가. 청구인은 2008년 5월 OOO(이하 “쟁점오피스텔”이라 한다)를 OOO로부터 매입하면서 매도인의 사정으로 매매계약서상의 잔금지급일을 앞당겨 잔금을 지급하고 2008.5.21. 소유권이전등기를 하였고, 매매계약서상의 잔금 지급일인 2008.5.30. 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받았으며, 2008.6.12. 사업자등록신청을 하고 쟁점세금계산서상의 매입세액을 매출세액에서 공제되는 등록 전 매입세액으로 보아 공제 신청하여 환급받았다.

나. 처분청은 쟁점오피스텔이 청구인의 사업자등록 신청일로부터 소급하여 20일 경과 후 소유권이전 등기되었다 하여 쟁점세금계산서상 매입세액을 매출세액에서 공제되지 아니하는 등록 전 매입세액으로 보아 이를 불공제하고 2010.4.13. 청구인에게 2008년 제1기 부가가치세 20,571,600원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.6.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점오피스텔 매매계약서를 보면 잔금을 2008.5.30.에 지급하는 조건으로 매매계약을 체결하였으나 매도인이 자금이 급하다고 하여 잔금을 먼저 지급하고 2008.5.21. 쟁점오피스텔의 소유권을 이전하였으며, 매매계약서 제2조 및 제4조는 2008.5.30.까지 발생된 수익과 비용은 쟁점오피스텔의 매도인 OOO에게 귀속된다고 되어 있고 실지 사업 폐업일인 2008.5.30.을 폐업일로 하여 2008.6.4. 폐업신고서를 제출하였으며, 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때인 바, 청구인이 사용할 수 있는 쟁점오피스텔의 실지 사업개시일은 매매계약서상 매도인이 쟁점오피스텔을 인도하고 폐업한 2008.5.30.이므로 쟁점세금계산서상 매입세액을 매출세액에서 공제되지 아니하는 매입세액으로 보아 불공제한 처분은 부당하다.

청구인은 쟁점오피스텔을 매입하고 2008.5.30. 쟁점세금계산서 및 계산서를 교부받았으며, 2008.5.30. 및 2008.6.2. 사업자등록신청을 하였으나 쟁점오피스텔은 전 사업자가 폐업신고를 하지 아니하여 쟁점오피스텔에 동일 종류의 사업자가 2개 있을 수 없다 하여 사업자등록을 교부받지 못하였고 2008.6.12.에 사업자등록을 신청하여 교부받았는 바, 청구인이 2차에 걸쳐 사업자등록 신청을 하였음에도 발급이 거절되었고 사업자등록은 미개업시에도 등록을 할 수 있음에도 처분청이 청구인의 적법한 사업자등록을 2번이나 거절한 것은 명백히 위법한 처분이며 이는 처분청의 귀책사유로 정당한 납세자가 피해를 보는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

「부가가치세법」 제9조는 재화의 이동이 필요하지 아니한 부동산의 공급시기는 당해 건물이 이용가능하게 되는 때이고, 이용가능하게 되는 때라 함은 원칙적으로 소유권이전등기일(잔금청산일)을 의미하는 것인 바, 청구인은 쟁점오피스텔을 2008.5.21. 잔금을 청산하고 소유권이전 등기하였으며 같은 날 근저당권을 설정하였으므로 소유권이전 등기일인 2008.5.21. 쟁점세금계산서를 수취하고 20일이 되는 2008.6.9.까지는 사업자등록신청을 하였어야 하나 청구인은 2008.5.30. 쟁점세금계산서를 수취하고 2008.6.12. 사업자등록을 신청하여 발급받았으며, 청구인이 2008.5.30. 및 6.2. 사업자등록신청을 하였으나 기존사업자의 미폐업으로 발급되지 아니하였다는 주장에 대하여 청구인이 사업자등록신청서를 접수한 사실이 확인되지 아니하므로 쟁점세금계산서상 매입세액을 매출세액에서 공제되지 아니하는 매입세액으로 보아 이를 불공제하고 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점오피스텔의 공급시기를 소유권이전등기일인 2008.5.21.로 볼 것인지 아니면 쟁점세금계산서 교부일인 2008.5.30.로 볼 것인지 여부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법

제5조 【등 록】① 신규로 사업을 개시하는 자 중 사업자단위과세사업자가 아닌 자는 사업장마다, 사업자단위과세사업자는 당해 사업자의 본점 또는 주사무소에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하려는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다.

④ 제1항의 규정에 의하여 등록한 사업자가 휴업 또는 폐업하거나 기타 등록사항에 변동이 발생한 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 지체없이 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 자가 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에도 또한 같다.

⑤ 사업자가 폐업하거나 제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 후 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에는 사업장 관할세무서장은 지체없이 그 등록을 말소하여야 한다.

⑥ 사업장 관할세무서장은 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업자등록증을 갱신ㆍ교부할 수 있다.

제9조 【거래시기】① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

④ 제1항과 제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다

제17조 【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다.

(2) 부가가치세법 시행령

제21조 【재화의 공급시기】① 법 제9조 제1항에 규정하는 재화의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 현금판매ㆍ외상판매 또는 할부판매의 경우에는 재화가 인도되거나 이용가능하게 되는 때

제60조 【매입세액의 범위】⑧ 법 제17조 제2항 제5호에 규정하는 등록은 등록신청일을 기준으로 한다.

