가. 청구법인은 2012.5.18.OOO㎡ 외 3필지(439-1번지 29.5㎡, 439-2번지 11.5㎡, 439-4번지 54.5㎡)토지 7,762.5㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득한 후, 「지방세특례제한법」(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제38조 제1항에서 정하고 있는 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득으로 하여 처분청으로부터 취득세 등을 감면받았다.

나.처분청은 2014년 6월 감면 부동산에 대한 이용실태 조사 결과,이 건 토지에 대한 착공신고서 등이 취득일부터 유예기간 이후에 접수된 것을 확인하고 청구법인이 정당한 사유 없이 이 건 토지 취득일로부터 1년 이내 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아2014.9.4. 이 건 토지에 기감면한 취득세 OOO원(가산세 포함)을 청구법인에게 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.10.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 2012.5.18. 이 건 토지를 취득하기 전부터 이 건 토지상에 병원신축을 위한 건축설계를 시작으로 2013.3.25. 이 건 토지에 건축(신축)허가를 받아 2013.4.20.부터 이 건 토지 지상 및 지하에 매립된 쓰레기 및 수목 제거작업과 기존 매도인의 공장건물 바닥부분 콘크리트 제거작업을 실시하였고, 2013.4.15. 병원 건설을 위한 시공사를 선정하여 기초공사 등을 실시하였으므로 청구법인은 이 건 토지 취득일부터 1년 이내에 의료업에 직접 사용하였다고 볼 수 있다.

설령, 처분청이 이 건 토지를 유예기간 내 의료업에 직접 사용한 것으로 보지 않는다 하더라도 청구법인은 이 건 토지 취득 후 병원 신축을 위한 일련의 과정을 꾸준하고 진지하게 밟아 나갔으며, 이 건 토지상의 임차인의 존재를 발견한 뒤 이 건 토지를 최대한 신속하게 인도받아 병원의 착공에 나아갈 수 있도록 최선의 노력을 다하였는바 이 건 토지를 취득한 때로부터 1년 이내에 의료업에 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 할 것이다.

(2) 이 건 토지의 부과처분이 담긴 납세고지서(이하 “이 건 부과처분”이라 한다)만으로는 가산세의 세액, 종류 및 세액의 계산방법을 밝히지 않는 등 가산세 부분은 납세고지 방식에 하자가 있음이 명백하고 부과절차의 원칙을 준수하지 않은 위법한 처분이다.

나. 처분청 의견

(1) 감면추징규정인 「지방세특례제한법」제94조에서의 “직접 사용”을 판단함에 있어토지를 취득하여 고유업무에 직접 사용하기 위한 건축 등의 공사를 하였다고 하더라도 그것만으로는 그 토지를 고유업무에 직접 사용한 것이라고 볼 수 없고, 다만 그 고유 업무에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 하는 것이며,건축 중인 경우에는 실제 고유목적에 제공된 것은 아니지만 준비 과정에 있으므로 정당한 사유로 보는 것이나 이 경우 “건축 중인 건축물”이라 함은 착공신고서를 제출하고 규준틀 설치, 터파기, 구조물 공사 등 기초공사를 본격적으로 실시한 시점을 말하는 것으로 공사 착공에 필요한 공사 준비단계까지 포함하지 않는다 할 것이다.

청구법인의 경우기존 건축물 철거공사, 건축물폐기물 처리 작업 등은 그 사업에 사용하기 위한 준비 과정에 불과한 점, 매매계약서 특약사항에 따라 부동산 명도와 관련하여 제소전화해 신청을 하기로 약정한 것을 미루어보면 청구인이 이 사건 부동산을 직접 사용함에 있어위 장애 사유는 미리 알았거나 조금만 주의를 기울였다면 충분히 알 수 있었던 사유에 불과하고, 그 외에 전혀 예측하지 못한 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정도 찾아볼 수 없는 점, 청구법인이 이 건 토지 내 임차인과 작성한 합의각서에 따르면 1달여 만에 충분히 퇴거조치가 가능했던 점 등을 종합하여 볼 때, 이 건 토지를 명도받기 위해 매도인에게 수차례에 걸쳐 문서를 발송하는 등 그 노력을 다 하였다 하더라도 이러한 분쟁은 행정관청의 사용 금지나 제한, 법률상 장애 등 외부적 사유로 인한 것이 아니며, 그 귀책사유가 청구법인 등에게 있다 할 것이고, 시간적 여유가 없어 유예기간을 경과하였다고 보기도 어려워 청구법인이 주장하는 사정만으로는 이 건 토지를 유예기간 내에 해당 용도에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었다는 주장은 인정하기 어렵다 할 것이다.

