가. 청구법인은 2004.12.31. 부산광역시 OOO OOO OOO 860-3번지 외 15필지 토지 66,362㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득한 후 학교법인이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하고 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 제1호 및 같은 법 제127조 제1항 제1호의 규정에 의하여 처분청으로부터 취득세와 등록세를 비과세받았다.

나. 그 후 처분청은 청구법인이 이 사건 토지 취득(등기)일부터 3년이 경과하도록 정당한 사유없이 학교용에 직접 사용하지 아니하고 있으므로 이 사건 토지의 취득가액(9,438,467,000원)을 과세표준으로 하고 구 지방세법 제112조 제1항 및 같은 법 제131조 제1항의 세율을적용하여 산출한 취득세 235,697,380원, 농어촌특별세 23,569,720원,등록세 353,546,090원, 지방교육세 65,046,130원, 합계 677,859,320원(가산세 포함)을 2008.7.11. 청구법인에게 부과 고지하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2008.9.17. 이 사건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

2000년 3월 부산광역시장은 청구법인이 소속되어 있는 OOO OO에서 OOOOO OO OOOOO OOOOOO 건립부지 제공에 협조하자학교건립시 적극 지원하겠다는 의사표시를 하였고, 이에 청구법인은교사신축 등 학교설립을 위한 사전계획과 예산을 확보한 후 2001.11.16.부터 부산광역시교육청에 학교설립계획 승인을 신청하였으나 2002.8.28.부산광역시교육청은 학교설립 예정부지가 개발제한구역 내의 토지라는 이유로 이를 반려하면서 개발제한구역지정 해제 조정지역으로의 확정 등 개발제한구역지정 해제가 선행된 후 학교설립계획 승인을 신청하면 검토하겠다고 하였으며,

부산광역시장은 2004.4.20. 청구법인 등의 학교시설부지확보 재검토 요청에 대하여 회신을 하면서 학교설립 예정부지(OOOOO OOO OOO OOO OOOOOOO O OOOO)는 개발제한구역 조정가능지에 포함될 것으로 판단된다고 하면서, 기숙사 등 부대시설은 학교계획 수립 후 개발제한구역 관리계획변경 승인 신청시 반영될 수 있도록 협조하겠다고 한 다음 2004.5.20. 청구법인의 학교설립 예정부지 일대 1.06㎢를 개발제한구역 조정가능지역으로 지정하였고,

이에 청구법인은 2004.7.14. 부산광역시교육청에 학교설립계획 승인 신청을 한 후 2004.8.25. 이에 대한 승인을 받으면서 “본 승인은 개발제한구역 해제를 정지조건으로 하되, 2007.8.20.까지 개발제한구역이 해제되지 않을 경우 그 효력을 상실한다”는 조건부 승인을 받은 다음 2004.12.31. 이 사건 토지를 취득하였으며,

2005.5.5. 청구법인은 (주)OOO과 OO여고 도시관리계획 결정용역 계약을 체결한 다음 부산광역시 OOO OOO OOO 860-3번지 외 11필지 토지 10,009㎡에 대하여 개발제한구역 내 관리계획수립을 조건으로 하는 도시관리계획(학교) 결정을 신청하였고, 2005.5.25. 부산광역시장은 이러한 도시관리계획안(학교)을 수립·열람공고를 한 후 2005.6.30. 위 계획안을 원안 가결되었으나,

그 후 청구법인은 학교설립 추진과 병행하여 개발제한구역 내 학교설립이 가능한지에 대해 건설교통부에 문의해 본 결과 당시 개발제한구역 내에 학교는 공립에 한해 9개만 설립토록 계획되어 있어 2006년도 부산광역시 개발제한구역 관리계획에의 반영은 불가능한 상태에 있었으므로 2006.10.27. 부산광역시와 2011년 부산광역시 개발제한구역관리계획에 학교설립계획을 반영키로 협의하였으며, 2007.4.13. 청구법인의 OOOO고등학교 도시계획시설사업 실시계획인가 신청에 대하여 2007.4.16. 처분청이 개발제한구역 내 행위허가 취소처분을 하면서 도시계획시설사업 신청서를 반려하자 당초 학교설립계획 승인조건인 “2007.8.20.까지의 개발제한구역 해제”가 어려울 것으로 예상되어 2007.6.8. 부산광역시 교육청에 위 승인조건의 연장을 신청하였으나 받아들여지지 아니한 채 2007.9.5. 당초 학교설립계획 승인의 효력상실을 통보받았는바,

개발제한구역 조정가능지역으로의 고시는 개발제한구역 해제가 가능함을 의미하는 것이고, 더구나 부산광역시교육청의 학교설립계획 승인은 이를 뒷받침하는 것이라 하겠으므로, 청구법인이 이 사건 토지를 취득하기 전에 존재한 법령상의 장애사유가 유예기간 내에 충분히 해소될 가능성이 있었다고 보아야 하겠고,

부산광역시교육청은 “개발제한구역 해제”를 학교설립계획 승인조건으로, 부산광역시는 개발제한구역 내에 행위허가를 할 수 있는 “개발제한구역 내 관리계획수립”을 조건으로 도시계획시설결정을 하는 등 학교설립에 있어 두 행정기간의 조건이 일치하지 아니하여 처음부터 학교설립계획에 어려움이 있었을 뿐만 아니라