⑨ 법 제17조 제2항 제5호 단서에서 "대통령령이 정하는 것" 이라 함은 등록신청일부터 역산하여 20일 이내의 것을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2008년 5월 쟁점오피스텔을 OOO로부터 매입하면서 매매계약서상의 잔금지급일인 2008.5.30.에 쟁점세금계산서를 교부받았으나, 매도인의 사정으로 잔금을 앞당겨 지급하고 2008.5.21. 소유권이전등기를 하였고, 2008.6.12. 사업자등록신청을 하고 쟁점세금계산서상 매입세액을 매출세액에서 공제되는 등록 전 매입세액으로 보아 공제 신청하여 환급을 받았으나, 처분청은 쟁점오피스텔의 소유권이 청구인의 사업자등록 신청일로부터 20일 경과 후 이전 등기되었다 하여 쟁점세금계산서상의 매입세액을 매출세액에서 공제되지 아니하는 등록 전 매입세액으로 보아 이를 불공제하고 2010.4.13. 청구인에게 2008년 제1기 부가가치세 20,571,600원을 고지한 사실이 경정결의서 등에 나타난다.

(2) 청구인은 매도인의 사정으로 잔금을 먼저 지급하고 2008.5.21. 쟁점오피스텔의 소유권을 이전하였으나, 당초 2008.5.30.에 잔금을 지급하는 조건으로 매매계약을 체결하였고 2008.5.30.까지 발생된 수익과 비용은 쟁점오피스텔의 매도인 OOO에게 귀속되었으며, 2008.5.30.을 폐업일로 하여 폐업신고서를 제출하여 청구인이 쟁점오피스텔을 실지 사용할 수 있는 때인 2008.5.30.을 공급시기로 보아야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

(가) 매매계약서(2008.5.1.)에 의하면, 청구인은 OOO로부터 쟁점오피스텔을 매매대금 313,000천원에 양수하기로 계약하고, 계약금 30,000천원, 중도금 20,000천원은 2008.5.10., 잔금 263,000천원은 2008.5.30.에 지불하기로 매매계약하였으며, 매매계약서 제2조는 매도인이 매매대금의 잔금을 수령함과 동시에 소유권이전등기에 필요한 모든 서류를 교부하고 등기절차에 협력하며 위 부동산을 2008.5.30. 인도하기로 한다고 되어 있고, 제4조는 위 부동산에 관하여 발생한 수익의 귀속과 조세공과금 등의 부담은 위 부동산의 인도일을 기준으로 하여 그 이전까지는 매도인에게 그 이후의 것은 매수인에게 각각 귀속한다고 되어 있으며, 특약사항으로 채권최고액 4,200만원은 잔금시까지 상환하고 현 세입자 5,000만원/70만원은 승계하며 잔금시 정산한다고 기재되어 있다.

(나) 매도자 OOO는 쟁점오피스텔 매각과 관련하여 청구인에게 2008.5.30. 건물부분은 공급대가 164,375천원(부가가치세 14,943천원), 토지부분은 공급가액 163,567천원으로 하여 세금계산서 및 계산서를 교부한 것으로 나타난다.

(다) 등기부등본에 의하면, 쟁점오피스텔은 2008.5.21. 청구인 명의로 소유권이전 등기되었고, 매도자 OOO를 채무자로 하여 설정된 채권최고액 4,200만원은 2008.5.7. 말소되었으며, OOO은행이 2008.5.21. 채무자를 청구인으로 하여 채권최고액 198,000천원으로 근저당설정한 것으로 나타난다.

(라) 쟁점오피스텔의 전 소유자 OOO는 2005.3.3. 신규 개업하여 운영하다가 2008.5.30. 폐업일로 하여 2008.6.4. 폐업신고서를 제출한 것으로 나타나며, 청구인은 2008.5.30. 신규개업일로 하여 2008.6.12. 사업자등록신청을 하였고 2008.10.20. 쟁점오피스텔을 양도하고 폐업한 것으로 나타난다.

(마) 살피건대, 「부가가치세법」 제9조 제1항 제2호는 재화가 공급되는 시기에 대하여 재화의 이동이 필요하지 아니하는 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때라고 규정하고 있는 바, 공급받은 재화가 부동산인 경우에는 원칙적으로 그 부동산을 명도받은 때(소유권이전등기일)가 실지로 사용할 수 있는 때라 할 수 있으나, 매매계약을 체결함에 있어 그 부동산의 사용시점을 특약하였다면 그 약정한 시기가 그 재화를 실지로 사용·수익할 수 있게 되는 때라 할 것이다(조심 OOO 2008.11.3. 참조).

청구인이 2008.5.21. 쟁점오피스텔을 청구인 명의로 소유권이전 등기하고 근저당권을 설정한 것으로 되어 있으나, 매매계약서상 2008.5.30. 쟁점오피스텔을 인도하기로 되어 있고 쟁점오피스텔 수익과 조세공과금 등의 부담은 인도일을 기준으로 하여 그 이전까지는 매도인에게 귀속한다고 되어 있는 점, 매도인이 쟁점세금계산서를 2008.5.30.로 하여 청구인에게 교부한 점, 매도인이 2008.5.30.을 폐업일로 하여 폐업 신고를 한 점 등에 비추어 볼 때, 매도인이 쟁점오피스텔을 2008.5.30.까지 실지로 사용·수익한 것으로 볼 수 있어 쟁점오피스텔이 청구인에게 공급되는 시기를 2008.5.30.로 보는 것이 타당하다 할 것이다.

따라서, 처분청이 쟁점오피스텔의 공급시기를 2008.5.21.로 보고 쟁점세금계산서상 매입세액을 매출세액에서 공제되지 아니하는 등록 전 매입세액으로 보아 이를 불공제하고 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.