처분청은 청구인이 2005.4.18. ○○도 ○○시 ○○동 2484-1번지 및3381-2번지○○식물원(유원지 112,397㎡, 건축물 17,397.22㎡,이하 “이 사건 부동산”이라 한다)을 취득한 후 그 취득가액46,138,001,962원을 과세표준으로 하여 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항의 규정에 의거 산정된 취득세 1,057,617,890원, 농어촌특별세 105,761,780원을2005.5.18신고납부하고, 등록세 968,616,150원, 지방교육세 193,723,230원을 2005.4.19.신고납부를 하자 이를 수납하고, 이 사건 부동산을 「박물관 및 미술관진흥법」 제16조제1항의 규정에의한 박물관(식물원)으로 등록하는 경우 구 제주도세감면조례(2005.1.12. 조례제2468호로 개정된 것, 이하 같다) 제7조제5호의 감면요건을 충족하는 것을 알고 2006.3.24. 박물관(식물원)으로 등록한 다음, 2006.4.19. 취득세·등록세 감면신청 및 과오납금 환부청구한데 대하여 2006.5.2. “○○식물원에 대한 귀사의 부동산 취득의 경우 취득세와 등록세가 적법하게 신고되고 납부된 경우로써 중대하고 명백한 하자가 있는 당연 무효가 아니라고 판단되며 이의신청·소송기한 경과로 불가변력·불가쟁력이 발생하여 과오납환부를 할 수 없음”을 사유로 청구인의 청구를 거부(서귀포시 재정과-4979, 이하 “처분청의 거부”라 한다)하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은2006.4.19. 처분청에 구 제주도세감면조례 제7조제5호의 규정에 의한 취득세 등의 감면신청 및 과오납금 환부청구한데 대한 처분청의 거부는 국세기본법 제55조제1항과 국세기본법 기본통칙55-0…3의 본문규정 및 제1호 “공제·감면신청에 대한 결정”에 해당하는 처분이기 때문에 처분청으로부터 필요한 처분을 받지 못한 경우에 해당되므로 심사청구의 대상이 되고, 식물원 및 박물관운영업 등을 목적사업으로 하는 법인으로서 이 사건 부동산을 식물원으로 직접 사용하기 위하여 2005.4.18. 서울특별시로부터 취득한 다음, 2006.3.24. 이 사건 부동산에 대하여 박물관 및 미술관진흥법 제16조의 규정에 의해 박물관(식물원)으로 등록하였으므로 구 제주도세감면조례 제7조제5호의 규정에 의거 취득세 등 감면대상에 해당된다고 주장하며 기 납부한 이 사건 취득세 등의 환급을 청구하였다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은이 사건 부동산취득 후 1년 이내에 박물관을 등록하는 경우에도 구 제주도세감면조례 제7조제5호의 감면대상이 되는지 여부에 있다하겠으나, 먼저 이 사건 심사청구가 적법하게 제기되었는지에 대하여 살펴본다.

먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제72조제1항의 규정은 “이 법에 의한 처분(신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다. 이하 이 절에서 같다)으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 절의 규정에 의한 이의신청 및 심사청구를 할 수 있다.”라고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면,청구인은 2005.4.18. 서울특별시로부터 이 사건 부동산을 취득한 후 2005.4.19. 이 사건 등록세 등을 신고납부하고, 2005.5.18. 취득세 등을 신고납부하였으며, 그 후 2006.3.24. 「박물관 및 미술관진흥법」 제16조의 규정에 의하여 박물관(식물원)으로 등록(제주도 제2006-2호)한 후 2006.4.19. 이 사건 취득세 등 감면신청한데 대하여 처분청은 2006.5.2.거부(서귀포시 재정과-4979)한 사실은 제출된 관련 증빙자료에 의하여 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 처분청의 거부(서귀포시 재정과-49792006.5.2.)는 국세기본법 제55조제1항과 국세기본법 기본통칙55-0…3의 본문규정 및 제1호“공제·감면신청에 대한 결정”에 해당하는 거부처분에 해당하는 것으로 처분청으로부터 필요한 처분을 받지 못한 경우에 해당되므로 심사청구의 대상이 된다고 주장하나, 청구인은 이사건 부동산을 취득할 당시(2005. 4. 18)의 지방세 법령에 의하여 과세요건이 충족되어 취득세 등 납세의무가 성립확정되어 취득세 등 조세채무이행이 종료되었을 뿐만 아니라, 국세기본법의 규정은 지방세법 제82조의 규정에 의하여 지방세의 부과 징수에 관하여 지방세법에서 정하고 있지 않은 경우에 한하여 적용되는 규정으로 지방세법 제72조제1항에서 심사청구의 대상인 처분을 신고납부 및 수정신고만을 포함하는 것으로 정하고 있고, 이때 처분이라 함은 행정관청의 우월적 지위에서 국민에 대하여 권리를 설정하고 의무를 과하거나 구체적으로 법률상의 효과를 발생하게 하는 행위를 말하는 것으로 신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 처분으로 보고 신고납부한 때에 처분이 있었던 것으로 보도록 규정하고 있으므로 청구인의 경우와 같이 심사청구 기간을 도과하여 신청한 감면신청의 거부는 심사청구의 대상인 처분에 해당되지 않는다 할 것이고, 감면신청은 신고납부한 날로부터 정해진 기한 내에 심사청구를 하여야 하는데도 청구인은 신고납부일(등록세 등 2005.4.19. 취득세 등 2005.5.18.)을 기준으로 90일내에 이의신청 및 심사청구를 제기한 사실이 없으므로 청구인의 이 사건 심사청구는 본안 심의대상에 해당되지 아니한다 할 것이다.

따라서 청구인의 심사청구는 본안 심의를 거치지 아니하고 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2006. 7. 31.

행 정 자 치 부 장 관