(2) 이 건 납세고지서를 발부함에 있어 각각의 세목별 가산세액 등을 구분하여 기재하지는 아니하였으나 상기 관련법 규정에 따라 과세표준액, 관계법령 등이 고지서의 앞·뒷면에 기재되어 있고, 처분청이 이 건 부과처분 이전에 보낸 과세예고통지서에 가산세의 종류와 세율 및 감면취소의 사유 등이 구체적으로 기재되어 있을 뿐만 아니라, 그 동안 청구법인은 처분청과 수차례 상담을 통하여 가산세가 함께 포함되어 함께 고지됨을 알고 있어서 그 세액의 산출 내용을 충분히 알 수 있었던 것으로 보이는 점, 또한 이 건 부과처분 전에 그 내용을 충분히 인지하고 과세전적부심사를 청구하였던 점 등 제반 사정을 종합하면, 설령 이 건 납세고지서에 가산세액 등이 구분되어 기재되지 않았다 하더라도 납세의무자인 청구법인으로서는 이 사건 부과처분에 대한 불복 여부의 결정 및 불복신청에 지장을 받지 않았을 것임이 명백하다고 보이므로, 이 건 부과처분에 관한 가산세 부분의 고지가 위법하다 할 수 없다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 취득일부터 유예기간(1년)내에 의료업에 직접 사용하였거나 의료업의 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

(2) 가산세 부과처분이 적법한지 여부

나. 관련 법률

지방세특례제한법(2013.1.1 법률 제11618호로 일부개정 되기 전의 것)

제38조(의료법인 등에 대한 과세특례) ① 「의료법」 제48조에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2012년 12월 31일까지 면제(특별시ㆍ광역시 및 도청소재지인 시 지역에서 취득하는 부동산에 대하여는 「지방세법」 제11조 제1항의 세율에서 1천분의 20을 경감하는 것을 말한다)하고, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세( 「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다)를 2012년 12월 31일까지 면제한다.

제94조(감면된 취득세의 추징)부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료에 따르면 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 청구법인은 비영리 의료법인으로서 1995.4.27. 아래 <표1>과 같이 설립되었다.

OOO

(나) 청구법인은 2012.2.7. 매도인 정OOO(이하 “매도인”이라 한다)과 매매대금을 OOO원으로 하여 이 건 토지에 대한 매매계약을 체결하였으며, 매매계약서상의 특약사항은 아래 <표2>와 같다.

OOO

(다) 청구법인은 2012.4.9. OOO 건축사사무소와 이 건 토지상에 OOO 신축공사를 위하여 건축설계용역계약을 체결하였으며, 2012.5.18. 이 건 토지를 취득하였다.

(라) 매도인은 청구법인의 이 건 토지 취득 전인 2011.5.13. 임차인 최OOO(이하 “임차인”이라 한다)과 2011.5.25.부터 24개월간 보증금 OOO원을 매월 25일에 일시불로 지급할 것을 내용으로 하는 임대차계약을 체결한바 있고, 청구법인은 2012.6.4., 2012.9.10., 2013.3.4.에 매도인에게 이 건 토지 내 임차인의 무단점유 퇴거 조치를 요청하는 문서를 발송하였다.

(마) 청구법인은 2013.1.29. 이 건 토지상에 건축허가를 신청하여 2013.3.25. 주 용도는 의료시설, 건축 연면적은 24,755.45㎡ 등으로 하는 내용의 건축허가(신축)를 득하였으며, 2013.4.15. OOO 산업을 시공업체로 선정하고 착공년월일은 2013.4.29., 준공예정년월일은 2015.2.27.로 하여 도급계약을 체결하였다.

(바) 매도인이 2013.4.26. 임차인을 상대로 토지인도 민사소송(2013가단6709, 평택지원)을 제기하였으나 변론기일에 2회 쌍불하여 종국 취하간주되었다.

(사) 청구법인은2013.5.2. 임차인에게 아래 <표3>과 같이 내용증명을 발송하였다.

OOO

(아) 청구법인은 2013.5.3. 매도인에게 임차인과 직접 협상을 통한 퇴거조치를 계획하고 있고 관련 비용 등을 향후 매도인에게 청구할 예정임을 문서로 발송하였으며, 2013.5.9. 임차인과 아래 <표4>와 같이 합의각서를 작성하고, 2013.5.10.에 OOO원을 임차인에게 입금한 사실이 은행 이체결과조회에서 확인되며, 2013.5.14. 청구법인이 폐자재 운반비로 OOO원이 지출된 것이 세금계산서에 의해서 확인된다.