부산광역시에서 이 사건 토지가 포함된 지역을 개발제한구역 조정가능지로 고시하여 학교설립이 가능토록 하였음에도 건설교통부에서 개발제한구역 내의 학교설치를 공립학교 9개교로 제한하고 있어 부산광역시도 학교설립을 위한 개발제한구역 내 관리계획을 수립할 수 없었으므로, 청구법인이 이 사건 토지를 학교용에 사용하지 못한 채 유예기간을 경과한 데에는 정당한 사유가 있다고 봄이 타당하다 하겠으므로 이 사건 취득세 등의 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인이 이 사건 토지를 취득하기 전인 2001.11.16, 2002.7.2, 2003.4.7. 세 차례에 걸쳐 부산광역시교육청에 OOO OOO OOO 825번지 외 19필지 토지 67,793㎡를 예정부지로 하여 학교설립계획 승인신청을 하였다가 개발제한구역이면서 신청토지에 임야가 포함되었다는 사유로 각각 승인불가 통보를 받았고,

이 후 지목이 임야 등인 토지를 제외한 10,009㎡(청구법인 소유는 7,287㎡)에 대하여 학교건립계획을 추진하여 2004.8.25. 학교설립승인을 받았음에도 2004.12.31. 지목이 임야를 포함한 토지면적 66,362㎡를 취득하였는바, 이는 청구법인이 이 사건 토지 취득 전에 이미 개발제한구역 내에서는 학교설립이 불가능하다는 법령상의 장애요소를 충분히 인지하고 있었다고 보아야 하겠고,

또한, 청구법인이 취득한 이 사건 토지 중 극히 일부만 개발제한구역 조정가능지역으로 지정된 점, 토지 취득 이전 청구법인 스스로 학교설립계획을 변경하여 신청한 토지는 7,287㎡에 불과하다는 점, 2006.3.13.부터 2006.5.30.까지의 “사학지원 등 교육재정 운용실태”에 대한 감사원 감사결과 “청구법인은 10,009㎡에 대하여만 조건부 학교설립인가를 받고도 2004.11.8. 법인 이사장이 토지 전체에 학교를 설립할 수 있다고 이사회에 사실과 다르게 보고하였다.”라고 지적한 점 등으로 보면 이 사건 토지 중 청구법인 소유의 7,287㎡를 제외한 토지면적 59,075㎡에 대해서는 취득 이후 개발제한구역과 임야라는 이중의 법령상 장애가 충분히 해소될 가능성이 있었다고 보기는 어렵다 할 것이며,

더구나 개발제한구역의 지정 해제는 난개발 방지 등을 위한 행정관청의 정책의지와 공익에 따라 오랜 기간 연구·검토되어 시행되는 것으로, 개발제한구역의 지정 해제 미조치가 행정관청의 귀책사유가 가미되었다고 볼 수 없어 이를 청구법인이 이 사건 토지를 학교용으로 사용하지 못한 정당한 사유에 해당된다고 인정할 수는 없다 하겠으므로, 이 사건 취득세 등의 부과처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

학교법인이 일정기간 내 개발제한구역 지정 해제를 조건으로 학교설립계획 승인을 받은 다음 토지를 취득하였으나 유예기간 내 개발제한구역 지정 해제 미조치로 인해 학교용에 사용하지 못한 경우 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 구 지방세법 제107조【용도구분에 의한 비과세】다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 대통령령이 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

구 지방세법 제127조【용도구분에 의한 비과세】① 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 대통령령이 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

구 지방세법 제131조【부동산등기의 세율】① 부동산에 관한 등기를받을 때에는 다음 각 호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.

3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득

(2) 기타 : 부동산가액의 1,000분의 30

(2) 구 지방세법 시행령(2005.1.5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제79조【비영리사업자의 범위】① 법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.

2. 초·중등교육법 및 고등교육법에 따른 학교를 경영하는 자 및 평생교육법에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체

구 지방세법 시행령 제94조【비영리사업자의 범위 등】① 법 제127조 제1항 제1호 본문에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.

(3) 구 개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법(2005.1.27. 법률 제7383호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조【개발제한구역의 지정등】① 건설교통부장관은 도시의 무질서한 확산을 방지하고 도시주변의 자연환경을 보전하여 도시민의 건전한 생활환경을 확보하기 위하여 도시의 개발을 제한할 필요가 있거나 국방부장관의 요청이 있어 보안상도시의 개발을 제한할 필요가 있다고 인정되는 경우에는 개발제한구역의 지정 및 해제를 도시관리계획으로 결정할 수 있다.

② 개발제한구역의 지정 및 해제의 기준은 대상도시의 인구·산업·교통 및 토지이용등 경제·사회적 여건과 도시확산추세, 기타 지형 등 자연환경여건을 종합적으로 감안하여 대통령령으로 정한다.

