2. 나머지 청구는 이를 기각한다.

청구법인은 청구외 주식회사 OOO 프라자 소유인 서울특별시 마포구 OOO동 OOOO 소재 건물(지하 2층, 지상 11층 2,365.48평 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 임차하여 백화점용으로 사용하기 위하여 ’93.8.24 가계약(보증금 추정액 : 140억원)을 체결하고, ’93.8.24～’93.12.31 기간중 30회에 걸쳐 12,808,694,375원(이하 “쟁점지급금”이라 한다)의 자금을 주식회사 OOO 프라자에게 지급하고 이를 장부상 임차보증금으로 계상한 다음 ’94.5.10 본계약(보증금 145억원, 임차기간 ’94.5.10부터 10년간)을 체결하였다.

처분청은 쟁점지급금을 청구법인과 특수관계에 있는 주식회사 OOO 프라자에 대한 대여금으로 보아 법인세법 제20조의 규정에 의한 부당행위계산 부인으로 인정이자를 계산하여 ’95.1.16 청구법인에게 ’93사업년도분 법인세 100,696,370원을 부과하였다.

청구법인은 이에 불복하여 ’95.2.16 심사청구를 거쳐 ’95.5.2 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 백화점업을 영위하는 법인으로 쟁점건물을 주식회사 OOO프라자로부터 임차하고자 ’93.8.24 임대차계약(가계약)을 체결하고 ’93.8.24～’93.12.31까지 약 128억원을 임차보증금으로 선지급하고 청구법인의 백화점 영업개시일인 ’94.5.10 임대차보증금 145억원에 정식계약을 체결하였는 바, 통상적인 상거래상 건물의 소유주가 임차인을 변경하고자 하는 경우 새로운 임차인으로부터 임차보증금을 미리 수령하여 기존 임차인에게 보증금을 지불하는 것이 일반적이며 청구법인도 임차보증금 중 일부를 선지급한 것이므로 처분청이 이를 자금대여로 보아 인정이자를 계산하여 과세한 것은 부당하다.

나. 국세청장 의견

청구법인은 쟁점지급금의 경우 당초 임대차계약(가계약)에 의하여 ’93.8.24부터 ’93.12.31까지 사이에 기존입주자들의 임대차기간 위약에 따른 위약금 및 시설물에 대한 보상비조 등으로 지급한 것이므로 선지급한 임대보증금에 해당됨에도 처분청에서 이를 부인하고 인정이자를 계산하여 이 건 법인세를 과세한 것은 부당하다고 주장하나, 청구법인의 경우 동 선지급한 임차보증금이라는 주장은 통상적인 상거래의 경우 계약금액의 일부(약 10% 정도)를 선지급하고 계약을 하는 것과 상이하며, 또한 30회에 걸쳐서 90% 이상을 불규칙하게 임차보증금 128억원을 선급한 것은 사전에 결정된 금액도 아니고, 임대용역의 공급시기로 볼 수 있는 시설물을 이용 가능하게 된 때 이전에 지급된 것이며, 동 금액의 지출내역상 보증금 등의 위약금이 아닌 운영자금, 재산세 등의 공과금 등을 지출하였음이 확인됨을 볼 때, 쟁점지급금을 대여금으로 보아 인정이자를 계산하여 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점지급금에 대하여 부당행위계산 부인으로 인정이자를 계산하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

법인세법 제20조(부당행위계산의 부인)에서 『정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업년도의 소득금액을 계산할 수 있다』고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제46조 제1항에서 『법 제20조에서 “특수관계있는 자”라 함은 다음 각호의 관계있는 자를 말한다.

1. 출자자(제31조의 2에 규정하는 소액주주를 제외한다. 이하같다)와 그 친족

2. 법인 또는 출자자의 사용인이나 기타 사용인이외의 자로서 법인 또는 출자자의 금전, 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족

3. 출자자 또는 제1호 및 제2호에서 게기하는 자가 총발행주식 또는 총출자지분의 100분의 35 이상을 출자하고 있는 다른 법인』이라고 규정하고 있고, 같은조 제2항에서 『법 제20조에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다』고 규정하면서 그 제7호 본문에서 “출자자등에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부 또는 제공한 때”라고 규정하고 있는 바, 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어서 법인의 부당한 행위 또는 계산은 정상적인 사인간의 거래, 건전한 사회통념 내지 상관행에 비추어 판단하여야 할 것이다. (법인세법 기본통칙 2-14-1---20 같은 뜻임)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 주식회사 OOO 프라자가 특수관계에 있는 자에 해당하는지에 대하여 보면, 청구법인의 ’93.12월말 현재의 주주명부상 대표이사인 OOO과 그 친족이 46.4%의 지분을 소유하고 있으며, 주식회사 OOO 프라자의 ’93.12월말 현재의 주주구성은 위 OOO 및 그의 처 OOO가 100%의 지분을 소유하고 있는 것으로 확인되고 있어 전시한 법인세법 시행령 제46조 제1항 제3호 규정에 의하여 청구법인과 주식회사 OOO 프라자는 특수관계에 있는 자에 해당한다.

(2) 쟁점지급금을 임대보증금으로 볼 수 있는지에 대하여 보면,

첫째, 청구법인과 주식회사 OOO 프라자와의 ’93.8.24 임대차가계약서에 의하면 임대차보증금을 총 140억원으로 추정하고 청구법인은 임대차계약 약정일로 부터 주식회사 OOO 프라자가 요구하는 금액을 선지급하며, 추후 임대차보증금으로 대체한다고 되어 있으며 계약금이나 중도금, 잔금 지급 등에 대하여는 따로 정한 바가 없다.

둘째, 이 건 ’93.8.24 임대차가계약을 체결한 후 ’93.12.31까지의 기간 중에 청구법인은 주식회사 OOO프라자에게 30여회에 걸쳐 운영자금 등 명목으로 총 12,808,694,375원을 지급하였고 ’94.1.1부터 이 건 임대차 본계약(’94.5.10)을 체결(계약금액 145억원)할 때까지 1,656,083,743원을 지급하였는 바, 이와 같은 임대차보증금의 지급행태는 특수관계가 없는 자들간의 통상적인 상거래에서는 볼 수 없는 경우라 하겠다.

(3) 위와 같이 쟁점지급금은 쟁점건물의 임대차가계약 상태에서 지급한 것으로서 동 금액중에 중도금 명목의 금액이 포함된 것으로도 볼 수 없다.

사실이 이러하다면 쟁점지급금은 청구법인이 특수관계에 있는 주식회사 OOO프라자에 대한 대여금으로 보는 것이 타당하다 할 것이지만 특수관계가 없는 경우에도 거래관행상 임대차계약체결시 계약금액의 10%정도는 계약금으로 지불하는 것이 상례라고 볼 때, 처분청이 쟁점지급금 전체를 대여금으로 본 것은 일반적인 상거래 관행을 도외시한 것으로 보이므로 당초 임대차가계약시 약정한 추정 임대차보증금액 140억원의 10% 상당액인 14억원은 임대차보증금으로 인정하여 이 건 인정이자 계산대상에서 제외함이 타당한 것으로 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.