처분청은 사회교육법에 의하여 설립된 비영리 법인인 청구인이 1993.4.13.ㅇ도ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지토지 830.14㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득(1995.4.8. 등기)함에 따라 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조및 구지방세법(1995.12.6. 법률 제4995호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제127조제1항의 규정에 의거 취득세 및 등록세 등을 비과세하였으나, 취득(등록)일로부터 1년이 경과하도록 정당한 사유없이 그 사업에 직접 사용하지 아니하고 1996.1.30. 청구외 ㅇㅇ회 ㅇㅇ교회(이하 “ㅇㅇ교회”라 한다)에 매각하였으므로 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 그 취득가액(587,224,200원)에 구 지방세법 제112조제2항 및 지방세법 제131조제1항의 세율을 각각 적용하여 산출한 취득세 105,700,350원, 등록세 21,140,060원, 교육세 3,875,670원, 합계 130,716,080원(가산세 포함)을 1997.3.19. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 사회교육법에 의거 설립되어 청소년 육성사업 등을 목적사업으로 하는 비영리 법인으로서 1993.4.13. 이건 토지를 ㅇㅇ회관 건립을 목적으로 취득하여 건축허가 신청을 하고자 하였으나 이건 토지는 종교용지로서 종교용 시설건축물이 아닌 ㅇㅇ회관은 건축허가를 할 수 없다는 처분청(건축관련 부서)의 규제 관계로 건축사업을 하지 못하고 당초 계획을 변경하여 인근의 상업용지(840.1㎡)를 다시 취득하여 회관건립을 추진하게 되었고, 이건 토지는 1996.1.30. 청구외 ㅇㅇ교회에 매각한 것으로서 이는 건축허가를 받지 못하여 부득이 매각하게된 것이므로 법인의 비업무용토지에서 제외되는 정당한 사유에 해당되는데도 처분청에서 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고, 등록세 등을 추징고지한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과 처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 비영리 법인이 토지를 취득(등록)한 후 1년이 경과하도록 직접 사용하지 아니하고 매각한데 대한 정당한 사유가 있었는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로

가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면

구 지방세법 제107조에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 그 부분에 대하여 취득세를 부과한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “제사·종교·자선·학술·기예·기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리 사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득”이라고 규정하고, 구지방세법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제79조제1항에서 “법 제107조제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리 사업자’라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제2호에서 “교육을 목적으로 하는 학교법인 및 재단법인”이라고 규정하고 있으며, 구 지방세법 제112조제2항에서 “대통령령으로 정하는 ...법인의 비업무용토지 ...을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다...”라고 규정하고, 구 지방세법시행령 제84조의4제1항에서 “법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 법인이 토지를 취득한 날로 부터 1년(...) 이내에 정당한 사유없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 말한다”라고 규정하고 있으며, 구지방세법 제127조제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(...)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기 또는 등록일로부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여 등록세를 부과한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산에 대한 등기...”라고 규정하고, 지방세법시행령 제94조제1항에서 “법 제127조제1항제1호 본문에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리 사업자’라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리 사업자를 말한다”라고 각각 규정하고 있다.

나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면

처분청은 비영리 법인인 청구인이 1993.4.13. 이건 토지를 취득(1995.4.8. 등기)함에 따라 취득세 등을 비과세하였으나, 취득(등록)일로부터 1년이 경과하도록 정당한 사유없이 그 사업에 직접 사용하지 아니하고 1996.1.30. 청구외 ㅇㅇ교회에 매각하였으므로 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 이건 취득세 등을 부과고지한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다.

그런데 청구인은 청소년육성사업 등을 목적사업으로 하는 비영리법인으로서 ㅇㅇ회관을 건립하고자 이건 토지를 취득하였으나 이건 토지가 종교용지로서 건축허가를 받지 못하므로 인근 상업용지를 다시 취득하여 회관건립을 추진하면서 부득이 이건 토지를 청구외 ㅇㅇ교회에 매각하였는 바, 이는 법인의 비업무용토지에서 제외되는 정당한 사유에 해당된다고 주장하고 있다.

살피건대, 구 지방세법 제107조 및 제127조제1항에서 비영리사업자가 취득(등록)하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 비과세하나, 취득(등록)일로부터 1년(3년)이내에 정당한 사유없이 그 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 취득(등록)세를 부과하도록 규정하고 있으며, 구 지방세법 제112조제2항 및 구 지방세법시행령 제84조의4제1항에서 법인이 토지를 취득한 후 1년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지는 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하도록 규정하고 있고, 동 규정에서의 정당한 사유라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유를 뜻한다(같은 취지의 대법원 판결 1993.2.26, 92누8750)고 할 것인 바, 청구인은 청소년 육성사업 등을 목적으로 사회교육법에 의거 설립된 비영리 법인으로서 ㅇㅇ회관 건립을 목적으로 1993.4.13. 경기도 ㅇㅇ시장으로부터 이건 토지를 취득하여 목적사업에 사용하지 아니하고 있다가 취득일로부터 2년이 다된 1995.4.8. 청구인 명의로 소유권 이전등기를 하였고, 그로부터 9월이 경과한 1996.1.30. 청구외 ㅇㅇ교회에 매각하여 소유권 이전등기(1996.3.30.)를 해 준 사실을 제출된 관계 증빙자료(법인등기부 등본, 용지매매계약서, 토지등기부 등본 등)에서 알 수 있으며, 청구인이 이건 토지를 취득하여 그 목적사업에 직접 사용하지 못한 이유가 종교용 시설물이 아닌 ㅇㅇ회관은 종교용지상에 건립할 수 없다는 처분청의 건축허가 제한에 있었음은 청구취지에서도 알 수 있다 하겠으나, 청구인이 경기도 ㅇㅇ시장으로부터 이건 토지를 취득하고자 1992.4.13. 작성한 용지(중동택지개발사업지구) 매매계약서의 본문중 용지의 표시란과 동 계약 제2조 용지의 용도란에서 종교시설용지임을 명확히 표기하고 있는 사실로 볼 때, 청구인이 이건 토지를 취득할 당시부터 이건 토지가 종교시설용지로 고시된 토지임을 알고 취득하였다 할 것이며, 그로 인하여 이건 토지를 사용하지 못하였음은 그 귀책사유가 청구인에게 있다 할 것인 바, 정당한 사유가 있다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠으며, 취득일(1993. 4.13.)부터 1년 이내 정당한 사유없이 그 사업에 직접 사용하지 아니한 이건 토지는 법인의 비업무용토지에 해당된다 할 것이고, 등록일(1995.4.8.)부터 9개월만에 매각(1996.1.30.)한 이건 토지를 그 사업에 직접 사용하였다고는 볼 수 없다 하겠으므로 처분청에서 이건 토지에 대하여 취득세 등을 비과세하였다가 취득세는 중과세율을, 등록세 등은 일반세율을 적용하여 산출한 이건 취득세 등을 추징한 처분은 적법하다고 판단된다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1997. 9. 30

내 무 부 장 관