구 개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법 제4조【개발제한구역의 지정 등에 관한 도시관리계획의 입안】① 개발제한구역의 지정 및 해제에 관한 도시관리계획(이하 “도시관리계획”이라 한다)은 당해 도시지역을 관할하는 특별시장·광역시장·시장 또는 군수가 입안한다. 다만, 국가계획과 관련된 경우에는 건설교통부장관이 직접 또는 관계중앙행정기관의 장의 요청에 의하여 관할 시·도지사, 시장 및 군수의 의견을 들은 후 도시관리계획을 입안할 수 있으며, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제2조 제1호의 규정에 의한 광역도시계획과 관련된 경우에는 도지사가 직접 또는 관계시장 또는 군수의 요청에 의하여 관할 시장 또는 군수의 의견을 들은 후 도시관리계획을 입안할 수 있다.

② 도시관리계획은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제2조 제1호의 규정에 의한 광역도시계획 또는 동조 제3호의 규정에 의한 도시기본계획에 부합되도록 입안하여야 한다.

③ 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제25조 제2항 내지 제4항의 규정은 개발제한구역에 관한 도시관리계획도서 및 계획설명서의 작성기준 및 작성방법에 관하여 이를 준용한다.

구 개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법 제11조【개발제한구역에서의 행위제한】① 개발제한구역에서는 그 지정목적에 위배되는 건축물의 건축 및 용도변경, 공작물의 설치, 토지의 형질변경, 죽목의 벌채, 토지의 분할, 물건을 쌓아놓는 행위 또는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제2조 제11호의 규정에 의한 도시계획사업(이하 “도시계획사업”이라 한다)의 시행을 할 수 없다. 다만, 다음 각 호의 1에 해당하는 행위를 하고자 하는 자는 시장·군수 또는 구청장의 허가를 받아 이를 행할 수 있다.

1.다음 각 목의 1에 해당하는 건축물 또는 공작물로서 대통령령이 정하는건축물의 건축 또는 공작물의 설치와 이에 따르는 토지의 형질변경

가. 도로·철도 및 상·하수도 등 공공용시설

나.축사 및 창고 등 농림수산업을 영위하기 위한 건축물 및 공작물

다. 주택 및 근린생활시설

라. 농로·제방·마을회관 등 개발제한구역의 주민이 공동으로 이용하는 시설

마. 실외체육시설

바. 휴양림·수목원 등 도시민의 여가활용을 위한 시설

사. 국방·군사에 관한 시설

아. 학교·폐기물처리시설 및 전기공급시설 등 공익시설

2. 개발제한구역안의 건축물로서 제14조의 규정에 의하여 지정된 취락지구안으로의 이축

3. 「공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제4조의 규정에 의한 공익사업(개발제한구역안에서 시행하는 공익사업에 한한다)의 시행으로 인하여 철거된 건축물의 이축을 위한 이주단지의 조성

4. 건축물의 건축을 수반하지 아니하는 토지의 형질변경으로서 영농을 위한 경우 등 대통령령이 정하는 토지의 형질변경

5.벌채면적 및 수량 기타 대통령령이 정하는 규모 이상의 죽목의 벌채

6. 대통령령이 정하는 범위의 토지의 분할

7. 모래·자갈·토석 등 대통령령이 정하는 물건을 대통령령이 정하는 기간동안 쌓아놓는 행위

8. 제1호 또는 제12조의 규정에 의한 건축물중 대통령령이 정하는 건축물을 근린생활시설 등 대통령령이 정하는 용도로 용도변경하는 행위

② 제1항의 규정에 불구하고 주택 및 근린생활시설의 대수선 등 대통령령이 정하는 경미한 행위는 시장·군수 또는 구청장에게 신고를 하고 이를 행할 수 있다.

③ 시장·군수 또는 구청장은 제1항 각 호의 행위중 대통령령이 정하는 규모 이상의 건축물의 건축 또는 토지의 형질변경 등을 허가하고자 하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 주민의 의견을 듣고 관계행정기관의 장과 협의한 후 시·군·구 도시계획위원회의 심의를 거쳐야 한다. 다만, 도시계획시설 또는 제1항 제1호 사목의 시설의 설치와 그 시설의 설치를 위한 토지의 형질변경의 경우에는 그러하지 아니하다.

⑥ 제1항의 규정에 의한 허가 또는 신고대상 건축물 또는 공작물의 규모·높이·입지기준, 대지안의 조경, 건폐율, 용적률, 토지의 분할, 토지의 형질변경의 범위 등 허가 또는 신고의 세부기준은 대통령령으로 정한다.

구 개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법 제19조【신고의 대상 및 기준】법 제11조 제2항 및 동조 제6항의 규정에 의한 신고의 대상 및 세부기준은 다음 각 호와 같다.

1. 주택 및 근린생활시설로서 다음 각목의 1에 해당하는 증축·개축 및 대수선

가. 기존면적을 포함한 연면적의 합계가 100제곱미터 이하인 경우

나.증축·개축 및 대수선되는 연면적의 합계가 85제곱미터 이하인 경우

2. 농림수산업용 건축물(관리용건축물을 제외한다) 또는 공작물로서 다음 각 목의 1에 해당하는 경우의 증축·개축 및 대수선

가. 증축·개축 및 대수선되는 건축면적 또는 바닥면적의 합계가 50제곱미터 이하인 경우

나. 축사·동물사육장·콩나물재배사·버섯재배사·퇴비사(발효퇴비장을 포함한다) 및 온실의 기존면적을 포함한 연면적의 합계가 200제곱미터 미만인 경우

다.창고의 기존면적을 포함한 연면적의 합계가 100제곱미터 미만인 경우

3. 근린생활시설 상호간의 용도변경. 다만, 휴게음식점·일반음식점 또는 제조업소로 용도변경하는 경우를 제외한다.