OOO

(자) 청구법인은 2013.7.31. 착공예정일을 2013.8.10.로 하여 착공계에 착공신청서를 제출하였다.

(차) 처분청이 2014.6.12. 이 건 토지에 출장하여 작성한 출장보고서에 의하면, ‘청구법인은2012.5.18. 취득, 2013.3.25. 건축허가, 2013.8.10. 건축착공하여 현재 병원건축 중이나, 이 건 토지 취득일로부터 1년이 경과한 후 건축물을 착공하였으므로 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에 해당되어기감면된 취득세 등 추징예정’이라고 보고하고 있다.

(2) 먼저, 쟁점①에 관하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」제38조 제1항 및 같은 법 제94조 제1호에 의하면, 「의료법」제48조에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하되, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

(나) 살피건대, 청구법인은 이 건 토지 취득 후 유예기간 내에 폐기물 제거 작업, 건축허가 및 시공사 선정 등을 진행하였으므로 목적사업에 직접 사용하였다고 주장하나, 감면된 취득세 등의 추징규정 중 ‘목적사업에 직접 사용하지 아니하는 경우’에서 목적사업에 직접 사용한다는 것은 취득한 부동산을 그 사업에 직접 사용하고 있는 것을 의미하는 것이므로 청구법인과 같이 이 건 토지를 취득하여 건축허가와 폐기물 처리 등을 진행하였다 하더라도 이는 청구법인이 이 건 토지를 고유업무인 의료업에 직접 사용한 행위라기 보다는 이를 위한 준비행위에 불과한 것으로 보이고, 그것만으로는 청구법인이 이 건 토지를 취득하여 유예기간 내에 목적사업인 의료업에 직접 사용한 것으로 보기는 어렵다고 판단된다.

(다) 다음으로 청구법인이 이 건 토지를 의료업에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 있는지에 대하여 살피건대, 유예기간(1년) 내에 의료업에 직접 사용하지 못한 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 그 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법 취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 업무에 직접 사용하는 데에 걸리는 준비기간의 장단, 업무에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애 정도, 당해 법인이 부동산을 업무에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것인바(대법원 2013.6.13. 선고 2011두18441 판결 외 다수, 같은 뜻임),

청구법인의 경우, 이 건 토지 취득 후 8개월이 경과한 2013.1.29. 비로소 건축허가를 신청한 점, 유예기간이 경과한 2013.7.31. 건축착공계에 착공신고를 한 점, 청구법인과 매도인의 매매계약서 특약사항에서 매도인과 이미 부동산 명도와 관련하여 제소전 화해 신청을 하기로 약정한 점 등으로 볼 때 청구법인은 이 건 토지 취득 전부터 이 건 토지를 유예기간 내 직접 사용함에 있어 장애사유가 있으리라는 것을 예견할 수 있었음을 알 수 있는 점 등에 비추어 이 건 토지를 유예기간 내에 의료업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었다고 보기도 어렵다고 판단된다.

(3) 다음으로, 쟁점②에 관하여 살펴본다.

(가) 처분청은 2014.6.16. 청구법인에게 아래 <표6>와 같이 지방세 과세예고를 하였고, 청구법인은 2014.7.10. 처분청에 과세전적부심사청구를 하였으며, 처분청은 이에 2014.8.27. 불채택 결정 통지를 하였다.

OOO

(나) 살피건대, 청구법인은 이 건 부과처분 중 가산세 부분은 가산세의 세액 등의 계산방법을 밝히지 않아 납세고지 방식에 하자가 명백하여 위법한 처분이라고 주장하나, 납세고지에 관계 법령에서 요구하는 기재사항을 누락한 하자가 있더라도 과세관청이 과세처분에 앞서 납세의무자에게 보낸 과세예고통지서 등에 납세고지서의 필요적 기재사항이 이미 모두 기재되어 있어 납세의무자가 그 처분에 대한 불복 여부의 결정 및 불복신청에 전혀 지장을 받지 않은 것이 명백하다면, 이로써 납세고지의 하자는 보완되거나 치유될 수 있다OOO고 할 것인바 처분청이 청구법인에게 발송한 과세예고통지서에 계산근거를 명시하는 등 납세고지서의 필요적 기재사항이 기재되어 있는 점 등으로 보아 납세고지의 하자는 보완되거나 치유되었다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 처분청의 이 건 토지에 대한 과세처분에 위법이 있다고 보기는 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.