처분청은 청구인이 2002.12.26.부터 2003.8.13.까지 취득한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지외 6필지의 토지 3,359㎡와 동 지상 건축물 2,259.88㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득한 후 취득가액 8,291,000,000원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 및 등록세 등을 신고 납부하였으나 2004.11.10. 부산광역시 세무조사에서 이 사건 부동산의 임차인들에게 명도비 등으로 지급한 1,247,868,975원(별첨 : 지급내역서)이 취득세 및 등록세 등의 과세표준에 누락된 사실을 확인하고 누락된 1,247,868,975원을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항 및 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제131조제1항제3호(2)목의 세율을 적용하여 산출한 취득세 29,948,840원, 농어촌특별세 2,745,300원, 등록세 44,923,270원, 지방교육세 8,235,920원, 합계 85,853,330원(가산세 포함)을 2005.4.12. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 건설업 및 분양개발업 등을 목적사업으로 하여 2002.2.1. 설립된 법인으로서 공동주택 신축부지로 사용하기 위하여 이 사건 부동산을 취득하였으나 이 사건 부동산 취득 당시 건물 임차인 등이 명도비와 영업보상금 등을 요구하며 건물명도를 거부함으로서 공동주택 신축이 지연됨에 따라 부득이 이 사건 부동산 취득 비용과는 아무런 관계없는 명도비 등을 지급한 것으로서 이 또한 이 사건 부동산 취득 이후 임차인들에게 개인별로 지급한 것이기 때문에 당연히 이 사건 부동산의 취득세 및 등록세의 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장하면서 이 사건 취득세 등 부과 처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 부동산을 취득하면서 임차인들에게 명도비 및 영업보상금 등으로 지급한 금액이 취득세 및 등록세의 과세표준에 포함되는지의 여부에 있다고 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제111조제1항에서 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다라고 규정하고 같은조 제5항에서 법인 장부 등에 의하여 취득가격이 입증되는 취득은 사실상 취득 가격에 의한다라고 규정하고 있으며 같은법시행령 제82조의3제1항에서 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상 물건의 취득시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다. 다만, 매매계약서상의 약정금액을 일시급등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다라고 규정하고 지방세법 제131조제1항에서 부동산의 등록세 과세표준은 등기 당시의 가액으로 한다라고 규정하고 있고 같은조 제3항에서는 지방세법 제111조제5항의규정에 의하여 입증되는 경우에는 사실상 취득가액을 과세표준으로 한다라고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 청구인은 2002.12.26.부터 2003.8.31.까지 이 사건 부동산을 취득한 후 취득가액 8,291,000,000원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 및 등록세 등을 신고 납부하였으나 2004.11.10. 부산광역시의 세무조사에서 이 사건 부동산의 임차인에게 지급한 명도비와 영업보상금으로 지급한 가액 1,247,868,975원이 취득세 및 등록세 등의 과세표준에 누락된 사실을 확인한 후 이를 과세표준으로 하여 산출한 이 사건 취득세 등을 2005.4.12. 부과 고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다.

그런데 청구인은 이 사건 부동산 취득 비용과는 관계없이 지급한 명도비와 영업보상금은 취득세 및 등록세의 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장하고 있으나 지방세법시행령 제82조의3제1항에서 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상 물건의 취득시기를 기준으로 그 이전에 당해물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용을 말한다라고 규정하고 있는 바, 동 규정에서의 “취득 가격”에는 과세대상 물건의 취득 시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격(직접비용)은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나(취득자금이자, 설계비 등) 그에 준하는 취득절차비용(소개수수료, 준공검사비용 등)도 간접비용으로서 이에 포함된다 할 것이므로 청구인의 경우 건설업 및 분양개발업 등을 주목적 사업으로 하는 법인으로서 이 사건 부동산 취득 당시 세입자나 상가임차인들이 점유하고 있으면 이 사건 부동산 소유자에게 명도에 관한 구체적인 내용을 포함하여 부동산 매매계약이 체결되어야 함에도 부동산 매매계약서에는 부동산 명도에 관하여는 아무런 내용이 등재되어 있지 아니한 것으로 미루어보면 이 사건 부동산을 취득하기 전에 취득가격이 결정되어 직접 비용인 부동산 그 자체 가격은 부동산 소유자에게 지급하고, 간접비용인 명도비와 영업보상금은 청구인이 지급하는 조건의 계약으로 보여지므로 비록 이 사건 부동산 취득 당시 임차인 등에게 지급할 명도비와 영업보상금이 확정되어 있지 아니하더라도 부동산 그 자체 가격 지급 후에 명도비 등의 명목으로 임차인 등에게 지급한 이상 이는 이 사건 부동산을 취득하기 위하여 지급한 간접비용으로 지급한 것으로 판단되고 더구나, 청구인의 법인 장부(계정별원장)상 명도비와 영업보상금을 건설용지계정으로 등재되어 있는 이상 명도비와 영업보상금은 이 사건 부동산을 취득하기 위하여 제3자에 지급한 일체의 비용에 해당되므로 처분청에서 명도비와 영업보상금을 취득세 등의 과세표준에 포함하여 이 사건 취득세 등을 부과 고지한 것은 적법한 부과 처분이라고 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2005. 8. 29.

행 정 자 치 부 장 관

※ 명도비 등 지급내역