4. 벌채면적 300제곱미터 이상 500제곱미터 미만 또는 벌채수량 3세제곱미터 이상 5세제곱미터 미만의 죽목의 벌채

5. 다음 각 목의 1에 해당하는 물건의 적치

가.제17조 제1항의 규정에 의한 물건의 15일 이상 1월 미만의 적치

나. 중량이 20톤 이상 50톤 이하이거나 부피가 20세제곱미터 이상 50세제곱미터 이하로서 제17조 제1항의 규정에서 열거한 종류의 물건의 15일 이상의 적치

6. 문화재의 조사·발굴을 위한 토지의 형질변경

7. 생산품의 보관을 위한 임시가설천막의 설치(기존의 공장·제조업소의 부지안에 설치하는 경우에 한한다)

8. 지반의 붕괴 기타 재해의 예방 또는 복구를 위한 축대·옹벽·사방시설 등의 설치

(4) 구 개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법 시행령(2005.9.8. 대통령령 제19037호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조【개발제한구역의 지정 및 해제의 기준】① 건설교통부장관이 「개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법」(이하 “법”이라 한다) 제3조 제1항의 규정에 의하여 개발제한구역을 지정할 때에는 다음 각 호의 1에 해당하는 지역을 대상으로 한다.

1. 도시의 무질서한 확산 또는 서로 인접한 도시의 시가지로의 연결을 방지하기 위하여 개발을 제한할 필요가 있는 지역

2. 도시주변의 자연환경 및 생태계를 보전하고 도시민의 건전한 생활환경을 확보하기 위하여 개발을 제한할 필요가 있는 지역

3. 국가보안상 개발을 제한할 필요가 있는 지역

4. 도시의 정체성 확보 및 적정한 성장관리를 위하여 개발을 제한할 필요가 있는 지역

② 개발제한구역은 법 제3조 제1항의 규정에 의한 지정목적을 달성하기 위하여 공간적으로 연속성을 갖도록 지정하되, 도시의 자족성 확보·합리적인 토지이용 및 적정한 성장관리 등을 감안하여야 한다.

③ 법 제3조 제2항의 규정에 의하여 개발제한구역이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우 건설교통부장관이 정하는 바에 따라 개발제한구역을 조정 또는 해제할 수 있다.

1. 개발제한구역에 대한 환경평가 결과 보존가치가 낮게 나타나는 곳으로서 도시용지의 적절한 공급을 위하여 필요한 지역

2. 주민이 집단적으로 거주하는 취락으로서 주거환경 개선 및 취락정비가 필요한 지역

3. 도시의 균형적 성장을 위하여 기반시설의 설치 및 시가화 면적 조정 등 토지이용의 합리화를 위하여 필요한 지역

4.지정목적이 달성되어 개발제한구역으로 유지할 필요가 없게 된 지역

5. 도로(건설교통부장관이 정하는 규모의 도로에 한한다)·철도 또는 하천개수로 등의 공공시설의 설치로 인하여 생기는 3천제곱미터 미만의 소규모 단절토지

구 개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법 시행령 제13조【허가대상 건축물 또는 공작물의 종류 등】① 법 제11조 제1항 제1호의 규정에 의한 건축물 또는 공작물의 종류와 건축 또는 설치의 범위는 별표 1과 같다.

② 개발제한구역안의 토지가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 인접한용도지역에서 허용되는 건축물 또는 공작물을 건축 또는 설치할 수 있다.

1. 개발제한구역 지정당시부터 개발제한구역의 경계선이 건축물 또는 공작물(법 제11조 제5항의 규정에 의하여 개발제한구역 지정당시 이미 관계법령에 따라 허가등을 받아 공사 또는 사업에 착수한 경우의 건축물 또는 공작물을 포함한다)을 관통하는 경우 당해 건축물 또는 공작물의 부지(개발제한구역 지정당시부터 담장 등으로 구획된 기능상 일체가 되는 토지를 말한다)

2. 개발제한구역 지정당시부터 당해 필지의 2분의 1 미만이 개발제한구역에 편입된 토지로서 지목이 대인 토지

구 개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법 시행령 별표1【건축물 또는 공작물의 종류와 건축 또는 설치의 범위】

다. 사실관계 및 판단

(1) 1998.10.4. 학교법인인 청구법인은 OOOO과 부산광역시 OOO OOO OOO 860-3번지 외 14필지 토지 67,793㎡에 대하여 부동산매매계약을 체결하였다.

(2) 2000.3.2. 부산광역시장은 청구법인이 소속되어 있는 OOOOOOO재단이 건의한 “전문학교 및 연구소 건립”건에 대하여 “교육부와 협의 절차를 거쳐 건립허가를 신청하면 도시계획시설 결정 등 건립을 지원하겠다.”라고 회신하였다(OOOOO OOOOOOOOOO).

