광화 조성물 개발에 대한 지표 제시” 대외비 문서상 개발의뢰의 주체는 청구인이 대표인 OOO이 아니라 OOO이 대표인 OOO로 명시되어 있다.

(6) OOO의 세금계산서 매출 품목상 “OOO” 제품은 2013년 4월부터 판매가 개시되었으나, 청구인이 제출한 자료 중 “제품 성능 검증서”상 성능검사 기간은 2013년 3월부터 6월까지이므로 성능 검사도 마치지 않은 제품을 출시했다고 볼 수 없다.

(7) 용역의 대금 지급에 대한 금융증빙으로 제출한 예금계좌OOO의 명의인은 청구인이 아니라 OOO의 대표자인 OOO이고, OOO의 대표자 OOO이 아닌 이사 OOO에게 송금되었다.

(8) OOO는 가공거래처로서 실제 업무수행능력이 없다. OOO의 대표자인 OOO은 치과재료관련 사업에 종사한 사실이 없으며, OOO세무서장의 부가가치세 조사종결보고서에 의하면 동일 과세기간에 임대료 이외의 모든 매출 및 매입 거래는 전액 가공거래로 확정ㆍ고발 되었다.

(9) 청구인이 이 건 계약체결의 실제 주체라고 주장하는 OOO은 소프트웨어 개발업 및 인쇄업종에 종사한 바 있으나 수차례 조세범칙행위로 관련 기관에 고발된 사실이 있으며, OOO의 사업장인 OOO의 거래질서 관련 조사시에도 OOO과 가공거래로 확정된 사실이 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 OOO로부터 가공세금계산서를 발급받은 것으로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분의 당부

나. 관련 법률

(1) 부가가치세법(법률 제11129호, 2011.12.31., 일부개정)

제16조[세금계산서] ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. (후단 생략)

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항

제17조[납부세액] ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 현장확인 종결보고서에 따르면, 처분청은 쟁점거래의 개발목적물인 OOO에 대하여 OOO의 대표자인 OOO이 특허출원하였고, 관련 제품의 판매 역시 OOO과 OOO에서 이루어진 것으로 보아 해당 기술의 개발 및 소유권은 OOO에 있었던 것으로 판단하여 쟁점거래를 가공거래로 보아 관련 매입세액을 불공제하였다.

(2) 쟁점거래 관련 기술개발계약서에 따르면, 청구인(OOO)과 OOO 대표 OOO은 “미백조성물에 영향없는 재광화 조성물” 제품을 맞춤 개발하는 용역계약을 OOO 체결하고, 거래대금 OOO은 OOO의 개발 진행이 원활하도록 OOO의 요청이 있을 때에 상호 협의하여 분할지급하기로 하였으며, 계약의 체결일에 대금 전액에 대한 세금계산서를 발급하는 것으로 정하였다.

(3) OOO세무서장의 OOO에 대한 부가가치세 조사종결 보고서에 따르면, OOO는 치과약품개발을 위해 OOO 개업하여 OOO폐업한 사업자로 대표자 OOO이 2013년 5월부터 10월까지 OOO 외 8곳에서 일용근로소득으로 OOO을 수령하여 OOO를 운영한 것으로 볼 수 없고, 2013년 제1기에 OOO로부터 매입한 OOO 이외에 매입내역이 없으며, 2012년 제2기와 2013년 제1기에 OOO 외 4곳(OOO, OOO 포함)에 재화 또는 용역을 공급한 사실이 없음에도 OOO의 가공세금계산서를 발급한 것으로 확인되었다.

(4) 청구인은 쟁점거래 관련 개발용역 및 관련 제품이 실제로 존재하였음을 입증하기 위하여 다음의 증빙을 제출하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, OOO에 대한 거래질서 관련 조사에서 OOO의 매출ㆍ매입이 100% 가공거래로 밝혀졌고, 쟁점거래는 청구인(OOO)과 OOO 간의 거래임에도 불구하고, OOO에서 개발대상 기술의 과제를 제시하고 OOO의 대표자였던 OOO의 명의로 개발목적물에 대하여 특허청에 특허출원하였으며, 용역대금은 OOO의 대표자인 OOO의 계좌에서 지급되는 등 청구인(OOO)이 해당 용역을 제공받은 것으로 보기 어려우며, 청구인은 청구인과 OOO, OOO가 OOO, OOO(폐업), OOO을 공동으로 운영하는 것이라고 주장하지만, OOO의 대표자는 청구인 1인이고 OOO, OOO가 공동사업자로 등록된 사실이 없는 등 청구주장을 인정하기 어려운 것으로 판단된다.

또한, 쟁점거래에 대한 계약(2012.12.28.) 이후 1달이 경과하기 전에 특허출원을 하였고OOO, 계약서에는 개발의 진행이 원활하도록 하기 위해 대금을 나누어 지급하는 것으로 정하였으나 특허출원일 이후부터 대금이 지급되었으며OOO, 대금이 완납되기 전에 관련 제품이 OOO 및 OOO에서 판매(판매개시일 : 2013.4.16.)되었고, 제품의 판매 후에 성능검사를 진행(2013년 3월∼6월)하는 등 쟁점거래 관련 제품의 특허출원시기, 판매시기, 성능검사 시기를 고려하더라도 쟁점거래를 실제 거래로 인정하기 어렵다 하겠다.

따라서, 처분청이 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.