가. 주식회사 B(이하 ‘B’이라 한다)은 주택건설업 등을 목적으로 성남시 분당구 C건물 917호를 본점으로 하여 1999. 5. 28. 설립된 법인이다.

나. 원고는 2006. 10. 11. D으로부터 B 주식 6,000주를 6,000만 원에 매수하는 내용의 주식양도양수계약서를 작성한 다음, 2006. 10. 31. 위 주식에 관하여 원고 앞으로 명의개서를 마쳤고(이하 ‘이 사건 제1명의개서’라 한다), 원고의 조카인 E은 2006. 10. 11. F로부터 B 주식 3,000주를 3,000만 원에 매수하는 내용의 주식양도양수계약서를 작성한 다음, 2006. 10. 31. 위 주식에 관하여 E 앞으로 명의개서를 마쳤다

(이하 ‘이 사건 제2명의개서’라 한다). 일련 번호 주주 출자자 1999. 5. 28. (설립시) 2004. 10. 8. (10,000주 증자) 2005. 5. 31. 2006. 10. 31. 주식수 지분율 주식수 지분율 주식수 지분율 주식수 지분율 합계 20,000주 100% 30,000주 100% 30,000주 100% 30,000주 100% 1 원고 4,000주 20% 6,000주 20% 6,000주 20% 12,000주 40% 2 E 8,900주 29.67% 11,900주 39.67% 3 D 6,000주 20% 4 F 4,500주 15% 5 G 4,500주 15% 6,000주 20% 6 H 2,000주 10% 3,000주 10% 100주 0.33% 100주 0.33% 7 I 6,000주 30% 9,000주 30% 8 J 4,000주 20% 6,000주 20% 9 K 4,000주 20% 6,000주 20%

다. B의 주식변동상황은 아래 표 기재와 같다. 라.

피고는 2010. 12. 16.부터 2011. 2. 10.까지 B에 대한 지방세 세무조사를 실시한 결과, 원고와 원고의 조카로서 특수관계인인 E이 2006. 10. 31. B 주식 합계 9,000주를 취득함으로써 B의 과점주주(총 발행주식 대비 79.67%)가 되었음에도 취득세 등을 신고납부하지 않았음을 이유로, 2011. 3. 18. 이 사건 제1, 2주식 취득일 현재 B이 소유하고 있는 취득세 과세대상 물건의 장부가액 37,337,162,470원을 과세표준으로 하여 원고에 대하여 취득세 499,033,550원, 농어촌특별세 32,856,690원을 각 부과 이하...