(3) 2001.12.19. 부산광역시교육감은 2001.11.16. 청구법인의 학교설립계획 승인 신청에 대하여 “… 학교를 설립코자 하는 법인 이사회 동의도 없을 뿐만 아니라 설립 위치 전체가 개발제한구역으로 개발제한구역의지정및관리에관한특별조치법 및 같은법 시행령에 의거 개발제한구역내 학교를 신축할 수 있는 단서조항 충족이 불가하여 설립할 수 없는 지역으로서 고등학교이하각급학교설립·운영규정시행규칙 제3조에 의거 학교설립계획 승인이 불가함을 통보합니다.”라는 내용으로 학교설립계획 승인 불가 통보를 하였다(OOOOOOOO OOOOOOOOOOOO).

(4) 2002.2.26. 부산광역시교육감은 청구법인의 “부산광역시 OOO OOO OOO 산24-1번지 일원의 개발제한구역 지정이 해제된 후 학교설립여건 등을 갖출 경우 특성화고(직업분야), 특목고 및 자립형 사립고 등 설립 승인이 가능한지”에 대한 질의에 대하여 “설립이 가능한 학교는 우리시 관내 기 지정·운영되고 있는 특성화고교와 다른 직업분야의 특성화고교(재정결함 지원 없음), 그리고 장기적으로 개발제한구역 지정 해제에 따른 인구증가가 예상되므로 우선 배정이 아닌 지원에 의한 일반계 고교의 설립은 가능할 것으로 판단(자립형 사립고 지정은 설립 후에 학교운영 여건 등을 감안하여 교육인적자원부의 정책방향에 의거 별도조치)되므로, 만약 개발제한구역 지정이 해제된 후 동 지역에 학교설립계획이 있을 경우에는 설립학교의 종류, 운영방안 등에 대해 협의·추진될 수 있도록 하시기 바랍니다.”라고 회신하였다(OOOOOOOO OOOOOOOOOOO).

(5) 2002.4.1. 부산광역시장은 청구법인의 “부산광역시 OOO OOO OOO 산24-1번지 일원의 고등학교설립계획에 따른 개발제한구역관리계획 변경” 신청에 대하여 “개발제한구역관리계획에 반영신청한 청구법인의 부산광역시 OOO OOO OOO 산24-1번지 일원의 고등학교설립(신청면적 40,000㎡)에 대하여는 개발제한구역지정및관리에관한특별조치법에 의거 건설교통부에서 검토 보류중에 있으며, 금번 청구법인에서 면적증가(40,000㎡ → 67,793㎡)에 따른 개발제한구역관리계획 변경요청건에 대하여는 우리시가 개발제한구역관리계획변경 수립시에 관련법규, 현황여건 등을 감안 종합적으로 검토 처리하겠습니다.”라고 회신하였다(OOOOO OOOOOOOOOOOOO).

(6) 2002.7.26. 부산광역시장은 청구법인의 “부산광역시 OOO OOO OOO 소재 OOOOO내 OOOO학교 신축 이전지의 부산권 광역도시계획 개발제한구역 조정가능지 포함여부”에 대한 건의사항에 대하여 “질의하신 지역의 개발제한구역 조정가능지 포함여부는 현재 부산권 광역도시계획이 수립중에 있어 계획의 확정 및 조정가능지 경계선 설정 등이 완료되어야만 정확히 알 수 있으며, 참고로 본 광역도시계획수립은 건설교통부에서 2002.12. 확정예정으로 추진중에 있음을 알려드립니다.”라고 회신하였다(OOOOO OOOOOOOOOOOOO).

(7) 2002.8.28. 부산광역시교육감은 2002.5.29.과 2002.7.19. 두 차례에걸친 청구법인의 “가칭 OOOO고등학교 설립계획승인 신청”에 대하여“청구법인에서 제출한 가칭 OOOO고등학교 설립계획승인 신청은 설립예정지가 현재 개발제한구역내 임야로 개발제한구역의지정및관리에관한특별조치법령(법 제11조, 시행령 제13조)에 의거 사립학교의 경우 개발제한구역내 임야에는 설립(신축)할 수 없어 고등학교 이하 각급학교설립·운영규정시행규칙 제3조에 의거 동 학교설립계획 승인이 불가함을 통보합니다. 아울러 청구법인에서는 설립예정지를 포함한 동 지역 일원에 대하여 개발제한구역지정 해제를 추진중에 있다고 하니 관계부처(기관)의 개발제한구역지정 해제조정지역으로의 확정 등 개발제한구역지정 해제가 선행된 후에 고등학교 설립계획승인 신청서를 제출할 경우 적극 검토하겠습니다.”라는 내용으로 학교설립계획 승인 불가 통보를 하였다(OOOOOOOO OOOOOOOOOOOO).

