처분청은 청구인이 2002.9.10. ㅇㅇ시 ㅇㅇ군 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지 토지 938㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득하고 등기하면서 지방세법 제131조제1항제3호제1목의 세율인 1,000분의 10을 적용하여 등록세 등을 신고납부 하였으나, 그 후 2004년도에 ㅇㅇ시에서 실시한 ㅇㅇ군에 대한 종합감사에서 등기 당시의 항공촬영 판독결과 공지상태이었음이 확인되어, 이 사건 토지의 취득가액 203,000,000원을 과세표준으로 하고 지방세법 제131조제1항제3호제2목의 세율인 1,000분의 30을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감한 등록세 4,872,000원, 지방교육세 893,200원 합계 5,765,200원(가산세 포함)을 2004.5.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 2002.9.10. 이 사건 토지의 등기 당시 종합토지세 과세대장상 지목이 전으로 등재되어 있었음에도 항공촬영 판독결과 당시 사실상의 현황이 공지상태라고 하여 등록세 등을 추가고지 한 것은 부당하고, 이 사건 토지의 실제 소유자는 청구외 ㅇㅇ회 ㅇㅇ교회로서 청구인은 명의상 소유자에 불과하므로 실질과세의 원칙에 따라 비과세 되어야 하며 또한, 이 사건 토지의 등기 후 분할된 ㅇㅇ시 ㅇㅇ군 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지 토지 185㎡는 취득 전부터 도로로 계획되어 있어 재산권 행사를 할 수 없으므로 최소분할토지 부분에 대해서는 기존의 세율인 1,000분의 10을 적용하여야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 종합토지세과세대장상 지목이 전으로 되어 있으나 사실상 현황이 공지인 경우 농지가 아닌 기타부동산으로 등록세율을 적용함이 정당한 지 여부와 등기를 받는 자와 사실상의 소유자가 다른 경우 등기를 받는 자를 등록세 납세의무자로 하는 것이 적법한 지여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제131조제1항제3호 및 동법시행령 제89조제2항에서 부동산소유권을 유상취득하는 경우의 등록세율은 농지는 부동산가액의 1,000분의 10, 기타 부동산은 1,000분의 30으로 하고, 농지라 함은 등기 당시 종합토지세과세대장상의 지목이 전·답·과수원 또는 목장용지인 토지를 말한다라고 규정하고 있고, 지방세법 제124조에서 등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다라고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면,처분청은 청구인이 2002.9.10. ㅇㅇ시 ㅇㅇ군 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지 토지 938㎡를 취득하고 등기하면서 지방세법 제131조제1항제3호제1목의 세율인 1,000분의 10을 적용하여 등록세 등을 신고납부하였으나, 그 후 등기 당시의 항공촬영 판독결과 공지상태이었음이 확인되어, 이 사건 토지의 취득가액 203,000,000원을 과세표준으로 하고 지방세법 제131조제1항제3호제2목의 세율인 1,000분의 30을 적용하여 산출한 세액에서 기납부한 세액을 차감한 등록세 등을 부과고지 하였음을 제출된 증빙자료에서 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 이 사건 토지의 실제 소유자는 청구외 ㅇㅇ회 ㅇㅇ교회로서 청구인은 명의상 소유자에 불과하므로 실질과세의 원칙에 따라 비과세 되어야 하며, 이 사건 토지의 등기 후 분할된 ㅇㅇ시 ㅇㅇ군 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지 토지 185㎡는 취득 전부터 도로로 계획되어 있어 재산권 행사를 할 수 없으므로 최소분할토지 부분에 대해서는 기존의 세율인 1,000분의 10을 적용하여야 한다고 주장하고 있으나, 이 사건 토지의 사실상의 소유관계를 확인할 수 있는 증빙자료가 없을 뿐만 아니라, 사실상 소유가 교회라 하더라도 등록세는 지방세법 제124조의 규정에 의거 등기 또는 등록을 받는 자가 납세의무가 있는 것이며 2002.9.10. 이 사건 토지에 대해 등기를 받은 자는 청구인임이 등기부등본 등을 통해 확인되고 있으므로 등록세 등이 비과세되어야 한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없는 것이라 하겠고, 한편 청구인은 2002.9.10. 이 사건 토지의 취득등기 당시의 종합토지세과세대장상 지목이 전으로 되어 있음에도 사실상 현황이 공지임을 이유로 처분청이 등록세 등을 부과 고지한 것은 부당하다고주장하고 있는데 대하여 살펴보면, 처분청은 청구인이 이 사건 토지를 2002.9.10.취득한 후 1개월 뒤인 2002.10.11. 처분청으로부터 신축허가를 받고 같은 달 15일 착공하여 2003.5.9. 교회건물을 사용승인을 받았고, 해당지역의 용도지역이 준주거지역이며, ㅇㅇ시의 항공촬영 판독결과 2001.11.4.부터 2002.10.30.까지 사실상 현황이 농지가 아닌 공지라고 하면서 비록 이 사건 부동산의 종합토지세과세대장상 지목이 전으로 되어있다고 하더라도 종합토지세가 공부상 등재 현황과 사실상의 현황이 다를 경우에는 사실상의 현황에 의하여 종합토지세를 부과하는 것이므로, 이 사건 부동산이 공지라는 사실에 근거하여 과세한 것은 현황과세의 원칙에 충실한 것이라고 주장하고 있으나, 구지방세법시행령(2003.12.30. 대통령령 제18194호로 개정되기 전의 것) 제89조제2항에서 법 제131조제1항에서 농지라 함은 등기 당시 종합토지세과세대장상의 지목이 전·답·과수원 또는 목장용지인 토지를 말한다라고 규정하고 있으므로 이 사건 토지에 대한 등기일인 2002.9.10. 당시 종합토지세과세대장상 지목이 전으로 되어 있는 이상 사실상 정황이 공지로 추정된다고 할지라도 조세법률주의 원칙상 등록세의 세율은 농지에 대한 세율인 1,000분의 10이 적용되어야 할 것(대법원판결 1997.3.25. 96누11549)인데도 처분청에서 이 사건 토지를 기타 부동산으로 보아 1,000분의 30의 세율을 적용하여 등록세 등을 부과한 처분은 잘못된 것이라 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 9. 23.

행 정 자 치 부 장 관