(8) 2003.4.16. 부산광역시교육감은 2003.4.7. 청구법인이 “이미 경기도 교육청에서 교사 및 체육장 부지로 매입하라고 조건부 허가(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOO)한 학교예정부지 67,793㎡ 중 현재 학교시설 건립이 가능한 부산광역시 OOO OOO OOO 860-3 외 6필지의 부지(10,979㎡)에 교사동과 체육장 시설을 우선 설치하여 2005.3.1. 개교할 예정입니다.”라는 내용의 “학교설립계획 승인 신청”에 대하여

“설립위치가 개발제한구역으로 기 학교설립계획승인 신청에 대해 승인이 불가함을 통보하였으며(2회), 개발제한구역 지정 해제가 선행된 이후에 고등학교설립계획 승인 신청서를 제출할 경우에 적극 검토하겠다고 통보하였습니다. 개발제한구역 지정이 해지되지 않은 상황에서 동 지역에 학교설립계획 승인은 불가(개발제한구역의지정및관리에관한특별조치법령 위배)하므로 고등학교이하각급학교설립·운영규정시행규칙 제3조에 의거 불가 통보합니다.”라는 내용으로 가칭 OOOO고등학교(특성화고) 설립계획승인 불가 통보를 하였다(OOOOOOOO OOOOOOOOOOO).

(9) 2004.4.20. 부산광역시 건설본부장은 청구법인이 소속되어 있는 OOOOOOOOOO재단에 대하여 “부산광역시 OOO OOO OOO 860-3번지 외 10필지 일원은 중앙도시계획위원회에서 심의 완료한 OOO OOOOOOO 개발제한구역 조정가능지에 포함될 것으로 판단되나 조정가능지역의 경계부는 도시관리계획 또는 지구단위계획 수립시 토지이용계획과 병행하여 확정되어지며, 광역도시계획에서는 1/50,000 개념도로 작성하여 조정가능지역이 설정되므로 국토의계획및이용에관한법률 제16조의 규정에 의거 광역도시계획 시보게재후 열람기간내 우리시를 방문하여 조정가능지역 포함여부를 열람하시기 바라며, 부대시설(기숙사 등)은 학교계획 수립후 개발제한구역 관리계획변경 승인신청시 반영될 수 있도록 협조토록 하겠습니다.”라는 내용의 회신을 하였다.

(10) 2004.5.20. 부산광역시장은 부산광역시 OOO OOO OOOO 일원 면적 1.06㎢에 대하여 개발제한구역 조정가능지역으로 하는 내용으로 “OOOOO OOO OO도시계획”을 공고(OOOOOOOOOO)하는 한편, 개발제한구역 조정가능지역은 “도시기본계획 → 도시관리계획 → 지구단위계획” 결정절차를 거친후 해제한다고 하였다.

(11)2004.7.14. 청구법인은 부산광역시교육청에 개교예정일은 2007.3.1.로, 학교설립예정부지는 부산광역시 OOO OOO OOO 860-3번지 외 9필지 토지 10,009㎡(OOOO OOO O,OOOO, OOOOOO OOO O,OOOO, OOOO OOO O,OOOO)로 하여 “가칭 OOOO 고등학교” 설립계획 승인 신청을 하였고,

이에 대하여 부산광역시교육감은 2004.8.25. “귀 법인에서 제출한 OOOO고등학교 설립계획승인 신청에 대하여 고등학교이하 각급학교설립·운영규정시행규칙 제3조에 의거 붙임과 같이 승인하오니 승인조건 및 다음사항 이행에 철저를 기하시기 바라고, 지구단위계획 수립·부산도시관리계획 반영 노력 등 개발제한구역 지정해제와 관련한 일련의 업무를 부산광역시 등 관련기관과 긴밀히 협의하여 학교설립이 조속히 이루어질 수 있도록 하시기 바라며, 개발제한구역 지정 해제 등 학교설립과 관련된 업무 추진결과가 있을 경우 즉시 알려주시기 바라고, 설립계획을 변경하고자 할 시에는 사전 변경승인을 받으시기 바랍니다.”라고 하면서 학교설립계획 승인서를 청구법인에게 교부하였는데, 그 승인서에는 “본 승인은 개발제한구역 해제를 정지조건으로 하되, 2007.8.20.까지 개발제한구역이 해제되지 않을 경우 그 효력을 상실한다.”라고 되어 있다.

(12) 2004.12.31. 청구법인은 이 사건 토지를 취득하였는데, 이 사건 토지는 개발제한구역 내에 있고, 그 중 임야는 54,518㎡로서 전체 토지면적의 82.2%를 차지하고 있다.

(13) 2005.5.25. 부산광역시장은 부산광역시 OOO OOO OOO 860-3번지 일원 면적 10,009㎡에 대한 도시계획시설(학교) 결정안에 대하여 주민의견을 청취하고자 도시관리계획안 열람공고(OO OOOOOOOOOO)를 하였다.

(14) 2005.7.12. 부산광역시장은 청구법인에게 “청구법인에서 신청한 부산광역시 OOO OOO OOO 860-3번지 일원 도시계획시설(학교)결정 신청은 2005.6.30. 부산광역시도시계획위원회 심의시 원안가결되었음을 알려드리며, 도시계획시설 결정고지 및 지형도면고시는 개발제한구역의지정및관리에관한특별조치법 제10조의 규정에 의거 개발제한구역관리계획의 승인후 고지코자 하오니, 청구법인에서는 개발제한구역관리계획승인을 위한 필요한 조치를 하여 주시기 바랍니다.”라는 내용으로 도시계획시설(학교)결정 신청 회시를 하였다.

(15) 2005.7.16. 청구법인의 “1. 2001년 부산시개발제한구역관리계획 수립 당시 건설교통부와 교육인적자원부간에 개발제한구역 내 학교설치를 9개소로 제한하는 내용의 협약이 체결되어 있는 것으로 알고 있습니다. 현재 부산시의 경우 개발제한구역내 학교가 9개소(공립만)가 다 설치된 상태입니다. 그러나 협약의 내용 중 학교가 공립인지 사립인지 공립과 사립을 포함하는 사항인지에 대해 명확하지가 않습니다. 협약에 명시한 학교에 대해 공립인지 사립인지 아니면 공립과 사립 둘 다 포함하여 9개소로 한정되어 있는 것인지 알고 싶습니다. 2. 협약에 명시한 학교가 공립과 사립 포함하여 9개소로 한정되어 있다면 협약에 의거 현재 9개소가 기 설치되어 있으므로, 현 시설의 경우 과거 2004년에 시 교육청으로부터 학교설립인가를 득한 사항임에도 불구하고 현시점에는 개발제한구역관리계획에 포함이 불가능한지 궁금합니다.”라는 질의사항에 대하여

교육인적자원부장관은 “우리부는 2001.7.20. 교육여건개선사업 추진을 발표한 후 학급당 학생수 35명 수준으로 교육여건을 개선하고자 2006년까지 1,202개교를 신설하게 되었으며, 도심지의 학교용지부족으로 부득이 개발제한구역 내 학교설립을 추진하게 되었습니다. 우리부는 각 시·도 교육청의 개발제한구역 내 학교 설립추진 현황을 파악하여 건설교통부의 중앙도시계획위원회 심의를 거쳐 학교신설을 추진하게 된 것입니다. 청구법인이 말씀하신 건설교통부와의 협약은 없으며, 시·도지사가 개발제한구역지정 및 관리에 관한 법률에 의거 개발제한구역 관리계획에 학교를 반영하여 건설교통부의 승인을 받아 학교설립을 추진하는 것임을 알려드립니다.”라는 내용의,

건설교통부장관은 “정부의 교육여건 개선을 위한 제7차 교육과정에 따른 초·중등 학교시설의 확충방안에 의거 개발제한구역안 학교신축을 위해 교육인적자원부가 우리부에 통보한 개발제한구역 내 학교설립계획(2001.11)에 의하면 부산시의 경우 개발제한구역안에 9개소만 학교설립토록 되어 있어 2006년도 부산광역시 개발제한구역관리계획 변경에 반영하는 것은 불가할 것입니다. 다만, 2011년도 부산광역시 개발제한구역관리계획(안)에 반영하여 설치하고자 하는 경우 입지 타당성 등을 부산시와 협의하여 가능한 개발제한구역외 지역에서 시설을 확보하여야 할 것이며, 불가피한 경우에 한하여 개발제한구역관리계획에 반영하여야 할 것이니 보다 자세한 사항은 수립권자인 부산시에 문의하시기 바랍니다.”라는 내용의 회신을 하였다.

(16) 청구법인은 2005.10.8. 주식회사 OOOO건축사사무소와 OOOO고등학교 신축공사 설계계약(계약금액 197,164,000원, 부가가치세 포함)을, 2007.3.16. 주식회사 한OO과 개발제한구역관리계획변경관련 경관영향분석 용역계약(15,000,000원)을 체결하였다.

(17) 2007.5.14. 처분청은 “2006년 3월부터 2006년 5월까지의 「사학지원 등 교육재정 운용실태」에 관한 감사원 감사결과 학교설립 승인받은 토지 10,009㎡ 중 OOOO조합 소유의 1,431㎡는 2002.12.24. 토지형질변경허가(당초 임야 → 농지)를 받았으나, 「개발제한구역의 지정및 관리에 관한 특별조치법」시행령에 의거 임야에는 사립고등학교를 설립할 수 없으므로 OOOO조합이 청구법인의 학교설립을 도울 목적을 숨긴 채 형질변경 신청을 하였다는 취지의 감사원 통보에 따라 「개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법」제29조, 제30조에 의하여 2007.3.28. OOOO조합을 OOOOO경찰서에 고발조치하고 2007.5.14. 토지형질변경 허가를 취소한다.”라는 내용으로 학교설립 승인 토지 중 일부에 대하여 토지형질변경 허가를 취소하였다.

(18)2007.6.8. 청구법인은 부산광역시교육청에 “청구법인이 2004.7.14.자로 학교설립계획 승인신청을 하면서 그 설립예정부지가 법 소정의 개발제한에서 해제되는 것을 정지조건으로 한 승인신청을 했더니, 귀청에서는 승인조건으로 「2007.8.20.까지 개발제한구역이 해제되지 않을 경우 그 (승인의) 효력을 상실한다」는 새로운 부관을 붙였는바, 이는 발령청이 기속행위에 임의로 붙인 부관이 되어 그 효력도 문제이려니와 설사 효력에 문제가 없다 하더라도 「2007.8.20.까지」라는 기한은 「개발제한구역 해제」라는 조건의 내용이나 그 계획변경 진행상황 등이 고려되지 않은 기한이라 할 것이므로, 청구법인은 위 기한의 도래가 불과 3개월 이내로 가까워진 현 시점에서 부산광역시 <개발제한구역관리계획 회시> 내용을 감안하여 위 문제의 기한을 적어도 2년 이후의 일자로 연장하여 주시길 신청합니다.”라는 내용으로 OOOO고등학교 설립계획 승인 기한연장 신청을 하였다.

(19) 2007.9.5. 부산광역시교육감은 “청구법인에서 제출한 OOOO고등학교 설립계획에 대하여 2007.8.20.까지 개발제한구역 해제를 조건으로 학교설립계획을 승인하였으나, 조건성취가 되지 않아 OOOO고등학교 설립계획승인이 효력상실되었음을 알려 드립니다.”라는 내용으로 OOOO고등학교 설립계획승인 효력상실 통보를 하였다(OOOOOOOO OOOOOOOOOO).

(20) 그 후 청구법인은 2008.7.23.에는 “OOO 도시관리계획(도시계획시설 : 학교) 사정환경성 검토협의회 자료”를, 2009.1.22.에는 “OOO 도시관리계획(고등학교) 입안의 제안서”를 처분청에 각각 제출하였다.

(21) 2009.3.11. 부산광역시장은 부산광역시 OOO OOO OOO 860-3번지 일원 면적 10,009㎡에 대한 도시계획시설(학교) 결정안에 대하여 주민의견을 청취하고자 도시관리계획안 열람공고(OO OOOOOOOOOO)를 하였다.

(22) 법인이 토지 취득시에 이미 고유업무에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유를 알고 있었고, 취득 후에 당해 토지를 고유업무에 사용하지 못한 것도 동일한 사유 때문이라면 취득 전에 존재한 외부적 사유가 충분히 해소 가능한 것이고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측치 못한 전혀 다른 사유로 고유업무에 사용치 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 외부적 사유는 당해 토지를 고유업무에 사용치 못한 정당한 사유가 될 수 없다(OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOOOOO OO OO) 할 것으로,

이 사건 토지는 청구법인이 취득하기 이전부터 개발제한구역 내에 위치하고 있어 건축물의 건축 등 일련의 행위에 대하여 제한을 받고 있었을 뿐만 아니라 관련법령에서 사립학교는 임야 외의 토지에 설치토록 규정하고 있고 청구법인 또한 지목이 임야를 제외한 면적 10,009㎡(청구법인 소유는 7,287㎡)에 대하여 학교설립을 추진하여 이에 대한 승인을 받았음에도 지목이 임야인 면적이 전체 면적의 82.2%를 차지하고 있는 이 사건 토지를 취득한 점, 청구법인은 이 사건 토지 취득 이전 이러한 사실을 이유로 세 차례에 걸쳐 부산광역시교육감으로부터 학교설립계획 승인 불가통보를 받은 사실이 있는 점, 부산광역시교육감의 학교설립계획 승인 조건 또한 개발제한구역 내에서의 학교설립을 승인한 것이 아니라 일정기간 내에 학교설립 예정부지의 개발제한구역 지정 해제를 조건으로 하였던 점,

청구법인이 이 사건 토지를 취득하기 이전 개발제한구역 조정가능지역으로 지정 고시 되었다고는 하나 이는 대상도시의 인구·산업·교통 및 토지이용 등 경제·사회적 여건과 도시확산추세 등을 감안하여 향후 개발제한구역 지정을 해제할 수 있음을 의미하는 것일 뿐 바로 개발제한구역 지정 해제를 의미하는 것은 아니라 할 수 있는 점, 2001년 11월 교육인적자원부장관이 건설교통부장관에게 통보한 개발제한구역 내에서의 학교설립에 부산광역시의 경우 개발제한구역 안에서는 9개소만 학교설립토록 되어 있어 2006년도 부산광역시 개발제한구역 관리계획 변경에 반영하는 것은 불가능하였을 뿐만 아니라 2011년도 부산광역시 개발제한구역관리계획(안)에 반영하여 설치하고자 하는 경우에도 가능한 개발제한구역 외의 지역에서의 시설확보를 요구하고 있는 점, 이 사건 토지가 개발제한구역 조정가능지역으로의 지정 고시 전후 또는 도시계획시설(학교) 결정 전후로 개발제한구역으로의 지정상태가 변경없이 계속 유지되고 있어 청구법인의 이 사건 토지 취득 이후 법령상 또는 사실상의 장애정도가 더 심해졌다고 볼 수도 없는 점 등을 종합하여 볼 때,

청구법인은 이 사건 토지 취득 당시 개발제한구역에서 해제되지 아니할 경우 학교용에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상태에서 토지를 취득하였다고 보아야 할 뿐만 아니라 이 사건 토지 취득 이후에도 이러한 사유로 학교용에 직접 사용하지 못한 이상 이 사건 토지 취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었다거나 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 있었다고 볼 수는 없다 하겠으므로, 개발제한구역 지정해제 미조치를 청구법인이 이 사건 토지를 유예기간 내에 학교용에 직접 사용하지 못한 데 대한 정당한 사유로 인정하기는 어렵다 할 것이다.

따라서 처분청이 이 사건 취득세 등을 청구법인에게 부과 고지한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 사건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.